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兔眼蓝莓‘园蓝’幼叶转录组生物信息学分析

分子植物育种 2024年第3期22卷 728-739页

作者：武玉祥文光琴王芳万合锋贵州省生物研究所贵阳550000

为探索兔眼蓝莓品种‘园蓝’遗传信息,本研究利用高通量测序技术对贵州栽培的‘园蓝’幼叶转录组进行了测序和生物信息学分析。共获得约1.4 Gb的纯净数据,拼装了32093条unigenes。GO数据库注释到的unigenes涉及生物学过程、细胞成分及... 详细信息

为探索兔眼蓝莓品种‘园蓝’遗传信息,本研究利用高通量测序技术对贵州栽培的‘园蓝’幼叶转录组进行了测序和生物信息学分析。共获得约1.4 Gb的纯净数据,拼装了32093条unigenes。GO数据库注释到的unigenes涉及生物学过程、细胞成分及分子功能相关的48种生理代谢功能;27137条unigenes能被KOG数据库注释,涉及25条代谢通路;9525条unigenes能被KEGG数据库成功注释,涉及5个功能大类、19个功能中类、128条代谢通路;25418条unigenes可被NR数据库注释;18309条unigenes可被SwissProt数据库注释。以上4个数据库共注释到25447条unigenes,占全部unigenes的79.29%;被以上4个数据库均注释到的unigenes为8846条,占全部unigenes的27.56%。同时,生物信息学分析还显示:全部unigenes中,有758条unigenes编码转录因子,涉及51个家族;2085条unigenes编码抗性基因,涉及17个家族。共检测到4827个SSR位点,其中二碱基重复的SSR位点达3165个,占SSR位点总数的65.57%;三核苷酸为1431条,占比29.65%;四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸共231条,占比4.79%。以上研究结果对了解兔眼蓝莓‘园蓝’的生长发育、生理生化等分子机制,对进一步进行兔眼蓝莓分子方面的相关研究均具有较高的参考价值。

关键词：兔眼蓝莓转录组生物信息学

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Co-γ辐射诱变创制甘蓝型油菜新种质

中国油料作物学报 2024年

作者：方正梁龙兵陈俊锟张燕韩宏仕陈汁雯李岩向阳贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵州省农业科学院/贵州省油菜研究所农业农村部喀斯特山区作物基因资源与种质创新重点实验室贵州大学农学院

为创制甘蓝型油菜新种质，应用不同剂量的60Co-γ射线处理甘蓝型油菜优良杂交品种的亲本以及优异品系的种子，分析辐射对成苗率、营养体生长及全生育期变异率的影响，确定最佳辐射剂量，并筛选突变体新种质。结果显示，随着60Co-γ辐射... 详细信息

为创制甘蓝型油菜新种质，应用不同剂量的60Co-γ射线处理甘蓝型油菜优良杂交品种的亲本以及优异品系的种子，分析辐射对成苗率、营养体生长及全生育期变异率的影响，确定最佳辐射剂量，并筛选突变体新种质。结果显示，随着60Co-γ辐射剂量的增大，成苗率、苗期鲜重和叶面积均呈现逐步下降的趋势，且变异率明显增大。甘蓝型油菜不同材料进行60Co-γ辐射诱变的最适剂量约为1000 Gy；处理的4个材料对辐射的敏感性依次为GRD328> YY300A> YY300R> GRI1626，其中GRD328得到子叶、茎秆、花期和花朵突变体材料最多，变异频率分别达0.07%、1.18%、1.87%和0.37%;YY300R得到真叶突变体材料最多，变异频率为0.96%;YY300A得到含油率变异材料最多，变异频率为0.69%。通过优化针对田间直播油菜的辐射诱变方法，获得了早熟、多子叶、高含油率、多主茎等性状的新种质。

关键词：甘蓝型油菜 Co-γ射线诱变育种突变体

贵州省全自动荧光免疫分析仪筛查新生儿苯丙酮尿症的参考限值研究

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中国妇幼保健 2024年第2期39卷 329-334页

作者：尹亚茹厉勇刘正美杨水平石婧罗永姣熊玉洁敖武贵州省妇幼保健院贵州贵阳550004

目的探讨贵州省新生儿疾病筛查中心使用全自动荧光免疫分析仪(GSP)检测新生儿高苯丙氨酸血症(HPA)和苯丙酮尿症(PKU)筛查指标血苯丙氨酸(Phe)水平时参考限值的建立。方法分析2021年1—12月的样本共计171452份,采用百分位数法建立GSP分... 详细信息

