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Exportin家族鉴定及其在尼罗罗非鱼中的表达分析

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西南大学学报（自然科学版） 2024年第1期46卷 77-86页

作者：张清清游慧芹杜康陶文静西南大学生命科学学院/淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室重庆400715

输出蛋白(Exportins,XPOs)负责细胞核中蛋白质和RNA的输出,对基因表达调控起着重要的作用,然而Exportin家族的系统进化和表达模式尚不清楚.研究首先对22种代表性动物的Exportin家族进行鉴定并分析了其系统进化,再通过转录组分析和qRT-PC... 详细信息

输出蛋白(Exportins,XPOs)负责细胞核中蛋白质和RNA的输出,对基因表达调控起着重要的作用,然而Exportin家族的系统进化和表达模式尚不清楚.研究首先对22种代表性动物的Exportin家族进行鉴定并分析了其系统进化,再通过转录组分析和qRT-PCR探究了Exportin家族成员在尼罗罗非鱼各组织中的表达水平,最后通过荧光原位杂交对xpo1a,xpo1b和xpo5在尼罗罗非鱼性腺中的细胞定位进行了分析.结果表明:脊椎动物Exportin家族成员的数量在经过第2轮和第3轮全基因组复制的物种中变化不大,而在经过第4轮时显著增加,暗示Exportin家族成员在第4轮全基因组复制中发生了扩张.xpos主要在精巢中表达,其中xpo1a表达最高;xpos在尼罗罗非鱼孵化后5 d和30 d的表达没有雌雄差异,而在孵化后90,180和300 d出现明显差异,其中负责miRNA出核转运的xpo5在精巢中的表达明显高于卵巢.在尼罗罗非鱼卵巢中,xpo1a,xpo1b和xpo5主要在卵原细胞和卵母细胞中表达;在精巢中,xpo1a和xpo5主要在精原细胞和精母细胞中表达,而xpo1b主要在精细胞中表达.研究系统分析了Exportin家族成员的进化及其在尼罗罗非鱼性腺中的表达,为解析其在脊椎动物生殖发育中的作用奠定了基础.

关键词：输出蛋白系统进化分析表达分析尼罗罗非鱼

4种鲇基因组中Tc1/Mariner转座子的鉴定与演化

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水产学报 2020年第4期44卷 539-550页

作者：赵连鹏邵峰胡竞文张耀光彭作刚西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室

为了探讨Tc1/Mariner转座子在4种鲇(沟鲇、黑斑原、鲇和南方鲇)中的特征及在演化过程中的作用,实验使用de novo预测和同源预测两种方法鉴定了4种鲇基因组中的Tc1/Mariner转座子并进行演化分析。通过对所获得序列的统计及分类,结果显... 详细信息

为了探讨Tc1/Mariner转座子在4种鲇(沟鲇、黑斑原、鲇和南方鲇)中的特征及在演化过程中的作用,实验使用de novo预测和同源预测两种方法鉴定了4种鲇基因组中的Tc1/Mariner转座子并进行演化分析。通过对所获得序列的统计及分类,结果显示,4种鲇基因组中Tc1/Mariner转座子的含量分别为9.46%、2.70%、7.83%和8.54%,并且分别被分为38、20、43和55个家族。基于转座酶催化区域的结构和系统发育分析的结果,4种鲇的Tc1/Mariner转座子总共可以分为5个不同的亚类群:DD34E(Tc1)、DD35E、DD36E、DD37E和DD35D(pogo)。系统发育分析表明,多数支系中鲇和南方鲇的转座子聚为姐妹群。插入时间分析表明,Tc1/Mariner转座子的插入时间主要分布在0～5百万年前。大多数Tc1/Mariner转座子在0～1百万年前或2～3百万年前有一个突然的扩增。另外,4种鲇的Tc1/Mariner转座子大部分插入到基因的内含子中。本实验通过对4种鲇中Tc1/Mariner转座子的鉴定、比较与演化分析,为Tc1/Mariner转座子的深入研究奠定了基础。

