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医院未处理污水中碳青霉烯类抗生素耐药细菌的流行情况和临床相关性分析

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中华预防医学杂志 2024年第4期58卷 532-538页

作者：钱费楠翟雅轩林佳瑶王靓朱志宸闻奕丞吕晶南杜鸿苏州大学附属第二医院医学检验中心苏州1215000

探讨医院未处理污水中碳青霉烯类耐药菌的流行情况、基因组特征及临床相关性,为院内评估公共卫生情况、预防交叉感染提供参考依据。收集2023年3月苏州大学附属第二医院污水处理站内未处理污水和26个病区洗手池U型排污管内污水,离心稀释... 详细信息

探讨医院未处理污水中碳青霉烯类耐药菌的流行情况、基因组特征及临床相关性,为院内评估公共卫生情况、预防交叉感染提供参考依据。收集2023年3月苏州大学附属第二医院污水处理站内未处理污水和26个病区洗手池U型排污管内污水,离心稀释后涂布于含有美罗培南(2 μg/ml)的LB固体平板分离耐药细菌,进行菌种鉴定、药敏分析、碳青霉烯酶基因PCR检测和全基因组测序;对基因组序列进行耐药基因识别,并采用回顾性研究方法,结合多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析,比较其与同季度临床分离株的同源性。结果显示,从医院污水中分离出56株耐碳青霉烯类革兰阴性菌,来源于13个属,其中17株分离自医院总污水,气单胞菌属为最优势属(35.3%,6/17);39株分离自17个病区的污水,假单胞菌属为最优势属(30.8%,12/39)。本院常见污水分离株均为多重耐药细菌,对部分二、三代头孢菌素类药物耐药率可达100%。来源于污水分离株的碳青霉烯酶基因共8种,包括 blaKPC、 blaNDM、 blaIMP、 blaVIM、 blaIND、 blaOXA-58-like、 blaOXA-48-like和 blaOXA-427-like。共39株污水分离株携带碳青霉烯酶基因,医院总污水中携带 blaKPC-2细菌的分离率(35.3%,6/17)最高,病区污水中携带 blaIMP-8细菌的分离率(31.8%,7/22)最高。14株污水分离株同时携带两种碳青霉烯酶基因,共6种组合型。本院还发现了 blaIMP-101新亚型。筛选4株污水分离株和11株临床分离株纳入SNP分析,其中临床和污水来源的2株ST11型肺炎克雷伯菌仅有15个SNP差异,具有高度同源性。综上,医院未处理污水中存在多种多重耐药的条件致病菌,具有在环境中散播耐药基因的潜在风险;医院污水和临床分离的高度同源肺炎克雷伯菌表明医院污水与临床感染的紧密联系。医院需加强对污水环境中耐药细菌和耐药基因的监测,防止医院污水中耐药细菌和耐药基因的广泛传播,预防污水中耐药细菌引起的院内感染。

关键词：污水碳青霉烯酶细菌耐药

基于生物信息学分析探索PCDHGB4在肺鳞癌发生中的作用

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中国肺癌杂志 2024年第3期27卷 199-215页

作者：鲁瑞娇谢伊代·阿不都海力力李玉霞宁杰冯阳春新疆医科大学第三临床医学院(附属肿瘤医院)医学检验中心乌鲁木齐830011

背景与目的肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的亚型之一。有报道原钙黏蛋白γ家族的成员能通过抑制Wnt信号通路来调节肿瘤细胞的生长,原钙黏蛋白γ B4 (protocadheri... 详细信息

背景与目的肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的亚型之一。有报道原钙黏蛋白γ家族的成员能通过抑制Wnt信号通路来调节肿瘤细胞的生长,原钙黏蛋白γ B4 (protocadherin-gamma subfamily B4,PCDHGB4)作为家族成员在LUSC中的研究少有报道,本研究旨在通过生物信息学方法探究PCDHGB4在LUSC发生发展中的作用及潜在的预后价值。方法应用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、cBioPortal和UALCAN等数据库,对PCDHGB4在LUSC中的表达与预后、临床病理特征、免疫细胞浸润、免疫调节基因、免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,ICIs)和甲基转移酶等进行分析。单细胞水平的研究对细胞亚型的聚类结果和PCDHGB4在不同免疫细胞亚群中的表达情况进行了分析。此外,我们还比较了LUSC组织与正常组织中PCDHGB4的启动子甲基化水平,并对其进行了蛋白质-蛋白质相互作用和突变分析。最后基于差异表达基因进行富集分析。结果生信分析结果显示PCDHGB4在LUSC组织的表达水平低于正常组织。生存分析显示,PCDHGB4表达增加与患者较差的预后有关。单细胞分析显示,PCDHGB4主要在T细胞、单核细胞或巨噬细胞以及树突状细胞中表达,进一步发现PCDHGB4在肿瘤免疫中发挥着不可忽视的作用,并证实了PCDHGB4与免疫检查点途径基因、免疫调节基因和甲基转移酶有一定的相关性。此外,通过富集分析发现PCDHGB4参与了癌症相关的多条通路。结论PCDHGB4在LUSC中低表达,PCDHGB4与患者预后不良有关,并且PCDHGB4与肿瘤免疫细胞浸润和通路密切相关。PCDHGB4可能是LUSC潜在的预后标志物和免疫治疗新靶点。

