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基于PacBio平台的扇穗茅全长转录组测序及热激转录因子家族(HSFs)分析

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草地学报 2025年第2期33卷 370-381页

作者：曲荣举刘玉萍苏旭富贵靳佳瑞杨倩张朋辉余明君孙成林毛轩睿青海师范大学生命科学学院青海西宁810008 青海师范大学青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室青海西宁810008 青海师范大学高原科学与可持续发展研究院青海西宁810016

为了明晰扇穗茅(Littledalea racemosa)的转录组特征和热激转录因子家族(HSFs)的功能与系统位置,本研究基于PacBio平台对扇穗茅全长转录组进行了测序和生物信息学分析。结果表明:测序获得高质量的Unigenes 62016条,平均长度为2752 bp,N5... 详细信息

为了明晰扇穗茅(Littledalea racemosa)的转录组特征和热激转录因子家族(HSFs)的功能与系统位置,本研究基于PacBio平台对扇穗茅全长转录组进行了测序和生物信息学分析。结果表明:测序获得高质量的Unigenes 62016条,平均长度为2752 bp,N50长度为2971 bp,蛋白编码区序列(CDS)48127个,简单重复序列(SSR)8858个;扇穗茅Unigenes在5大公共数据库中的注释量分别为27566(NR)、17961(GO)、18300(KOG)、17381(KEGG)和23737(SwissProt),有7663条Unigenes在5个数据库中均得到注释;扇穗茅转录本鉴定到1165个转录因子,隶属于48个转录因子家族,大多与高原极端环境适应有关;其中包含17个热激转录因子(HSF),大部分位于细胞核,为亲水蛋白,cDNA常包含5~10个保守结构域;系统发育研究表明扇穗茅和拟南芥(Arabidopsis thaliana)HSF转录因子聚为9个分支(CladeA-I),扇穗茅的11个HSF与HSFA2聚为一支,彼此具有较近的亲缘关系,可能具有相似的功能。本研究丰富了扇穗茅属物种的遗传信息,为后续关键功能基因的挖掘提供了理论依据。

关键词：扇穗茅全长转录组功能注释转录因子 HSFs

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细胞永生化技术研究进展

野生动物学报 2021年第2期42卷 585-590页

作者：刘育昆邹登朗祁得胜刘忠浩都玉蓉马建滨青海师范大学生命科学学院青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室西宁810008

细胞永生化作为细胞生物学研究的热点,在细胞实验中发挥很大的作用,使目的细胞永生化,建立永生化细胞系,可以更好地开展细胞实验。细胞永生化技术的成功应用,不仅为生物实验研究提供了有力的工具,也为有效准确地诊断疾病提供了新道路。... 详细信息

细胞永生化作为细胞生物学研究的热点,在细胞实验中发挥很大的作用,使目的细胞永生化,建立永生化细胞系,可以更好地开展细胞实验。细胞永生化技术的成功应用,不仅为生物实验研究提供了有力的工具,也为有效准确地诊断疾病提供了新道路。本文在细胞永生化基本机制的基础上,就细胞永生化技术方法、检测方法以及存在的问题等方面研究进展进行概述。

关键词：细胞永生化永生化技术方法永生化检测方法

高原鼠兔对极端低氧环境的生理、行为和分子生物学适应研究进展

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野生动物学报 2022年第1期43卷 245-250页

作者：齐丽红邹登朗祁得胜刘忠浩马建滨都玉蓉青海师范大学生命科学学院青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室西宁810008

从生理学、行为学及分子生物学等方面对高原鼠兔(Ochotona curzoniae)的低氧适应机制进行阐述,发现高原鼠兔血液与血红蛋白的结合、释放氧的能力较高,这对低氧时体内氧的传递是有利的;肺小动脉壁变薄,这有利于在低氧条件下进行气体交换... 详细信息

从生理学、行为学及分子生物学等方面对高原鼠兔(Ochotona curzoniae)的低氧适应机制进行阐述,发现高原鼠兔血液与血红蛋白的结合、释放氧的能力较高,这对低氧时体内氧的传递是有利的;肺小动脉壁变薄,这有利于在低氧条件下进行气体交换,使更多的氧进入肺部,同时高原鼠兔的右心室重量低于常氧环境中的大鼠。这就最大限度防止了高原鼠兔在低氧环境中出现右心室衰竭。行为学研究主要集中在其繁殖行为方面,分子生物学研究主要集中在其血管生成、能量代谢和携氧蛋白的携氧能力方面。

关键词：高原鼠兔低氧适应分子机制

硒与内生真菌对中华羊茅生长和代谢产物的影响

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微生物学报 2021年第11期61卷 3726-3743页

作者：周连玉焦璐巨家升马学兰蒋霞乔枫青海师范大学生命科学学院青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室高原科学与可持续发展研究院青海西宁810008

