利用SSR创建中国北方黍稷资源DNA身份证

作     者：胡玉璐 姜百灵 陈凌 王海岗 曹晓宁 王瑞云 乔治军 HU Yulu;JIANG Bailing;CHEN Ling;WANG Haigang;CAO Xiaoning;WANG Ruiyun;QIAO Zhijun

作者机构：山西农业大学农学院山西太谷030801 山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室山西太原030031 

出 版 物：《山西农业科学》 (Journal of Shanxi Agricultural Sciences)

年 卷 期：2022年第50卷第4期

页      面：478-485页

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-06-13.5-A16) 山西省现代农业产业技术体系建设(杂粮)项目(2022-03) 国家自然科学基金项目(31271791) 山西省自然科学基金项目(201901D11126) 

主　　题：黍稷 SSR DNA条形码 DNA二维码 中国北方 

摘      要：利用SSR标记,分析中国北方黍稷种质资源的区别与联系,根据DNA碱基的不同,制作出不同的DNA身份证,即构建字符串DNA分子身份证、条形码DNA分子身份证和二维码DNA分子身份证,为黍稷资源管理和保护提供依据。用14对高基元SSR(六碱基4对、五碱基10对)引物对8个省共20份黍稷资源进行分子身份证的构建,利用PowerMarker 3.25、PopGen 1.32软件计算遗传多样性参数,利用ID Analysis 4.0进行引物组合优化。结果表明,20份材料在10个位点共检测出等位变异10个;Shannon多样性指数(I)为0.7029(RYW7)~1.0880(RYW2),平均为0.9588;观测杂合度(Ho)为0.5000(RYW7)~0.8235(RYW12),平均为0.6866;有效等位变异(Ne)为1.6623(RYW7)~2.7923(RYW12),平均为2.4553;期望观测杂合度(He)为0.4113(RYW7)~0.6862(RYW2),平均为0.6024;多态性信息含量(PIC)为0.4886(RYW3)~0.7766(RYW8),平均为0.6298;Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.3984(RYW7)~0.6598(RYW2),平均为0.5828。