广东省鸭疫里默氏杆菌流行病学监测及遗传进化关系

作     者：吴彩艳 廖申权 戚南山 廖晓萍 孙阮洋 方亮星 周宇峰 李林林 孙铭飞 WU Caiyan;LIAO Shenquan;QI Nanshan;LIAO Xiaoping;SUN Ruanyang;FANG Liangxing;ZHOU Yufeng;LI Linlin;SUN Mingfei

作者机构：华南农业大学兽医学院广东广州510642 广东省农业科学院动物卫生研究所/岭南现代农业科学与技术广东省实验室茂名分中心/广东省兽医公共卫生公共实验室/广东省畜禽疫病防治研究重点实验室/农业农村部兽用药物与诊断技术广东科学观测实验站广东广州510640 

出 版 物：《华南农业大学学报》 (Journal of South China Agricultural University)

年 卷 期：2022年第43卷第2期

页      面：1-10页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：广东省基础与应用基础研究基金(2019A1515010913) 广东省自然科学基金温氏集团联合基金重点项目(2018B030315002)。 

主　　题：鸭疫里默氏杆菌 血清型 耐药性 遗传进化 流行病学 

摘      要：【目的】明确广东地区鸭疫里默杆菌Riemerella anatipestifer的血清型、耐药状况及遗传进化关系。【方法】从规模化鸭场分离鉴定鸭疫里默氏杆菌,通过玻片凝集试验鉴定血清型;利用试管两倍稀释法测试抗菌药物的最低抑菌浓度,分析药物的敏感性;采用全基因组测序技术分析序列特征并构建核心基因组遗传进化树。【结果】共分离鉴定鸭疫里默氏杆菌168株,血清1、2、3、5、6、7、8、10型均有流行,血清1型的菌株高达54.17%(91/168),其次为2型,占27.97%(47/168)。48株代表性菌株对庆大霉素、卡那霉素、盐酸环丙沙星表现高度耐药,耐药率均超过80%;对土霉素、盐酸四环素、盐酸金霉素、氧氟沙星、诺氟沙星、磺胺二甲嘧啶、磺胺对甲氧嘧啶的耐药率均在60%以上;对阿莫西林、头孢噻肟和大观霉素的耐药率低于30%。受试菌株对5~12种药物耐药,共有44种耐药谱型。成功获得46株菌株全基因组序列,共检出6种耐药基因,其中,耐药基因erm(F)和tet(X)的检出率较高,分别为73.91%(34/46)和82.60%(38/46),同时携带2种以上耐药基因的菌株占95.65%(44/46)。18株(39.13%,18/46)菌株ST分型成功,分属11个ST型。所有测序菌株与数据库中来自中国的菌株在遗传进化关系上最接近,主要存在于优势克隆群系Clade 1和Clade 3中。【结论】本研究鸭疫里默氏杆菌分离株的优势血清型为1型,耐药性严重,所携带的耐药基因与耐药表型具有一定相关性,ST型呈多样性,与多位点序列分型(Multi-locus sequence typing,MLST)数据库中来自我国菌株的遗传背景相近。研究结果可为鸭疫里默氏杆菌病疫苗免疫预防与药物治疗提供依据,有助于掌握鸭疫里默氏杆菌遗传进化特征。