基于illumina测序技术分析小泡巨鼠肠道微生物多样性

作     者：轩断断 黎元莉 张冠男 丁林威 曹佩佩 贾瑞杰 郑玉爱 周晓君 潘良源 胡守奎 牛莉娜 Xuan Duanduan;Li Yuanli;Zhang Guannan;Ding Linwei;Cao Peipei;Jia Ruijie;Zheng Yuai;Zhou Xiaojun;Pan Liangyuan;Hu Shoukui;Niu Lina

作者机构：海南医学院热带病转化医学教育部重点实验室海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室海南医学院病原生物学教研室海口571101 三亚市人民医院检验科三亚572000 北京大学首钢医院检验科北京100144 

出 版 物：《中华预防医学杂志》 (Chinese Journal of Preventive Medicine)

年 卷 期：2022年第56卷第4期

页      面：512-518页

核心收录：

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：海南省自然科学基金项目(820RC650) 海南省教育厅项目(Hnky2019ZD-27) 国家自然科学基金项目(82060377,81760376) 2020年海南医学院研究生创新科研课题(HYYS2020-18) 2021年海南省大学生创新创业训练计划项目(S202111810026) 2019年海南省大学生创新创业训练计划项目(S201911810034) 海南省科技专项资助项目(ZDYF2022SHFZ114) 

主　　题：肠道微生物 高通量测序 操作分类单元 小泡巨鼠 

摘      要：为探讨海南岛的小泡巨鼠肠道微生物群落组成及其菌群多样性。2019年12月于海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室提取25只海南岛的成年小泡巨鼠(14只雄和11只雌性)粪便样本DNA,基于IonS5TMXL测序平台,利用单端测序(Single-End)的方法,构建小片段文库进行单端测序。通过对测序片段剪切过滤,操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs)聚类,利用mothur方法与SSUrRNA数据库对OTUs进行物种注释及丰度分析,并进一步开展α多样性分析(Alpha Diversity)和β多样性分析(Beta Diversity)。结果显示,从25只小泡巨鼠肠道粪便样本中共得到高质量序列1481842条,归属为14个门、85个科、186个属。从门分类水平上,小泡巨鼠的主要核心生物群有厚壁菌门(Firmicutes,46.04%),拟杆菌门(Bacteroidetes,25.34%);随后依次为变形菌门(Proteobacteria,17.09%),柔壁菌门(Tenericutes,7.38%),放线菌门(Actinobacteria,1.67%);这5个门占所有菌门的97.52%。属水平上螺杆菌属(Helicobacter)所占比例最大,为12.44%;其次为乳杆菌属(Lactobacillus,11.39%),梭菌属(Clostridium,6.19%),支原体属(Mycoplasma,4.23%),黄杆菌属(Flavonifractor,3.52%)。综上,高通量测序分析表明海南岛小泡巨鼠肠道菌群结构复杂,菌种多样,具有进一步研究的意义。