广西中越边境口岸地区1株Nam Dinh病毒的分离及鉴定

作     者：梁亮 陈世毅 李又云 韦一知 邓秋云 邓丽丽 韦敬航 马宇燕 秦月 刘巍 LIANG Liang;CHEN Shi-yi;LI You-yun;WEI Yi-zhi;DENG Qiu-yun;DENG Li-li;WEI Jing-hang;MA Yu-yan;QIN Yue;LIU Wei

作者机构：广西壮族自治区疾病预防控制中心广西南宁530028 宁明县疾病预防控制中心 

出 版 物：《中国病原生物学杂志》 (Journal of Pathogen Biology)

年 卷 期：2022年第17卷第10期

页      面：1121-1124页

核心收录：

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：广西壮族自治区卫生和计划生育委员会自筹经费课题(No.Z20180986)。 

主　　题：Nam Dinh病毒 中越边境口岸 全基因组 系统进化树 

摘      要：目的分离鉴定广西中越边境口岸地区来源的1株NDiV,并对其进行同源性比较和进化分析。方法将蚊虫标本研磨液接种C6/36和BHK21细胞,提取阳性分离物的病毒RNA,合成cDNA后进行二代测序,获得毒株的全基因组序列,利用Editseq软件识别该序列的ORF和非编码区,采用Bioedit 7.0软件进行同源性比较,采用MegaⅩ软件分别构建全基因组、RDRP和S基因的系统进化树。结果接种1批次三带喙库蚊标本的C6/36细胞出现明显的病变,病毒命名为Ad2019035sd,二代测序显示该毒株的NDiV覆盖率为99.80%;比较Ad2019035sd与Mesoniviridae科参考株全基因组核苷酸同源性在57.9%~98.9%之间,主要蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸同源性分别在56.7%~100%和40.0%~99.5%之间,其中与深圳毒株SZ11706Z的同源性最高。全基因组、RDRP和S基因系统进化树均显示毒株Ad2019035sd与两株NDiV毒株在同一进化分支。结论毒株Ad2019035sd为NDiV,与深圳毒株SZ11706Z高度同源,为广西地区NDiV感染情况调查及相关研究提供了基础资料。