目的探讨贵州省新生儿疾病筛查中心使用全自动荧光免疫分析仪(GSP)检测新生儿高苯丙氨酸血症(HPA)和苯丙酮尿症(PKU)筛查指标血苯丙氨酸(Phe)水平时参考限值的建立。方法分析2021年1—12月的样本共计171452份,采用百分位数法建立GSP分析仪筛查HPA时血Phe水平的参考限。结果总体新生儿Phe测定值水平99%可信限为1.88 mg/dl;男女性别组Phe值存在显著性差异,但检测结果99%百分位数时男女性别组新生儿Phe测定值均为1.88 mg/dl;六盘水地区、铜仁地区、黔东南地区、黔西南地区及部分省直医院两两比较发现,各组间的差异均有统计学意义(均P组Phe测定值存在显著性差异,检测结果99%百分位数分别是1.75 mg/dl、1.98 mg/dl;总体新生儿Phe测定值的中位数0.90 mg/dl:男、女性别组的中位数与总体中位数水平一致,地区组中六盘水地区、铜仁地区、黔东南地区中位数及总体中位数水平基本一致,黔西南地区中位数水平高于总体水平,部分省直医院的中位数低于总体中位数,季节组中冷季的中位数低于总体中位数,暖季的中位数高于总体中位数,性别、地区及冷暖季组的Phe值均存在显著性差异。回归模型差异有统计学意义(F=1836.3,P组、地区组中,初筛阳性率和确诊率差异无统计学意义(P>0.05),但在季节组中,暖季初筛阳性高于冷季,同步暖季确诊率也高于冷季,但未查阅到PKU的发病率与季节和温度有关的相关文献,温度和季节是影响Phe参考限值设定的主要因素。结论综合性别、地区及季节因素血Phe的参考限值为1.80 mg/dl。

关键词：全自动荧光免疫分析仪新生儿苯丙酮尿症阳性率苯丙氨酸

贵州金沙制陶用粘土岩矿床特征及开发利用应用前景

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贵州地质 2024年第2期41卷 130-136页

作者：陈仁陈小浪韩雪白培荣陈启飞贵州省地质调查院贵州贵阳550081 贵州省地矿局108地质大队贵州毕节551700

由于制陶原料近于枯竭,寻找和开发新的制陶原料资源基地十分必要。因此,本次在金沙县境内开展寻找制陶用矿产资源普查工作。经样品测试分析、制陶工业试验(小试),基本确定了下石炭统九架炉组中部分粘土岩可作为制陶用矿产资源。通过普... 详细信息

由于制陶原料近于枯竭,寻找和开发新的制陶原料资源基地十分必要。因此,本次在金沙县境内开展寻找制陶用矿产资源普查工作。经样品测试分析、制陶工业试验(小试),基本确定了下石炭统九架炉组中部分粘土岩可作为制陶用矿产资源。通过普查工作,初步查明了普查区矿石物质组分、赋存状态、矿石类型、矿石质量及其分布规律;试制的陶器样品化学特征、性能均能符合相关标准要求,陶器制作工艺简单,其造型、外观颜色也符合当前社会对陶器审美要求。通过本次工作提高了含铝土矿九架炉组的综合利用价值,亦对我省其它含铝土矿地层的综合利用具有重要指导意义,并对制陶用粘土岩的利用前景进行分析研究。

关键词：制陶用粘土岩粘土矿产矿床特征开发利用金沙县贵州

地块比例估算法快速调查主要粮食作物种植情况可行性研究

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基于eDNA宏基因组的草海湖泊硅藻群落及多样性分析

科学与信息化 2024年第11期 166-168页

作者：郑东贵州省第一测绘院贵州贵阳 550025

通过粮食作物种植典型性、交通便利性、农作物长势等情况综合选取兴仁市某村作为快速调查粮食作物种植情况试验区,采用低空航空摄影测量方法、基于解译样本的卫星影像自动分类方式、地块比例估算3种方法调查主要粮食作物种植情况,根据... 详细信息

通过粮食作物种植典型性、交通便利性、农作物长势等情况综合选取兴仁市某村作为快速调查粮食作物种植情况试验区,采用低空航空摄影测量方法、基于解译样本的卫星影像自动分类方式、地块比例估算3种方法调查主要粮食作物种植情况,根据试验结果从调查面积、时间、精度、信息化等方面对比3种方法成果的优缺点.验证采用比例估算方法快速调查主要粮食作物种植情况的可行性和影响调查精度的相关影响因素.

