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细胞外囊泡在口腔鳞状细胞癌诊疗中的作用

中国组织工程研究 2025年第7期29卷 1523-1530页

作者：曹玥叶鑫健李碧瑶张苡宁冯剑颖浙江中医药大学口腔医学院浙江省杭州市310053 浙江大学医学院附属口腔医院·浙江大学口腔医学院·浙江省口腔疾病临床医学研究中心·浙江省口腔生物医学研究重点实验室·浙江大学癌症研究院浙江省杭州市310006

背景:细胞外囊泡在不同的生理和病理生理条件下由多种细胞类型(包括肿瘤细胞)分泌到细胞外环境中,存在着广泛的生物学信号及细胞之间的信号传导。肿瘤衍生的细胞外囊泡可能会加剧癌症的进展、存活、侵袭和促进血管生成。目的:综述细胞... 详细信息

背景:细胞外囊泡在不同的生理和病理生理条件下由多种细胞类型(包括肿瘤细胞)分泌到细胞外环境中,存在着广泛的生物学信号及细胞之间的信号传导。肿瘤衍生的细胞外囊泡可能会加剧癌症的进展、存活、侵袭和促进血管生成。目的:综述细胞外囊泡在口腔鳞状细胞癌诊疗中的研究进展。方法:由第一作者在Pub Med、万方和中国知网数据库中进行文献检索,关键词为“EVs,Oral squamous cell carcinoma,Diagnosis and treatment,Biopsy,Tissue engineering”及“细胞外囊泡,口腔鳞状细胞癌,诊疗,活检,组织工程”,最终纳入63篇文献进行分析。结果与结论:(1)在口腔鳞状细胞癌唾液活检中,细胞外囊泡作为肿瘤细胞与周围微环境间的信息传递工具,携带包括可溶性蛋白、脂质、DNA和RNA在内的多种生物分子,对口腔鳞状细胞癌的进展起着至关重要的作用,这些微小囊泡不仅在肿瘤的生长和扩散中扮演着关键角色,还提供了有关肿瘤生物学特性的重要信息。(2)唾液活检作为一种非侵入性诊断方法,通过分析其中的细胞外囊泡,可以为口腔鳞状细胞癌的早期诊断和靶向治疗开辟新的可能性。(3)研究发现,细胞外囊泡内含的生物活性分子,如micro RNAs(mi RNAs)和特定蛋白质,能作为口腔鳞状细胞癌的生物标志物,提高早期诊断的准确性。细胞外囊泡中的特定蛋白质如EHD2,CAVIN1,PF4V1和CXCL7等显示了作为新型预测性生物标志物的潜力。(4)此外,文章还强调了细胞外囊泡在口腔鳞状细胞癌治疗中的应用潜力,通过工程化改造,细胞外囊泡可以作为新一代纳米级药物输送系统,增强肿瘤靶向治疗的效率和特异性。(5)未来的研究将进一步深入探索细胞外囊泡在口腔鳞状细胞癌治疗中的作用及其机制,有望改善患者的生存率和生活质量。

关键词：细胞外囊泡口腔鳞状细胞癌诊疗活检组织工程药物载体 miRNA 外泌体唾液检测顺铂耐药

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线粒体自噬在特发性肺纤维化中的生物学机制

中国组织工程研究 2025年第31期29卷 6708-6716页

作者：谢铱子林雪莹张欣欣黄秀芳詹少锋江勇蔡彦广州中医药大学第一临床医学院广东省广州市510000 广州中医药大学第一附属医院广东省广州市510000 广州中医药大学岭南医学研究中心广东省广州市510000 广东省中医临床研究院广东省广州市510000 深圳市中西医结合医院广东省深圳市518104 广东省中医院珠海医院广东省珠海市519015

背景:线粒体自噬与特发性肺纤维化的发生发展关系密切,但其作用机制尚不清楚。目的:探讨线粒体自噬在特发性肺纤维化中的生物学机制,为临床特发性肺纤维化风险预测及亚型区分提供思路。方法:通过GEO和Reactome Pathway数据库等获取特发... 详细信息

