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基于荧光原位杂交的四种不同栽培种辣椒的核型分析

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园艺学报 2024年

作者：罗银罗希榕吴诗琪李唐燕李靖邱化荣覃成遵义职业技术学院现代农业系贵州省遵义辣椒种质资源保护及繁育种植工程研究中心湖南大学生物学院隆平分院贵州大学生命科学学院

为精确分析不同栽培种辣椒的染色体核型特征，以遵辣1号（Zunla-1，Capsicum annuum L.），海南黄灯笼（Y700，Capsicum chinense Jacquin），Muaraparte Rojo（Y703，Capsicum baccatum L.）和米椒绿（MJL，Capsicum frutescens L.）4种栽培种辣椒为材料，利用染色体荧光原位杂交技术（FISH）进行核型分析。结果表明：4种辣椒均是二倍体，染色体数目为2n = 2x = 24。其中遵辣1号染色体长度为3.4 ～ 7.4 μm，主要为中着丝粒和近中着丝粒染色体，核型属于20 m + 3 sm + 1 st类型；海南黄灯笼染色体长度为4.6 ～ 7.4 μm，主要为正中着丝粒和中着丝粒染色体，核型属于2 M + 22 m；Muaraparte Rojo染色体长度为3.0 ～ 4.5 μm，主要为中着丝粒染色体，染核型公式为2n = 2x = 24 m；米椒绿染色体长度为3.9 ～ 4.9 μm，主要为中着丝粒染色体，为23 m + 1 sm类型。5S rDNA和18S rDNA FISH结果表明：探针在染色体显示出的位点数18S rDNA（20个）明显多于5S rDNA（8个），不同栽培种的辣椒个体间存在差异，染色体5S rDNA位点数均为2个，但18S rDNA位点数不同，米椒绿最高（8个），其次为Muaraparte Rojo（6个），最低为海南黄灯笼（2个）。

关键词：辣椒栽培种荧光原位杂交核型分析

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辣椒基因组学研究进展

广东农业科学 2024年第7期51卷 1-12页

作者：程蛟文赖泽培董骥驰覃成吴智明廖毅陈长明宋钊陈木溪崔竣杰宋建文胡开林华南农业大学园艺学院/农业农村部华南地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室广东广州510642 仲恺农业工程学院园艺园林学院广东广州510225 遵义职业技术学院现代农业系/贵州省遵义辣椒种质资源保护及繁育种植工程研究中心贵州遵义563006 广东省农业科学院蔬菜研究所广东广州510640 广东和利农生物种业股份有限公司广东汕头515800 佛山大学农业与生物工程学院广东佛山528225

辣椒是我国重要蔬菜作物和调味品之一。开展辣椒基因组学研究对于认识辣椒遗传与进化、挖掘辣椒重要功能基因以及利用生物技术开展品种遗传改良等具有重要意义。2014年辣椒基因组草图发布标志辣椒步入基因组学研究时代。近10年来,辣椒... 详细信息

辣椒是我国重要蔬菜作物和调味品之一。开展辣椒基因组学研究对于认识辣椒遗传与进化、挖掘辣椒重要功能基因以及利用生物技术开展品种遗传改良等具有重要意义。2014年辣椒基因组草图发布标志辣椒步入基因组学研究时代。近10年来,辣椒基因组学研究取得显著进展,包括深入揭示辣椒基因组的基本特征,并初步构建辣椒泛基因组等。同时,辣椒基因组学还在探究辣椒种间分化和基因渗入、解析辣椒重要性状进化机制、阐明辣椒遗传多样性特征、揭示辣椒人工驯化特征、追溯辣椒全球扩张传播历史和挖掘辣椒重要性状控制基因等方面得到广泛应用。该文主要回顾和总结过去近10年辣椒基因组研究领域取得的进展,并对构建更高质量辣椒参考基因组和泛基因组以及完善辣椒功能基因组学研究平台进行展望,旨在为辣椒基因组学及其相关应用研究提供参考。

关键词：辣椒基因组学种间分化基因渗入遗传多样性人工驯化扩张传播

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糟辣椒制作工艺研究

贵州农业科学 2024年第7期52卷 100-106页

作者：刘芬郭会会张洪礼张丽李正丽遵义职业技术学院贵州遵义563000 遵义师范学院贵州遵义563000 贵州省园艺研究所/贵州省园艺工程技术中心贵州贵阳550006 贵州省农科院山茂园艺工程技术有限公司贵州贵阳550006

