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藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关基因和可变剪接事件的综合分析

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中国组织工程研究 2025年第7期29卷 1429-1436页

作者：德吉索朗达魏宇辰王斌阿旺措吉仁青措姆崔久增张磊巴贵西藏自治区农牧科学院畜牧兽医研究所西藏自治区拉萨市850009 西北农林科技大学动物医学院陕西省杨凌示范区712100 西北农林科技大学动物科技学院陕西省杨凌示范区712100

背景:藏西北绒山羊子宫内膜容受性是胚胎植入的关键因素,目前对于藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关基因表达及可变剪接的认识还未明确。目的:分析并挖掘藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关的基因和可变剪接事件。方法:在妊娠第5天和第15天(... 详细信息

背景:藏西北绒山羊子宫内膜容受性是胚胎植入的关键因素,目前对于藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关基因表达及可变剪接的认识还未明确。目的:分析并挖掘藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关的基因和可变剪接事件。方法:在妊娠第5天和第15天(分别代表容受前子宫内膜组和容受性子宫内膜组),分别随机选取3只藏西北绒山羊,采集子宫内膜组织,苏木精-伊红染色观察组织形态,免疫组织化学检测子宫内膜容受性标志蛋白白血病抑制因子、血管内皮生长因子的表达水平;提取子宫内膜组织总RNA,质量检测合格后进行转录组测序,寻找差异表达的mRNA、长链非编码RNA、环状RNA和miRNA,进行功能预测,并分析与子宫内膜容受性相关的可变剪接mRNA和长链非编码RNA。结果与结论:(1)与容受前子宫内膜组比较,容受性子宫内膜组子宫内膜组织中白血病抑制因子和血管内皮生长因子蛋白的表达水平明显升高;(2)测序结果显示,差异表达基因多为mRNA和长链非编码RNA,包括250个上调的mRNA、193个上调的长链非编码RNA、135个下调的mRNA和123个下调的长链非编码RNA,显著富集于Wnt、Hedgehog和Hippo信号通路;(3)可变剪接事件分析显示有8个差异表达的可变剪接转录本,均为mRNA分子,其中2个下调、6个上调,与血管内皮生长因子受体信号、细胞运动和胚胎发育有关。

关键词：藏西北绒山羊子宫内膜容受性转录组测序差异表达基因可变剪接白血病抑制因子血管内皮生长因子

合成六倍体小麦品系籽粒相关性状的QTL定位

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麦类作物学报 2025年第1期 1-15页

作者：孙迎凯李翔刘天相张冰月赵艺清关露露贾亚涛马超沈仲赵力克胡银岗吉万全史学芬白海波王中华西北农林科技大学农学院作物抗逆与高效生产全国重点实验室鄂尔多斯农牧科学院宁夏农林科学院农业生物技术研究中心

合成六倍体小麦作为一种重要的遗传资源，在籽粒相关性状的研究中起着关键作用。为进一步挖掘合成六倍体小麦籽粒相关性状的数量性状位点(quantitative trait loci, QTL),本研究以西农389与合成六倍体小麦KU2098杂交得到的154个重组自交... 详细信息

合成六倍体小麦作为一种重要的遗传资源，在籽粒相关性状的研究中起着关键作用。为进一步挖掘合成六倍体小麦籽粒相关性状的数量性状位点(quantitative trait loci, QTL),本研究以西农389与合成六倍体小麦KU2098杂交得到的154个重组自交系(recombinant inbred lines, RIL)群体为材料，用小麦55K SNP芯片构建遗传图谱，对粒长、粒宽、粒面积、粒周长、粒长宽比、千粒重、蛋白质含量、淀粉含量、湿面筋含量共9个籽粒相关性状进行了QTL定位分析。结果表明，在除7B染色体外的20条染色体上共鉴定出84个QTL;这些QTL的LOD值在2.54～39.9之间，解释了0.91%～43.41%表型变异；84个QTL包括31个主要QTL和10个稳定QTL。在1A(1)、1B(1)、1D(1)、2D(1)、4D(1)、5A(1)、5D(1)、6A(2)、6B(2)和7D(1)染色体上共鉴定出12个与籽粒性状相关的QTL簇。在QTL簇C8对应的遗传区间中，筛选到2个有关籽粒性状的基因；在QTL簇C3的遗传区间中，筛选到4个有关品质性状的基因。鉴定出的QTL可为小麦产量和品质改良提供参考。

