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马缨杜鹃bHLH转录因子家族的鉴定与表达分析

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广西植物 2024年第9期44卷 1649-1668页

作者：王洪飞欧静王孝敬可珂范豫周玉梅范馨悦贵州大学林学院贵阳550025 贵州大学茶学院贵阳550025 贵州大学农学院贵阳550025

水分亏缺是制约马缨杜鹃(Rhododendron delavayi)园林应用的关键因子,bHLH转录因子在植物生长发育和胁迫响应过程中发挥重要调控作用。该文以马缨杜鹃基因组文件和转录表达数据为材料,运用生物信息学方法鉴定马缨杜鹃bHLH转录因子(RdbH... 详细信息

水分亏缺是制约马缨杜鹃(Rhododendron delavayi)园林应用的关键因子,bHLH转录因子在植物生长发育和胁迫响应过程中发挥重要调控作用。该文以马缨杜鹃基因组文件和转录表达数据为材料,运用生物信息学方法鉴定马缨杜鹃bHLH转录因子(RdbHLH)家族成员,并分析了基因结构、保守基序、系统发育、蛋白理化性质、顺式作用元件、蛋白互作网络及表达模式等特征。结果表明:(1)共鉴定出116个RdbHLH基因,不同蛋白氨基酸数目和分子量大小差异较大,总体为弱酸性亲水蛋白,主要在细胞核行使功能。(2)RdbHLH共划分为17个亚家族,各亚家族基因基序结构保守,但在不同亚家族间差异较大,绝大多数RdbHLH蛋白同时含有Motif 1和Motif 2,启动子区域含大量与植物生长发育、激素响应、光响应和胁迫响应相关的顺式作用元件。(3)马缨杜鹃响应干旱胁迫主要通过激发信号传导通路与渗透调节和黄酮类化合物合成系统,以缓解胁迫损伤;干旱胁迫影响了36个RdbHLH基因的表达,强烈诱导了12个RdbHLH基因的表达,其中RdbHLH49和RdbHLH95可能在植株抗干旱胁迫过程中发挥重要调控作用。研究结果为进一步研究RdbHLH基因的生物学功能提供了理论依据,也为培育马缨杜鹃优良园艺品种提供了靶向基因资源。

关键词：马缨杜鹃 bHLH 生物信息学干旱胁迫表达模式

级联边缘卷积与注意力机制的点云分类分割研究

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计算机工程与应用 2024年第12期60卷 170-180页

作者：王秋红徐杨蒋诗怡熊举举贵州大学大数据与信息工程学院贵阳550025 贵阳铝镁设计研究院有限公司贵阳550009

近几年点云的分类分割研究多采用多层次架构提取点云特征的方法,提取到较为稳定的高层语义特征,但是全局特征和邻域特征提取不足并且缺乏对上下文信息的特征融合。因此,提出一种新的LAM-EdgeCNN网络,采用边缘卷积与注意力机制级联的方... 详细信息

近几年点云的分类分割研究多采用多层次架构提取点云特征的方法,提取到较为稳定的高层语义特征,但是全局特征和邻域特征提取不足并且缺乏对上下文信息的特征融合。因此,提出一种新的LAM-EdgeCNN网络,采用边缘卷积与注意力机制级联的方式对点云进行多层级特征提取,获取高层次特征信息。为了加强对特定通道特征和关键空间点的捕捉,提出一种轻量型LAM注意力机制,使用CAM特征通道注意力获取各通道的关联,定位关键通道特征的捕获,使网络更加关注特定通道特征以减少信息弥散和特征冗余;引入SAM空间注意力机制获取点空间的位置信息的注意力权重,增加获得浅层信息的细粒度。采用注意力机制与边缘卷积EdgeConv相结合的方式,增强上下文感知能力,充分提取和融合点云的局部特征和上下文特征,获得面向下游任务的点云特征。将模型应用于公开数据集,实验表明,模型在点云分类、部件分割、语义分割任务中取得良好效果且具有较好鲁棒性。

