梅花鹿S1PR1基因cDNA克隆及生物信息学分析

作     者：陈晓琳 王心雨 郑帅 夏彦玲 CHEN Xiaolin;WANG Xinyu;ZHENG Shuai;XIA Yanling

作者机构：东北林业大学野生动物与自然保护地学院哈尔滨150040 

出 版 物：《黑龙江畜牧兽医》 (Heilongjiang Animal Science And veterinary Medicine)

年 卷 期：2022年第19期

页      面：125-129,143,144页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 0905[农学-畜牧学] 071008[理学-发育生物学] 09[农学] 

基　　金：国家级大学生创新训练项目(202110225075) 

主　　题：S1PR1基因 梅花鹿 基因克隆 生物信息学分析 系统进化树 

摘      要：为了探究梅花鹿1-磷酸鞘氨醇受体1(S1PR1)基因的结构与功能,并为研究S1PR1在鹿茸快速生长机制中发挥的作用提供数据支持,试验利用PCR法对梅花鹿鹿茸的S1PR1基因进行克隆,使用ORF Finder工具查找其ORF,对S1PR1基因进行序列分析并构建系统进化树,利用生物信息学工具对S1PR1编码蛋白的基本理化性质和结构进行初步分析。结果表明:从鹿茸中成功克隆了梅花鹿S1PR1基因,编码序列长度为1149 bp,编码382个氨基酸;梅花鹿S1PR1基因与加拿大马鹿相似性最高。S1PR1蛋白为疏水性不稳定碱性蛋白;无信号肽,不属于分泌蛋白,存在于内质网的概率最大;S1PR1蛋白具有1个7TM结构域、7个跨膜螺旋区;S1PR1蛋白二级结构中无规则卷曲和α-螺旋占比较高,分别为43.72%、40.84%;S1PR1蛋白序列与模板蛋白(7evz.1D)的相似度为93.77%,并且其三级结构模型与加拿大马鹿间的原子位置均方根偏差为0.01;S1PR1蛋白存在39个磷酸化位点、4个N-糖基化位点和1个乙酰化位点;S1PR1基因与细胞迁移的正调控、跨膜信号受体活性等多个生物过程和功能相关并且参与FoxO信号通路、鞘脂信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路等。说明梅花鹿S1PR1基因编码序列长度为1149 bp,编码382个氨基酸,编码的蛋白质为疏水性不稳定碱性蛋白,可能主要在细胞质中发挥生物学功能,三级结构与加拿大马鹿更为相似。