天津市新型冠状病毒肺炎确诊病例新型冠状病毒全基因组特征分析

作     者：邹明 高鑫 庄志超 谭昭麟 李晓燕 Zou Ming;Gao Xin;Zhuang Zhichao;Tan Zhaolin;Li Xiaoyan

作者机构：天津市疾病预防控制中心病原生物检测室300011 

出 版 物：《中华实验和临床病毒学杂志》 (Chinese Journal of Experimental and Clinical Virology)

年 卷 期：2021年第35卷第6期

页      面：694-699页

学科分类：1002[医学-临床医学] 10[医学] 

基　　金：天津市卫生健康委新冠肺炎防治科技项目(2020XKM01,2020XKZ01) 天津市科技局重点项目(20JCZDJC00130)。 

主　　题：新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎 谱系 突变 

摘      要：目的对天津市新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)国内感染和境外输入确诊病例的上呼吸道标本进行新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)全基因组序列测定,并完成基因变异位点和进化分析。方法对天津市COVID-19国内感染和境外输入确诊病例共24例的上呼吸道标本进行核酸提取,构建DNA测序文库,第二代测序仪上机测序,拼接测序数据,通过基因比对和构建进化树完成病毒基因变异位点和进化分析。结果24例COVID-19确诊病例上呼吸道样本2019-nCoV测序结果均与参考株Wuhan-Hu-1高度同源,相似度均大于99.9%;6例国内感染病例2019-nCoV为谱系S,其余18例2019-nCoV为谱系L;境外输入病例2019-nCoV有48个突变位点,国内感染病例2019-nCoV有14个突变位点;15例境外输入病例2019-nCoV中发现D614G突变,国内感染病例2019-nCoV均无此突变。结论天津市COVID-19确诊病例中,境外输入病例病毒基因组有更多的核苷酸变异位点,并且大多数出现D614G突变,传播能力更强。