关键词：合成六倍体小麦小麦55K SNP 籽粒性状 QTLs

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奶山羊ACSL6基因启动子克隆与转录活性分析

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农业生物技术学报 2025年第1期 124-133页

作者：熊畑畑吴钰邵钺馨陈冲王琬婷程菲李聪西北农林科技大学动物科技学院/陕西省动物遗传育种与繁殖重点实验室

酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(acyl-CoA synthetase long chain family member 6, ACSL6)作为摄取、转运游离脂肪酸的关键酶，参与调控奶畜泌乳中脂肪酸的代谢过程。本研究旨在通过对奶山羊(Capra hircus) ACSL6基因(Gene ID:XM＿01805... 详细信息

酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(acyl-CoA synthetase long chain family member 6, ACSL6)作为摄取、转运游离脂肪酸的关键酶，参与调控奶畜泌乳中脂肪酸的代谢过程。本研究旨在通过对奶山羊(Capra hircus) ACSL6基因(Gene ID:XM＿018050725.1)启动子克隆、生物信息学分析和双荧光素酶活性检测，初步探究ACSL6基因的转录调控机制。以西农萨能奶山羊血液基因组DNA为模板，经PCR扩增获得ACSL6启动子的全长序列；利用生物信息学软件筛选预测分值较高的结合位点和启动子特征序列；克隆并构建启动子缺失片段载体，与内参载体共同转染奶山羊乳腺上皮细胞，通过双荧光素酶活性检测确定启动子活性区域。结果表明，克隆获得ACSL6基因启动子全长序列2 108 bp;ACSL6启动子上存在多种转录因子的结合位点；在启动子序列-907～-807 bp和-513～-54 bp存在2个长度分别为101和460 bp的CpG岛；对克隆获得的9个缺失片段进行双荧光素酶活性分析，发现ACSL6基因启动子的核心区域定位于-170～-33 bp，在转录起始位点上游-2 004～-1 707 bp、-1 334～-957 bp和-584～-271 bp可能存在负调控元件。本研究为揭示ACSL6调控奶山羊乳脂代谢的分子机理提供基础资料，为从分子层面改善羊乳品质提供参考。

关键词：酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6) 启动子克隆片段缺失分析生物信息学分析转录因子

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通用型基因打靶载体的构建及其功能鉴定

生物工程学报 2008年第10期24卷 1818-1823页

作者：陈兴启孙达权刘凤军贾淑玲张涌西北农林科技大学动物医学院生物工程研究所杨凌712100

为了构建适合大多数基因座位点打靶的通用型基因打靶载体及打靶成功后去除正选择标记基因,以克隆载体pGEM-3Z为骨架,插入了一个正选择标记基因新霉素磷酸转移酶基因(neo)、两个相同的负选择标记基因单纯疱疹病毒胸苷激酶基因HSV-tk1和HS... 详细信息

为了构建适合大多数基因座位点打靶的通用型基因打靶载体及打靶成功后去除正选择标记基因,以克隆载体pGEM-3Z为骨架,插入了一个正选择标记基因新霉素磷酸转移酶基因(neo)、两个相同的负选择标记基因单纯疱疹病毒胸苷激酶基因HSV-tk1和HSV-tk2,并在neo的两侧各添加了一个方向相同的LoxP(locus of crossing-over(x)in P1)序列及两个不同的多克隆位点序列,从而构建了载体pA2T。插入的两个不同的多克隆位点序列中,neo和HSV-tk1之间的多克隆位点序列有8个稀少的酶切位点、neo和HSV-tk2之间的多克隆位点序列有5个稀少的酶切位点,neo、HSV-tk1和HSV-tk2有各自独立的转录单元。脂质体法转染山羊成纤维细胞,用遗传霉素(G418)和丙氧鸟苷(GAC)进行正负筛选,验证了正负选择标记基因的生物活性,证明通用型基因打靶载体pA2T构建成功。载体pA2T转化组成性表达Cre重组酶(Cyclization recombination protein)的大肠杆菌BM25.8,检测到LoxP序列的生物活性,结果表明pA2T中的正选基因可以被Cre重组酶去除。因此,本研究所构建的通用型基因打靶载体pA2T,根据不同的基因座设计同源臂后,插入到MCS中可直接用于不同基因座位点的打靶,并能够在打靶成功后用Cre重组酶去除基因组中插入的neo基因,为用基因打靶的方法制作转基因动物提供了便利。

