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1例Y群ST167型脑膜炎奈瑟菌输入病例的流行病学和病原学分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第6期44卷 480-484页

作者：李振翠李镕方艳梅张昌邵晓萍刘英良刘美真广东省疾病预防控制中心病原微生物检验所广州511430 珠海市疾病预防控制中心微生物检验所珠海519060

目的对1例疑似脑膜炎奈瑟菌阳性病例进行病原学鉴定诊断,评估疫情传播风险。方法采集患者血液进行脑膜炎奈瑟菌分离培养,通过菌落形态学和菌体革兰染色观察、生化鉴定、乳胶凝集试验、血清玻片凝集试验、核酸检测进行病原鉴定和血清群分... 详细信息

目的对1例疑似脑膜炎奈瑟菌阳性病例进行病原学鉴定诊断,评估疫情传播风险。方法采集患者血液进行脑膜炎奈瑟菌分离培养,通过菌落形态学和菌体革兰染色观察、生化鉴定、乳胶凝集试验、血清玻片凝集试验、核酸检测进行病原鉴定和血清群分群,检测菌株对12种抗生素的敏感性;对病例开展现场流行病学调查并采取疫情防制措施。结果经多种实验室方法鉴定,该疑似病例确诊为脑膜炎奈瑟菌感染,菌株血清群为Y群,多位点序列分型(MLST)为767,属ST167克隆群,对青霉素、氨苄西林、美罗培南等9种抗生素敏感,对环丙沙星和左氧氟沙星中介,对甲氧苄啶/磺胺甲噁唑耐药。病例的密切接触者和环境检测结果为阴性。结论本病例经检测明确病因为脑膜炎奈瑟菌侵袭性感染,菌株为Y群ST167型。流行病学调查显示该病例引发疫情传播流行的风险较低,后续需要持续关注和监测。

关键词：脑膜炎奈瑟菌 ST167克隆群多位点序列分型耐药性

2020-2023年大连地区诺如病毒胃肠炎疫情分子流行特征分析

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病毒学报 2024年第4期40卷 857-861页

作者：王越郎兴莹于蕾薄志坚栾明春大连市疾病预防控制中心微生物检验科大连116021

本研究分析了2020-2023年大连市16起急性胃肠炎疫情中诺如病毒的基因型特征。收集2020-2023年大连市16起急性胃肠炎病例的粪便标本154份。采用实时荧光定量反转录PCR方法检测诺如病毒GⅠ/GⅡ分型,并对阳性样本进行RNA依赖的RNA聚合酶区... 详细信息

本研究分析了2020-2023年大连市16起急性胃肠炎疫情中诺如病毒的基因型特征。收集2020-2023年大连市16起急性胃肠炎病例的粪便标本154份。采用实时荧光定量反转录PCR方法检测诺如病毒GⅠ/GⅡ分型,并对阳性样本进行RNA依赖的RNA聚合酶区和衣壳蛋白VP1区部分序列进行RT-PCR扩增和测序,通过诺如病毒在线分型工具和人类杯状病毒分型工具进行比对确定诺如病毒分型,利用MEGA软件构建系统进化树。结果显示全部154份样品中,检测诺如病毒阳性106份,其中诺如病毒GⅠ组检出率3.77%(4/106),GⅡ组检出率96.23%(102/106)。16起疫情中15起由GⅡ型引起,1起由GⅠ型引起,无GⅠGⅡ混合感染,疫情以GⅡ型为主。2020/2021流行季和2022/2023流行季的主要流行株是GⅡ.2[P16],并且该基因型在不同年份变异不大。2021/2022流行季存在多种型别共存,无优势流行株。2020-2023年大连市诺如病毒胃肠炎疫情主要发生在11月至次年4月,场所主要是幼儿园和中小学。

关键词：诺如病毒基因分型分子进化

昆明市一起聚集性发热疫情中腺病毒3型Penton base、Hexon和Fiber基因遗传进化分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第3期44卷 241-248页

作者：刘艳艳古文鹏段忠文王钰龚娇茶琦雁吴林蔚侯敏昆明市疾病预防控制中心微生物检验科昆明650228 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022 昆明市呈贡区疾病预防控制中心检验科昆明650500 玉溪市疾病预防控制中心卫生监测检验科玉溪678400