关键词： PCDHGB4 肺肿瘤预后

Xpert Carba-R在血培养碳青霉烯耐药基因快速检测中的应用与评估

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中华检验医学杂志 2024年第2期47卷 165-169页

作者：许雨乔夏文颖范坤倪芳徐婷南京医科大学第一附属医院检验学部、国家医学检验临床医学研究中心分中心南京210029

目的评估Xpert Carba-R平台在血培养碳青霉烯耐药基因的快速检测中的应用价值。方法本研究选取16株携带不同碳青霉烯耐药基因型的肠杆菌目菌株制备模拟阳性血培养样本,采用Xpert Carba-R直接检测模拟血培养液中的碳青霉烯耐药基因。收集... 详细信息

目的评估Xpert Carba-R平台在血培养碳青霉烯耐药基因的快速检测中的应用价值。方法本研究选取16株携带不同碳青霉烯耐药基因型的肠杆菌目菌株制备模拟阳性血培养样本,采用Xpert Carba-R直接检测模拟血培养液中的碳青霉烯耐药基因。收集2022年1—6月南京医科大学第一附属医院临床血培养鉴定为肠杆菌目的样本117份进行前瞻性研究,采用Xpert Carba-R检测5种碳青霉烯耐药基因,以PCR测序法为参考方法评价其灵敏度与特异性。同时收集阳性患者临床资料进行预后分析。结果16份制备的模拟阳性血培养样本采用Xpert Carba-R检出bla_(KPC)阳性8份,bla_(NDM)阳性5份,bla IMP阳性1份,阴性2份,与已知结果完全一致。117份临床血培养阳性样本中28份经Xpert Carba-R检出为碳青霉烯耐药基因阳性,其中bla_(KPC)阳性24份,bla_(NDM) 2份,bla_(KPC)+bla_(NDM) 2份,与PCR测序法相比其敏感度和特异度均为100%,且检测用时明显减少。25例患者中9例采用单药治疗,5例治疗有效;16例采用联合治疗,12例治疗有效;共17例治疗有效,8例治疗无效其中3例死亡,病死率为12%(3/25)。结论Xpert Carba-R可快速、准确地检测血培养液中碳青霉烯耐药基因,为临床早期合理用药提供依据。

关键词：抗药性,微生物碳青霉烯类抗药性基因血培养快速检测

1例复合杂合突变导致遗传性凝血因子Ⅺ缺陷症的分子致病机制

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中华血液学杂志 2024年第3期45卷 294-298页

作者：陈元秦朗译林双女杨丽红张柯叶龙颖金艳慧王明山温州医科大学附属第一医院医学检验中心浙江省检验诊断及转化研究重点实验室温州325015

1例34岁女性患者因“乳房结节”拟行手术切除,术前检查发现活化部分凝血活酶时间(APTT)66.2 s、凝血因子Ⅺ活性(FⅪ∶C)2%、FⅪ抗原(FⅪ∶Ag)40.3%,患者及家系成员均无异常出血表现。诊断为遗传性凝血因子Ⅺ缺陷症。基因检测发现其F11... 详细信息

1例34岁女性患者因“乳房结节”拟行手术切除,术前检查发现活化部分凝血活酶时间(APTT)66.2 s、凝血因子Ⅺ活性(FⅪ∶C)2%、FⅪ抗原(FⅪ∶Ag)40.3%,患者及家系成员均无异常出血表现。诊断为遗传性凝血因子Ⅺ缺陷症。基因检测发现其F11基因第10外显子c.1107C>A(p.Tyr351stop)杂合无义突变、第13外显子c.1562A>G(p.Tyr503Cys)杂合错义突变,其父亲和儿子为p.Tyr351stop突变的杂合携带者,而母亲和女儿为p.Tyr503Cys突变的杂合携带者。体外表达结果显示,p.Tyr351stop突变导致F11基因转录水平显著降低,而p.Tyr503Cys突变对F11基因转录水平以及蛋白表达水平无影响,但该突变导致细胞培养上清液中FⅪ∶C水平显著降低。

