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香苏杂交猪ARHGAP24基因SNP检测及生长性状关联分析

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农业生物技术学报 2024年第4期32卷 833-842页

作者：蒋传美阮涌李吉凤肖美美许家利黄家锦许厚强贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/动物科学学院

RhoGTP酶激活蛋白24(Rho GTPase activating protein 24, ARHGAP24)基因与肌动蛋白重塑、细胞极性控制和细胞迁移密切相关，本研究旨在探究ARHGAP24基因多态性与香苏杂交猪(Sus scrofa)生长性状的关系，以便为后期继续研究香苏杂交猪分... 详细信息

RhoGTP酶激活蛋白24(Rho GTPase activating protein 24, ARHGAP24)基因与肌动蛋白重塑、细胞极性控制和细胞迁移密切相关，本研究旨在探究ARHGAP24基因多态性与香苏杂交猪(Sus scrofa)生长性状的关系，以便为后期继续研究香苏杂交猪分子选育工作提供理论参考。本研究采集164头相同饲养条件下的香苏杂交猪血液DNA，通过PCR扩增、测序，确定ARHGAP24基因SNP位点。利用SPSS 25.0软件中的一般线性模型对ARHGAP24基因SNP位点与香苏杂交猪生长性状进行关联分析。结果显示，在香苏杂交猪9个外显子中共检测出5个SNP位点，分别位于外显子1和外显子8。g.735024 A>G非同义突变导致mRNA上第455位缬氨酸变为天冬氨酸，对mRNA结构影响不明显，但导致蛋白质二级结构中α-螺旋以及无规则卷曲所占百分比上升，β-转角和延伸链降低；g.735242 A>C位点非同义突变后导致第528位缬氨酸变为丝氨酸，从而导致mRNA结构产生明显变化，而对蛋白质的二级结构影响则不明显，只是使各结构所占比例发生了轻微的波动。关联结果分析显示，g.735313 C>T位点对胸围有极显著影响(PT位点与香苏杂交猪胸围和腹围均存在显著关联，呈中度多态且处于Hardy-Weinberg平衡状态，可作为后期香苏杂交猪遗传标记分子育种候选位点。

关键词：香苏杂交猪 RhoGTP酶激活蛋白24(ARHGAP24) 生长性状关联分析

LncRNA-TUG1通过调节miR-31-5p/YWHAE轴影响22Rv1细胞的增殖和迁移

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农业生物技术学报 2024年第5期32卷 1111-1120页

作者：赵佳福李永周明帅温晓艳陆情梅刘彬贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/动物科学学院

酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶激活蛋白ε (tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activating protein ε, YWHAE)在前列腺癌(prostate cancer, PCa)中高表达，miR-31-5p可靶向调控YWHAE的表达影响前列腺癌细胞的增殖。但是，参与miR-31-5p对YWHAE靶向调控的长链非编码RNA (long non-coding RNA, LncRNA)目前尚不明确。本研究根据前人研究结果及生物信息学分析软件筛选出LncRNA-牛磺酸上调基因(LncRNA-tauronic upregulation, LncRNA-TUG1)、LINC02604和PDCD6IP-DT 3条LncRNAs能靶向调控miR-31-5p的表达。通过RT-qPCR检测3条LncRNAs在前列腺癌细胞系LNCaP、PC3、22Rv1及正常前列腺基质永生化细胞(WPMY-1)中的表达，筛选调控miR-31-5p/YWHAE轴的最佳LncRNA;RT-qPCR检测干扰LncRNA-TUG1及过表达miR-31-5p对22Rv1细胞中LncRNA-TUG1、miR-31-5p和YWHAE表达的影响；同时，通过CCK-8、细胞划痕实验检测共转染sh-TUG1及miR-31-5p mimics对22Rv1细胞增殖和迁移的影响；Western blot检测增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen, PCNA)、B细胞淋巴瘤-2蛋白(B-cell lymphoma-2, BCL-2)、Bcl-2相关X蛋白(BCL2-associated X, BAX)和半胱氨酸蛋白酶-3 (cysteine proteinase-3, Caspase-3)表达的影响。结果表明，LncRNA-TUG1、LINC02604和PDCD6IP-DT为调控miR-31-5p/YWHAE轴的3条LncRNAs，且与正常细胞相比，LncRNA-TUG1在PCa各细胞系中高表达，尤其在22Rv1细胞中的表达量最高。以LncRNATUG1为研究对象，分别转染sh-TUG1及miR-31-5p mimics到22Rv1细胞后，qPCR结果显示，与NC mimics组相比，转染miR-31-5p mimics组中miR-31-5p的表达量极显著上调(P实验表明，共转染sh-TUG1及miR-31-5p mimics后，能够显著抑制细胞增殖及迁移；Western blot结果表明，共转染sh-TUG1及miR-31-5p mimics能够显著抑制PCNA、BCL-2/BAX蛋白的表达，促进caspase-3蛋白的表达。以上结果说明，LncRNA-TUG1可通过调节miR-31-5p/YWHAE来调控PCNA、BCL-2、BAX和caspase-3蛋白的表达，进而影响22Rv1细胞的增殖。本研究为前列腺癌症靶向药物的开发提供理论参考和实验思路。

