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千人基因组视角下的人类起源演化

科学通报 2015年第12期60卷 1057-1065页

作者：程耀霆李玉春孔庆鹏中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室昆明650223

千人基因组工程作为大规模基因组测序时代的一个里程碑计划,与此前的人类基因组计划和人类基因组单体型图谱计划一起成为推动人类遗传学研究发展的重大公共科学事件.利用该计划所产生的人类群体全基因组测序数据,研究人员可以从一个前... 详细信息

千人基因组工程作为大规模基因组测序时代的一个里程碑计划,与此前的人类基因组计划和人类基因组单体型图谱计划一起成为推动人类遗传学研究发展的重大公共科学事件.利用该计划所产生的人类群体全基因组测序数据,研究人员可以从一个前所未有的深度探寻人类遗传多样性与人类起源、演化、疾病之间的关系.本文从千人基因组计划发展的历史轨迹以及利用这一大规模数据集所开展的人类遗传学研究成果等方面入手,对大数据时代背景下人类遗传演化研究的特点进行了梳理和总结,并对未来基于如千人基因组这类大规模人类遗传数据工程的工作做了展望.

关键词：千人基因组计划人类遗传起源演化基因组测序大数据

滇池金线鲃亲鱼培育、繁殖力以及卵径大小与胚胎存活率的关系

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Zoological Research 2011年第2期32卷 196-203页

作者：潘晓赋杨君兴陈小勇李再云中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室云南昆明650223

2007—2010年,对滇池金线鲃(Sinocyclocheilus grahami)进行了亲鱼培育、繁殖力和卵径(egg diameter,ED)大小的研究。滇池金线鲃的催产率、核偏位率和孵化率分别由2007年的25.2%、61.5%和30.4%到2010年的91.3%、85.2%和44.5%。四年间这3项指标均有不同程度提高,其中,催产率提高的幅度最大。提供适合滇池金线鲃营养全面的饵料可以保证亲鱼培育的最佳效果,获得高质量的鱼卵和鱼苗。滇池金线鲃绝对怀卵量与体长的关系是F=0.0004826SL3.166(R2=0.6424,P2.0mm的胚胎死亡率趋于稳定;大的卵有更高的生存潜力,能保证仔鱼开口前继续完善身体器官的形成或发生所需要的能量。

关键词：滇池金线鲃亲鱼培育繁殖力卵径大小

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核仁研究新进展

Zoological Research 2012年第6期33卷 549-556页

作者：冯金梅孙隽文建凡中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室云南昆明650223

核仁是真核细胞间期核中最显著的结构。其主要功能是进行rRNA的合成和核糖体大、小亚基的装配。然而,近年来的研究提示核仁可能还参与了一系列其他功能活动,如mRNA和tRNA的加工成熟、信号识别颗粒的组装、端粒酶活性和调节细胞周期等。... 详细信息

核仁是真核细胞间期核中最显著的结构。其主要功能是进行rRNA的合成和核糖体大、小亚基的装配。然而,近年来的研究提示核仁可能还参与了一系列其他功能活动,如mRNA和tRNA的加工成熟、信号识别颗粒的组装、端粒酶活性和调节细胞周期等。对多个物种核仁蛋白质组数据的分析也显示核仁中具有许多与核糖体生物合成无关以及功能未知的蛋白,表明核仁在组成和功能上远比人们以前的认识复杂。同时,核仁蛋白质组数据的获得也为人们从组学水平研究核仁的起源与进化提供了新视角。该文对近年来在核仁结构、功能、蛋白质/基因组学研究及其起源与进化等方面的进展进行了概述,并探讨了一些有待于进一步研究的问题。

关键词：核仁结构功能蛋白质组学起源与进化

能量代谢途径相关基因变异与肿瘤细胞适应性进化

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Zoological Research 2012年第6期33卷 557-565页