【目的】探明糟辣椒适宜制作工艺,为糟辣椒产业化生产提供科学依据。【方法】通过单因素试验,在糟辣椒制作中添加不同食盐浓度(7%、8%、9%、10%、11%)、冰糖浓度(1.5%、2.0%、2.5%、3.0%、3.5%)、混合乳酸菌发酵粉接种量(0%、0.5%、1.0%... 详细信息

【目的】探明糟辣椒适宜制作工艺,为糟辣椒产业化生产提供科学依据。【方法】通过单因素试验,在糟辣椒制作中添加不同食盐浓度(7%、8%、9%、10%、11%)、冰糖浓度(1.5%、2.0%、2.5%、3.0%、3.5%)、混合乳酸菌发酵粉接种量(0%、0.5%、1.0%、1.5%、2.0%),根据单因素试验结果设计3因素(食盐、冰糖浓度及混合乳酸菌发酵粉接种量)3水平正交试验,评定糟辣椒感官品质,测定酸、色差、亚硝酸盐含量。【结果】添加食盐浓度9%、冰糖浓度3%及混合乳酸菌发酵粉接种量2%的因素组合处理糟辣椒产品感官品质综合评分最高,达95.6分,总酸含量4.13 g/kg,色差值17.78 OD,亚硝酸含量为3.33 mg/kg。【结论】糟辣椒制作在其他配料适宜条件下,添加食盐浓度9%、冰糖浓度3%及混合乳酸菌发酵粉接种量2%的处理加工工艺效果最好,即外观品质优、总酸度适宜、色泽好、亚硝酸盐含量低,糟辣椒品质符合《食品中污染物限量》(GB 2762—2022)和《贵州发酵辣椒制品》(DBS 52/012—2016)要求。

关键词：糟辣椒制作工艺乳酸菌发酵感官品质综合评分

贵州北部云南光唇鱼野外和驯养种群的生长模式研究

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贵州农业科学 2024年第5期52卷 68-75页

作者：肖贵榜张浩然廖丽陆武军毛茜陈兴科周林鲍娟王礼节遵义职业技术学院现代农业系贵州遵义563000 四川大学华西基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室四川成都620041 贵州省生态渔业有限责任公司贵州贵阳550022

【目的】探明贵州北部云南光唇鱼(Acrossocheilusyunnanensis)自然栖息环境和驯养条件下体长与体重的关系,分析其群体生长规律,为当地云南光唇鱼资源的保护和开发提供参考。【方法】测定野外种群和驯养种群个体的体长、体重,利用单因素... 详细信息

【目的】探明贵州北部云南光唇鱼(Acrossocheilusyunnanensis)自然栖息环境和驯养条件下体长与体重的关系,分析其群体生长规律,为当地云南光唇鱼资源的保护和开发提供参考。【方法】测定野外种群和驯养种群个体的体长、体重,利用单因素方差分析、t检验、幂函数回归等方法分析有关指标。【结果】云南光唇鱼野外种群体长为80~171 mm,平均体长为(134.55±20.34)mm;驯养种群体长为150~245 mm,平均体长为(167.51±15.18)mm;平均体长驯养种群显著大于野生种群。云南光唇鱼野生种群体重为21~112 g,平均体重为(69.92±18.99)g;驯养种群体重为52.9~143.0 g,平均体重为(78.03±18.42)g;驯养种群平均体重显著大于野生种群。云南光唇鱼野外种群体长和体重均呈左偏分布,驯养种群均呈右偏分布。从变异系数看,云南光唇鱼野外种群体长和体重整齐度均低于驯养种群。云南光唇鱼体长-体重关系式野生种群为W=0.0011L^(1.9896)(n=100,R^(2)=0.9847),驯养种群为W=0.0002L^(2.2119)(n=100,R^(2)=0.7758)。野生种群与驯养种群体长与体重参数a值和b值分别为0.000005~0.009397和1.5176~2.8341。野生种群与驯养种群的参数a值呈由高到低的变化趋势,参数b值呈与a值相反的变化趋势。单因素方差分析表明,云南光唇鱼野外种群与驯养种群各阶段体长与体重关系参数a值、b值差异不显著。t检验表明,野外种群b值与3差异极显著,驯养种群b值与3差异不显著。【结论】贵州北部云南光唇鱼野外种群生长为负异速生长,人工驯养条件下为等速生长。贵州北部云南光唇鱼野生环境优于驯养试验环境,天然栖息环境和驯养环境的综合环境条件均较差。

