广灵驴SCD基因克隆、生物信息学及组织差异表达分析

作     者：关家伟 孙瑜彤 邱丽霞 李武峰 杜敏 Guan Jiawei;Sun Yutong;Qiu Lixia;Li Wufeng;Du Min

作者机构：山西农业大学生命科学学院山西太谷030801 美国华盛顿州立大学动物科学系华盛顿州普尔曼99164-6310 

出 版 物：《山西农业大学学报（自然科学版）》 (Journal of Shanxi Agricultural University(Natural Science Edition))

年 卷 期：2021年第41卷第2期

页      面：65-73页

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：山西省重点研发计划(指南)项目:国际科技合作方面(201803D421022) 山西农业大学横向科技项目(2019HX78) 

主　　题：SCD基因 广灵驴 基因克隆 生物信息学分析 组织表达 

摘      要：[目的]本试验旨在对广灵驴SCD基因CDS区进行生物信息学分析,并检测其在广灵驴组织中的表达,为探究SCD基因在广灵驴脂肪沉积中的作用提供理论参考。[方法]设计SCD基因同源引物,RT-PCR法克隆CDS序列,对SCD基因编码产物进行生物信息学预测,同时使用qRT-PCR法检测广灵驴7个组织中SCD基因的表达量。[结果]广灵驴SCD基因CDS长1080 bp,可编码359个氨基酸,提交到GenBank,获得登录号:MW132164。广灵驴编码序列与马、牛、双峰驼、猪、绵羊、人、小鼠、大鼠的同源性分别为99.4%、89.2%、90.7%、90.1%、89.5%、88.2%、81.2%、82.4%。SCD蛋白分子质量为41.55 ku,等电点为9.29,不稳定指数为45.54,平均疏水指数为-0.146,属于不稳定的碱性亲水蛋白。SCD蛋白既没有信号肽也没有卷曲螺旋,有4个跨膜区,主要定位在内质网。二级、三级结构显示,SCD蛋白主要由α-螺旋(40.67%)和无规则卷曲(40.11%)构成。SCD基因在广灵驴7个组织内都表达,在肝脏、肺脏和皮下脂肪中的表达量最高,心脏和背最长肌最低。[结论]本研究结果可为今后探究SCD基因在广灵驴脂肪沉积中的功能,以及提高广灵驴乳肉品质奠定基础。