关键词：点云分类点云分割轻量型注意力机制边缘卷积

丹参中甘西鼠尾新酮A通过干扰LPS与TLR4/MD2的结合发挥抗炎作用

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药学学报 2024年第6期59卷 1647-1655页

作者：王鸿颖何贤芳刘瑞秀易琼钟杭王鲁贵州大学药学院贵州贵阳550025 西南特色药用生物资源开发利用教育部工程研究中心贵州贵阳550025

研究丹参中是否存在能与Toll样受体4/髓样分化蛋白2(Toll like receptor 4/myeloid differentiation protein 2,TLR4/MD2)结合发挥抗炎活性的化合物。本文以TLR4/MD2为靶蛋白虚拟筛选了丹参已报道的化学成分,并检测了筛选出的甘西鼠尾新... 详细信息

研究丹参中是否存在能与Toll样受体4/髓样分化蛋白2(Toll like receptor 4/myeloid differentiation protein 2,TLR4/MD2)结合发挥抗炎活性的化合物。本文以TLR4/MD2为靶蛋白虚拟筛选了丹参已报道的化学成分,并检测了筛选出的甘西鼠尾新酮A(neoprzewaquinone A,Neo A)对脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)与细胞膜上受体结合的影响、与蛋白的亲和力作用、对LPS介导细胞中TLR4与MD2二聚化的影响、对LPS所致细胞核转录因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)p65蛋白磷酸化及细胞炎性因子分泌的影响。研究结果表明,丹参中Neo A与TLR4/MD2虚拟结合能最高,为−12.8 kcal·mol^(-1);Neo A可极显著抑制LPS与细胞膜上的受体结合(P<0.01),且Neo A能与rhTLR4/MD2、rhTLR4、r hMD2结合,亲和力分别为267、534、228 nmol·L^(-1);Neo A与TLR4/MD2的氨基酸残基TYR131、PHE121等位点可能存在烷基及π-烷基疏水作用;Neo A能极显著抑制LPS介导细胞中TLR4与MD2的二聚化(P<0.01),显著抑制NF-κBp65蛋白的磷酸化水平(P<0.05);Neo A能显著或极显著抑制LPS所致细胞一氧化氮(nitric oxide,NO)、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)和白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)的分泌(P<0.05,P<0.01)。综上,Neo A可通过与TLR4/MD2结合干扰LPS与TLR4/MD2结合发挥抗炎作用,可能是一种TLR4/MD2抑制剂,可用于TLR4/MD2为靶点的炎症相关疾病治疗。

关键词：丹参甘西鼠尾新酮A 脂多糖 Toll样受体4/髓样分化蛋白2 抗炎

企业扶贫行为传递对乡村振兴的启示——来自股东扶贫网络的证据

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贵州财经大学学报 2024年第2期 101-110页

作者：杜剑张杰郭晓冬贵州财经大学会计学院贵州贵阳550025 贵州师范大学喀斯特生态文明研究中心贵州贵阳550025

现有研究侧重从企业个体维度探讨其参与帮扶的影响因素,忽略了企业个体行为在社会网络中的嵌入性。鉴于此,选取2016~2020年中国A股上市公司精准扶贫数据,从以往研究较少涉及的社会网络视角出发,探究股东扶贫网络对企业扶贫行为的影响及... 详细信息

现有研究侧重从企业个体维度探讨其参与帮扶的影响因素,忽略了企业个体行为在社会网络中的嵌入性。鉴于此,选取2016~2020年中国A股上市公司精准扶贫数据,从以往研究较少涉及的社会网络视角出发,探究股东扶贫网络对企业扶贫行为的影响及其机理。研究发现:股东在扶贫网络中越靠近中心位置,企业参与精准扶贫的意愿就越强、扶贫投入就越多、扶贫效果就越好;机制检验表明,企业扶贫行为可以在股东扶贫网络中进行传递,股东扶贫网络主要通过信息渠道与公司治理渠道来影响企业扶贫行为;进一步发现,企业的产权性质、融资约束及所在地区的市场化程度,会对股东扶贫网络与企业扶贫行为之间的关系产生异质性影响。研究结论为推动企业参与乡村振兴战略提供了来自社会网络的分析视角,也为政府部门引导股东的社会责任投资提供了经验启示。