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton bas... 详细信息

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton base、Hexon和Fiber三个重要基因全长序列扩增、测定和分型鉴定,构建系统进化树,开展分子变异、遗传进化等分析。结果共采集5份标本,均检出呼吸道腺病毒及流感嗜血杆菌。对腺病毒进行Nanopore三代基因测序最终均获得Penton base、Hexon和Fiber基因全长编码区核苷酸序列,5份标本之间3个基因核苷酸相似性依次为100.0%、99.9%~100.0%和100.0%,氨基酸同源性均为100.0%;与HAdV3原型株(AY599834)核苷酸相似性最高,分别为98.6%、98.7%和98.9%。系统发育分析表明,3个基因系统进化树分析结果基本一致,人腺病毒3型(HAdV3)原型株单独一支,本研究中HAdV3序列均划分在同一进化分支上,与较早年份国外及中国台湾毒株亲缘关系较远,与近年国内外毒株亲缘关系较近,与2019年日本株(LC703523)和中国广州株(MZ540961)高度同源。与原型株比较分析昆明HAdV3氨基酸突变位点,Penton base有5处变异;Hexon有10处变异;Fiber有11处变异。结论本起疫情中的腺病毒在Penton base、Hexon和Fiber基因全长序列中型别分型结果一致,为P3H3F3型,与包括原型株在内的国内外HAdV3毒株显示出非常小的遗传变异。与原型株相比发生了多处氨基酸位点突变,并且多数氨基酸位点变异发生在蛋白质的高变区或功能区,其中Hexon蛋白中M7L为昆明序列独有氨基酸突变位点。

关键词：人腺病毒3型五邻体基座蛋白六邻体蛋白纤维蛋白遗传进化

苏州市沙门氏菌血清型、耐药及多位点序列分型分析

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微生物学通报 2024年第10期 4245-4256页

作者：王小龙邹文燕朱莉勤张梦寒沈强苏州市疾病预防控制中心病原微生物与生物检验科

【背景】沙门氏菌(Salmonella)是一种人兽共患病病原菌，是引起人类感染性腹泻最常见的病原菌之一。【目的】分析苏州市2023年分离的176株沙门氏菌的血清型、耐药情况和分子分型。【方法】血清型鉴定采用玻片凝集法；药敏试验采用微量... 详细信息

【背景】沙门氏菌(Salmonella)是一种人兽共患病病原菌，是引起人类感染性腹泻最常见的病原菌之一。【目的】分析苏州市2023年分离的176株沙门氏菌的血清型、耐药情况和分子分型。【方法】血清型鉴定采用玻片凝集法；药敏试验采用微量肉汤法；多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)采用全基因组测序，测序结果与PubMLST数据库进行比对得出菌株的ST型别。【结果】176株沙门氏菌共鉴定出了42种血清型分属于9个血清群。血清型以肠炎沙门氏菌(Salmonella enteritidis, 26.70%)和鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium, 18.75%)为优势血清型。176株菌对氨苄西林的耐药率最高(60.23%)，其次是链霉素(47.16%)。所有菌株均对头孢他啶/阿维巴坦、美罗培南、厄他培南和阿米卡星敏感。多重耐药率达到57.39%，多重耐药模式达到51种，其中包含青霉素类+β-内酰胺/β-内酰胺抑制剂复合物+头孢类的多重耐药模式有18种。176株菌共检出43种ST型别，检出率前三的ST型别分别为ST11、ST34和ST19，检出率分别为27.27%、10.80%和7.95%。【结论】苏州市沙门氏菌的血清型和ST型别种类多，血清型以肠炎沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌为优势型别，ST型以ST11为优势型别。多重耐药现象严重，应加强监测。

关键词：沙门氏菌血清型耐药 ST型别

2019-2022年北京市通州区严重急性呼吸道感染住院病例病原谱分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第7期44卷 596-600页

作者：邹林张冲佟玲张建明王建国王芳高翔崔淑娟张代涛北京市通州区疾病预防控制中心微生物检验科北京101100 北京市疾病预防控制中心传染病地方病控制所北京100013

目的分析2019—2022年北京市通州区哨点医院严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection,SARI)住院病例的病原谱及流行特征,为科学防控提供参考。方法纳入2019年1月—2022年12月北京市通州区潞河医院SARI患者,采集患者鼻咽... 详细信息