关键词：粮食作物种植情况地块比例估算快速调查空间信息化

来源：博看期刊评论

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环境科学研究 2024年第5期37卷 1027-1036页

作者：郭金蒋娟龙云川代亮亮苏荣翔陈颜明贵州科学院贵州省生物研究所贵州贵阳550009 贵州科学院草海生态站贵州威宁553100 贵州草海国家级自然保护区管理委员会贵州威宁553100

环境DNA(eDNA)技术作为新兴生物多样性监测方法,具有非侵入性、高效性及灵敏性的特点.为探究基于宏基因组测序的eDNA技术对喀斯特湖泊硅藻监测的适用性,以贵州草海为例,采集草海湖滨带的水样及表层沉积物样品,运用宏基因组学与eDNA相结... 详细信息

环境DNA(eDNA)技术作为新兴生物多样性监测方法,具有非侵入性、高效性及灵敏性的特点.为探究基于宏基因组测序的eDNA技术对喀斯特湖泊硅藻监测的适用性,以贵州草海为例,采集草海湖滨带的水样及表层沉积物样品,运用宏基因组学与eDNA相结合的方法,分析浮游及沉积硅藻的群落组成、生物多样性及KEGG代谢功能.结果表明:①草海硅藻群落共注释到4纲23目36科54属78种,在科分类阶元上以舟形藻科和海链藻科为优势类群.硅藻群落的Chao1指数平均值为42.88±15.35,Shannon-Wiener指数平均值为2.09±0.29.②硅藻群落KEGG通路功能最具代表性的是全局和概述图谱(global and overview maps),其次是能量代谢、翻译;优势KO基因主要为atpF基因、secA基因、rplT基因、rpoA基因、argH基因.③主坐标分析(PCoA)和相似性分析(ANOSIM)表明硅藻群落存在显著的环境介质差异;LEfSe分析揭示浮游硅藻群落的差异标志物主要为海链藻属(Thalassiosira)、小环藻属(Cyclotella),沉积硅藻主要是管状藻属(Fistulifera)、褐指藻属(Phaeodactylum)、微壳藻属(Nanofrustulum)等;Wilcoxon秩和检验表明,浮游硅藻的差异基因集中在叶酸生物合成通路、嘧啶代谢,沉积硅藻的差异基因集中在光合作用、氧化磷酸化等代谢功能.研究显示,高灵敏性的eDNA宏基因组技术能有效描述草海湖泊硅藻群落及多样性,在喀斯特湖泊生物多样性监测及水生态环境健康评估具有广阔的应用前景.

关键词：硅藻群落高原湿地宏基因组环境DNA

贵州独山土壤-农作物重金属的分布特征和污染状况

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地球与环境 2024年第5期52卷 607-620页

作者：刘开坤王福瑞范云飞贵州省有色金属和核工业地质勘查局核资源地质调查院贵阳550005

为保障独山县农业规划和食品安全,系统采集120件农作物、120件根系土、10条土壤剖面和10件成矿母岩样品,测试As、Cd、Cr、Cu、Hg、Ni、Pb、Zn重金属元素和有机质含量、酸碱值等,采用单项指数法、地累积指数法、农作物富集系数和健康风... 详细信息

为保障独山县农业规划和食品安全,系统采集120件农作物、120件根系土、10条土壤剖面和10件成矿母岩样品,测试As、Cd、Cr、Cu、Hg、Ni、Pb、Zn重金属元素和有机质含量、酸碱值等,采用单项指数法、地累积指数法、农作物富集系数和健康风险评估法对重金属污染状况开展评价。研究结果表明:(1)独山县根系土_(番茄)中As、Cu、Hg、Zn含量最高,平均值分别为21.38、22.180.42、110.39mg/kg;根系土玉米中Cd、Cr、Ni、Pb含量最高,平均值分别为1.05、111.12、29.02、34.50mg/kg;根系土酸碱度介于3.58~8.24,酸碱度小于6.5的样品占87.5%,总体偏酸性;单项指数研究表明,根系土中镉污染处于“轻度-中度污染”水平,土壤、农作物存在“轻度-中度污染”镉污染水平;地累积指数显示独山县农作物根系土中As、Cd、Hg、Zn受到人类活动影响;(2)独山县120件农作物中,水稻、玉米主要为Cd超标(水稻33.33%、玉米13.33%),其次为Pb(水稻3.33%)、Cr(30.00%);葡萄、茶叶、番茄无超标样品;由农作物富集系数可知,Cd的富集系数是As、Cr、Pb富集系数的数倍至上百倍,表明农作物吸收Cd、Pb能力强,尤其吸收Cd能力最强;农作物中As、Cd、Cr、Hg、Pb对成人和儿童的健康风险评价值均作物吸收重金属而无危害健康风险。