关键词：遗传性凝血因子Ⅺ缺陷症异常出血家系成员无义突变携带者凝血因子Ⅺ 基因检测分子致病机制

以产品注册为目标的实验室自建检测管理模式探讨与分析

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中华检验医学杂志 2024年第1期47卷 20-23页

作者：周宏伟陈定强何彦江凌晓王前南方医科大学珠江医院检验医学部、广东省医学检验临床医学研究中心广州510280

目前,国内实验室自建检测(LDT)管理正处于探索阶段,亟需探讨适应国情发展的新方案和新思路。该文通过剖析遇到的问题,结合政府、医改和患者三方的实际需要,提出"促进LDT项目的良性发展,关注患者利益保护与创新支持的有机结合"是LDT管理... 详细信息

目前,国内实验室自建检测(LDT)管理正处于探索阶段,亟需探讨适应国情发展的新方案和新思路。该文通过剖析遇到的问题,结合政府、医改和患者三方的实际需要,提出"促进LDT项目的良性发展,关注患者利益保护与创新支持的有机结合"是LDT管理的重要方向,并围绕这一方向提出了LDT项目管理的新思路,即以产品注册为目标的LDT管理模式。该管理模式的核心是以产品注册为目标,以低廉的患者服务费用和持续实时的数据监控为保障。利益和风险分析表明,该管理模式可较大程度兼顾患者、医疗机构、体外诊断企业和政府管理部门的现实诉求,有利于促进我国LDT项目的完善与发展。

关键词：管理模式实验室自建检测注册体外诊断

复合杂合变异所致遗传性凝血因子Ⅶ缺陷症三个家系的遗传学分析

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中华医学遗传学杂志 2024年第4期41卷 393-398页

作者：叶龙颖陈荟琳苏正仙张柯杨丽红金艳慧温梦珍王明山温州医科大学附属第一医院医学检验中心浙江省检验诊断及转化研究重点实验室温州325015

目的分析3个复合杂合变异所致的遗传性凝血因子Ⅶ(FⅦ)缺陷症家系的基因变异类型及其临床特征。方法选取2021年12月至2022年10月就诊于温州医科大学附属第一医院的3个家系为研究对象。检测3例先证者及其家系成员的凝血酶原时间(PT)、活... 详细信息

目的分析3个复合杂合变异所致的遗传性凝血因子Ⅶ(FⅦ)缺陷症家系的基因变异类型及其临床特征。方法选取2021年12月至2022年10月就诊于温州医科大学附属第一医院的3个家系为研究对象。检测3例先证者及其家系成员的凝血酶原时间(PT)、活化部分凝血活酶时间(APTT)和FⅦ活性(FⅦ:C)。用PCR法扩增先证者F7基因所有的外显子及其侧翼序列,通过直接测序进行变异分析,并用反向测序进行验证,同时分析家系成员相应的变异位点。用ClustalX-2.1-win软件分析变异位点的保守性;用Varcards和Spcards在线软件预测变异位点的致病性;用Pymol软件分析变异前后蛋白质空间结构及分子作用力的变化。结果3例先证者的PT均明显延长,APTT在正常范围,FⅦ:C显著下降。基因分析共发现4种F7基因变异,3例先证者均携带复合杂合变异。先证者1携带p.Cys389Gly和p.His408Gln复合杂合变异;先证者2携带p.Cys389Gly和IVS6+1G>T复合杂合变异;先证者3携带IVS6+1G>T和IVS1a+5G>A复合杂合变异。保守性分析显示p.Cys389和p.His408位点在同源物种间均呈高度保守;Varcards和Spcards软件分析显示上述变异位点均为致病性;蛋白模型分析显示p.Cys389Gly和p.His408Gln变异会分别导致蛋白质空间结构改变和氢键发生变化。结论3个FⅦ缺陷症先证者的FⅦ水平降低可能分别与p.Cys389Gly和p.His408Gln复合杂合变异、p.Cys389Gly和IVS6+1G>T复合杂合变异及IVS6+1G>T和IVS1a+5G>A复合杂合变异有关,这3种复合杂合变异的组合既往均未见报道。

关键词：凝血因子Ⅶ缺陷症基因变异 F7基因生物信息学

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重视数字病理整体效益加快数字化病理科建设

中华病理学杂志 2024年第2期53卷 116-120页

作者：姚建国步宏广州华银医学检验中心有限公司病理管理中心广州510663 四川大学华西医院病理研究室成都610044

国外全数字化病理科的成功运行,标志着全数字病理流程已进入全面实施阶段。国内数字病理起步晚、进展慢,至今尚未有真正意义的全数字病理科出现。业界对数字病理的认识还不够全面深入,对数字病理流程的时间效率和成本效益还存有疑虑。因... 详细信息

国外全数字化病理科的成功运行,标志着全数字病理流程已进入全面实施阶段。国内数字病理起步晚、进展慢,至今尚未有真正意义的全数字病理科出现。业界对数字病理的认识还不够全面深入,对数字病理流程的时间效率和成本效益还存有疑虑。因此,作者借鉴国际上的成功经验和实践感受对全数字化病理的流程、整体优势和成本效益等进行了全面的解析,以期促进我国的数字化病理科建设和发展。