目的分析2019—2022年北京市通州区哨点医院严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection,SARI)住院病例的病原谱及流行特征,为科学防控提供参考。方法纳入2019年1月—2022年12月北京市通州区潞河医院SARI患者,采集患者鼻咽拭子或呼吸道分泌物,荧光定量法检测病原及其种类,分析其流行病学特征。结果共纳入SARI病例1124例,其中379例呼吸道病原体阳性,检出率为33.72%。细菌的检出率较高,以肺炎支原体、肺炎链球菌和嗜麦芽窄食单胞菌为主,检出率较高的病毒为甲型流感病毒、副流感病毒和呼吸道合胞病毒。不同年龄段病例数及病原检出率差异有统计学意义(χ^(2)=555,P=0.0001)。不同年份优势检出病原体不同,2019年肺炎支原体和甲型流感病毒的检出率较高,分别为27.27%(51/187)和17.65%(33/187);2020年副流感病毒、肺炎支原体和流感嗜血杆菌的检出率较高,分别为16.67%(10/60)、11.67%(7/60)和11.67%(7/60);2021年嗜麦芽窄食单胞菌和呼吸道合胞病毒的检出率较高,分别为24.39%(20/82)和19.51%(16/82);2022年嗜麦芽窄食单胞菌和副流感病毒的检出率较高,分别为20.00%(10/50)和12.00%(6/50)。结论北京市通州区SARI病例中细菌性病原体检出率较高,需要关注嗜麦芽窄食单胞菌和肺炎支原体的流行。此外,呼吸道合胞病毒、副流感病毒、甲型流感病毒的流行也不容忽视。不同年份检出的主要病原体不同,需要针对本区的实际情况制定防控措施。本研究为国家呼吸道多病原监测方案的实施提供了基础数据。

关键词：严重急性呼吸道感染甲型流感病毒呼吸道合胞病毒肺炎支原体嗜麦芽窄食单胞菌

腹泻患者粪便分离出厄班纳沙门菌ST512型1例

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中华检验医学杂志 2024年第6期47卷 698-700页

作者：曹健刘玥王熙庄海武肖建伟许学斌上海市杨浦区疾病预防控制中心微生物检验科上海200090 上海市疾病预防控制中心病原生物检定所上海200336

患者男,19岁,2023年9月因连续腹泻3 d就诊上海市杨浦区某社区医院,发病前1天夜晚有烧烤店就餐史,病例符合腹泻病监测定义、采集患者粪便拭子运送公共卫生实验室分离病原为“非A~F群沙门菌”,菌株经参比实验室血清分型、耐药表型、全基... 详细信息

患者男,19岁,2023年9月因连续腹泻3 d就诊上海市杨浦区某社区医院,发病前1天夜晚有烧烤店就餐史,病例符合腹泻病监测定义、采集患者粪便拭子运送公共卫生实验室分离病原为“非A~F群沙门菌”,菌株经参比实验室血清分型、耐药表型、全基因组测序和中国沙门菌区域血清型数据库比对鉴定为厄班纳沙门菌ST512型。患者口服左氧氟沙星3 d后康复。

关键词：腹泻沙门菌属血清分型基因组

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苏州市空肠弯曲菌耐药与分子特征分析

中国人兽共患病学报 2024年第2期40卷 116-122页

作者：王小龙张梦寒汤全英邹文燕苏州市疾病预防控制中心病原微生物与生物检验科苏州215137

目的了解苏州市空肠弯曲菌的耐药情况和分子特征。方法对2018年-2022年苏州市分离的空肠弯曲菌进行全基因组测序分析了解毒力基因、耐药基因、多位点序列分型(Multi-locus sequence typing,MLST)等分子特征,通过琼脂稀释法了解其耐药表... 详细信息

目的了解苏州市空肠弯曲菌的耐药情况和分子特征。方法对2018年-2022年苏州市分离的空肠弯曲菌进行全基因组测序分析了解毒力基因、耐药基因、多位点序列分型(Multi-locus sequence typing,MLST)等分子特征,通过琼脂稀释法了解其耐药表型。结果61株空肠弯曲菌被分为42个ST型别,以ST464占比最高(9.8%),包含12个CC群,以CC21占比最高(19.7%)。61株菌共检出18种耐药基因,97种毒力基因。药敏试验耐药率排前3位的抗生素分别是萘啶酸,四环素和环丙沙星,耐药率分别为90.2%,88.5%和73.8%,对红霉素100.0%敏感,多重耐药率达到41.0%。结论苏州市空肠弯曲菌多重耐药率高,携带耐药基因和毒力基因较多,克隆群以CC21为主,但ST型别较为分散,呈现较高的遗传多样性。

