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原发性骨质疏松潜在生物标志物的生物信息学分析

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中国组织工程研究 2025年第8期29卷 1741-1750页

作者：赵嘉诚任诗齐祝秦刘佳佳朱翔杨洋南通大学附属医院创伤中心江苏省南通市226001 南通大学医学院江苏省南通市226001 南通大学附属医院手外中心江苏省南通市226001

背景:原发性骨质疏松症的发病率高,但发病机制尚不完全清楚,目前尚缺乏有效的早期筛查指标和治疗方案。目的:通过综合生物信息学分析,进一步探索原发性骨质疏松症的发生机制。方法:原发性骨质疏松症数据来自公共基因表达数据库,筛选差... 详细信息

背景:原发性骨质疏松症的发病率高,但发病机制尚不完全清楚,目前尚缺乏有效的早期筛查指标和治疗方案。目的:通过综合生物信息学分析,进一步探索原发性骨质疏松症的发生机制。方法:原发性骨质疏松症数据来自公共基因表达数据库,筛选差异基因分别进行GO功能和KEGG通路富集分析。此外,将差异基因进行蛋白质-蛋白质相互作用网络确定原发性骨质疏松症相关核心基因,并通过最小绝对收缩和选择运算算法来识别并验证原发性骨质疏松症相关的生物标志物,并分别进行免疫细胞相关分析、基因富集分析以及药物标靶网络分析。最后将生物标志物行qPCR实验验证。结果与结论:①该研究中共获得126个差异基因以及前列腺素、表皮生长因子受体、丝裂原活化蛋白激酶3、转化生长因子B1和视网膜母细胞瘤基因1等5个生物标志物。②GO分析表明差异基因主要富集在细胞对氧化应激的反应以及自噬的调节等方面;KEGG分析显示主要集中在自噬以及细胞衰老等通路当中。③生物标志物的免疫分析发现,前列腺素,视网膜母细胞瘤基因1、丝裂原活化蛋白激酶3与免疫细胞密切相关。④基因富集分析表明,生物标志物与免疫相关途径有关。⑤药物标靶网络分析显示5个生物标志物与原发性骨质疏松症药物相关。⑥qPCR结果表明,前列腺素、表皮生长因子受体、丝裂原活化蛋白激酶3和转化生长因子B1在原发性骨质疏松症样本中,与对照样本相比表达显著上升(P<0.001),而视网膜母细胞瘤基因1在原发性骨质疏松症样本中,与对照样本相比表达显著下降(P<0.001)。⑦总之,该研究筛选并验证了5个原发性骨质疏松潜在生物标志物,为进一步深入探究原发性骨质疏松症的发病机制、早期筛查诊断及靶向治疗提供了参考依据。

关键词：原发性骨质疏松生物标志物生物信息学药物标靶网络蛋白质-蛋白质相互作用网络

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台湾冷泉中厌氧细菌的分离培养和多样性研究

中国海洋大学学报（自然科学版） 2025年第1期55卷 95-106页

作者：杨晓宇张晓华王晓磊史晓翀中国海洋大学海洋生命学院山东青岛266003 崂山实验室海洋生态与环境科学功能实验室山东青岛266237 中国海洋大学深海圈层与地球系统前沿科学中心山东青岛266100

针对目前台湾冷泉厌氧可培养细菌类群多样性的认知不足的现状,本研究旨在深入探究研究区域小尺度范围内可培养厌氧微生物多样性及分布规律。为此,本研究利用12种厌氧培养基,包括厌氧MA(2216E)、改良2216E(以下称为MA+、1/MA)、R2A、4种... 详细信息

针对目前台湾冷泉厌氧可培养细菌类群多样性的认知不足的现状,本研究旨在深入探究研究区域小尺度范围内可培养厌氧微生物多样性及分布规律。为此,本研究利用12种厌氧培养基,包括厌氧MA(2216E)、改良2216E(以下称为MA+、1/MA)、R2A、4种SPG厌氧培养基、3种NMS以及DZJ培养基,对采集自台湾冷泉的沉积物、海水、动物样品中的厌氧菌进行富集、分离和培养,然后通过16S rRNA基因测序对分离纯化后的菌株进行分类鉴定。研究结果表明,台湾冷泉厌氧细菌具有较高的多样性,从台湾冷泉共分离鉴定厌氧菌375株,它们分属3个门(变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria))、29个属、49个种,其中γ-变形菌纲占绝对优势地位,优势类群包括弧菌属(Vibrio)、希瓦氏菌属(Shewanella)、肠杆菌属(Enterobacter)和葡萄球菌属(Staphylococcus)等。此外,还发现了15株(3种)潜在的海洋新菌。本研究还发现,不同培养基对不同类群的影响不同且程度各异,如MA(2216E)培养基对γ-变形菌纲分离培养效率较高,而SPG培养基在获得新菌方面具有优势。