关键词：鲇基因组转座子 Tc1/Mariner 演化分析

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玫瑰高原鳅肠道微生物多样性研究

水生生物学报 2021年第1期45卷 118-124页

作者：刘妮彭作刚西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室重庆400715

研究旨在分析玫瑰高原鳅(Triplophysa rosa)肠道微生物的结构组成和多样性,探索其肠道微生物的潜在功能。提取了5尾玫瑰高原鳅的肠道总DNA,运用Illumina Miseq平台对肠道微生物16S rRNA的V3—V4区进行了测序,统计样品肠道微生物的操作... 详细信息

研究旨在分析玫瑰高原鳅(Triplophysa rosa)肠道微生物的结构组成和多样性,探索其肠道微生物的潜在功能。提取了5尾玫瑰高原鳅的肠道总DNA,运用Illumina Miseq平台对肠道微生物16S rRNA的V3—V4区进行了测序,统计样品肠道微生物的操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs)数量,分析物种组成、丰度及Alpha多样性,并预测肠道微生物的功能。结果显示,玫瑰高原鳅的肠道微生物有19门、31纲、87目、146科、253属、320种,451个OTUs。在门水平上,优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在属水平上,优势菌群为气单胞菌属(Aeromonas)、爱德华菌属(Edwardsiella)、邻单胞菌属(Plesiomonas)和希瓦氏菌属(Shewanella)。功能预测表明,肠道微生物编码的大多数基因与新陈代谢相关,其中“碳水化合物运输和代谢”和“氨基酸转运与代谢”功能类群的相对丰度较高。玫瑰高原鳅肠道内微生物组成复杂,其功能分析有助于理解肠道微生物对玫瑰高原鳅摄食的影响,为进一步研究玫瑰高原鳅的食性提供了理论基础。

关键词：玫瑰高原鳅肠道微生物 16S rRNA 多样性功能

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GATA6在肝脏发育中的作用及调控机制

遗传 2018年第1期40卷 22-32页

作者：张玲何建波周钢桥西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室重庆400715 不详

GATA6(GATA binding protein 6)是GATA锌指转录因子家族成员之一,以其保守的结合基序(G/A)GATA(A/T)而得名。GATA家族在脊椎动物细胞命运决定与分化、增殖和迁移以及内胚层和中胚层来源的器官发育中具有重要作用。GATA6作为谱系特化因... 详细信息

GATA6(GATA binding protein 6)是GATA锌指转录因子家族成员之一,以其保守的结合基序(G/A)GATA(A/T)而得名。GATA家族在脊椎动物细胞命运决定与分化、增殖和迁移以及内胚层和中胚层来源的器官发育中具有重要作用。GATA6作为谱系特化因子、染色质重塑因子、多能性因子和"先锋因子",在内胚层肝脏谱系决定、肝脏特化、肝芽生长以及肝母细胞增殖分化等阶段发挥关键的调控作用。本文综述了GATA6在肝脏发育中的作用及其研究进展,以期为进一步研究GATA6等发育关键转录因子的功能及调控机制提供参考。