关键词：转基因动物通用型基因打靶载体 LoxP序列 Cre重组酶

HBD-3基因的乳腺特异性表达载体的构建及真核表达

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生物工程学报 2009年第7期25卷 968-974页

作者：彭巍兰志刚马晶晶王保垒张涌西北农林科技大学动物医学院生物工程研究所杨凌712100

为了制备高效表达人β-防御素-3基因的转基因奶牛提供可靠的核移植供体细胞,本试验采用RT-PCR从人胎盘组织获得人β-防御素3cDNA,通过双酶切法将目的基因片段hBD插入到质粒pBCP之间,最后再通过双酶切法将目的片段BCD插入到真核表达载体p... 详细信息

为了制备高效表达人β-防御素-3基因的转基因奶牛提供可靠的核移植供体细胞,本试验采用RT-PCR从人胎盘组织获得人β-防御素3cDNA,通过双酶切法将目的基因片段hBD插入到质粒pBCP之间,最后再通过双酶切法将目的片段BCD插入到真核表达载体pEGFP-C1中,最终构建乳腺特异性表达载体pEBCD。脂质体介导法转染奶牛胎儿成纤维细胞G418,抗性筛选3-4周后,经PCR、RT-PCR扩增检测和报告基因EGFP表达检测,得到稳定整合外源基因的转基因供体细胞;同时检测稳定转染的奶牛乳腺上皮细胞系的上清液,检测到重组人β-防御素-3蛋白可以在奶牛乳腺上皮细胞组织特异性表达。

关键词：人β-防御素 3 奶牛β-酪蛋白 EGFP 报告基因供体细胞核移植

共培养对小鼠囊胚质量及其表观遗传修饰的影响

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生物工程学报 2009年第5期25卷 733-738页

作者：王保垒赵禹刘军权富生华松张涌西北农林科技大学动物医学院生物工程研究所杨凌712100

本研究探讨了共培养对小鼠囊胚质量及其表观遗传修饰的影响。将小鼠的受精卵体外随机分别置于含颗粒细胞(试验组I)、输卵管上皮细胞(试验组Ⅱ)、输卵管组织块(试验组Ⅲ)的KSOM培养液中作为试验组进行共培养,同时设立对照组A(体外培养,仅... 详细信息

本研究探讨了共培养对小鼠囊胚质量及其表观遗传修饰的影响。将小鼠的受精卵体外随机分别置于含颗粒细胞(试验组I)、输卵管上皮细胞(试验组Ⅱ)、输卵管组织块(试验组Ⅲ)的KSOM培养液中作为试验组进行共培养,同时设立对照组A(体外培养,仅含KSOM)和对照组B(体内培养)。比较各组受精卵的卵裂率和囊胚发育率;并应用碘化丙啶和Hoechest333258对囊胚进行染色,利用ICM/TE值评价各组胚胎体外发育的质量;同时将囊胚进行免疫荧光染色,观察其基因组甲基化和组蛋白乙酰化的水平。结果表明,与对照组A相比,试验组的卵裂率和囊胚发育率均有显著提高(P0.05),但各体外培养组均与对照组B差异显著(P0.05)。共培养能够有效促进小鼠胚胎的体外发育,提高囊胚的发育质量,但是仍不能克服由体外培养造成的基因组甲基化异常。

关键词：小鼠共培养基因组甲基化组蛋白乙酰化表观遗传

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微流控细胞芯片生命分析应用多元化

分析化学 2012年第1期40卷 24-31页

作者：刘文明李立任丽王建春涂琴王雪琴王进义西北农林科技大学理学院西北农林科技大学理学院动物医学院

微流控芯片是现代生命科学研究领域的重要分析工具。结合研究者近年来开展的研究工作和取得的相关进展,本文主要介绍了微流控细胞芯片的功能特征,同时从动物细胞、植物细胞以及微生物细胞三方面系统阐述了微流控芯片生命分析多元化的发... 详细信息

微流控芯片是现代生命科学研究领域的重要分析工具。结合研究者近年来开展的研究工作和取得的相关进展,本文主要介绍了微流控细胞芯片的功能特征,同时从动物细胞、植物细胞以及微生物细胞三方面系统阐述了微流控芯片生命分析多元化的发展现状,并对其应用前景进行了展望。

