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自转录活性调节区测序技术在增强子发现研究中的应用

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遗传 2024年第8期46卷 589-602页

作者：王纪龙李青战廷正广西医科大学寄生虫学教研室南宁530021 广西医科大学细胞生物学教研室南宁530021 广西高校区域性疾病基础研究重点实验室(广西医科大学) 南宁530021

自转录活性调节区测序(self-transcribing active regulatory region sequencing,STARR-seq)是一种可发现并同时验证全基因组增强子活性的高通量测序方法。其原理为:将待验证序列插入质粒载体并电转入细胞中,该序列在作为增强子提高靶... 详细信息

自转录活性调节区测序(self-transcribing active regulatory region sequencing,STARR-seq)是一种可发现并同时验证全基因组增强子活性的高通量测序方法。其原理为:将待验证序列插入质粒载体并电转入细胞中,该序列在作为增强子提高靶基因转录的同时,其本身也作为靶基因被增强转录。通过对转录组进行测序,并对比未插入片段的测序结果,可获得增强子在基因组位置及活性的信息。在传统增强子研究方法中,通过对染色质开放区域和转录活性区域进行测序以预测增强子,但只能逐一验证预测结果,无法高通量验证增强子活性。STARR-seq技术解决了上述缺陷,可在对全基因组增强子高通量挖掘的同时,对其活性进行可靠的验证。自STARR-seq技术发明以来,已被广泛运用于不同物种与细胞中的增强子发现及活性验证研究。本文对传统增强子预测方法以及STARR-seq技术的基本原理、发展历史和具体运用进行了介绍,并对其发展前景进行展望,以期为后续增强子相关领域研究人员提供参考。

关键词：自转录活性区域测序增强子转录调控单核苷酸多态性

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白纹伊蚊唾液蛋白rAlb-34k2-1诱导的特异性细胞免疫应答对BMDM细胞中DENV-2复制的影响

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中国热带医学 2024年第08期 907-913页

作者：覃燕春李莹胡欢周璐黄贞植吴家红商正玲贵州医科大学基础医学院免疫学教研室贵州医科大学基础医学院寄生虫学教研室

目的体外探究白纹伊蚊唾液蛋白rAlb-34k2-1诱导的小鼠脾淋巴细胞特异性免疫应答对2型登革病毒（dengue virus type 2, DENV-2）感染小鼠骨髓来源巨噬细胞（bone marrow-derived macrophages, BMDM）的影响。方法采用CCK-8法分析rAlb-3... 详细信息

目的体外探究白纹伊蚊唾液蛋白rAlb-34k2-1诱导的小鼠脾淋巴细胞特异性免疫应答对2型登革病毒（dengue virus type 2, DENV-2）感染小鼠骨髓来源巨噬细胞（bone marrow-derived macrophages, BMDM）的影响。方法采用CCK-8法分析rAlb-34k2-1蛋白对免疫/未免疫小鼠脾细胞的特异性增殖反应；制备荷载蚊唾液蛋白rAlb-34k2-1、rAalb＿CTL1蛋白（蚊唾液C型凝集素蛋白）的抗原提呈细胞（antigen presenting cell, APC），与免疫/未免疫小鼠脾淋巴细胞进行混合淋巴细胞培养，取细胞培养上清处理DENV-2感染的BMDM细胞，实时荧光定量逆转录PCR(real-time quantitative reverse transcription PCR, qRT-PCR)检测DENV-2的核酸变化，分析rAlb-34k2-1蛋白诱导的特异性T淋巴细胞应答对BMDM内DENV-2复制的影响。将免疫/未免疫小鼠脾淋巴细胞与rAlb-34k2-1蛋白预处理的感染BMDM进行共培养，通过qRT-PCR检测培养48、72 h后DENV-2 E基因的表达，分析免疫/未免疫小鼠淋巴细胞对预处理的BMDM中DENV-2复制的影响。结果小鼠脾细胞体外特异性增殖实验显示，与未免疫组比较，rAlb-34k2-1蛋白能导致免疫小鼠脾细胞特异性增殖，刺激指数（stimulation index, SI）>2,P<0.000 1；荷载rAalb＿CTL1蛋白的混合淋巴细胞培养上清未影响BMDM细胞中DENV-2的复制，荷载rAlb-34k2-1蛋白的混合淋巴细胞培养上清可抑制BMDM中DENV-2复制（2-ΔΔCT<0.5,P<0.05）；与免疫/未免疫小鼠脾淋巴细胞混合培养后，rAlb-34k2-1预处理的BMDM中DENV-2复制无差异。结论 rAlb-34k2-1蛋白诱导的小鼠T淋巴细胞应答上清可抑制BMDM细胞中DENV-2的复制，为探究蚊唾液蛋白诱导免疫效应在蚊媒病毒致病中的作用提供前期实验基础。