关键词： GATA6 肝脏发育转录因子先锋因子重编程

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稀有鮈鲫热休克因子1的分子克隆与表达分析

淡水渔业 2020年第2期50卷 45-52页

作者：张夕梅黄宇刘堰西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室重庆400716

热休克因子1(Heat shock factor 1,HSF1)作为转录调控元件,能够调控热休克蛋白(heat shock proteins,HSPs)的表达,保护机体免受压力损伤。为评估稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)HSF1和环境污染物五氯酚(pentachlorophenol,PCP)的关系,本研究采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术从稀有鮈鲫肝脏中克隆HSF1全长序列,并将其命名为GrHSF1;利用Real-time PCR检测稀有鮈鲫GrHSF1的组织分布;温度以及PCP暴露下稀有鮈鲫肝脏中的GrHSF1的表达情况。RACE结果显示:GrHSF1的开放阅读框(open reading frame,ORF)长度为1581 bp,共编码527个氨基酸。系统发育树分析表明,预测得到的GrHSF1氨基酸序列与其他鱼类HSF1具有广泛的序列相似性。组织分布显示GrHSF1在稀有鮈鲫的12种组织中均表达,在肝脏中表达量最高。在肝脏中的暴露实验表明,当80μg/L≥PCP≥8μg/L时,GrHSF1的mRNA与PCP之间具有明显的剂量依赖效应,当160μg/L≥PCP≥8μg/L时,GrHSF1的mRNA与PCP之间具有明显的时间依赖效应;在过高或过低温度下,GrHSF1的mRNA均显著下降。结果表明GrHSF1是已知鱼类HSF1家族的同源基因,并可作为评估环境污染物PCP的生物标志物。

关键词：稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus) GrHSF1 五氯酚分子克隆生物标志物

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沙鳅科鱼类起源演化研究

水产学报 2023年

作者：徐荣荣刘世英王永明李燕平谢碧文彭作刚内江师范学院生命科学学院长江上游鱼类资源保护与利用四川省重点实验室西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室

为厘清沙鳅科鱼类的系统发育关系和起源演化，本实验通过PCR扩增和公共数据库搜集，共获得240条序列，涵盖了8属20种沙鳅科鱼类，采用2个线粒体基因（COI、Cytb）和3个核基因（IRBP、RAG1和RH）联合的方法，进行了系统发育树重建、分化... 详细信息

为厘清沙鳅科鱼类的系统发育关系和起源演化，本实验通过PCR扩增和公共数据库搜集，共获得240条序列，涵盖了8属20种沙鳅科鱼类，采用2个线粒体基因（COI、Cytb）和3个核基因（IRBP、RAG1和RH）联合的方法，进行了系统发育树重建、分化时间和生物地理学分析。结果显示，基于不同数据集构建的最大似然树（Maximum Likelihood， ML）和贝叶斯树（Bayesian Inference， BI）的拓扑结构一致，沙鳅科及各属均为单系类群，沙鳅科分为沙鳅亚科和薄鳅亚科2大支，其中，沙鳅亚科包括华鳅属、安巴鳅属、安彦鳅属、缨须鳅属、沙鳅属和色鳅属，薄鳅亚科包括副沙鳅属和薄鳅属，且基于不同数据集构建的ML和BI树都有较高的支持度。分歧时间和地理祖先重建结果表明，沙鳅科鱼类在渐新世[约28.85 百万年(Ma)前]起源于东南亚地区，中新世（约24.15 Ma前）各属开始分化，中新世和上新世（约17.17—3.79百万年前）属内种的分化明显；随着喜马拉雅山脉的运动，沙鳅科鱼类从东南亚地区向西和向北扩散和演化，其中，沙鳅属向西进入南亚地区，薄鳅属、副沙鳅属和华鳅属向北进入我国长江、珠江流域，这说明沙鳅科鱼类的物种分化和喜马拉雅山脉的运动有着密切的关系。本研究为进一步研究鳅超科鱼类起源演化提供参考资料。

关键词：沙鳅科多基因联合系统发育分子钟生物地理学

运用CRISPR/Cas9技术对斑马鱼前肾表达基因的敲除研究

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西南大学学报（自然科学版） 2017年第5期39卷 54-61页

作者：黄红辉朱世诚董国萍谢贝陈雪姣张冲潘文昊阮华淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室/西南大学生命科学学院重庆400715

CRISPR/Cas9是目前最热门的基因编辑技术,是进行基因敲除的有效手段.斑马鱼是一种常用的研究脊椎动物器官发育的模式生物,本实验选取10个斑马鱼前肾表达基因atp1a1a1,atp1a1a.2,atp1a1a.3,atp1a1a.4,atp1a1a.5,pkd2,aqp3a,bmper,isl2a和tbx2a,运用CRISPR/Cas9技术进行基因敲除以研究肾脏发育.经过三代筛选,每个基因获得了至少一种移码突变.突变体的初步表型分析显示,10个基因中只有atp1a1a.2和pkd2基因突变可以导致斑马鱼胚胎发育缺陷,隐性致死,这与已经报道的突变体或基因敲降结果类似.上述结果表明CRISPR/Cas9基因编辑技术可在斑马鱼中高效地进行基因敲除,获得的突变体为以后深入研究斑马鱼前肾发育提供了重要材料.