关键词：微流控芯片细胞多元化综述

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人-牛异种克隆胚构建及其线粒体来源

生物工程学报 2008年第7期24卷 1210-1215页

作者：杨鹭张东王勇胜孙达权张涌西北农林科技大学动物医学学院生物工程研究所杨凌712100

通过人-牛异种核移植技术获得异种克隆囊胚,便于在不消耗人类卵母细胞的情况下从异种克隆胚中分离出人类干细胞。通过透明带下注射法将人胎儿成纤维细胞和牛胎儿成纤维细胞分别注入去核牛卵母细胞中构建异种和同种胚胎,并比较两者之间... 详细信息

通过人-牛异种核移植技术获得异种克隆囊胚,便于在不消耗人类卵母细胞的情况下从异种克隆胚中分离出人类干细胞。通过透明带下注射法将人胎儿成纤维细胞和牛胎儿成纤维细胞分别注入去核牛卵母细胞中构建异种和同种胚胎,并比较两者之间的融合率、卵裂率、8-细胞发育率以及囊胚率。并对处于2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚、囊胚阶段的异种克隆胚的线粒体DNA来源进行检测。结果表明,异种克隆胚体外各个阶段的发育率均低于同种克隆胚,尤其是8-细胞到囊胚阶段的发育率,以及囊胚率都显著低于同种克隆胚(P<0.05)。异种克隆胚在2-细胞到桑椹胚阶段检测到人、牛线粒体DNA共存,囊胚阶段只检测到牛线粒体DNA。结果表明:牛卵母细胞可以重编程人胎儿成纤维细胞,完成异种克隆胚植入前的胚胎发育,异种克隆胚由于核质相互作用的不谐调,影响其发育能力,使其囊胚率显著低于同种克隆胚。牛线粒体DNA存在于植入前异种胚胎发育的各个阶段。异种克隆胚胎用于人类胚胎干细胞分离具有可行性。

关键词：异种克隆治疗性克隆体细胞核移植线粒体

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转EGFP基因猪胎儿神经干细胞的体外分化

中国农业科学 2009年第9期42卷 3305-3313页

作者：郑月茂赵雪贺小英权富生刘军张涌西北农林科技大学动物医学院西北农林科技大学生物工程研究所

【目的】获得转EGFP基因神经干细胞并监测其自我更新、增殖和多向分化潜能;通过用EGFP对神经干细胞进行标记和体外追踪实验,为EGFP作为示踪标记对神经干细胞进行体内移植研究奠定基础。【方法】利用神经干细胞培养技术体系,从胎龄30d猪... 详细信息

【目的】获得转EGFP基因神经干细胞并监测其自我更新、增殖和多向分化潜能;通过用EGFP对神经干细胞进行标记和体外追踪实验,为EGFP作为示踪标记对神经干细胞进行体内移植研究奠定基础。【方法】利用神经干细胞培养技术体系,从胎龄30d猪胎儿脑组织中分离培养神经干细胞,通过脂质体介导转染技术,将EGFP基因导入神经干细胞,诱导转基因神经干细胞贴壁分化,观察其体外增殖、分化特点。采用RT-PCR技术检测干细胞和分化细胞表面标志或相关基因。【结果】成功分离培养出神经干细胞,获得转EGFP基因神经干细胞,神经干细胞在表达EGFP的同时仍具有多向分化潜能。神经干细胞中Nestin表达强阳性,NogoA、DCX、CyclinD2、CD133、Hes1、Oct4、CD-90、Nanog和Sox2表达阳性;体外诱导的神经干细胞可以分化为星形胶质细胞(表达GFAP)、少突胶质细胞(表达GalC)和神经元细胞(表达NF、NSE和MAP2);能分化为脂肪细胞(表达LPL和PPARγ-D)、成骨细胞(表达Osteonectin和Osteocalcin)、肌细胞(表达myf-5、myf-6和myoD)、内皮细胞(表达CD31、CD34、CD144和eNOS)和软骨细胞(表达COL2A1)。【结论】从猪胎儿大脑组织分离神经干细胞具有可行性和有效性,转EGFP基因神经干细胞具有自我更新、增殖和多向分化潜能,可以用EGFP对神经干细胞进行标记、追踪,作为示踪标记进行神经干细胞体内移植研究。

关键词：神经干细胞 EGFP基因细胞标记细胞分化猪胎儿