作者：刘佳孔庆鹏中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室云南昆明650223

肿瘤细胞的快速增殖是一个极其耗能的过程,尽管如此,肿瘤细胞即便在有氧条件下也主要以糖酵解获取能量(有氧糖酵解),这是肿瘤细胞的显著特征之一。这种产能方式转变导致肿瘤细胞内部发生一系列生理变化,为其快速增殖提供能量物质和用于... 详细信息

肿瘤细胞的快速增殖是一个极其耗能的过程,尽管如此,肿瘤细胞即便在有氧条件下也主要以糖酵解获取能量(有氧糖酵解),这是肿瘤细胞的显著特征之一。这种产能方式转变导致肿瘤细胞内部发生一系列生理变化,为其快速增殖提供能量物质和用于新细胞合成所需的生物大分子,同时为有效适应肿瘤微环境改变奠定基础。该文通过介绍能量代谢相关基因变异研究进展,基于分子进化视角探讨肿瘤细胞中相关基因可能存在的适应性进化遗传印记,为诠释肿瘤细胞能量代谢方式发生转变的可能机制提供新的视角和证据。

关键词：能量代谢基因变异肿瘤适应性进化

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云南鱼类名录

Zoological Research 2013年第4期34卷 281-343页

作者：陈小勇中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室云南昆明650223

该文在《云南鱼类志》等文献基础上,参照最新分类学和分子系统学成果,对云南鱼类名录进行整理,对各分类阶元、水系进行统计,并列出了云南鱼类分布及主要参考文献。至2013年,云南省共记录鱼类13目42科198属620种,占中国淡水鱼类种数(1583... 详细信息

该文在《云南鱼类志》等文献基础上,参照最新分类学和分子系统学成果,对云南鱼类名录进行整理,对各分类阶元、水系进行统计,并列出了云南鱼类分布及主要参考文献。至2013年,云南省共记录鱼类13目42科198属620种,占中国淡水鱼类种数(1583种)的39.17%,居全国各省之首。其中,土著种586种,外来种34种,云南特有种254种,在中国仅分布于云南的共6科66属152种。云南六大水系按鱼类物种数排列依次为:珠江水系202种,澜沧江水系183种,金沙江水系142种,红河水系120种,伊洛瓦底江水系84种及怒江—萨尔温江水系77种。云南省境内分布有各类珍稀濒危鱼类99种,其中,保护鱼类23种(包括国家I级重点保护野生动物2种,国家Ⅱ级重点保护野生动物4种及云南省珍稀保护动物17种),列入《中国濒危动物红皮书鱼类》的共43种,列入《中国物种红色名录第一卷》的共73种,列入IUCN红色名录各类濒危等级的共50种及列入CITES附录Ⅱ的共3种。

关键词：云南鱼类名录分布

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人类独特表型遗传基础的研究进展

科学通报 2017年第13期62卷 1324-1332页

作者：罗鑫张栋秦宿兵中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室昆明650223 中国科学院大学昆明生命科学学院昆明650223

大约500万年前人类(Homo sapiens)和黑猩猩(Pan troglodytes)分歧之后,人类在进化过程中逐渐形成了很多独特的表型.什么样的遗传变异造就了如此独特的人类呢?近10年来,通过比较人类和其他非人灵长类的基因组序列,研究者已经发现了许多... 详细信息

大约500万年前人类(Homo sapiens)和黑猩猩(Pan troglodytes)分歧之后,人类在进化过程中逐渐形成了很多独特的表型.什么样的遗传变异造就了如此独特的人类呢?近10年来,通过比较人类和其他非人灵长类的基因组序列,研究者已经发现了许多基因组区域在人类中受到自然选择而发生了人类特异的遗传改变,包括基因编码区的改变、基因表达调控的改变、基因的丢失和基因的重复等.这些不同水平的遗传改变在进化过程中通过自然选择的作用在人群中固定下来,对人类独特表型的产生有着重要贡献.本文将从这4个遗传层面介绍人类特异表型与遗传变异的关系.另外,文中也介绍了利用基因编辑技术建立人源化的诱导多能干细胞及转基因动物模型研究人类特异突变和表型的关系,以及新的测序方法在筛选群体中天然突变个体中的应用.