关键词： CRISPR/Cas9技术基因敲除斑马鱼前肾

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温度对四川华鳊胚胎发育的影响

水产科学 2020年第1期39卷 79-87页

作者：王亚利解崇友尹敏蔡瑞钰王志坚西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室水产科学重庆市市级重点实验室

为探索温度对四川华鳊胚胎发育的影响,笔者观察16、19、22、25、28、31℃6个温度条件下四川华鳊的胚胎发育过程,描述总结(25±0.5)℃下胚胎发育各个阶段的形态特征。研究结果显示,四川华鳊胚胎发育过程可划分为受精卵、胚盘形成、卵裂... 详细信息

为探索温度对四川华鳊胚胎发育的影响,笔者观察16、19、22、25、28、31℃6个温度条件下四川华鳊的胚胎发育过程,描述总结(25±0.5)℃下胚胎发育各个阶段的形态特征。研究结果显示,四川华鳊胚胎发育过程可划分为受精卵、胚盘形成、卵裂、囊胚、原肠胚、神经胚、器官分化和出膜等8个连续发育阶段;在(25±0.5)℃下孵化总历时44.83 h;在温度为16℃时,胚胎发育至原肠胚晚期全部死亡;19℃时孵化率为30.00%,其中畸形致死占87.19%,显著高于其余4个温度组(P发育所需时间变短,各温度间差异显著(P发育的生物学零度为12.69℃,有效积温为522.35~595.11℃·h。

关键词：四川华鳊胚胎发育温度

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水体镉暴露对南方鲇仔鱼存活率的影响

西南大学学报（自然科学版） 2015年第11期37卷 57-62页

作者：张玄可程卫东梁敏袁伦强西南大学淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室重庆400715 西南大学生命科学学院重庆400715

以南方鲇Silurus meridionalis Chen初孵仔鱼、10日龄仔鱼为对象,采用水体染毒法进行急性镉暴露实验,研究了南方鲇仔鱼对镉暴露的耐受程度.初孵仔鱼实验设置一个对照组和5个镉处理组(0.04 mg/L,0.08 mg/L,0.16mg/L,0.32mg/L,0.64mg/L);1... 详细信息

以南方鲇Silurus meridionalis Chen初孵仔鱼、10日龄仔鱼为对象,采用水体染毒法进行急性镉暴露实验,研究了南方鲇仔鱼对镉暴露的耐受程度.初孵仔鱼实验设置一个对照组和5个镉处理组(0.04 mg/L,0.08 mg/L,0.16mg/L,0.32mg/L,0.64mg/L);10日龄仔鱼实验设置一个对照组和5个镉处理组(0.075mg/L,0.15mg/L,0.3mg/L,0.6mg/L,1.2mg/L).结果表明:随镉暴露质量浓度升高,初孵仔鱼存活率在暴露24h各组间差异不具有统计学意义(p>0.05);暴露48h存活率仅在0.64mg/L组显著低于其余各组(p鱼类相比,南方鲇仔鱼对镉暴露相对较敏感;而10日龄仔鱼对镉暴露的敏感程度高于初孵仔鱼.10日龄可能是南方鲇仔鱼发育受水体镉污染影响的瓶颈期,因此南方鲇生境水质保护工作应重点考虑到10日龄仔鱼的发育.

关键词：镉南方鲇仔鱼安全体积质量分数