【目的】探讨亚硒酸钠和内生真菌对中华羊茅生长和代谢产物的影响。【方法】采用气相色谱-质谱联用仪检测中华羊茅两个地理种群带菌(E+)和不带菌(E–)植株地上部分和根系的非靶标代谢产物,利用单因素方差分析(LSD)显著性统计挖掘处理间... 详细信息

【目的】探讨亚硒酸钠和内生真菌对中华羊茅生长和代谢产物的影响。【方法】采用气相色谱-质谱联用仪检测中华羊茅两个地理种群带菌(E+)和不带菌(E–)植株地上部分和根系的非靶标代谢产物,利用单因素方差分析(LSD)显著性统计挖掘处理间的差异性代谢产物。【结果】从地理种群海北(HB)和玉树(YS)植株中分别鉴定出206种和205种化合物,地上部分和根系中代谢产物存在较大的差异性,根据显著性统计检验P性代谢物27种、42种、40种、33种,这些差异性代谢物主要是一些含氮化合物、碳水化合物和有机酸。HB地上部分与HB根系共同差异性代谢物9种,YS地上部分与YS根系共同差异性代谢物8种,HB地上部分与YS地上部分共同差异性代谢物5种,HB根系与YS根系共同差异性代谢物14种。地理种群HB内生真菌极显著增加植物地上部分和根系中tyrose含量(P性代谢物存在较大的差异性,亚硒酸钠和/或内生真菌能提高一些代谢产物的含量。

关键词：中华羊茅地理种群内生真菌Epichloësp. 硒代谢分析

苦马豆(Sphaerophysa salsula)6个不同居群的染色体核型分析

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草地学报 2024年第8期32卷 2469-2477页

作者：曲荣举刘玉萍陈金元苏旭张朋辉靳佳瑞余明君杨倩青海师范大学生命科学学院青海西宁810008 青海师范大学青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室青海西宁810008 青海师范大学高原科学与可持续发展研究院青海西宁810016

本研究采用染色体常规压片技术和核型分析方法,对苦马豆(Sphaerophysa salsula)6个自然居群(P81,P89,P96,P102,P137,P142)的染色体核型特征进行了分析,探讨了不同居群间的进化趋势和亲缘关系。结果表明:苦马豆6个参试居群的染色体数目... 详细信息

本研究采用染色体常规压片技术和核型分析方法,对苦马豆(Sphaerophysa salsula)6个自然居群(P81,P89,P96,P102,P137,P142)的染色体核型特征进行了分析,探讨了不同居群间的进化趋势和亲缘关系。结果表明:苦马豆6个参试居群的染色体数目和基数恒定,均为2n=2X=16;主要有中部着丝粒(m)和亚中部着丝粒(sm)染色体两种类型,中部着丝粒染色体数量多于亚中部着丝粒染色体;绝大多数居群的核型公式为2n=2X=16 m,仅居群P137的核型公式为2n=2X=14 m+2 sm;染色体长度介于1.05~2.63之间,属于小型染色体;核型类型包括1A,2A,3A和2B,平均臂比处于1.18~1.43之间,长度比居于1.44~2.05之间,核不对称系数介于54.02~58.98之间;居群P89的核型类型为1A,核不对称系数最小,进化程度最低;当遗传距离为4时,苦马豆6个居群形成三大类,居群P137和P142的亲缘关系较近。本研究首次分析了苦马豆的染色体核型特征,探讨了不同居群间的进化趋势和亲缘关系,为苦马豆属物种系统发育和基因组学研究提供了细胞学的佐证。

关键词：苦马豆染色体核型分析进化趋势亲缘关系聚类分析

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西宁北川河湿地公园鸟类群落结构

生态学杂志 2024年第5期43卷 1348-1353页

作者：罗佳鑫鲍敏韩军张强元陈振宁青海师范大学生命科学学院/青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室西宁810008 陕西省铜川市王益-中学铜川727000

为了解西宁北川河湿地公园鸟类分布现状,于2019年1—9月采用样线法、样点法对湿地公园4种生境类型的鸟类组成及多样性进行了调查。共记录到鸟类73种,隶属于16目33科,其中优势种5种,分别为斑嘴鸭(Anas zonorhyncha)、普通秋沙鸭(Mergus m... 详细信息

为了解西宁北川河湿地公园鸟类分布现状,于2019年1—9月采用样线法、样点法对湿地公园4种生境类型的鸟类组成及多样性进行了调查。共记录到鸟类73种,隶属于16目33科,其中优势种5种,分别为斑嘴鸭(Anas zonorhyncha)、普通秋沙鸭(Mergus merganser)、大白鹭(Ardea alba)、渔鸥(Ichthyaetus ichthyaetus)和麻雀(Passer montanus);国家一级重点保护鸟类1种,即黑鹳(Ciconia nigra),国家二级重点保护鸟类4种,分别为大天鹅(Cygnus cygnus)、黑颈䴙䴘(Podiceps nigricollis)、白琵鹭(Platalea leucorodia)和红隼(Falco tinnunculus);旅鸟占鸟类总种数的46.58%,留鸟为27.40%,夏候鸟为15.07%,冬候鸟为10.96%;夏季鸟类群落多样性最高(3.0588),其次为春季(2.8530),秋季最低(1.6032);人工湖生境类型多样性(2.3602)高于其他3个生境,游禽和鸣禽最多(34.25%),其次为涉禽(16.44%)。研究结果可为青海西宁湟水国家湿地公园动物保护和健康评价提供基础资料。