关键词： LncRNA-牛磺酸上调基因(LncRNA-TUG1) miR-31-5p 前列腺癌 22Rv1 细胞增殖细胞迁移

从江香猪、大白猪和大香杂交猪睾丸发育的形态学差异研究

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中国畜牧杂志 2024年第8期60卷 321-328页

作者：曾广湖万素芳牟琪龚婷贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州大学动物科学学院

为明确从江香猪睾丸早熟的程度，本实验以60日龄从江香猪、大白猪、大香杂交猪为对象，通过测定睾丸指数，制作石蜡切片结合苏木精-伊红染色法（Hematoxylin-eosin Staining,HE染色）、免疫组织化学染色（Immunohistochemistry staining... 详细信息

为明确从江香猪睾丸早熟的程度，本实验以60日龄从江香猪、大白猪、大香杂交猪为对象，通过测定睾丸指数，制作石蜡切片结合苏木精-伊红染色法（Hematoxylin-eosin Staining,HE染色）、免疫组织化学染色（Immunohistochemistry staining,IHC染色）以及酶联免疫吸附剂检测（Enzyme-linked Immunosorbent Assay,ELISA）等手段比较60日龄3种猪睾丸发育的形态学差异与血液睾酮水平，综合分析香猪的性早熟程度。结果表明：60日龄从江香猪的睾丸指数显著高于大香杂交猪和大白猪，且60日龄从江香猪的血清睾酮水平比大白猪高6.007倍（P<0.05）。同时，60日龄时从江香猪睾丸生精小管面积、生精小管直径、生精上皮厚度、生精细胞数量均高于大香杂交猪（P<0.05），而后者的这些指标高于大白猪（P<0.05）。生精小管中，从江香猪和大香杂交猪的支持细胞数量高于大白猪（P<0.05）。60日龄时，在从江香猪和大香杂交猪的生精上皮中均观察到8个精细管上皮周期，且从江香猪各精细管上皮周期的生精细胞数量多于大香杂交猪。此外，睾丸形态学分析发现15日龄从江香猪睾丸的发育接近60日龄大白猪。以上结果说明3个猪种60日龄睾丸发育程度依次为从江香猪早于大香杂交猪，早于大白猪。

关键词：从江香猪大白猪睾丸发育性早熟

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鸭坦布苏病毒TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立

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中国兽医杂志 2024年第10期 75-80页

作者：陈平平嵇辛勤阮涌王晗晗罗晓宇安而立龙丹丹段志强贵州大学动物科学学院贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室