关键词：冷泉可培养细菌厌氧细菌多样性 16S rRNA

基质金属蛋白酶2及其抑制剂在大鼠青光眼滤过术后滤过泡组织中的动态表达

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中华实验眼科杂志 2016年第4期34卷 324-329页

作者：刘梦迎王玲王大博姚如永青岛大学附属医院眼科 266003 青岛大学附属医院中心实验室 266003

背景青光眼滤过术后瘢痕形成是导致手术失败的主要原因，探讨球结膜滤过泡中基质金属蛋白酶2（MMP-2）及组织金属蛋白酶抑制剂2（TIMP-2）的表达对于术后瘢痕形成的发病机制研究具有重要意义。目的观察大鼠球结膜滤过泡模型滤过区组织中... 详细信息

背景青光眼滤过术后瘢痕形成是导致手术失败的主要原因，探讨球结膜滤过泡中基质金属蛋白酶2（MMP-2）及组织金属蛋白酶抑制剂2（TIMP-2）的表达对于术后瘢痕形成的发病机制研究具有重要意义。目的观察大鼠球结膜滤过泡模型滤过区组织中MMP-2及TIMP-2的表达与瘢痕形成进程的关系。方法采用完全随机化分组法将63只6～8周龄清洁级雄性SD大鼠分为正常对照组和术后1、3、5、7、14、28d组，每只大鼠任选-侧眼为实验眼。采用前房引流管植入术建立大鼠球结膜滤过泡模型，术后裂隙灯显微镜下观察大鼠球结膜滤过泡的形成情况及眼前节反应，各组于相应时间点颈椎脱臼法处死大鼠，其中3只眼制备完整眼球冰冻切片，采用免疫荧光化学染色法检测标本中MMP-2及TIMP-2的表达和定位；另取6只大鼠结膜滤过区组织行Westernblot检测，观察MMP-2和TIMP-2在滤过区组织中的动态表达。结果所有术眼在术后第1天均形成不同程度隆起的滤过泡，维持时间为7—17d，平均生存时间为12d。Westernblot检测结果显示，正常对照组大鼠滤过区组织中MMP-2蛋白的相对表达量为121．67±4．37，在术后3d组开始逐渐增高，为183．67±5．61，术后7d组达峰值，为230．50±8．48，随后逐渐降低，术后28d组为172．33±8．43，仍高于正常对照组，各组大鼠滤过区组织中MMP-2蛋白的相对表达量总体比较差异有统计学意义（F=280．18，P〈0．05）。正常对照组大鼠滤过区组织中TIMP-2蛋白的相对表达量为102．50±6．25，在术后3d组开始明显升高，为162．67±7．00，术后5d组TIMP-2蛋白表达量达峰值，为232．00±11．03，之后逐渐下降，术后28d组降至150．50±6．41，但仍高于正常对照组，各组间滤过区组织中TIMP-2蛋白的相对表达量的总体比较差异有统计学意义（F=145．34，P〈0．05）。免疫荧光组织化学结果显示，正常对照组MMP-2、TIMP-2仅在大鼠结膜上皮层微弱表达，呈红色荧光，而在术后大鼠滤过区结膜组织上皮层和固有层均呈强荧光。结论MMP-2和TIMP-2在大鼠青光眼滤过术后滤过区组织的动态表达与滤过泡的纤维化过程相-致，提示MMP-2和TIMP-2参与结膜滤过泡的瘢痕化过程。

关键词：青光眼/手术滤过泡瘢痕化基质金属蛋白酶2 组织金属蛋白酶抑制剂2 Wistar大鼠

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经典名方中瓦楞子的本草考证

中国实验方剂学杂志 2025年第02期 208-218页

作者：张艺勤庄怡雪陆一南陈艳柠陈懿冲徐水宇詹志来杨成梓福州大学附属省立医院(福建省立医院) 福建中医药大学药学院中国中医科学院中药资源中心道地药材品质保障与资源持续利用全国重点实验室

通过查阅历代本草、医籍、方书并结合近现代文献资料，对瓦楞子名称、基原、产地、采收加工、炮制与功能主治等进行系统梳理与考证，以期为含瓦楞子经典名方的开发提供依据。瓦楞子入药以“蚶”之名首载于《本草拾遗》，后世本草因明代... 详细信息