关键词：空肠弯曲菌全基因组测序分子分型耐药特征

2019—2022年上海市奉贤区哨点医院致泻性大肠埃希菌的耐药性和同源性

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上海预防医学 2024年第4期36卷 352-358页

作者：赵宏伟谢晓红陶力新沈莉沈春莉刘梅花施媛盛黄妃上海市奉贤区疾病预防控制中心微生物检验科上海201499

【目的】开展上海市奉贤区的致泻性大肠埃希菌(DEC)耐药性和同源性分析,为临床合理用药和风险监测预警提供依据。【方法】收集2019—2022年上海市奉贤区腹泻病检测中分离到的DEC,采用微量肉汤稀释法进行21种抗生素药物敏感试验,采用脉... 详细信息

【目的】开展上海市奉贤区的致泻性大肠埃希菌(DEC)耐药性和同源性分析,为临床合理用药和风险监测预警提供依据。【方法】收集2019—2022年上海市奉贤区腹泻病检测中分离到的DEC,采用微量肉汤稀释法进行21种抗生素药物敏感试验,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行聚类分型。【结果】腹泻病例DEC检出率为18.99%(131/690)、肠聚集性大肠埃希菌(EAEC)占64.89%(85/131)、肠产毒性大肠埃希菌(ETEC)占22.14%(29/131)、肠致病性大肠埃希菌(EPEC)占12.21%(16/131)、肠出血性大肠埃希菌(EHEC)占0.76%(1/131),未检出肠侵袭性大肠杆菌(EIEC)。DEC检出具有明显夏季高发的季节性特点。DEC多重耐药率为66.41%,共有65种耐药谱,耐药率最高的5种抗生素是氨苄西林(60.31%)、萘啶酸(51.91%)、头孢唑林(50.38%)、四环素(44.27%)、复方新诺明(35.11%),2019—2022年DEC对左氧氟沙星的耐药率明显升高。85株EAEC聚类分析相似度为58.4%~100.0%,得到69种带型;29株ETEC聚类分析相似度为58.5%~100.0%,得到13种带型,有2种优势带型;16株EPEC聚类分析相似度为53.9%~96.0%,得到15种带型。共发现5组同源性菌株,同源性菌株耐药表型均一致。【结论】上海市奉贤区腹泻病例中DEC流行强度较高,耐药形势严峻,引起暴发感染的风险较高,需要加强监测和防范。

关键词：致泻性大肠埃希菌腹泻脉冲场凝胶电泳多重耐药耐药谱

2007—2019年北京市朝阳区甲型H3N2流感病毒HA基因特征分析

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国际病毒学杂志 2024年第4期31卷 316-321页

作者：孙灵利刘丹高艳赵剑虹张玉松韩桃利北京市朝阳区疾病预防控制中心微生物检验科 100021

目的了解北京市朝阳区甲型H3N2亚型流感病毒HA基因变异情况,为评估疫苗有效性提供基础数据。方法从全球流感共享数据库(GISAID)下载2007—2019年世界卫生组织推荐流感疫苗株及各分支代表株序列,与本研究H3N2亚型分离株的HA基因序列进行... 详细信息

目的了解北京市朝阳区甲型H3N2亚型流感病毒HA基因变异情况,为评估疫苗有效性提供基础数据。方法从全球流感共享数据库(GISAID)下载2007—2019年世界卫生组织推荐流感疫苗株及各分支代表株序列,与本研究H3N2亚型分离株的HA基因序列进行系统进化、氨基酸变异分析和疫苗效力评估。结果2015年及之前的H3N2亚型流感多数属于3C.3a分支,2016年开始以3C.2a分支为主,2017年以3C.2a2为主,并进化至3C.2a3,2019年又转换为3C.3a1亚分支;2009年、2013年和2015年存在3C.2和3C.3分支共流行的现象。抗原决定簇A~D区共计存在54个氨基酸变异位点;受体结合部位的130环、190螺旋和220环区域均有氨基酸位点发生变异;各年均有发生糖基化位点的缺失/增加/转换,多数发生在HA1区域。预测流感疫苗效力(VE)为5.00%~47.00%(PepitopeMax值:0~0.2105)。结论北京市朝阳区2007—2019年H3N2流感病毒HA基因进化具有多样性和复杂性,且有可能发生了抗原漂移,部分年份流行株与推荐疫苗株匹配性较差,提示持续监测H3N2亚型流感病毒HA基因变异的必要性。

关键词：甲型H3N2流感病毒表面糖蛋白基因血凝素氨基酸变异疫苗效力