关键词： rAlb-34k2-1蛋白 2型登革病毒细胞免疫应答

刚地弓形虫排泄/分泌抗原诱导卵巢癌细胞凋亡的机制探讨

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中国动物传染病学报 2024年

作者：何焱钊高思李佳洁杨勇刘红丽天津市儿童医院山西医科大学医学寄生虫学教研室

本研究通过分析刚地弓形虫排泄分泌抗原（Tg-ESA）对卵巢癌SKOV-3细胞的作用，来探究其抗卵巢癌的潜能及其机制，为卵巢癌的生物治疗提供理论基础。采用CCK-8法分析Tg-ESA是否影响SKOV-3细胞增殖；通过流式细胞术检测Tg-ESA作用的SKOV-... 详细信息

本研究通过分析刚地弓形虫排泄分泌抗原（Tg-ESA）对卵巢癌SKOV-3细胞的作用，来探究其抗卵巢癌的潜能及其机制，为卵巢癌的生物治疗提供理论基础。采用CCK-8法分析Tg-ESA是否影响SKOV-3细胞增殖；通过流式细胞术检测Tg-ESA作用的SKOV-3细胞凋亡情况及线粒体膜电位和活性氧（ROS）的变化；采用Western blot法检测凋亡相关蛋白表达。CCK-8法结果显示，800 μg/mL Tg-ESA作用于SKOV-3细胞抑制细胞增殖（P < 0.05）；流式细胞术结果显示，与对照组相比，800 μg/mL和1 600 μg/mL浓度的Tg-ESA明显诱导了SKOV-3细胞凋亡（P < 0.05）；进一步研究发现Tg-ESA作用的SKOV-3细胞线粒体膜电位明显下降，而细胞内ROS的含量明显增加（P < 0.01）；Western blot结果显示800 μg/mL、1 600 μg/mL的Tg-ESA可以上调促凋亡蛋白Cleaved Caspase 9、Cleaved Caspase 3和Bax的表达，下调抑凋亡蛋白Bcl-2的表达。Tg-ESA通过诱导细胞内活性氧含量升高及线粒体膜电位下降启动了细胞凋亡程序，并通过线粒体凋亡途径诱导SKOV-3细胞凋亡，从而达到抗卵巢癌的效果。

关键词：刚地弓形虫排泄分泌抗原人卵巢癌SKOV-3细胞凋亡

胆固醇-25-羟化酶对乙脑病毒复制的影响及机制研究

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中国热带医学 2024年第5期24卷 511-518页

作者：邓东青龙启舟聂映吴家红贵州医科大学人体寄生虫学教研室贵州贵阳550025 贵州省现代病原生物学特色重点实验室贵州贵阳550025

目的探究胆固醇-25-羟化酶(cholesterol 25-hydroxylase,CH25H)对流行性乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)复制的影响及其作用机制,为抗JEV药物的研发提供靶标分子及理论支撑。方法通过实时荧光定量PCR验证CH25H能否在人... 详细信息