为了建立一种有效、快速、准确的鸭坦布苏病毒(DTMUV)TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法，本试验针对NCBI发布的DTMUV E基因保守序列设计特异性引物和探针，建立qPCR反应体系。通过制备的标准质粒建立标准曲线，评估该方法的特... 详细信息

为了建立一种有效、快速、准确的鸭坦布苏病毒(DTMUV)TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法，本试验针对NCBI发布的DTMUV E基因保守序列设计特异性引物和探针，建立qPCR反应体系。通过制备的标准质粒建立标准曲线，评估该方法的特异性、敏感性和重复性，并使用该方法对临床样本进行检测。结果显示，所建立的标准曲线相关系数为0.999 5,有良好的线性关系；该方法可特异检测DTMUV;对标准质粒的最低检测限为2.72×10～2 copies/μL,是普通PCR的100倍；CT值组内变异系数为0.97%～1.32%,组间变异系数为1.24%～1.79%;人工感染DTMUV的20份鸭胚成纤维细胞样本以及12份人工攻毒2 d的雏鸭脾脏组织样本和12份泄殖腔棉拭子样本阳性率为100%(44/44);疑似感染的12份活鸭泄殖腔棉拭子阳性率为25.00%(3/12),14份病死鸭脾脏组织样本阳性率为28.57%(4/14)。结果表明，本试验建立的TaqMan探针qPCR方法有良好的敏感性、准确性和重复性，能特异检测DTMUV,适用于临床快速检测，为DTMUV的分子流行病学调查和临床疾病诊断提供了技术支撑。

关键词：鸭坦布苏病毒(DTMUV) TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)

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QDPR基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响

中国畜牧杂志 2024年第9期60卷 216-223页

作者：吴燕王春源向进谭元成杨酸张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

为了探究QDPR基因对柯乐猪繁殖性状的遗传效应，本试验以柯乐猪为材料，采用PCR产物测序法检测QDPR基因SNP多态位点，然后利用一般线性模型分析SNP位点对柯乐猪繁殖性状的遗传效应。结果显示，在柯乐猪QDPR基因第3外显子发现3个SNP位点... 详细信息

为了探究QDPR基因对柯乐猪繁殖性状的遗传效应，本试验以柯乐猪为材料，采用PCR产物测序法检测QDPR基因SNP多态位点，然后利用一般线性模型分析SNP位点对柯乐猪繁殖性状的遗传效应。结果显示，在柯乐猪QDPR基因第3外显子发现3个SNP位点：g.12537552 C>T、g.12537568 A>G和g.12537612C>T，在3'UTR区域发现2个SNP位点：g.12548918 T>C和g.12548968 G>T。5个SNP位点均为中度多态，其中g.12537552 C>T、g.12537568 A>G和g.12537612 C>T都极显著偏离Hard-Weinberg平衡。关联性分析显示，g.12548918 T>C位点CC型个体的初生窝重和断奶仔猪数都显著高于TT型，同时g.12548918 T>C位点CT型个体的断奶平均重极显著高于TT型，g.12548968 G>T位点GT型个体的断奶仔猪数极显著高于GG型。综合所有指标差异，g.12548918 T>C和g.12548968 G>T 2个SNP位点均能显著影响柯乐猪繁殖性状，可以作为猪繁殖性状选择的遗传标记。

关键词： QDPR基因柯乐猪繁殖性状多态性

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宫内发育迟缓猪胎盘SLC7A2基因过表达对滋养层细胞增殖和迁移的影响

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南方农业学报 2024年第6期55卷 1778-1786页

作者：胡光玲伍治敏张才在杨振清张依裕敖政贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025

【目的】探究溶质载体家族7成员2基因(SCL7A2)在正常初生重(NBW)和宫内发育迟缓(IUGR)猪胎盘中的表达差异,明确SCL7A2基因过表达对猪滋养层细胞(pTr2)增殖和迁移的影响,为揭示猪IUGR的发生发展机制提供参考依据。【方法】采用实时荧光定... 详细信息