通过查阅历代本草、医籍、方书并结合近现代文献资料，对瓦楞子名称、基原、产地、采收加工、炮制与功能主治等进行系统梳理与考证，以期为含瓦楞子经典名方的开发提供依据。瓦楞子入药以“蚶”之名首载于《本草拾遗》，后世本草因明代李时珍错将“蚶”条与“魁蛤”合并的影响，出现魁陆、伏老等别称，明代《医宗必读》始将“瓦楞子”作为其正名收录并沿用至今。历代本草中所载对瓦楞子药材的文字描述及附图特征基本与现代魁蚶Arca inflata、毛蚶A. subcrenata、泥蚶A. granosa相符。古代有壳与肉2个部位的药用记载，现瓦楞子以壳入药，其肉多为食用。古代以浙江、山东及两广地区为主产区，且以浙江所产为佳。现认为魁蛤A. inflata多分布于黄海北部，泥蚶A. granosa多分布于我国山东半岛以南沿海地区，毛蚶A. subcrenata广泛分布于我国各沿海地区，其品质以个完整，内色白、无残肉及砂土者为佳。古代无明确采收期，炮制以煅后醋淬或煅壳研粉为主，现采收期为秋冬季节，采收后直接洗净碾碎生用或明煅法炮制后入药。历代本草对瓦楞子壳性味的记载以“温，甘，咸，性平”为主，现认为瓦楞子味咸，性平。古代认为瓦楞子主治“心腹冷气，腰脊冷气，利五脏，健胃，令人能食”，现今多认为瓦楞子能消痰化瘀，软坚散结，制酸止痛，可用于顽痰胶结，黏稠难咯，瘿瘤，瘰疬，癥癖痞块，胃痛泛酸等征。建议经典名方中涉及瓦楞子的，按经典名方中药物炮制要求选取相应的炮制方法，未注明炮制要求的可依据产品功能定位来确定。

关键词：经典名方瓦楞子本草考证基原产地品质评价中药炮制

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多药物耐药基因多态性与缺血性脑卒中患者阿司匹林抵抗的相关性

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中华医学杂志 2016年第47期96卷 3819-3824页

作者：王召月王雁隋爱华董永青岛大学附属医院神经内科 266021 青岛大学附属医院中心实验室 266021 青岛大学附属医院输血科 266021

目的探讨多药物耐药（ABCB1/MDR1）基因多态性与缺血性脑卒中患者阿司匹林抵抗（AR）的关系。方法纳入2014年9月至2016年5月在青岛大学附属医院神经内科因脑梗死住院的患者300例，根据血栓弹力图（TEG）结果将其分为阿司匹林抵抗（AR... 详细信息

目的探讨多药物耐药（ABCB1/MDR1）基因多态性与缺血性脑卒中患者阿司匹林抵抗（AR）的关系。方法纳入2014年9月至2016年5月在青岛大学附属医院神经内科因脑梗死住院的患者300例，根据血栓弹力图（TEG）结果将其分为阿司匹林抵抗（AR）组和阿司匹林敏感（AS）组。采用聚合酶链反应–限制性片段长度多态性技术（PCR–RFLP）和直接测序方法对ABCB1基因C1236T、G2677T/A、C3435T 3位点进行基因多态性检测。结果 C1236T、G2677T/A、C3435T两两间分别存在连锁不平衡（D′＝0.8；r2＝0.9）。位点C3435T T的等位基因频率在AR组和AS组中分别为57.3%和43.1%，差异有统计学意义（χ2＝9.143，P＝0.002），且AR组中（CT＋TT）基因型高于AS组，差异亦有统计学意义（χ2＝4.369，P＝0.037）。而C1236T和G2677T/A等位基因频率及基因型分布在两组间差异均无统计学意义。对3位点所构建的单倍型进行分析，单倍体（C–T–T）的OR值为1.602 （χ2＝5.374，P＝0.02），单倍体（C–G–C）的OR值为0.495（χ2＝8.775，P＝0.003），单倍体（T–G–C）的OR值为3.010 （χ2＝5.846，P＝0.015），单倍体（T–T–T）的OR值为3.308（χ2＝4.650，P＝0.031）。结论 C3435T基因多态性与缺血性卒中患者AR有关。单倍体（C–T–T，T–G–C，T–T–T）亦与缺血性卒中患者AR发生有关。

关键词：多药物耐药基因 P-糖蛋白阿司匹林基因多态性单倍型

基于残差U-net网络的地震资料分辨率提高方法

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中国海洋大学学报（自然科学版） 2025年第1期55卷 140-148页