目的探究胆固醇-25-羟化酶(cholesterol 25-hydroxylase,CH25H)对流行性乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)复制的影响及其作用机制,为抗JEV药物的研发提供靶标分子及理论支撑。方法通过实时荧光定量PCR验证CH25H能否在人的肾细胞HEK293T中被Ⅰ型干扰素及JEV诱导表达。用不同浓度的α干扰素(interferonα,IFN-α)处理HEK293T细胞,12 h后收取细胞,通过实时荧光定量PCR检测CH25H的表达情况;使用不同感染复数(multiplicity of infection,MOI)的JEV感染HEK293T细胞,24 h后收取细胞,通过实时荧光定量PCR检测CH25H mRNA表达水平的变化。利用分子克隆技术构建真核表达质粒pcDNA3.1-CH25H-3×HA,在HEK293T细胞中过表达CH25H,通过实时荧光定量PCR、病毒空斑实验分析CH25H对JEV复制的影响;通过CCK8实验获得CH25H的酶活性产物25-羟基胆固醇(25-hydroxycholesterol,25HC)在HEK293T、BHK21及Vero细胞中的合理使用浓度,并在上述细胞中利用实时荧光定量PCR、病毒空斑实验、免疫荧光实验、病毒吸附实验进一步研究25HC在JEV复制中的作用及其对JEV生命周期的影响;利用点突变的方法构建CH25H酶活性缺失的突变体CH25HM,并转染至HEK293T细胞中,JEV感染24 h后,通过qPCR、病毒空斑实验揭示CH25H影响JEV复制是否依赖于其酶活性。结果CH25H可在HEK293T细胞中被IFN-α诱导表达,但在JEV感染后,细胞中CH25H mRNA表达水平被下调。在HEK293T细胞中过表达CH25H显著的抑制JEV复制。CH25H的酶活性产物25HC在HEK293T、BHK21及Vero细胞中均明显抑制JEV的复制;病毒吸附实验结果显示,25HC可通过影响病毒吸附过程,进而抑制JEV复制;在HEK293T细胞中过表达酶活性缺失的突变体CH25HM,也能显著的抑制JEV复制。结论JEV感染下调干扰素刺激基因CH25H的表达,而CH25H以依赖于酶活性及非酶活性方式发挥抗JEV复制的作用。

关键词：乙型脑炎病毒胆固醇-25-羟化酶 25-羟基胆固醇干扰素刺激基因病毒复制

基于生物信息学预测儿童轻重症疟疾的潜在生物靶标

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生物化工 2024年第1期10卷 79-82页

作者：刘鉴贵州医科大学寄生虫学教研室贵州贵阳550001

目的:基于生物信息学方法对儿童轻重症疟疾的基因表达谱(GSE33811)进行潜在生物学靶标的预测。方法:利用R语言和在线分析等生物信息学方法进行差异表达、功能富集及网络互作的分析。结果:获得243个差异的基因,差异基因主要参与NOD样受... 详细信息

目的:基于生物信息学方法对儿童轻重症疟疾的基因表达谱(GSE33811)进行潜在生物学靶标的预测。方法:利用R语言和在线分析等生物信息学方法进行差异表达、功能富集及网络互作的分析。结果:获得243个差异的基因,差异基因主要参与NOD样受体信号通路、对生物刺激反应的调节、参与免疫应答的中性粒细胞激活等。通过Cytoscape筛选出10个核心基因(IL1B、STAT1、OAS1、OAS2、IRF1、DDX58、CD4、GBP1、IFIT3和IFIH1)。结论:该分析将为儿童轻重症疟疾的治疗与预防提供新的靶点及研究思路。

关键词：儿童疟疾差异基因生物信息学

重组日本血吸虫半胱氨酸蛋白酶抑制剂对急性肝损伤小鼠的保护作用及机制

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南方医科大学学报 2024年第6期44卷 1126-1134页

作者：鲁玲君杨小迪张华平梁媛石秀兰周鑫山西医科大学病理生理教研室山西太原030002 蚌埠医科大学人体寄生虫学教研室//安徽省感染与免疫重点实验室安徽蚌埠233030 鹤壁职业技术学院医学检验教研室河南鹤壁458030 太原市第三人民医院内镜室山西太原030012