关键词：企业扶贫行为股东扶贫网络信息共享公司治理乡村振兴

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模拟暴雨极端天气下微塑料对黑土中磷素淋失过程的影响

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吉林农业大学学报 2024年第4期46卷 608-616页

作者：谢勇许冰徐昕郭维张少良吉林省突发事件预警信息发布中心长春130062 东北农业大学资源与环境学院哈尔滨150030 吉林省气象信息网络中心长春130062 吉林省气象局长春130062

暴雨极端天气下会引起土壤地表滞水,极易造成土壤中物质向下迁移,微塑料(MP)可改变土壤的理化性质,进而影响土壤养分淋失。以黑土为研究对象,采用定水头土柱淋溶模拟的方法,研究不同类型MP(聚乙烯,PE;聚苯乙烯,PS)对黑土中的磷素淋失的... 详细信息

暴雨极端天气下会引起土壤地表滞水,极易造成土壤中物质向下迁移,微塑料(MP)可改变土壤的理化性质,进而影响土壤养分淋失。以黑土为研究对象,采用定水头土柱淋溶模拟的方法,研究不同类型MP(聚乙烯,PE;聚苯乙烯,PS)对黑土中的磷素淋失的影响,分析不同MP含量(0,0.5%,1%,2%,3%)、粒径(0.15~0.36 mm,0.36~0.60 mm,0.60~1.00 mm)和种类及不同有机质(SOM)含量对土壤磷素淋失的影响机制。结果表明:1%PE添加量对水溶态磷淋失量的影响主要表现为“孔隙效应”,而其他PE添加量(0.5%,2%,3%)对水溶态磷淋失的影响主要表现为“吸附效应”;同等条件下,PS比PE更容易造成土壤中磷素淋失;土壤SOM含量越低,PE作用下土壤中水溶态磷淋失量越多。因此,MP的添加会影响土壤中的磷淋失量,并且MP的含量、粒径、种类对水溶态磷淋失均存在影响,土壤SOM含量越低,越容易发生养分淋失。研究结果为黑土保护及相关气象科研提供参考,并可为MP污染管控及其对土壤中养分运移的影响等提供理论依据和技术支撑。

关键词：黑土磷素淋失微塑料淋失量

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闽楠幼苗适应弱光环境的可塑性研究

广西植物 2024年第3期44卷 501-509页

作者：安静韦小丽姚瑶金念情吴高殷王晓贵州大学林学院贵阳550025 贵州师范大学地理与环境科学学院贵阳550025 贵州省森林资源与环境研究中心贵阳550025

为深入研究闽楠幼苗在极弱光环境下的可塑性及生存策略,该文以2年生闽楠幼苗为试验材料,通过人工遮阴方式模拟不同光环境(100%、35%和10%透光率),测定不同处理下闽楠幼苗叶片表观形态、解剖结构和光合生理等参数,探讨幼苗形态、生理可... 详细信息

