枇杷全基因组SSR标记开发及其多态性研究

作     者：蒋爽 张学英 安海山 徐芳杰 章加应 JIANG Shuang;ZHANG Xueying;AN Haishan;XU Fangjie;ZHANG Jiaying

作者机构：上海农业科学院林木果树研究所上海市园艺重点实验室上海201403 

出 版 物：《园艺学报》 (Acta Horticulturae Sinica)

年 卷 期：2021年第48卷第5期

页      面：1013-1022页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 09[农学] 0901[农学-作物学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 0834[工学-风景园林学（可授工学、农学学位）] 

基　　金：上海市农委重点攻关项目(沪农科创字2018第1-7号)。 

主　　题：枇杷 SSR标记 全基因组 多态性 重测序 

摘      要：搜索枇杷全基因组范围内的SSR位点,分析其分布特点,同时使用10个枇杷品种的重测序数据对这些位点的基因型进行分析。结果显示共获得103509个SSR位点,二核苷酸重复类型有73604个,占71.1%,以AT/TA为主。三核苷酸重复类型占15.0%,以AAG/CTT为主。对10个枇杷样本进行重测序,分别获得32~206 Mb的reads,测序深度为12.9×~81.3×。本研究中新开发2个脚本程序(Flank和SSRtype),对重测序数据Reads中包含的SSR位点长度进行了分析,确定基因型。‘早钟6号’的测序深度达到12.9×,能够覆盖80%的SSR位点,说明12×以上的测序深度能够满足SSR位点的分析。枇杷中大量SSR位点为多拷贝(占78.4%),为单个品种单个位点产生3条以上的条带,而在所有品种中呈现两拷贝的SSR位点有12 962个(占12.5%),这些位点产生的多态性条带分别为2~10条不等,多态性信息含量的中位数为0.269,大于0.5的位点有526个。从中挑选20对引物进行荧光PCR,结果显示这些引物的多态性与重测序分析结果一致。