关键词：云南光唇鱼野生种群驯养种群生长模式体长-体重相关性(LWR) 芙蓉江

采用TMT技术解析辣椒雄性不育关键蛋白研究

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种子 2022年第7期41卷 42-50页

作者：覃成杨仕梅罗希榕李唐燕李靖郭娅陀海燕涂韦波邱化荣遵义职业技术学院现代农业系/贵州省遵义辣椒种质资源保护及繁育种植工程研究中心贵州遵义563006 遵义市农业科学研究院/遵义市作物基因资源与种质创制重点实验室贵州遵义563006

本研究通过对辣椒S 033-A保持系和S 033-B不育系的近等基因系辣椒进行蛋白质组学分析,揭示辣椒不育的关键蛋白。结果表明,保持系和不育系中蛋白总数为7667个,可定量蛋白为7629个,存在504个差异表达蛋白。保持系S 033-A有351个蛋白上调表... 详细信息

本研究通过对辣椒S 033-A保持系和S 033-B不育系的近等基因系辣椒进行蛋白质组学分析,揭示辣椒不育的关键蛋白。结果表明,保持系和不育系中蛋白总数为7667个,可定量蛋白为7629个,存在504个差异表达蛋白。保持系S 033-A有351个蛋白上调表达,不育系S 033-B有153个蛋白上调表达。结合生物信息学对差异表达蛋白进行亚细胞定位、保守结构域、GO和KEGG富集等进行分析,发现亚细胞定位主要在细胞质、细胞核和叶绿体,421条差异表达蛋白存在保守结构域,主要为谷胱甘肽S-转移酶、过氧化物酶、UDP-葡萄糖苷和UDP葡萄糖苷转移酶,GO富集在叶绿体、质体、类囊体中,KEGG富集主要参与光合作用、细胞色素P 450、单萜生物合成、类黄酮生物合成生化途径等。本研究从蛋白质组学角度发现了辣椒雄性不育相关的关键蛋白和代谢途径,揭示了辣椒雄性不育可能的分子机制,并鉴定了相关候选蛋白,为辣椒遗传育种奠定了理论基础。

关键词：辣椒蛋白质组学雄性不育关键蛋白

贵州省28个辣椒品种抗土壤连作障碍的效果分析

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辣椒杂志 2022年第2期20卷 6-12,34页

作者：罗希榕陀海燕李唐燕李靖郭娅梁偲邱宁宏覃成遵义职业技术学院现代农业系/贵州省遵义辣椒种质资源保护及繁育种植工程研究中心贵州遵义563006

为筛选抗连作障碍能力强的辣椒品种,在前茬连作辣椒3年的土壤上连续2年(2019—2020年)种植28个辣椒品种,并测定其丰产性能和产量指标。结果发现,卓椒12号、卓椒18号、正椒9号、二荆条、辣珍珠、荣耀和单生朝天椒等7个品种的株高、开展... 详细信息

为筛选抗连作障碍能力强的辣椒品种,在前茬连作辣椒3年的土壤上连续2年(2019—2020年)种植28个辣椒品种,并测定其丰产性能和产量指标。结果发现,卓椒12号、卓椒18号、正椒9号、二荆条、辣珍珠、荣耀和单生朝天椒等7个品种的株高、开展度、主茎高、主茎直茎、始花节位及有效分枝变化不显著,对连作障碍的响应程度较小;卓椒12号、二荆条、荣耀和单生朝天椒4个品种对不同连作土壤的响应相似,单株果实数减少,但单果鲜质量增加,最终产量(2020年)比上一年(2019年)略有增加;辣珍珠和卓椒18号对不同连作土壤的响应和上述4个品种相反,单株果实数均增加,但单果鲜质量降低,最终产量增加,也具备稳产的特性;正椒9号的单株果实数和单果鲜质量均有减少(4.14%),最终产量减少8.18%。结果表明,上述7个品种的丰产性能表现良好,产量较稳定,耐连作障碍抗性较强,可进行大面积示范推广。

关键词：辣椒土壤连作障碍品种丰产性能产量

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辣椒果色全基因组关联分析

植物遗传资源学报 2023年第3期24卷 843-853页

作者：张小微陈小翠陈仕泽覃成杨红唐相群邱化荣罗希榕遵义市农业科学研究院贵州遵义563100 西南科技大学环境与资源学院四川绵阳621010 遵义职业技术学院现代农业系贵州遵义563000 贵州省农业科学院辣椒研究所贵阳550025