背景:线粒体自噬与特发性肺纤维化的发生发展关系密切,但其作用机制尚不清楚。目的:探讨线粒体自噬在特发性肺纤维化中的生物学机制,为临床特发性肺纤维化风险预测及亚型区分提供思路。方法:通过GEO和Reactome Pathway数据库等获取特发性肺纤维化的线粒体自噬相关基因,基于组间差异、随机森林模型筛选特发性肺纤维化的线粒体自噬特征基因。采用g:Profiler数据库进行GO功能富集分析和KEGG、Reactome、WIKI通路富集分析。通过共识聚类法区分特发性肺纤维化线粒体自噬亚型,进行亚型间免疫浸润分析,并筛选出线粒体自噬关键基因。最后,通过列线图模型量化线粒体自噬关键基因对临床特发性肺纤维化发生风险的预测价值,并探索线粒体自噬关键基因与特发性肺纤维化临床特征的相关性。结果与结论:①特发性肺纤维化中与线粒体自噬相关的基因共13个,经组间差异、随机森林模型筛选出线粒体自噬特征基因5个,分别是PINK1、RPS27A、SRC、HIF1A和CDH6;②GO分析主要涉及泛素蛋白连接酶结合、细胞对缺氧的反应;通路富集分析主要涉及PINK1-PRKN介导的线粒体自噬、NOTCH信号通路、EGFR的信号传递和血管生成等;③HIF1A在不同特发性肺纤维化亚型间具有显著的表达差异,可能成为特发性肺纤维化线粒体自噬亚型区分的关键基因;④免疫浸润分析提示骨髓来源抑制性细胞、中性粒细胞与1型辅助性T细胞可能在不同亚型之间存在浸润差异,而HIF1A与多种免疫细胞浸润程度呈正相关;⑤列线图模型提示通过HIF1A的表达水平可能预测临床特发性肺纤维化的发生风险;⑥临床特征分析提示,HIF1A高表达患者可能肺功能更差,纤维化程度更严重。结果表明,PINK1、RPS27A、SRC、HIF1A和CDH6可能通过线粒体自噬影响特发性肺纤维化的发生发展,其中HIF1A可能成为特发性肺纤维化风险预测及临床亚型区分的关键基因,且与患者的肺功能水平密切相关。

关键词：特发性肺纤维化线粒体自噬自噬关键基因亚型分析富集分析免疫浸润分析肺功能生物信息学

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基于结肠癌癌变基因识别诊断分子标志

赣南医学院学报 2023年第3期43卷 219-227页

作者：何明蔡浩罗芸郭有赣南医学院第一附属医院医药大数据与生物信息研究中心江西赣州341000

目的:通过生物信息学方法筛选结肠癌癌变相关基因,以期发现可用于临床诊断的结肠癌分子标志物。方法:基于GEO数据库筛选活检组织中正常结肠黏膜、结肠腺瘤、结肠癌随肿瘤进展差异表达的基因,采用GO、KEGG进行功能通路富集分析,通过STRIN... 详细信息

目的:通过生物信息学方法筛选结肠癌癌变相关基因,以期发现可用于临床诊断的结肠癌分子标志物。方法:基于GEO数据库筛选活检组织中正常结肠黏膜、结肠腺瘤、结肠癌随肿瘤进展差异表达的基因,采用GO、KEGG进行功能通路富集分析,通过STRING数据库和Cytoscape软件挖掘结肠癌癌变特征基因(CRCCG),基于独立数据集和GEPIA数据库验证其表达水平并进行生存分析。GSVA计算CRCCG-GSVA评分,ROC曲线分析并验证GSVA评分的诊断价值。结果:在数据集GSE37364筛选出183个随结肠癌进展呈显著差异表达的基因。进一步分析发现差异基因主要参与肿瘤相关的多个生物过程和信号通路。差异基因构建蛋白质互作网络利用cytoHubba插件筛选出11个CRCCG(ANLN、CXCL11、CXCL3、CXCL8、GZMB、IL1B、MMP3、SHCBP1、TIMP1、TRIP13、UBE2C)。手术组织样本和GEPIA数据库验证CRCCG与活检组织样本中表达趋势一致,均随着肿瘤进展表达水平显著升高。ROC曲线分析揭示CRCCG-GSVA评分具有很高的诊断价值并在手术组织样本数据集中得到验证,预后分析发现CXCL3、IL1B和TIMP1基因的表达水平与患者总体生存期显著相关。结论:本研究通过生物信息学分析得到CRCCG可能是潜在的结肠癌诊断分子标志,为结肠癌的临床诊断和治疗提供新方向。

