基于分子动力学模拟研究YTHDF3与m6A修饰RNA的相互作用动力学及关键位点

作     者：周文雪 韩中杰 吴志祥 李春华 

作者机构：北京工业大学环境与生命学部北京 

出 版 物：《计算生物学》 (Hans Journal of Computational Biology)

年 卷 期：2022年第12卷第3期

页      面：32-39页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主　　题：特异性识别 靶向药物 关键位点 生命进程 甲基化 复杂网络 分子动力学模拟 

摘      要：YTHDF3 (YTH domain family protein 3)能够特异性识别N6-甲基腺嘌呤(N6-methylladenosine, m6A)修饰的RNA,参与调控mRNA加工代谢、正常生理和异常病理等重要生命进程,与许多癌症息息相关。研究YTHDF3与m6A修饰RNA的相互作用动力学及关键位点具有重要意义。在本工作中,采用分子动力学(Molecular dynamics, MD)模拟方法研究了YTHDF3单体及与甲基化RNA复合物的动力学性质。研究发现,甲基化RNA的结合使得YTHDF3结构更加紧凑,构象更加稳定。运动相关性分析揭示了YTHDF3上负责结合甲基化RNA的重要区域。最后,构造运动相关性加权的复杂网络,识别了参与m6A修饰特异性识别的关键残基,与实验结果高度吻合。另外,还识别了一些远离结合界面但对结构稳定发挥重要功能的残基。本研究有助于理解YTHDF3与m6A修饰RNA之间的相互作用和关键位点,可为靶向药物设计提供重要信息。