关键词：重金属土壤农作物独山

油茶果皮发育相关ARF-Aux/IAA互作分析

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种子 2024年第6期43卷 12-20页

作者：徐嘉娟刘四黑杨冰魏莹莹朱亚艳许杰王港贵州省林业科学研究院贵阳550005 玉屏侗族自治县林业局贵州玉屏554000

生长素在植物生长发育过程中发挥重要调控作用,ARF和Aux/IAA是生长素介导的信号转导通路中的关键调节因子。果皮厚度直接影响油茶的经济产量,不同种质的油茶果皮厚度具有明显的分化,为进一步研究油茶果皮厚度调控机制,通过转录组学和生... 详细信息

生长素在植物生长发育过程中发挥重要调控作用,ARF和Aux/IAA是生长素介导的信号转导通路中的关键调节因子。果皮厚度直接影响油茶的经济产量,不同种质的油茶果皮厚度具有明显的分化,为进一步研究油茶果皮厚度调控机制,通过转录组学和生物信息学系统分析油茶果皮转录组数据,筛选油茶果皮发育过程中可能存在相互作用的CoARF和CoIAA基因。结果表明,在油茶果皮转录组数据中共鉴定到19个CoARF和17个CoIAA基因,有10对CoARF-CoIAA(8个CoARF基因和6个CoIAA基因)的时空表达存在显著相关性,将其编码蛋白序列分别与拟南芥中的ARFs和IAAs构建系统进化树后发现,CoARF14、CoARF19和CoARF11与起转录抑制作用的AtARFS具有较近的亲缘关系。而CoARF6和CoARF10与起转录激活作用的AtARFS具有较近的亲缘关系。互作蛋白以拟南芥为参考进一步进行同源映射校验后,最终确定CoARF10-CoIAA5、CoARF6-CoIAA2和CoARF14-CoIAA12三对组合可能通过相互作用传递生长素信号参与调控油茶果皮发育。

关键词：果皮发育 ARF Aux/IAA 互作筛选

赤水乌骨鸡ADSL基因的组织表达特征及其干扰载体构建

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南方农业学报 2024年第1期55卷 226-234页

作者：余欢王成栋李辉陈友波石钰仕赵德鹏龙霞谭启松贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025 毕节市经济作物工作站贵州毕节551700

【目的】探究赤水乌骨鸡胸肌组织中腺苷琥珀酸裂解酶基因(ADSL)表达特征及其目的基因的干扰载体构建,为深入研究畜禽组织肌肉中肌苷酸(IMP)的表达规律及ADSL基因影响畜禽风味的机制提供理论参考。【方法】以不同月龄(3、4、5和6月龄)的... 详细信息

【目的】探究赤水乌骨鸡胸肌组织中腺苷琥珀酸裂解酶基因(ADSL)表达特征及其目的基因的干扰载体构建,为深入研究畜禽组织肌肉中肌苷酸(IMP)的表达规律及ADSL基因影响畜禽风味的机制提供理论参考。【方法】以不同月龄(3、4、5和6月龄)的赤水乌骨鸡(公鸡和母鸡各半)为试验材料,运用实时荧光定量PCR检测不同月龄及不同性别赤水乌骨鸡胸肌组织中ADSL基因的表达情况;同时根据GenBank中鸡ADSL基因mRNA序列(NM_205529.2)设计4对短发夹RNA(shRNA)干扰序列(sh1-ADSL、sh2-ADSL、sh3-ADSL和sh4-ADSL)和1对阴性对照序列(sh-NC)与pGPH1/GFP/Neo载体连接后进行测序,将构建成功的ADSL基因干扰载体转染至成肌细胞,检测并筛选出干扰效率最高的干扰载体。【结果】ADSL基因在不同月龄赤水乌骨鸡胸肌组织中的相对表达量排序为5月龄>4月龄>6月龄>3月龄,赤水乌骨母鸡3月龄母鸡的ADSL基因相对表达量极显著高于公鸡(P组及阴性对照均可见绿色荧光,空白对照不发光,说明各重组质粒成功转染赤水乌骨鸡成肌细胞;ADSL基因沉默结果显示,sh2-ADSL沉默效果最佳,干扰效率为90.30%。【结论】赤水乌骨鸡胸肌中ADSL基因的相对表达量随着月龄增加表现为先上升后下降的变化趋势;3、4和5月龄赤水乌骨母鸡ADSL基因的相对表达量高于公鸡,随着月龄增加ADSL基因的相对表达量增加,公鸡和母鸡间的差异减小。成功分离提取赤水乌骨鸡成肌细胞,并筛选出RNA干扰效果最佳载体sh2-ADSL,为后续研究ADSL基因调控鸡肉肌苷酸及风味的分子机制提供参考。

关键词：赤水乌骨鸡 ADSL基因组织表达成肌细胞干扰载体肉质风味