我国猪瘟病毒2.1c亚型优势流行株的全基因组序列分析

作     者：徐佳轮 邢超男 米士江 龚文杰 涂长春 XU Jialun;XING Chaonan;MI Shijiang;GONG Wenjie;TU Changchun

作者机构：吉林大学动物医学学院长春130062 军事医学研究院军事兽医研究所长春130122 

出 版 物：《吉林农业大学学报》 (Journal of Jilin Agricultural University)

年 卷 期：2022年第44卷第1期

页      面：78-85页

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：国家重点研发计划项目(2017YFD0500101) 

主　　题：猪瘟病毒 C株 2.1c亚型毒株 基因组序列分析 

摘      要：为了揭示我国猪瘟病毒2.1c流行株的基因组特征,对从1998年和2011—2018年收集的8个2.1c流行株进行全基因组序列测定和比较分析。结果表明:基因2.1c流行株之间的基因组序列同源性为96.3%~99.1%,多聚蛋白的氨基酸同源性为98.2%~99.3%,这些毒株与疫苗C株的基因组和多聚蛋白同源性分别为83.9%~84.7%和91.7%~92.4%。多聚蛋白氨基酸比对发现,2.1c流行株相比于疫苗株至少有260个氨基酸替换位点,其中E;蛋白的替换比例最高,其次为NS5A,Core和E2。选择压力分析显示,猪瘟病毒2.1c流行株多聚蛋白的选择压力测度参数ω1,表明其正承受着纯化选择压力,同时发现14个正向选择位点分布于7个病毒蛋白上。基于E2基因的进化分析显示,2.1c流行株的E2基因平均进化速率为1.862×10^(-3)个替换/位点/年,高于所有基因型毒株E2基因的进化速率(9.547×10^(-4)个替换/位点/年)。研究系统地分析了基因2.1c亚型流行株的进化特点及其与C株的遗传差异,结果有助于进一步研究猪瘟病毒的遗传衍化规律。