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Functional modules with disease discrimination abilities for various cancers

Science China(Life Sciences) 2011年第2期54卷 189-193页

作者： YAO Chen ZHANG Min ZOU JinFeng LI HongDong WANG Dong ZHU Jing GUO Zheng bioinformatlcs centre School of Life Science University of Electronic Science and Technology of China Chengdu 610054 China College of Bioinformatics Harbin Medical University Harbin 150086 China

Selecting differentially expressed genes(DEGs) is one of the most important tasks in microarray applications for studying multi-factor diseases including ***,the small samples typically used in current microarray studies may only partially reflect the widely altered gene expressions in complex diseases,which would introduce low reproducibility of gene lists selected by statistical ***,by analyzing seven cancer datasets,we showed that,in each cancer,a wide range of functional modules have altered gene expressions and thus have high disease classification *** results also showed that seven modules are shared across diverse cancers,suggesting hints about the common mechanisms of ***,instead of relying on a few individual genes whose selection is hardly reproducible in current microarray experiments,we may use functional modules as functional signatures to study core mechanisms of cancers and build robust diagnostic classifiers.

关键词： differentially expressed gene functional module classification diverse cancers

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