【目的】探究溶质载体家族7成员2基因(SCL7A2)在正常初生重(NBW)和宫内发育迟缓(IUGR)猪胎盘中的表达差异,明确SCL7A2基因过表达对猪滋养层细胞(pTr2)增殖和迁移的影响,为揭示猪IUGR的发生发展机制提供参考依据。【方法】采用实时荧光定量PCR检测NBW和IUGR胎盘中SLC7A2基因相对表达量,通过免疫组织化学试验分析NBW和IUGR胎盘组织中SLC7A2蛋白的定位分布及表达情况,利用CCK-8试验检测SLC7A2基因过表达对pTr2细胞增殖能力的影响,并以细胞划痕试验检测SLC7A2基因过表达对pTr2细胞迁移能力的影响。【结果】IUGR胎盘中的SLC7A2基因相对表达量极显著高于NBW胎盘(P0.05)。以Vector-SLC7A2+和Vector-NC分别转染pTr2细胞后,Vector-SLC7A2+转染组的pTr2细胞增殖效果在转染后12、24、48和72 h显著或极显著低于Vector-NC转染组,pTr2细胞迁移率则表现为Vector-SLC7A2+转染组极显著低于Vector-NC转染组,表明SLC7A2基因过表达能有效抑制pTr2细胞的增殖和迁移能力。【结论】SLC7A2基因过表达会抑制猪胎盘滋养层细胞的增殖与迁移,影响胎盘的形态发育和母—胎间的营养转运效率,进而诱发猪IUGR的发生发展。

关键词：猪 SLC7A2基因胎盘宫内发育迟缓(IUGR) 营养转运

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香苏杂交猪KAT2B基因多态性与其生长性状的关联分析

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南方农业学报 2024年第5期55卷 1463-1470页

作者：李吉凤阮涌蒋传美肖美美黄家锦许家利许厚强高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025

【目的】了解香苏杂交猪组蛋白乙酰转移酶P300/CBP结合因子(KAT2B)基因在组织中的表达量,筛选其单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,并分析基因多态性与生长性状的关联性,为香苏杂交猪新品系培育提供参考依据。【... 详细信息

【目的】了解香苏杂交猪组蛋白乙酰转移酶P300/CBP结合因子(KAT2B)基因在组织中的表达量,筛选其单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,并分析基因多态性与生长性状的关联性,为香苏杂交猪新品系培育提供参考依据。【方法】以香苏杂交猪为研究对象,采用实时荧光定量PCR检测KAT2B基因在3日龄和6月龄不同组织中的相对表达量,通过直接测序检测KAT2B基因的SNP位点,统计SNP位点等位基因频率、基因型频率、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)及平均多肽信息含量(PIC)等,以卡方(χ^(2))检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,分析不同基因型与香苏杂交猪生长性状的关联性。【结果】实时荧光定量PCR结果显示,KAT2B基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和背最长肌6个组织中均有表达,与3日龄相比,6月龄KAT2B基因相对表达量在肝脏和脾脏组织中极显著升高(PA、g.104540G>T和g.106651A>G,3个SNPs位点PIC均处于中度多态性水平且Hardy-Weinberg平衡。g.36682G>A位点优势基因型为GA型,等位基因频率G>A;g.104540G>T位点优势基因型为GG型,等位基因频率G>T;g.106651A>G位点优势基因型为AA型,等位基因频率A>G。关联分析结果表明,g.36682G>A位点各基因型生长性状之间无显著差异(P>0.05),g.106651A>G位点AA基因型与AG基因型胸深存在显著差异(PA、g.104540G>T和g.106651A>G),KAT2B基因可作为与香苏杂交猪生长性状相关的候选基因。

关键词：香苏杂交猪 KAT2B基因实时荧光定量PCR SNPs 生长性状

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基于转录组测序的剑白香猪表皮颜色相关miRNA筛选与鉴定

