基于生物信息学构建带状疱疹神经痛miRNA-mRNA调控网络

作     者：赵鹏 莫泳锋 吕旌 吴逸伦 周增华 何睿林 蒋宗滨 ZHAO Peng;MO Yongfeng;LV Jing;WU Yilun;ZHOU Zenghua;HE Ruilin;JIANG Zongbin

作者机构：广西医科大学第二附属医院疼痛科南宁530000 广西医科大学南宁530000 

出 版 物：《中国疼痛医学杂志》 (Chinese Journal of Pain Medicine)

年 卷 期：2022年第28卷第8期

页      面：590-601页

核心收录：

学科分类：0711[理学-系统科学] 1002[医学-临床医学] 07[理学] 10[医学] 100206[医学-皮肤病与性病学] 

基　　金：国家自然科学基金培育科学基金(GJPY2018002) 广西中医药管理局自筹经费课题(GZZC2020191,GXZYZ20210401) 广西高校中青年教师科研基础能力提升课题(2020KYO3040)。 

主　　题：带状疱疹 带状疱疹相关神经痛 带状疱疹后神经痛 生物信息学 miRNA-mRNA 调控网络 

摘      要：目的:利用生物信息学的方法构建带状疱疹相关神经痛miRNA-mRNA调控网络。方法:从GEO数据库获取水痘-带状疱疹病毒感染的神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)转录组测序数据。利用R软件整合差异表达基因。通过miRNet数据库和FunRich软件筛选疼痛相关miRNAs和下游靶基因,并与整合的差异表达基因取交集,获得miRNA-mRNA关系对,且对网络中miRNAs和靶基因分别进行上游转录因子预测和GO、KEGG分析。通过String数据库建立蛋白质互作网络,并利用Cytoscape软件筛选Hub基因。结果:共筛选到差异表达基因1250个、靶基因123个,GO富集分析发现其主要与轴突生成、中枢神经系统神经元发育、电压门控钠通道活性、转录辅助因子结合等生物过程和分子功能相关。KEGG富集分析发现其主要参与轴突引导、昼夜节律、神经活性配体-受体相互作用等信号通路。结论:成功构建了带状疱疹神经痛miRNA-mRNA调控网络,并筛选得到了mir-34c、mir-98、mir-183、mir-107和SLIT2、ROBO2、ROBO1、PER2、F2RL2、GRID2、S1PR1等关键mi RNA和靶基因,为进一步挖掘其分子发病机制提供了理论基础。