关键词：结肠癌癌变生物信息学分析差异表达基因分子标志

氢化可的松联合维生素C和维生素B1治疗脓毒症患者疗效的Meta分析

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中华危重病急救医学 2021年第9期33卷 1040-1046页

作者：常晨阳罗开源朱惠芳邓国平高倩男赣南医学院江西赣州341000 赣南医学院第一附属医院儿童医学中心江西赣州341000

目的系统评价氢化可的松联合维生素C、维生素B1对脓毒症或脓毒性休克患者疗效的影响。方法计算机检索中国知网、中国生物医学文献服务系统(Sino Med)、维普数据库、万方数据库、美国国立医学图书馆数据库(PubMed)、Cochrane图书馆、荷... 详细信息

目的系统评价氢化可的松联合维生素C、维生素B1对脓毒症或脓毒性休克患者疗效的影响。方法计算机检索中国知网、中国生物医学文献服务系统(Sino Med)、维普数据库、万方数据库、美国国立医学图书馆数据库(PubMed)、Cochrane图书馆、荷兰医学文摘(Embase),收集关于氢化可的松联合维生素C、维生素B1治疗脓毒症或脓毒性休克的随机对照试验(RCT),检索时限均为建库至2021年1月。试验组在常规治疗基础上静脉注射氢化可的松、维生素B1和维生素C;对照组给予常规治疗或在常规治疗基础上给予安慰剂/氢化可的松/氢化可的松+维生素B1。结局指标包括:序贯器官衰竭评分(SOFA)、病死率、血管活性药物使用时间、新发急性肾损伤(AKI)、重症监护病房(ICU)住院时间和总住院时间。由2名研究员独立筛选文献、提取资料和评价纳入文献的偏倚风险。采用RevMan 5.3软件进行Meta分析;采用漏斗图分析发表偏倚。结果共纳入6篇文献,816例患者。试验组411例,对照组405例。Meta分析结果显示:试验组血管活性药物使用时间较对照组明显缩短〔均数差(MD)=-24.02,95%可信区间(95%CI)为-32.36~-15.68,P研究间发表偏倚较小,说明发表偏倚对此次Meta分析结果影响较小。结论氢化可的松联合维生素C、维生素B1能缩短脓毒症或脓毒性休克患者血管活性药物使用时间,但不能有效降低患者的SOFA评分、病死率、新发AKI、ICU住院时间和总住院时间;受纳入研究数量和质量的限制,仍需要进一步开展大规模、多中心、盲法、RCT予以验证。

关键词：氢化可的松维生素C 维生素B1 脓毒症脓毒性休克 Meta分析

赣南医学院第一附属医院临床数据与样本资源库的建设

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赣南医学院学报 2020年第8期40卷 802-805页

作者：罗芸何明丁幼萍谭礼清蔡浩郭有赣南医学院第一附属医院医药大数据与生物信息研究中心江西赣州341000

生物样本库是基础研究、精准医学及药物研发的基础科研平台,是临床医学学科创新与诊疗技术创新的基础元素平台。目前,我国生物样本库处于快速发展时期,在一定数量和质量的基础上,逐渐向标准化、信息化、数字化的方向迈进,但仍面临着诸... 详细信息

生物样本库是基础研究、精准医学及药物研发的基础科研平台,是临床医学学科创新与诊疗技术创新的基础元素平台。目前,我国生物样本库处于快速发展时期,在一定数量和质量的基础上,逐渐向标准化、信息化、数字化的方向迈进,但仍面临着诸多挑战。本文结合我院临床研究需求,对赣南医学院第一附属医院临床数据与样本资源库的建设进行探讨,旨在建成一个标准、高效的数字化临床样本库,以期实现医院临床数据与样本资源的临床研究价值最大化,促进赣南医学院第一附属医院临床科学研究高质量可持续发展。

