基于高质量系统发育基因组学数据鉴定的反刍动物特异性基因及其在瘤胃演化中的作用

作     者：陈春燕 殷源 黎浩榕 周博童 周炯 周小芳 李志鹏 刘贵春 潘香羽 张如 林泽山 陈垒 邱强 张勇 王文 Chunyan Chen;Yuan Yin;Haorong Li;Botong Zhou;Jiong Zhou;Xiaofang Zhou;Zhipeng Li;Guichun Liu;Xiangyu Pan;Ru Zhang;Zeshan Lin;Lei Chen;Qiang Qiu;Yong E.Zhang;Wen Wang

作者机构：School of Ecology and EnvironmentNorthwestern Polytechnical UniversityXi’an 710072China College of Animal Science and TechnologyJilin Agricultural UniversityChangchun 130118China State Key Laboratory of Genetic Resources and EvolutionKunming Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesKunming 650223China Department of GastroenterologyGuangdong Provincial People’s HospitalGuangdong Academy of Medical SciencesGuangzhou 510080China Guangdong Cardiovascular InstituteGuangzhou 510080China Key Laboratory of Zoological Systematics and EvolutionInstitute of ZoologyChinese Academy of SciencesBeijing 100101China University of Chinese Academy of SciencesBeijing 100049China Center for Excellence in Animal Evolution and GeneticsChinese Academy of SciencesKunming 650223China 

出 版 物：《Science Bulletin》 (科学通报（英文版）)

年 卷 期：2022年第67卷第8期

页      面：825-835,M0004页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 

基　　金：supported by the National Natural Science Foundation of China(32030016) the Natural Science Foundation of Shaanxi Province(2020JQ-149) the State Key Laboratory of Genetics Resources and Evolution(GREKF19-11) the Innovation Foundation for Doctor Dissertation of Northwestern Polytechnical University to Zeshan Lin the Shaanxi Program for Support of Topnotch Young Professionals to Lei Chen。 

主　　题：Ruminant High-quality ruminant genome New genes Rumen New organ evolution 

摘      要：反刍动物是世界上最成功的哺乳动物类群之一,具有显著的形态特征比如瘤胃.新基因在物种的表型演化中有重要的作用.为研究新基因在反刍动物新器官演化中的作用,结合新组装的鼷鹿和林麝的高质量基因组,以及以前发表的其他反刍动物科的高质量基因组,以牛科的绵羊基因注释为主,本工作鉴定了1064个反刍动物特异的新基因.结果显示,反刍动物新基因和其他哺乳动物中的新基因具有相似的演化和表达模式.有一部分新基因在瘤胃的演化中有作用.但大部分瘤胃表达的新基因招募自原先在其他组织表达的基因.如,在瘤胃不同发育时期有表达波动的反刍特异性PRD-SPRRⅡ基因家族成员受到正选择作用,可能在瘤胃的表皮发育中有重要功能.该工作的研究结果为理解反刍动物新基因的起源进化模式和哺乳动物新器官的演化提供了新的见解.