关键词：鸟类多样性湿地青海省

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三种高寒牧草种子萌发期耐镉性研究

干旱区资源与环境 2023年第2期37卷 171-176页

作者：胡樱王慧春贾慧萍朋毛德吉周碧瑶魏晶晶青海师范大学生命科学学院西宁810008 青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室西宁810008 青海师范大学地理科学学院西宁810008

为了解无芒披碱草(Elymus sinosubmuticus ***)、麦薲草(Elymus tangutorum(Nevski)Hand.-Mazz.)和同德老芒麦(Elymus sibiricus L.)三种高寒牧草种子的耐镉性,设置0、5、10、20、40mg·L^(-1)镉胁迫液浓度探究它们的发芽和生长情况。结果表明:镉胁迫对无芒披碱草和同德老芒麦种子的发芽率、发芽势、发芽指数、株高、叶长与根长均具抑制作用,而麦薲草部分指标表现为“先促后抑”,在5mg·L^(-1)镉处理下,麦薲草种子发芽率、发芽指数株高和根长具促进作用。通过隶属函数指数法计算,三种牧草镉耐大小为无芒披碱草>同德老芒麦>麦薲草,无芒披碱草可优选作为镉污染土地种植材料。

关键词：镉胁迫高寒植物无芒披碱草同德老芒麦麦薲草种子萌发

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毛白杨FAD基因家族鉴定与表达模式分析

分子植物育种 2022年

作者：金兄莲安进宝祁得胜乔枫姜迪杜少波戢爽谢惠春青海师范大学青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室青海省玉树藏族自治州江西林场

脂肪酸去饱和酶(fatty acid desaturase， FAD)基因家族在植物生物膜的抗逆过程中起着重要的调控作用。为了解FADs在毛白杨生长发育过程中的作用，本研究基于生物信息学的分析方法鉴定并分析了毛白杨FAD基因家族。结果表明32个PtFADs不... 详细信息

脂肪酸去饱和酶(fatty acid desaturase， FAD)基因家族在植物生物膜的抗逆过程中起着重要的调控作用。为了解FADs在毛白杨生长发育过程中的作用，本研究基于生物信息学的分析方法鉴定并分析了毛白杨FAD基因家族。结果表明32个PtFADs不均匀分布于10条染色体上。系统发育分析显示，PtFAD基因家族分为6个亚家族，且基因结构与功能结构域高度保守。启动子上游区域的顺式作用元件分析发现，PtFAD主要参与了毛白杨生长发育过程中的应激反应过程。此外，组织特异性表达模式显示，32个PtFAD基因广泛表达于木质部、根部、嫩叶及成熟叶中，而PtFAD基因家族在愈伤组织诱导及不定芽诱导中呈现低表达的趋势，且PtFAD16的表达模式一直表现为高表达，表明了其在毛白杨生长发育过程中的重要作用。综上所述，本研究为系统了解PtFAD基因家族提供了依据，也为毛白杨FAD基因功能特性的深入研究提供了理论基础。

关键词：毛白杨 FAD基因家族系统进化基因表达模式生物信息学分析

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两种独行菜序列特征差异比较

基因组学与应用生物学 2020年第6期39卷 2666-2670页

作者：钟江斌李威霖王婷都玉蓉马建滨青海师范大学生命科学学院青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室西宁810008

以宽叶独行菜和钝叶独行菜为材料,采用CTAB法提取总DNA,参照文献中引物对两物种nrITS基因、trnL-trnF基因及psbA-trnH基因进行PCR扩增和测序,获得两物种的3个基因片段,并分析其序列特征。结果显示,nrITS基因序列中A+T含量低于G+C含量,... 详细信息

以宽叶独行菜和钝叶独行菜为材料,采用CTAB法提取总DNA,参照文献中引物对两物种nrITS基因、trnL-trnF基因及psbA-trnH基因进行PCR扩增和测序,获得两物种的3个基因片段,并分析其序列特征。结果显示,nrITS基因序列中A+T含量低于G+C含量,而两叶绿体基因序列的碱基组成则相反,A+T含量显著高于G+C含量。用DNAMAN软件对两独行菜物种进行同源性分析,结果表明宽叶独行菜和钝叶独行菜nrITS、trnL-trnF及psbA-trnH基因序列同源性分别为95.65%、97.97%及99.25%。本研究首次扩增获得宽叶独行菜和钝叶独行菜psbA-trnH基因序列,为独行菜属植物分子遗传学积累了研究资料。

关键词：宽叶独行菜钝叶独行菜 nrITS trnL-trnF psbA-trnH 序列分析