为深入研究闽楠幼苗在极弱光环境下的可塑性及生存策略,该文以2年生闽楠幼苗为试验材料,通过人工遮阴方式模拟不同光环境(100%、35%和10%透光率),测定不同处理下闽楠幼苗叶片表观形态、解剖结构和光合生理等参数,探讨幼苗形态、生理可塑性与光适应的内在联系。结果表明:(1)闽楠幼苗的叶长、叶宽、叶面积和比叶面积(SLA)均随着光强的减弱而增加,叶片厚度、栅栏组织厚度、海绵组织厚度和栅海比值(栅栏组织厚度/海绵组织厚度)等均以10%透光率下最小。(2)35%透光率的净光合速率(P_(n))、气孔导度(G_(s))、蒸腾速率(T_(r))、光能利用率(LUE)、光系统Ⅱ(PSⅡ)的光化学淬灭系数(q_(p))、非光化学淬灭系数(NPQ)、有效光合量子产量(F_(v)′/F_(m)′)及潜在光化学效率(F_(v)/F_(o))等均显著高于100%和10%透光率处理。(3)叶绿素a、叶绿素b、类胡萝卜素、叶绿素总量及最大光化学效率(F_(v)/F_(m))等均随着光强的减弱而增加,但叶绿素a/b随着光照强度的减弱而降低。(4)幼苗结构和生理表型可塑性指数显示,光合色素含量特征>形态特征>光合特征>解剖结构特征>叶绿素荧光参数特征,其中叶面积、SLA、P_(n)、G_(s)、LUE及光合色素含量的表型可塑性指数在0.455~0.755之间。综上所述,闽楠幼苗不适宜在全光照下生长,在35%左右的透光率下表现良好;在10%透光率下,闽楠叶片通过增加叶面积、SLA、P_(n)及光合色素含量来提高对光能的捕获;弱光下闽楠幼苗主要通过调节光合色素含量与形态的可塑性,协同解剖结构、光合生理及叶绿素荧光参数可塑性的变化来适应弱光环境。该研究可为今后闽楠栽培管理提供理论依据。

关键词：弱光闽楠幼苗叶片形态光合生理可塑性

大血藤对溃疡性结肠炎的治疗作用及基于GEO芯片联合网络药理学的机制探讨

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中国现代应用药学 2024年第3期41卷 332-340页

作者：徐锋余漂杜琳霖曾倩王君义吴红梅王祥培贵州中医药大学药学院贵阳550025 贵州民族大学民族医药学院贵阳550025

目的明确大血藤抗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的作用,并探讨其作用机制。方法以葡聚糖硫酸钠诱导UC小鼠模型评价大血藤抗UC作用;依据中国知网和PubMed网站获取大血藤的成分,SwissTargetPrediction数据库筛选成分靶点,GEO基因... 详细信息

目的明确大血藤抗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的作用,并探讨其作用机制。方法以葡聚糖硫酸钠诱导UC小鼠模型评价大血藤抗UC作用;依据中国知网和PubMed网站获取大血藤的成分,SwissTargetPrediction数据库筛选成分靶点,GEO基因芯片提取UC差异基因,构建大血藤“成分-靶点-疾病”网络,筛选核心靶点后,进行蛋白互作与聚类分析、生物过程及通路富集分析,并以分子对接和文献初步验证网络分析的可靠性。结果大血藤能显著改善UC小鼠的疾病活动指数评分、结肠缩短和结肠组织病理变化,具有良好的抗UC作用;网络分析发现大血藤抗UC核心成分包括(+)-Dihydroguaiaretic acid、Isorhapontigenin和Pinosylvin等,核心靶点EGFR、STAT1、LCK等63个,通过调节PI3K-Akt信号通路和癌症蛋白聚糖等多条免疫抗炎和抗肿瘤相关的信号通路,影响氨基酸修饰,激酶活性调节,细胞反应和氧化应激等生物过程抗UC。分子对接和文献表明所构建网络可靠性较高。结论大血藤有良好的抗UC作用,其机制可能与调节肠道免疫炎症及细胞增殖、分化与迁移等密切相关,具备多成分、多靶点、多途径的特点。

关键词：大血藤溃疡性结肠炎 GEO芯片网络药理学分子对接作用机制

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基于高光谱的山区耕地土壤有机质含量估测

江苏农业学报 2024年第1期40卷 112-120页

作者：张永亮汪泓肖玖军李可相王宇邢丹贵州大学矿业学院贵州贵阳550025 贵州省山地资源研究所贵州贵阳550001 贵州省土地绿色整治工程研究中心贵州贵阳550001 贵州省农业科学院辣椒研究所贵州贵阳550009