关键词：生物样本库标准化信息化数字化

基于配对样本芯片数据识别乳腺癌关键基因及验证

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赣南医学院学报 2024年第5期44卷 441-449页

作者：刘梦莹蔡浩何明罗芸郭有赣南医科大学第一附属医院医药大数据与生物信息研究中心江西赣州341000

目的:高通量筛选结合生物信息学分析方法寻找乳腺癌关键基因,为探讨乳腺癌潜在分子标志物、提高对乳腺癌发生发展机制的认识提供指导。方法:⑴从GEO数据库筛选所需基因芯片数据集,利用GEO2R在线分析各数据集的差异表达基因,绘制韦恩图... 详细信息

目的:高通量筛选结合生物信息学分析方法寻找乳腺癌关键基因,为探讨乳腺癌潜在分子标志物、提高对乳腺癌发生发展机制的认识提供指导。方法:⑴从GEO数据库筛选所需基因芯片数据集,利用GEO2R在线分析各数据集的差异表达基因,绘制韦恩图得到共同显著差异表达基因(Commonly differentially expressed genes,CDEGs)。⑵利用DAVID数据库,对CDEGs进行GO与KEGG的富集分析。⑶通过STRING数据库和Cytoscape软件构建CDEGs可视化蛋白互作网络(Protein-protein interaction,PPI),并利用CytoHubba插件计算得到乳腺癌关键基因。⑷基于筛选的基因芯片数据集和GEPIA数据库验证这些关键基因在乳腺癌组织和正常组织中的表达。⑸通过Kaplan-Meier plotter数据库对乳腺癌关键基因进行预后分析,绘制生存曲线。结果:⑴筛选得到GSE15852、GSE109169和GSE334473个数据集,共鉴定出355个CDEGs。⑵CDEGs参与多种生物过程和信号通路,其中胞外外泌体、蛋白质性细胞外基质、核染色质、质膜、细胞外间隙、PPAR信号通路、酪氨酸代谢、视黄醛代谢与乳腺癌密切相关。⑶基于CDEGs构建的PPI网络由298个点和1327条边组成,并确定AURKA、CDK1、MCM4、TOP2A、RRM2、PRC1、HMMR、MELK、GINS2和UHRF1为乳腺癌关键基因。⑷GSE15852、GSE109169和GSE334473个数据集和GEPIA数据库验证相比于正常组织,关键基因在乳腺癌组织中的表达增加。⑸生存分析表明乳腺癌关键基因高表达患者的OS均显著低于低表达患者(P<0.001)。结论:乳腺癌关键基因与其发生及预后密切相关,为乳腺癌的临床诊断、改善患者预后提供了新思路。

关键词：乳腺癌差异表达基因关键基因生存分析

融合轮廓信息与条件生成对抗的视网膜血管分割

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生物医学工程学杂志 2021年第2期38卷 276-285页

作者：梁礼明蓝智敏盛校棋谢招犇刘万蓉江西理工大学电气工程与自动化学院江西赣州341000 赣南医学院信息工程学院江西赣州341000 赣南医学院第一附属医院眼科江西赣州341000

针对现有视网膜血管分割算法存在主血管末端易断裂、中心黄斑和视盘边界易误分割等问题,本文提出一种融合血管轮廓信息与条件生成对抗网络的视网膜血管分割算法。首先,采用非均匀光照移除和主成分分析处理眼底图像,增强血管与背景的对比... 详细信息

针对现有视网膜血管分割算法存在主血管末端易断裂、中心黄斑和视盘边界易误分割等问题,本文提出一种融合血管轮廓信息与条件生成对抗网络的视网膜血管分割算法。首先,采用非均匀光照移除和主成分分析处理眼底图像,增强血管与背景的对比度,并获得特征信息丰富的单尺度灰度图像。其次,将集成了带偏移量的深度可分离卷积和挤压激励(SE)模块的密集块同时运用到编码器和解码器,缓解梯度消失和梯度爆炸,同时使得网络专注于学习目标的特征信息。然后,引入轮廓损失函数,提升网络对血管信息和轮廓信息的辨识能力。最后,在DRIVE与STARE数据集上分别进行实验,受试者曲线值分别达到0.9825和0.9874,准确率分别达到0.9677和0.9756。实验结果表明,本文提出的算法能够准确辨别轮廓与血管,减少血管断裂,在临床眼科疾病诊断中具有一定的应用价值。