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南方农业学报 2024年第3期55卷 670-679页

作者：赵德鹏覃海毕欢袁巍张依裕陈伟贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025

【目的】对剑白香猪黑色和白色表皮组织进行转录组测序,筛选出对黑色素生成起调节作用的miRNA,为进一步研究miRNA对剑白香猪表皮颜色形成的调控机制提供理论依据。【方法】以剑白香猪黑色和白色表皮组织为试验材料进行转录组测序,以|log... 详细信息

【目的】对剑白香猪黑色和白色表皮组织进行转录组测序,筛选出对黑色素生成起调节作用的miRNA,为进一步研究miRNA对剑白香猪表皮颜色形成的调控机制提供理论依据。【方法】以剑白香猪黑色和白色表皮组织为试验材料进行转录组测序,以|log2FoldChange|≥1且错误发现率(FDR)≤0.05为标准,采用DESeq2筛选差异表达miRNA,使用miRanda和RNAhybrid预测差异表达miRNA靶基因并进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,构建差异表达miRNA、靶基因和KEGG信号通路互作网络,利用实时荧光定量PCR对转录组测序结果进行验证。【结果】从剑白香猪黑色和白色表皮中鉴定出280个已知miRNA和618个新miRNA,筛选出17个差异表达miRNA,白色表皮较黑色表皮有10个miRNA上调表达,7个miRNA下调表达。共预测获得1327个靶基因,GO功能注释分析结果显示,在生物学过程中,差异表达miRNA靶基因主要涉及上皮发育、细胞增殖和分解代谢过程等条目;在细胞组分和分子功能中,主要涉及细胞质、细胞质囊泡、ATP结合和催化活性等条目。KEGG信号通路富集结果显示,靶基因在磷脂酰肌醇信号系统、黑色素生成和细胞色素P450等信号通路富集,其中ssc-miR-615靶基因包括CALM3、CREBBP、FZD5和DVL2,其富集通路均与表皮色素沉着有关,ssc-miR-221-3p靶基因TYRP1和ssc-miR-224靶基因RAB23富集的通路与黑色素生成有关。选取7个差异表达miRNA与靶基因TYRP1和RAB23进行实时荧光定量PCR验证,结果表明差异表达miRNA的表达变化与转录组测序分析的变化趋势一致,TYRP1和RAB23在剑白香猪黑色表皮中的表达量极显著高于白色表皮(P<0.01)。【结论】ssc-miR-615、ssc-miR-221-3p和ssc-miR-224是影响剑白香猪表皮颜色的候选基因,可能对剑白香猪表皮的黑色素形成有重要影响。

关键词： miRNA 剑白香猪表皮黑色素转录组

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贵州省不同品种乌骨鸡各部位肤色对比分析

畜牧与兽医 2024年第9期56卷 9-14页

作者：龙霞李辉王文亮谭启松赵德鹏石钰仕余欢陈友波贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025

旨在探讨贵州省4个地方乌骨鸡品种的肤色差异及其原因。选择普安乌金鸡、乌蒙乌骨鸡、赤水乌骨鸡和黔画乌鸡各60只(公母各半),使用3nh色差仪测量背部肤色、翅下肤色、胫色和鸡冠色,记录色差仪中亮度(L^(*))值、红度(a^(*))值、黄度(b^(... 详细信息

旨在探讨贵州省4个地方乌骨鸡品种的肤色差异及其原因。选择普安乌金鸡、乌蒙乌骨鸡、赤水乌骨鸡和黔画乌鸡各60只(公母各半),使用3nh色差仪测量背部肤色、翅下肤色、胫色和鸡冠色,记录色差仪中亮度(L^(*))值、红度(a^(*))值、黄度(b^(*))值并进行统计分析。结果:各部位的L^(*)值显著相关(P贵州地方乌骨鸡品种中普安乌鸡肤色背部和翅下肤色最乌,乌蒙乌骨鸡鸡冠色偏红,黔画乌鸡肤色偏黄。

关键词：贵州省乌骨鸡不同品种肤色选育