苹果锈果类病毒在7个品种苹果上的分子变异及系统发育关系

作     者：李紫腾 曹钰晗 李楠 孟祥龙 胡同乐 王树桐 王亚南 曹克强 LI ZiTeng;CAO YuHan;LI Nan;MENG XiangLong;HU TongLe;WANG ShuTong;WANG YaNan;CAO KeQiang

作者机构：河北农业大学植物保护学院 

出 版 物：《中国农业科学》 (Scientia Agricultura Sinica)

年 卷 期：2021年第54卷第20期

页      面：4326-4336页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0904[农学-植物保护] 090401[农学-植物病理学] 090402[农学-农业昆虫与害虫防治] 

基　　金：国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-27) 河北省自然科学基金(C2019204327) 河北省重点研发计划(21326506D,19226508D,20327405D) 河北省引进留学人员资助项目(C201839) 

主　　题：苹果锈果类病毒 基因组 分子克隆 分子进化 分子变异 

摘      要：【目的】探究不同品种苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)的分子变异及系统发育关系,为进一步揭示ASSVd分子变异机制打下基础。【方法】以富士、斗南、王林、中秋王、金冠、信侬红和信侬黄7个品种的染病苹果组织为材料,通过特异性引物对ASSVd全基因组序列进行扩增,然后进行分子克隆和序列测定,利用生物学软件DNAMAN对变异序列一致性进行分析并利用生物学软件MEGA构建系统发育树。【结果】共获得210个ASSVd的基因组序列,共计17种变体,大小为325—333 nt。将不同苹果品种获得的17种变体与其他已发表代表性分离物进行分析发现,所有变体被分为3组,组Ⅰ包括10种变体,同已报道的保定富士分离物(KR264032.1)亲缘关系较近;组Ⅱ包括6种变体单独聚类;组Ⅲ包括1种变体,与新疆红富士苹果上的分离物(EU031455.1)亲缘关系较近。进一步根据基因组0—3、221、251、284、302这8个位点的碱基变异,将17种变体分为6种类型:1、nt 0—3(GGTA)+nt 41—46(TAAAAT)+nt 221(T)+nt 251(T)+nt 284(G)+nt 302(T);2、nt 0—3(XGGT)+nt 41—46(AGATAX)+nt 221(T)+nt 251(X)+nt 284(A)+nt302(A);3、nt 0—3(XGGT)+nt 41—46(AGATAX)+nt 221(X)+nt 251(T)+nt 284(A)+nt 302(A);4、nt 0—3(XGGT/GGTA)+nt 41—46(AGATAX)+nt 221(T)+nt 251(T)+nt 284(A)+nt 302(A);5、nt 0—3(GGTA)+nt 41—46(TAAAAT)+nt 221(X)+nt 251(G)+nt 284(G)+nt 302(T);6、nt 0—3(GGTA)+nt 41—46(TAAAAT)+nt 221(T)+nt 251(G)+nt 284(G)+nt 302(T)。其中X表示缺失。富士品种包含6种变体,以类型4为主(47.5%);王林品种包含3种变体,以类型5为主(43%);金冠包含3种变体,以类型4为主(60%);斗南品种只有1种变体,为类型5,占比100%;中秋王品种只有1种变体,为类型4,占比100%;信侬红包含2种变体,以类型1为主(83.3%);信侬黄包含3种变体,以类型1为主(62.5%)。【结论】根据ASSVd nt 0—3、221、251、284、302这8个位点的碱基变异,将富士、斗南、王林、中秋王、金冠、信侬红、信侬黄品种中17种变体分为6种类型,不同苹果品种携带的ASSVd种群结构、病毒变体类型及占比均不同。