关键词：轮廓损失函数深度可分离卷积挤压激励模块条件生成对抗网络视网膜血管分割

基于降低血管通透性的裸花紫珠收敛作用的谱效关系研究

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中华中医药杂志 2021年第9期36卷 5589-5594页

作者：李亚梅杨义芳康兴东李小锋肖军平杨建琼杨扬赣南医学院第一临床医学院赣州341000 中国医药工业研究总院上海医药工业研究院上海201203 上海药辰生物科技有限公司上海200060 江西普正制药有限公司吉安343100 赣南医学院第一附属医院临床医学研究中心赣州341000

目的:通过裸花紫珠色谱峰与其降低血管通透性收敛作用之间的相关性分析,建立二者之间的谱效关系数学模型,揭示裸花紫珠发挥收敛作用的可能物质基础。方法:高效液相色谱检测10批裸花紫珠药材及其不同提取物,建立指纹图谱,用相似度软件筛... 详细信息

目的:通过裸花紫珠色谱峰与其降低血管通透性收敛作用之间的相关性分析,建立二者之间的谱效关系数学模型,揭示裸花紫珠发挥收敛作用的可能物质基础。方法:高效液相色谱检测10批裸花紫珠药材及其不同提取物,建立指纹图谱,用相似度软件筛选匹配数≥2的峰作为相关峰进行相关性分析,再把裸花紫珠不同提取物色谱峰数据与其药效作用数据进行Pearson相关分析,以及通过多元线性回归建立数学模型。结果:建立了裸花紫珠及其不同提取物的指纹图谱,并筛选出21个相关峰,Pearson相关性分析呈现较好相关性且为负相关关系,模型拟合精度较高,具有统计学意义。色谱峰2、4、8、9、11、13、18和23可能是裸花紫珠发挥收敛作用的物质基础。结论:基本确定裸花紫珠发挥收敛作用的成分为苯乙醇苷类、黄酮类及酚酸类小分子化合物,为裸花紫珠物质基础研究奠定基础。

关键词：裸花紫珠收敛作用指纹图谱谱效关系

基于UPLC⁃Q⁃TOFMS/MS技术的裸花紫珠不同溶剂提取物的成分分析

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中药材 2020年第11期43卷 2707-2712页

作者：李亚梅杨扬杨义芳李小锋康兴东肖军平杨建琼赣南医学院江西赣州341000 中国医药工业研究总院上海医药工业研究院上海201203 上海药辰生物科技有限公司上海200060 江西普正制药有限公司江西吉安343100 赣南医学院第一附属医院临床医学研究中心江西赣州341000

目的:通过UPLC⁃Q⁃TOFMS/MS技术分析鉴定裸花紫珠三种不同溶剂提取物及其颗粒的化学成分与差异。方法:采用WatersAcquityUPLC/XevoG2⁃XSQTof色谱柱1.8μmUltimateXB⁃C18 column(100×2.1mmi.d.);柱温30℃;流动相:A(H_(2)O):B(CH3CN)梯度洗脱流速为0.25mL/min,负离子模式进行检测,通过UNIFI软件及文献报道质谱数据分析鉴定化合物;再通过PCA分析观察样品的聚集,结合镜像对比分析样品化学成分的差异。结果:共鉴定17化合物,主要为苯乙醇苷类毛蕊花糖苷、连翘脂苷B等和黄酮类木犀草素、芹菜素等,其余为环烯醚萜类梓醇、益母草苷及三萜类化合物熊果酸;PCA分析可看到裸花紫珠三种不同提取物分别在不同的象限,且水提物与颗粒出现大部分重合;镜像对比发现颗粒中成分基本包含在水提物成分中,保留时间小于20min的化合物水提和醇提效果无较大差异,保留时间大于20min的化合物醇提效果较好。结论:本实验结果为裸花紫珠化学成分的研究、药效物质基础的探讨及提取工艺优化提供一种新的思路,具有一定的参考意义。

关键词：裸花紫珠提取工艺化学成分分析 UPLC⁃Q⁃TOFMS/MS