目的探讨重组日本血吸虫半胱氨酸蛋白酶抑制剂对LPS/D-GalN诱导的急性肝损伤小鼠的保护作用及机制。方法将72只雄性C57BL/6J小鼠(6~8周龄)随机分为正常对照组、LPS/D-GaIN模型组、LPS/D-GaIN+rSj-Cys治疗组和rSj-Cys对照组(n=18)。LPS... 详细信息

目的探讨重组日本血吸虫半胱氨酸蛋白酶抑制剂对LPS/D-GalN诱导的急性肝损伤小鼠的保护作用及机制。方法将72只雄性C57BL/6J小鼠(6~8周龄)随机分为正常对照组、LPS/D-GaIN模型组、LPS/D-GaIN+rSj-Cys治疗组和rSj-Cys对照组(n=18)。LPS/D-GaIN组和LPS/D-GaIN+rSj-Cys组小鼠均腹腔注射LPS(10μg/kg)和D-GaIN(700 mg/kg)造模;造模后30 min,LPS/D-GaIN+rSj-Cys组及rSj-Cys对照组小鼠均腹腔注射rSj-Cys(1.25 mg/kg),正常对照组小鼠注射等体积PBS。造模6 h后,每组随机挑选8只小鼠处死,收集小鼠血清及肝组织,进行后续检测,每组剩余10只分别在3、6、12、24 h观察其生存情况,并计算生存率。检测血清丙氨酸转移酶(ALT)、天冬氨酸转移酶(AST)水平,苏木精-伊红(HE)染色观察各组小鼠肝脏组织病理形态,采用ELISA检测小鼠血清炎性因子肿瘤坏死因子(TNF-α)和白细胞介素(IL-6)表达,采用免疫组化法检测肝组织巨噬细胞表面标记物CD68表达水平,采用免疫组化和免疫印迹法检测肝组织Bax、Bcl-2蛋白水平,采用TUNEL检测肝细胞凋亡情况,采用免疫印迹法检测肝组织内质网应激相关蛋白表达水平。结果模型组小鼠12 h生存率为30%,rSj-Cys治疗组小鼠12 h生存率为80%。模型组小鼠24 h生存率为10%,rSj-Cys治疗组小鼠24 h生存率为60%;与正常对照组相比,LPS/D-GaIN模型组小鼠血清中AST、ALT、IL-6、TNF-α含量均显著上升(P学差异(P>0.05)。结论 rSj-Cys通过抑制内质网应激,减轻炎症和肝细胞凋亡缓解LPS/D-GalN引起的小鼠急性肝损伤。

关键词：急性肝损伤日本血吸虫半胱氨酸蛋白酶抑制剂内质网应激炎症凋亡

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寄主挥发物对冈田绕眼果蝇的引诱效果研究

遵义医科大学学报 2024年第4期47卷 371-375页

作者：董贤凤郑明辉遵义医科大学寄生虫学教研室贵州遵义563006

目的探讨冈田绕眼果蝇(Phortica okadai)对寄主挥发物的偏好性。方法选择发酵梨挥发物的主要组分以及与人体有关的昆虫信息化合物作为引诱剂,利用Y型管对挥发物溶媒进行选择,利用自制四臂管对冈田绕眼果蝇的行为反应进行测定。结果 ... 详细信息

目的探讨冈田绕眼果蝇(Phortica okadai)对寄主挥发物的偏好性。方法选择发酵梨挥发物的主要组分以及与人体有关的昆虫信息化合物作为引诱剂,利用Y型管对挥发物溶媒进行选择,利用自制四臂管对冈田绕眼果蝇的行为反应进行测定。结果行为反应测定发现,共有9种挥发物组分对冈田绕眼果蝇具有引诱效果,其中2,3-丁二酮、苯乙醇、丙酸乙酯、辛酸乙酯、乙酸乙酯、月桂酸乙酯和正癸酸对雌、雄成蝇均具有引诱效应,而乙酸异戊酯只对雌成虫具有引诱作用,2,4-癸二酸-1-醇只对雄成虫具有引诱作用。另外发现了1种趋避剂芳樟醇。其他成分未发现引诱效应。结论 2,3-丁二酮、苯乙醇、丙酸乙酯、辛酸乙酯、乙酸乙酯、月桂酸乙酯和正癸酸能对冈田绕眼果蝇的嗅觉行为进行调控,可为开发针对冈田绕眼果蝇的引诱剂提供理论基础。

