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A large-scale proteogenomic atlas of pear

Molecular Plant 2023年第3期16卷 599-615页

作者： Peng Wang Xiao Wu Zebin Shi Shutian Tao Zhe Liu Kaijie Qi Zhihua Xie Xin Qiao Chao Gu Hao Yin Mengyu Cheng Xiaoyu Gu Xueying Liu Chao Tang Peng Cao Shaohang Xu Baojin Zhou Tingting Gui Yangyang Bian Juyou Wu Shaoling Zhang Sanya Institute of Nanjing Agricultural University National Key Laboratory of Crop Genetics&Germplasm Enhancement and UtilizationNanjing Agricultural UniversityNanjing 210095China institute of Horticulture Zhejiang Academy of Agricutural SciencesHangzhou 310021China deepxomics co. LtdShenzhen 518000China co.lege of Life Sciences Northwest UniversityXi'an 710127China

Pear is an important fruit tree that is widely distributed around the *** first pear genome map was reported from our laboratory approximately 10 years *** further study global protein expression patterns in pear,we generated pear proteome data based on 24 major *** tissue-resolved profiles provided evidence of the expression of 17953 *** identified 4294 new co.ing events and improved the pear genome annotation via the proteogenomic strategy based on 18090 peptide spectra with peptide spectrum matches>*** the eight randomly selected new short co.ing open reading frames that were expressed in the style,four promoted and one inhibited the growth of pear pollen *** on gene co.xpression module analysis,we explored the key genes associated with important agronomic traits,such as stone cell formation in *** network regulating the synthesis of lignin,a major co.ponent of stone cells,was reco.structed,and receptor-like kinases were implicated as co.e factors in this regulatory ***,we co.structed the online database PearEXP(http://***)to enable access to the pear proteogenomic *** study provides a paradigm for in-depth proteogenomic studies of woody plants.

关键词： pear Pyrus proteome transcriptome proteogenomics genome annotation database

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