辣椒果色作为辣椒重要的农艺性状直接影响辣椒商品价值,其遗传机制的解析可对辣椒果实外观品质改良提供指导。本研究利用全基因组关联分析(GWAS)挖掘辣椒果色显著关联的SΝP位点及候选基因。以195份一年生辣椒构成的自然群体为试验材料... 详细信息

辣椒果色作为辣椒重要的农艺性状直接影响辣椒商品价值,其遗传机制的解析可对辣椒果实外观品质改良提供指导。本研究利用全基因组关联分析(GWAS)挖掘辣椒果色显著关联的SΝP位点及候选基因。以195份一年生辣椒构成的自然群体为试验材料,分别在2020年和2021年调查辣椒果色(青果色和熟果色)性状,通过DNA测序和SNP变异检测,质控得到的高质量SNP位点用于GWAS分析。结果表明:两年间辣椒果色性状表型完全一致,性状遗传稳定,其中青果色为绿的分布频率最高,达89.74%,熟果色为鲜红的分布频率最高,达60.51%;GWAS分析后共筛选出8个与辣椒果色相关的SNPs,这些位点分布在0、1、3、4号等4条染色体上;对显著SNP位点进行LD block分析并筛选候选基因,共注释到31个基因,预测呼吸爆发氧化酶同源蛋白A(Capana01g000138)、类异黄酮2′-羟化酶(Capana04g000616、Capana04g000617、Capana04g000618、Capana04g000619、Capana04g000620、Capana04g000621和Capana04g000622)和F-box-like/WD重复类蛋白TBL1Y(Capana04g000624)可能与辣椒果色相关。这些结果将为开展辣椒果色相关分子辅助育种提供参考依据。

关键词：辣椒果色 SNP 全基因组关联分析候选基因

基于SLAF-seq技术的辣椒SNP标记开发和亲缘关系分析

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分子植物育种 2023年

作者：陈小翠张小微李辉邱化荣唐相群罗希榕杨红覃成遵义职业技术学院现代农业系遵义市农业科学研究院贵州省农业科学院辣椒研究所

辣椒是一种重要的蔬菜和香料作物，为了探索贵州辣椒种质资源的遗传多样性及亲缘关系，本研究以195份贵州辣椒种质为材料，利用简化基因组测序技术(SLAF-seq)对其进行建库和高通量测序分析。结果表明，从195份辣椒种质中共获得367.28 M... 详细信息

辣椒是一种重要的蔬菜和香料作物，为了探索贵州辣椒种质资源的遗传多样性及亲缘关系，本研究以195份贵州辣椒种质为材料，利用简化基因组测序技术(SLAF-seq)对其进行建库和高通量测序分析。结果表明，从195份辣椒种质中共获得367.28 Mb读长数据，测序平均Q30为93.23%，平均GC含量为39.92%；通过生物信息学分析，共开发889 866个SLAF标签，其中多态性的SLAF标签共有285 337个，共得到1 468 645个群体SNP。进一步进行系统进化树和PCA亲缘关系分析表明，195份辣椒种质资源可以分为3个亚类。本研究从基因组水平揭示了辣椒不同种质资源之间的遗传进化关系，为辣椒种质的保护和遗传改良提供参考。

关键词：辣椒 SLAF-seq SNP 亲缘分析

基于重测序的41份芝麻种质资源全基因组序列分析

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种子 2022年第5期41卷 41-50页

作者：宋成孝舒中兵邓宽平金松覃成遵义市农业科学研究院/遵义市作物基因资源与种质创制重点实验室贵州遵义563006 遵义职业技术学院现代农业系贵州遵义563006

为揭示贵州不同生态区域芝麻种质全基因组突变类型,通过41份芝麻种质资源的全基因组重测序对单核苷多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)、小片段插入缺失(Insertion-deletion,InDel)和结构变异(Structural Variation,SV)等进行检测并注释,明确各突变在全基因组范围内的突变数量与位置信息,并基于SNP数据对41份芝麻种质资源进行种群结构分析。结果表明,共检测到SNP位点20940797个,InDel位点2989500个,SV位点138135个,其中SI_35材料的SNP、InDel、SV三个变异类型位点数量均为最多,分别为1032613个、144363个、5328个。群体结构分析结果显示,41份芝麻种质资源包含4个亚群;主成分分析结果显示,各芝麻种质在主成分1、主成分2之间的相互距离及位置基本符合进化树和群体机构的分析结果。本研究为贵州芝麻种质资源的研究提供了初步的进化框架。

关键词：芝麻全基因组重测序 SNP InDel SV 群体结构