关键词：冈田绕眼果蝇挥发物引诱效果化学引诱剂

微小隐孢子虫GP900^(829~1099)蛋白的表达及其对小鼠巨噬细胞的免疫调节作用

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第1期42卷 55-62页

作者：杨玲王龙王佳阳周坤铮闫宝龙赵威黄慧聪温州医科大学基础医学院寄生虫教研室浙江温州325035 江苏省扬州市中医院检验科扬州225002

目的初步探究微小隐孢子虫微线体蛋白(MIC)糖蛋白900(GP900) 829~1 099aa片段(GP^(900^(829~1099)))通过核因子-κB (NF-κB)/丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路对小鼠巨噬细胞(RAW264.7细胞)的免疫调节作用。方法从NCBI数据库中获取... 详细信息

目的初步探究微小隐孢子虫微线体蛋白(MIC)糖蛋白900(GP900) 829~1 099aa片段(GP^(900^(829~1099)))通过核因子-κB (NF-κB)/丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路对小鼠巨噬细胞(RAW264.7细胞)的免疫调节作用。方法从NCBI数据库中获取微小隐孢子虫GP^(900^(829~1099))氨基酸序列进行生物信息学分析。以微小隐孢子虫卵囊cDNA为模板,PCR扩增gp900^(829~1099)基因片段,构建pET-32a-gp900^(829~1099)重组质粒并转化至BL21感受态细胞中诱导表达。纯化、超滤浓缩重组蛋白并去除内毒素。采用0.16、0.80、4.00、20.00、100.00、500.00μg/ml的GP^(900^(829~1099))重组蛋白刺激RAW264.7细胞24 h后,CCK-8法检测其对RAW264.7细胞活力的调节作用。以0.16、0.80、4.00μg/ml的GP^(900^(829~1099))重组蛋白刺激RAW264.7细胞,以PBS为对照组,脂多糖(1μg/ml)为阳性对照,24 h后流式细胞术检测CD86表达量,qPCR检测RAW264.7细胞中IL-6和TNF-α mRNA的相对转录水平,ELISA检测RAW264.7细胞培养上清中IL-6、TNF-α的表达水平。采用蛋白质免疫印迹分析NF-κB和MAPK信号通路中P65蛋白和细胞外调节蛋白激酶(ERK)蛋白磷酸化水平。结果 GP^(900^(829~1099))蛋白二级结构中β转角占比9.23%,无规则卷曲占比64.58%,且含有较丰富的T、B细胞抗原表位。表达的GP^(900^(829~1099))重组蛋白的相对分子质量约为49 000。CCK-8结果显示,GP^(900^(829~1099))对细胞没有毒性作用,后续实验采用0.16、0.80和4.00μ/g/ml作为作用浓度。流式细胞术结果显示,CD86+的阳性表达率分别为(13.500±0.815)%、(18.670±0.657)%、(20.470±1.271)%,后两者均高于对照组的(14.500±0.872)%(t=3.818、3.872,P <0.05)。qPCR结果显示,0.16、0.80和4.00μg/ml组RAW264.7细胞的IL-6 mRNA相对转录水平分别为1.409±0.050、2.052±0.098和3.284±0.097,均高于对照组的1.010±0.096 (t=3.700、7.595、16.700,均P<0.05);TNF-α mRNA相对转录水平分别为1.077±0.034、1.440±0.021和2.378±0.037,后两者均高于对照组1.000±0.025(t=13.380、30.850,均P<0.05)。ELISA检测结果显示,RAW264.7细胞培养上清中,0.16、0.80和4.00μg/ml组IL-6的表达水平分别为(535.400±17.230)、(572.800±8.286)、(555.600±23.940) mg/L,均高于对照组的(454.400±18.630) mg/L (t=3.193、5.809、3.339,P<0.05);TNF-α细胞因子的表达水平分别为(351.800±12.270)、(386.400±10.250)、(489.800±10.540) mg/L,后两者均高于对照组的(324.200±11.070) mg/L (t=4.125、10.830,P<0.05)。蛋白质免疫印迹结果显示,0.16、0.80和4.00μg/ml组RAW264.7细胞p-P65、p-ERK蛋白的相对表达水平分别为2.294±0.254、1.714±0.205、1.877±0.309,1.522±0.054、1.760±0.066、1.582±0.027,均高于对照组的1.0±0.0 (t=5.100、3.489、2.836,9.737、11.450、21.900,均P<0.05)。结论不同浓度GP^(900^(829~1099))重组蛋白刺激巨噬细胞后,通过激活NF-κB和MAPK信号通路诱导巨噬细胞活化,通过促进TNF-α和IL-6 mRNA的转录参与巨噬细胞的免疫调节。

