基于转录组测序鉴定牛RFI表型差异相关circRNAs及其靶基因富集通路

作     者：王鹏飞 丁燕玲 杨朝云 马应 周小南 史远刚 康晓龙 WANG Pengfei;DING Yanling;YANG Chaoyun;MA Ying;ZHOU Xiaonan;SHI Yuangang;KANG Xiaolong

作者机构：宁夏大学农学院银川750021 

出 版 物：《东北农业大学学报》 (Journal of Northeast Agricultural University)

年 卷 期：2021年第52卷第11期

页      面：34-43页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31760647,31660645) 宁夏自然科学基金项目(2020AAC03075) 

主　　题：牛 环状RNA 剩余采食量 饲料效率 AMPK信号通路 下丘脑 

摘      要：文章旨在探究circRNAs在牛剩余采食量(Residual feed intake,RFI)表型变异中潜在生物学作用。分别选取牛高、低RFI极端表型个体,分离下丘脑组织并提取总RNA,通过高通量测序筛选两组牛RFI相关差异表达circRNAs,并对差异circRNAs靶基因作功能富集分析。随机选取6个差异表达的circRNAs开展qRT-PCR验证。结果表明,circRNAs在外显子中占比最高,大部分circRNAs分布在100~500 nt。两组牛下丘脑组织中筛选出736个差异表达的circRNAs,其中低RFI组中上调表达421个,下调表达315个。GO及KEGG富集分析结果表明,靶基因主要富集于Ras GTPase结合、AMPK及mTOR等采食及能量代谢相关信号通路中。对差异circRNAs开展miRNA靶点预测,发现差异circRNAs与miR-103、miRNA-15a、miRNA-499和miR-33a/b等与食物摄入、能量代谢及脂肪沉积等相关miRNAs、mRNAs互作。qRT-PCR结果显示,随机选择的circRNAs组织表达模式与测序结果趋势一致。下丘脑组织差异表达circRNAs、其靶基因富集通路及circRNA-miRNA-mRNA互作可能在牛RFI表型差异调控中发挥重要生物学作用。