作者：董博艺张进中国海洋大学海洋地球科学学院山东青岛266100 青岛海洋科技中心海洋矿产资源评价与探测技术功能实验室山东青岛266237 中国海洋大学海底科学与探测技术教育部重点实验室山东青岛266100

高分辨率地震资料处理是获取高品质地震资料、实现薄储层良好地震地质解释的关键。传统提高地震分辨率的方法应用条件苛刻,关键参数求取复杂,在实际应用中受到诸多限制。深度学习中的U-net网络以纯数据驱动的优势,可学习低分辨率地震记... 详细信息

高分辨率地震资料处理是获取高品质地震资料、实现薄储层良好地震地质解释的关键。传统提高地震分辨率的方法应用条件苛刻,关键参数求取复杂,在实际应用中受到诸多限制。深度学习中的U-net网络以纯数据驱动的优势,可学习低分辨率地震记录到高分辨率标签的非线性关系,实现地震资料的高分辨率处理。本文设计了残差U-net网络结构,同时提出了基于概率密度函数控制的同分布反射系数集生成方法,将测井反射系数的概率密度函数作为一种先验约束信息融入训练样本,不仅保证了足够的同分布样本来训练网络,还确保了训练样本更符合工区实际情况,以此提高模型预测的准确性。模型测试和实际资料应用结果表明,本文提出的方法能够有效应用于地震资料分辨率的提高,同时拓宽频带。

关键词：提高分辨率 U-net 残差结构同分布

全反式维甲酸对球囊损伤大鼠胸主动脉内皮后内膜增生及PDGF-BB表达的影响

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复旦学报（医学版） 2004年第6期31卷 637-639页

作者：张先明董果雄张社华褚现明张斌李宁青岛大学医学附属医院心内科青岛266003 青岛大学医学附属医院中心实验室青岛266021

目的　研究全反式维甲酸 (all transretinoicacid ,ATRA)对球囊损伤大鼠胸主动脉内皮后内膜增生及血小板衍生生长因子B(BDGF BB)表达的影响。方法　球囊剥脱大鼠胸主动脉内皮 ,并随机将大鼠分为手术组、ATRA治疗组及对照组 ,各组大鼠均... 详细信息

目的　研究全反式维甲酸 (all transretinoicacid ,ATRA)对球囊损伤大鼠胸主动脉内皮后内膜增生及血小板衍生生长因子B(BDGF BB)表达的影响。方法　球囊剥脱大鼠胸主动脉内皮 ,并随机将大鼠分为手术组、ATRA治疗组及对照组 ,各组大鼠均于术前 4d灌胃 ,分别在术后 2、7、14和 18d处死大鼠并摘除胸主动脉。通过组织学检查和免疫组化技术检测内膜增生情况、PDGF BB的表达及ATRA[30mg/ (kg·d) ]灌胃对它们的影响。结果　 (1)对照组及内皮损伤后 2d均无血管内膜增厚 ,7d内膜开始增生 ,2 8d血管平滑肌细胞 (VSMCs)的增殖减弱 ,但细胞外基质增加 ,内膜继续增生 ;(2 )PDGF BB的表达于术后 2d开始升高 ,至 14d达高峰 ;(3)使用ATRA后内膜增生程度及PDGF BB的表达明显降低。结论　ATRA可有效地抑制血管损伤后内膜增生 ,其机制可能是通过抑制PDGF BB表达。

关键词： PDGF-BB 内膜增生大鼠胸主动脉表达 ATRA 内皮灌胃增殖全反式维甲酸

肝脏类器官在肝脏疾病模型与移植治疗中的应用潜力

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中国组织工程研究 2025年第8期29卷 1684-1692页

作者：袁维勃刘婵余丽梅遵义医科大学附属医院贵州省细胞工程重点实验室贵州省遵义市563003 遵义医科大学教育部省部共建组织损伤修复与再生医学协同创新中心贵州省遵义市563000 遵义医科大学附属医院贵州省干细胞临床应用与新药研发工程研究中心贵州省遵义市563003 遵义医科大学附属医院贵州省生物治疗人才基地贵州省遵义市563003 遵义医科大学附属医院遵义市干细胞与再生医学工程研究中心贵州省遵义市563003

背景:肝脏类器官对阐明肝脏疾病的确切病理机制及对肝脏疾病的治疗具有重要的意义。目的:总结目前国内外该领域的基础研究,回顾以往肝脏类器官的构建、疾病建模和移植治疗的重要研究进展,探讨肝脏类器官联合组织工程技术的应用前景。方... 详细信息