以贵州省典型山区耕地土壤高光谱数据为研究对象,基于光谱变换法和机器学习原理构建贵州省山区耕地土壤有机质(SOM)含量估算模型。于2020年8月至2021年3月在贵州省13个县(区、市)采集了120个土壤样品,检测土壤可见光-近红外波段光谱信息... 详细信息

以贵州省典型山区耕地土壤高光谱数据为研究对象,基于光谱变换法和机器学习原理构建贵州省山区耕地土壤有机质(SOM)含量估算模型。于2020年8月至2021年3月在贵州省13个县(区、市)采集了120个土壤样品,检测土壤可见光-近红外波段光谱信息,利用5种光谱数据变换(原始光谱、一阶微分、二阶微分、倒数对数的一阶微分、连续统去除)和4类模型(偏最小二乘回归、支持向量机、随机森林和BP神经网络)组合出不同土壤有机质含量的预测模型,按照3∶1选择训练样本和测试样本以估算山区SOM含量。结果表明,一阶微分数据变换与山区SOM含量的相关性较高,相关系数最高达到-0.635;反演模型中,基于一阶微分光谱变换构建的BP神经网络模型精度最高,训练集、测试集的决定系数(R 2)分别为0.845、0.838,测试集均方根误差(RMSE)为3.452,相对分析误差(RPD)达到2.470,其次是RF、PLSR模型的RPD较高,SVM模型的RPD最低。光谱数据变换中一阶微分法能极大程度提取出山区耕地的SOM含量信息,BP神经网络模型是估算山区SOM含量的最优模型,本研究结果可为贵州省山区耕地土壤肥力的监测以及农业生产提供理论参考。

关键词：土壤有机质高光谱山区耕地一阶微分 BP神经网络

藜麦GST基因家族鉴定及冷胁迫下表达模式分析

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江苏农业科学 2024年第15期52卷 33-44页

作者：周光怡李魁印王睿刘晓娟覃显娇简子林任明见贵州大学农学院/国家小麦改良中心贵州分中心贵州贵阳550025 安顺学院农学院贵州安顺561000

冷胁迫会直接影响植物的生长和发育,并在植物体内不断累积有害物质。谷胱甘肽S-转移酶(glutathione S-transferase, GST)是一种对细胞保护至关重要的抗氧化酶,通过减少活性氧引起的生理性损伤,在生物和非生物应激反应中发挥重要作用。藜... 详细信息

冷胁迫会直接影响植物的生长和发育,并在植物体内不断累积有害物质。谷胱甘肽S-转移酶(glutathione S-transferase, GST)是一种对细胞保护至关重要的抗氧化酶,通过减少活性氧引起的生理性损伤,在生物和非生物应激反应中发挥重要作用。藜麦(Chenopodium quinoa Willd.)中富含蛋白质、氨基酸等对人体有益的物质,但藜麦苗期易受冷空气侵袭而导致减产。因此,鉴定藜麦耐寒相关基因是必要的,为此鉴定藜麦GST基因家族成员,并分析藜麦GST基因在冷胁迫下不同组织中的表达模式。结果表明,在藜麦基因组中共鉴定出59个藜麦GST基因成员,其氨基酸长度范围为199~416 aa,分子量在22.72~47.45 ku范围内,随机分布在14条染色体上,通过系统发育分析将其分为8个亚家族,在启动子区域中分析发现多个低温顺式作用元件(LTR)和多种生长发育及代谢相关的元件。在藜麦GST基因家族中共发现11对串联重复基因和11对片段重复基因,表明基因复制事件是该物种GST基因家族进化的主要驱动力。基因的组织特异性表达分析结果显示,大多数藜麦GST基因在不同持续时间的冷胁迫下可以作出响应,特别是在叶片上高表达。结果可为进一步研究藜麦GST基因功能提供基础,为藜麦耐寒品种选育提供候选基因。

关键词：藜麦 GST基因家族冷胁迫表达分析基因鉴定

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