关键词：微小隐孢子虫微线体蛋白GP900 RAW264.7 NF-κB MAPK

包虫囊液对干扰素信号TRIF/IFITM3通路的影响

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中国病原生物学杂志 2024年第7期19卷 773-778,783页

作者：屈晴袁振地达尔·叶尔革命蒙克嘎勒齐新伟单骄宇新疆医科大学基础医学院人体寄生虫学教研室乌鲁木齐830017 新疆地方病分子生物学重点实验室新疆医科大学基础医学院生理学教研室新疆医科大学第一附属医院中亚高发疾病发病机制与防治国家重点实验室

目的探索包虫囊液干预人源肝细胞(L02)过程中TRIF/IFITM3通路相关蛋白的变化。方法从感染细粒棘球蚴病的羊肝中获取囊液,用不同比例囊液浓度(1∶10、1∶100和1∶1000)干预肝细胞并设置阴性对照组(未加囊液干预)。采用囊液浓度(1∶1000... 详细信息

目的探索包虫囊液干预人源肝细胞(L02)过程中TRIF/IFITM3通路相关蛋白的变化。方法从感染细粒棘球蚴病的羊肝中获取囊液,用不同比例囊液浓度(1∶10、1∶100和1∶1000)干预肝细胞并设置阴性对照组(未加囊液干预)。采用囊液浓度(1∶1000)干预肝细胞后分别在0、24、48和72 h收集细胞。实时荧光定量PCR检测TRIF/IFITM3通路相关mRNA的表达,Western blot检测TRIF、IRF3、IFITM3、Foxp3的蛋白表达变化。免疫荧光检测IFITM3、Foxp3的表达和定位。Spearman分析TRIF、IFITM3及Foxp3的相关性。结果 Western blot显示囊液浓度(1∶1000)促进TRIF、IRF3、IFITM3蛋白表达,TRIF的相对表达量分别是(0.45±0.09)、(0.54±0.05)、(1.08±0.24)、(1.75±0.31);IFITM3的相对表达量分别是(1.02±0.41)、(1.00±0.16)、(1.24±0.12)、(1.84±0.20)。囊液浓度(1∶1000)刺激肝细胞0、24、48和72 h后,Western blot显示TRIF、IRF3、IFITM3蛋白表达量逐渐下降,而Foxp3表达量增高。TRIF的相对表达量分别是(1.00±0.31)、(1.08±0.19)、(0.90±0.13)、(0.57±0.05);IFITM3的相对表达量分别是(0.80±0.26)、(0.94±0.09)、(0.82±0.19)、(0.54±0.18)。Foxp3的相对表达量分别是(0.70±0.11)、(0.80±0.02)、(0.83±0.03)、(1.08±0.04)。免疫荧光显示,在泡球蚴感染60 d时,小鼠肝脏IFITM3和Foxp3发生共定位。Spearman分析TRIF与IFITM3存在正相关性(r=0.704,P寄生。

关键词：细粒棘球蚴感染 Toll样受体衔接蛋白干扰素诱导的跨膜蛋白3 核转录因子Foxp3