肺外源性急性呼吸窘迫综合征关键基因的生物信息学分析

作     者：汤娜娜 谢登海 杨国辉 TANG Na-Na;XIE Deng-Hai;YANG Guo-Hui

作者机构：贵州医科大学附属医院内科ICU贵阳550004 贵州医科大学附属医院心内科贵阳550004 

出 版 物：《中国免疫学杂志》 (Chinese Journal of Immunology)

年 卷 期：2021年第37卷第13期

页      面：1571-1575,1581页

核心收录：

学科分类：1002[医学-临床医学] 100201[医学-内科学(含：心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、肾病、风湿病、传染病)] 10[医学] 

基　　金：贵州省中医药管理局中医药、民族医药科学技术研究课题基金(QZYY-2020-049) 贵州省卫生健康委科学技术基金(gzwjkj2020-1-024)资助 

主　　题：急性呼吸窘迫综合征 肺外源性 脓毒症 生物信息学 差异表达基因 关键基因 

摘      要：目的:通过生物信息学方法筛选肺外源性急性呼吸窘迫综合征(ARDSexp)的关键基因,探讨ARDSexp疾病早期相关基因变化,有望成为早期诊断ARDSexp的生物学指标及实施个体化治疗的有用工具。方法:在美国国立生物技术信息中心(NCBI)的公共基因芯片表达谱数据库(GEO)中下载基因芯片数据集GSE66890,利用GEO2R分析平台筛选出脓毒症并发ARDSexp患者和脓毒症对照组患者全血标本中的差异表达基因。利用DAVID数据库对差异表达基因进行基因GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。使用STRING和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络并筛选出关键基因。结果:按照基因差异表达倍数(FC)1.5且P0.05的筛选条件,筛选出差异表达基因288个,其中上调基因128个,下调基因160个。GO富集分析表明差异表达基因主要参与了炎症反应、细胞防御等生物学过程,KEGG信号通路富集分析主要包括吞噬体、cGMP-PKG等信号通路。通过筛选获得8个关键基因,分别为CCR2、CXCR2、TAS2R20、TAS2R39、TAS2R40、S1PR1、HCAR2和HCAR3。结论:利用生物信息学方法可获得ARDSexp的差异表达基因、信号通路及关键基因等信息,可为深入探讨ARDSexp的发病机制和临床诊治提供新的研究靶点。