基于转录组的君迁子SSR特点分析

作     者：张晓娜 王滢滢 周瑞金 扈惠灵 张鹏 汪显友 Zhang Xiaona;Wang Yingying;Zhou Ruijin;Hu Huiling;Zhang Peng;Wang Xianyou

作者机构：河南科技学院园艺园林学院新乡453003 河南省园艺植物资源利用与种质创新工程研究中心新乡453003 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2022年第20卷第24期

页      面：8170-8178页

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：河南省自然科学基金项目(162300410108) 河南省科技攻关计划项目(192102110069)共同资助 

主　　题：君迁子 转录组 简单重复序列 

摘      要：为全面了解君迁子简单重复序列(SSR)的分布特点,开发更多的SSR分子标记,本研究对君迁子叶片转录组中Unigenes进行了SSR分析。结果表明,测序共获得93 359条Unigenes,总长度为75 880 230 bp,分析共得到13 751个SSR位点,分布在10 001条Unigenes上,发生频率为10.71%,分布频率为14.73%,平均每5.5 kb出现1个SSR位点。君迁子SSR主要以单、二核苷酸SSR为优势SSR(5 483, 5 118),所占比例分别为39.87%、37.22%,其次是三核苷酸SSR(2 010, 14.62%)。单核苷酸SSR主要以A/T类型为主(4 989,36.27%),二、三核苷酸SSR出现次数最多的分别是AG/CT(3 352, 24.38%)和AAG/CTT(842, 6.12%),四、五、六核苷酸SSR数目较少,仅占总SSR的1.6%。SSR基序长度主要位于10~20 bp之间(88.73%)。共发现181 951个SNP位点,其发生频率为0.24%,主要以同类碱基转换形式(A/G, G/A, T/C, C/T)存在,共占64.83%,碱基颠换类型共8种,占35.17%。利用Primer 3设计SSR引物,共得到11 517对引物,成功率52.24%。本研究分析了君迁子转录组SSR的分布特点,设计了大量的SSR分子标记引物,为君迁子资源的遗传多样性分析、鉴定与分类提供依据,同时为优良君迁子单株的选育与开发利用提供了科学依据。