关键词：病理科,医院病理学,临床数字病理

慢性心衰患者CD4^(+)T淋巴细胞亚群及相关细胞因子与预后的关系研究

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中国免疫学杂志 2024年第4期40卷 802-805页

作者：张丽坤崔建娇刘阳锦州医科大学附属第三医院医学检验中心锦州121000

目的:探究慢性心衰患者CD4^(+)T淋巴细胞亚群及相关细胞因子与预后的关系。方法:对锦州医科大学附属第三医院2018年1月至2020年11月收治的200例慢性心衰患者相关资料予以回顾性分析,所有患者均测定T淋巴细胞及相关细胞因子,接受1年随访... 详细信息

目的:探究慢性心衰患者CD4^(+)T淋巴细胞亚群及相关细胞因子与预后的关系。方法:对锦州医科大学附属第三医院2018年1月至2020年11月收治的200例慢性心衰患者相关资料予以回顾性分析,所有患者均测定T淋巴细胞及相关细胞因子,接受1年随访以评估其预后情况,并依据预后情况分为预后良好组与预后不良组,测定患者CD4^(+)T淋巴细胞水平及相关细胞因子水平,收集患者各项资料分析其预后影响因素。结果:患者预后不良发生率为20.5%;预后不良组患者Th1细胞水平及Th1/Th2均显著高于预后良好组,Th2细胞水平明显低于预后良好组(P<0.05);预后不良组患者肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、干扰素-γ(IFN-γ)水平高于预后良好组,而IL-4与IL-6水平低于预后良好组(P<0.05);单因素与多元Logistic回归分析结果显示,Th2细胞、Hb水平下降,Th1细胞、BNP、心功能分级上升为患者预后影响因素(P<0.05)。结论:慢性心衰患者的CD4^(+)T淋巴细胞亚群及相关细胞因子水平异常,并且与患者预后关系密切。

关键词：慢性心衰 CD4^(+)T淋巴细胞细胞因子预后

病原学阳性成人细菌性脑膜炎121例临床特征及预后分析

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中国感染与化疗杂志 2024年第1期24卷 1-7页

作者：黄一灵王珏张晓慧陆燕飞金菲南京医科大学第一附属医院检验学部、国家医学检验临床医学研究中心分中心南京210029

目的回顾性分析南京医科大学第一附属医院病原学阳性成人细菌性脑膜炎患者临床特征及预后。方法收集2017年1月至2022年12月南京医科大学第一附属医院脑脊液培养阳性的细菌性脑膜炎患者的临床资料,包括患者年龄、性别、基础疾病、临床表... 详细信息

目的回顾性分析南京医科大学第一附属医院病原学阳性成人细菌性脑膜炎患者临床特征及预后。方法收集2017年1月至2022年12月南京医科大学第一附属医院脑脊液培养阳性的细菌性脑膜炎患者的临床资料,包括患者年龄、性别、基础疾病、临床表现、病原菌分布等和实验室检查资料。根据预后将患者分为死亡组和存活组,用χ2检验进行单因素分析,将单因素分析中显示出与死亡率相关(P医院获得性脑膜炎,18例(14.9%)为社区获得性脑膜炎。患者中位年龄为51(41,64)岁,70.2%患者为男性。发热为最常见的症状(79.3%),其次为意识障碍(71.9%)、颈强直(47.1%)。在社区获得性细菌性脑膜炎患者中,产单核李斯特菌是最常见的细菌(5株,27.8%),其次是肺炎链球菌(3株,16.7%),医院获得性细菌性脑膜炎患者中,最常见的是鲍曼不动杆菌(33株,30.6%),其次是肺炎克雷伯菌(19株,18.4%)和铜绿假单胞菌(8株,7.8%)。肺炎克雷伯菌对头孢曲松、头孢吡肟、美罗培南的敏感率为10.0%、30.0%和30.0%,鲍曼不动杆菌对美罗培南的敏感率为14.7%。在121例细菌性脑膜炎患者中,死亡43例,全因死亡率为35.5%。多因素分析显示,确定了意识障碍(OR 5.332,95%CI:1.034~27.504,P=0.046)、CRE感染(OR 18.749,95%CI:1.366~257.329,P=0.028)和中枢神经系统并发症(OR 26.368,95%CI:5.095~136.476,P医院获得性细菌性脑膜炎患者病原菌耐药性严重;意识障碍、CRE感染及中枢神经系统并发症是影响细菌性脑膜炎患者预后的独立危险因素;临床应重视存在这些因素的患者,对于CRE感染患者尽早进行有效抗菌治疗以改善预后。

关键词：细菌性脑膜炎病原菌临床特征预后危险因素