关键词：人类独特表型编码基因基因表达调控基因丢失基因重复

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哺乳动物卵巢生殖干细胞研究的现状与未来

Zoological Research 2012年第6期33卷 586-590页

作者：李朝晖郭琨郑萍中国科学院昆明动物研究所、遗传资源与进化国家重点实验室云南昆明650223

哺乳动物卵巢中是否存在卵细胞再生(neo-oogenesis)及卵巢生殖干细胞一直是生殖生物学领域的争议热点之一。传统观点认为哺乳动物雌性个体出生后不再有新的卵细胞生成,即个体出生时生殖细胞已发育到原始卵泡(primordial follicle)阶段,... 详细信息

哺乳动物卵巢中是否存在卵细胞再生(neo-oogenesis)及卵巢生殖干细胞一直是生殖生物学领域的争议热点之一。传统观点认为哺乳动物雌性个体出生后不再有新的卵细胞生成,即个体出生时生殖细胞已发育到原始卵泡(primordial follicle)阶段,停留在第一次减数分裂前期的双线期(diplotene),之后卵泡池中的配子或凋亡,或重新启动发育,没有生殖干细胞通过再生来产生新的卵子补充到卵泡库中。然而,近年的研究结果发现,小鼠和人卵巢中可以分离出一类生殖细胞,它们在体外培养条件下具有增殖和自我更新的能力,移植入卵巢后可以分化形成有功能的卵细胞,从而挑战了这一传统理念。但是,生理条件下卵巢中是否也存在这样一类生殖干细胞,其生理功能如何。该文就此方面的研究现状和未来发展进行评述。

关键词：哺乳动物卵巢生殖干细胞卵细胞再生

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脊椎动物回声定位发声和听觉机制研究进展

遗传 2024年

作者：刘奇施鹏中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室

回声定位是一个由多个系统协作的、高度特化的复杂生物性状，它的起源最早可以追溯到6，800万年前，并在随后的生物演化历程中反复出现在多个脊椎动物类群中，表现出强劲的生命力并成为自然界中性状趋同演化的典型案例。然而，直到20世... 详细信息

回声定位是一个由多个系统协作的、高度特化的复杂生物性状，它的起源最早可以追溯到6，800万年前，并在随后的生物演化历程中反复出现在多个脊椎动物类群中，表现出强劲的生命力并成为自然界中性状趋同演化的典型案例。然而，直到20世纪初人类才真正揭开动物回声定位研究的序幕，成为动物学、行为学、遗传学等领域的研究热点，并在过去的80多年间取得了丰硕的成果。本文回顾了动物回声定位研究的发展历史，概述了不同回声定位动物类群，重点阐述了回声定位在发声机制、声学特征和高频听力机制方面的研究进展，以期为全面了解动物回声定位提供参考。

关键词：脊椎动物回声定位发声机制声学特征高频听力

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人类群体中的达尔文正选择

科学通报 2008年第7期53卷 737-746页

作者：吴东东张亚平中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室

概述了现代人群中存在的大量受达尔文正选择作用的基因,如大脑发育相关基因、免疫基因、生殖相关基因及感觉受体基因等.这些基因的进化特性将会为人类进化、各种疾病机理等研究提供重要线索.随着群体遗传学数据以及比较基因组数据的增多... 详细信息

概述了现代人群中存在的大量受达尔文正选择作用的基因,如大脑发育相关基因、免疫基因、生殖相关基因及感觉受体基因等.这些基因的进化特性将会为人类进化、各种疾病机理等研究提供重要线索.随着群体遗传学数据以及比较基因组数据的增多,越来越多的证据表明,达尔文正选择作用在人类起源和进化上起着不可或缺的作用.本文还介绍了检测正选择作用的常用方法,分析了所面临各种干扰因素,并对进一步的研究作了展望.

关键词：自然选择正选择群体遗传学比较基因组学