背景:肝脏类器官对阐明肝脏疾病的确切病理机制及对肝脏疾病的治疗具有重要的意义。目的:总结目前国内外该领域的基础研究,回顾以往肝脏类器官的构建、疾病建模和移植治疗的重要研究进展,探讨肝脏类器官联合组织工程技术的应用前景。方法:检索PubMed数据库及中国知网数据库收录的相关文献,英文检索词为“liver,organoids,liver diseases”,中文检索词为“肝,类器官,肝脏疾病”,主要检索时限为2018年4月至2024年4月,通过人工阅读排除重复文献等,最终纳入94篇文献进行归纳分析。结果与结论:①肝脏类器官构建的种子细胞主要集中于成体细胞和多能干细胞,通过辅助各种细胞因子参与信号引导作用和细胞外基质提供3D微环境,促进类器官的产生,但是整体成熟度不高,有望通过结合组织工程技术改善这一问题;②体外疾病建模方面主要在简单疾病和单基因遗传病领域研究较多,类器官高度保留患者遗传特性,有望通过结合CRISPR-Cas9基因矫正和其他新兴技术模拟更复杂的肝脏疾病并阐明更深层次的病理机制;③体内移植治疗方面,肝脏类器官能够安全有效的植入,表现出惊人的肝功能替代潜力及组织再生能力,并且还可能通过与其他组织工程材料结合达到治疗目的。

关键词：肝脏类器官干细胞种子细胞肝脏疾病疾病建模体内移植综述

成年小鼠触液神经元体外分离培养及自我更新能力的鉴定

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中国组织工程研究 2025年第13期29卷 2728-2735页

作者：上官泽宇陈婵娟李琦哲谭伟颜海健王春庆豆晓伟李青贵州医科大学附属医院创伤骨科贵州省贵阳市550004 贵州医科大学临床医学院贵州省贵阳市550025 贵州医科大学附属医院临床研究中心贵州省贵阳市550004

背景:课题组前期成功在体外分离培养乳鼠触液神经元,尚无研究报道有效分离培养高纯度成年小鼠触液神经元的方法,且触液神经元的自我更新能力是否随着年龄发生变化尚无研究。目的:建立一种高纯度成年小鼠触液神经元体外分离培养的方法,... 详细信息

背景:课题组前期成功在体外分离培养乳鼠触液神经元,尚无研究报道有效分离培养高纯度成年小鼠触液神经元的方法,且触液神经元的自我更新能力是否随着年龄发生变化尚无研究。目的:建立一种高纯度成年小鼠触液神经元体外分离培养的方法,并鉴定成年小鼠触液神经元与乳鼠触液神经元在体外的自我更新能力。方法:从成年3月龄小鼠颈髓分离含有触液神经元的原代细胞贴壁培养并利用融合多模态成像基因的慢病毒转染细胞,通过嘌呤霉素筛选得到高纯度成年小鼠触液神经元细胞,在完全培养基中悬浮培养。通过免疫荧光检测成年小鼠触液神经元表达神经干细胞标记物巢蛋白(Nestin)及SOX2情况,观察成年小鼠触液神经元体外成球与传代能力;将同等数量(5×10^(3))的第3代成年小鼠及乳鼠触液神经元在同等条件下分为2组,分别接种在含有完全培养基的超低黏附培养板中,在体积分数5%CO_(2),37℃恒温箱悬浮培养,通过体外成球、CCK8实验、qPCR和Western blot鉴定成年小鼠及乳鼠触液神经元的自我更新能力。结果与结论:①实验成功在成年小鼠体内分离出高纯度触液神经元,在体外表达Nestin及SOX2,能形成神经球并连续传代。②成年小鼠触液神经元体外自我更新能力较乳鼠相比明显减弱,细胞培养到第4天时乳鼠触液神经元已经形成直径约为150μm的神经球,而成年小鼠触液神经元所形成的神经球直径仅为40μm(P实验结果表明,成年小鼠触液神经元的增殖活性在培养后各时间点显著弱于乳鼠(P<0.0001)。④qPCR和Western blot检测发现成年小鼠触液神经元Nestin及SOX2的mRNA(P<0.0001)和蛋白表达量(P<0.01)较乳鼠显著下降。⑤上述结果证实,成年小鼠触液神经元的体外自我更新能力显著弱于乳鼠。

关键词：脊髓损伤成年小鼠触液神经元内源性神经干细胞自我更新能力体外培养细胞提纯融合多模态成像基因的慢病毒干细胞潜能鉴定