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结核分枝杆菌GroES蛋白表达、纯化及其生物信息学分析

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齐齐哈尔医学院学报 2024年第4期45卷 306-313页

作者：郭方正魏婧宋亚敏袁美丽王楚彤李柏青汪洪涛许涛蚌埠医学院检验医学院检验医学实验中心慢性疾病免疫学基础与临床安徽省重点实验室安徽蚌埠233000 蚌埠医学院检验医学院免疫学教研室安徽蚌埠233000 蚌埠医学院检验医学院临床检验诊断学教研室安徽蚌埠233000

目的将结核分枝杆菌H37Ra株GroES蛋白进行原核表达与纯化,并对其进行生物信息学分析。方法通过PCR扩增GroES基因并克隆至pET28a中,测序鉴定后将pET28a-GroES转化至大肠杆菌BL21(DE3)中,IPTG诱导GroES蛋白表达,SDS-PAGE分析表达产物,... 详细信息

目的将结核分枝杆菌H37Ra株GroES蛋白进行原核表达与纯化,并对其进行生物信息学分析。方法通过PCR扩增GroES基因并克隆至pET28a中,测序鉴定后将pET28a-GroES转化至大肠杆菌BL21(DE3)中,IPTG诱导GroES蛋白表达,SDS-PAGE分析表达产物,镍亲和层析柱纯化重组GroES蛋白,Western blot鉴定GroES的免疫反应性。应用ORF Finder、ProtParam、TMHMM Server 2.0、NetPhos 3.1 Server、NetNGlyc1.0 Server、SignalP 4.1 Server、BLAST、Softberry、PSORT、Vaxijen、SOPMA、SWISS-MODE、ABC-pred、IEDB、SYFPEITHI、STRING工具对GroES的结构和功能进行生物信息学预测。结果成功构建重组pET28a-GroES重组体,用ITPG诱导后GroES在大肠杆菌以可溶性形式表达,纯化后GroES纯度达90%,Western blot证实GroES具有免疫反应性。生物信息学显示GroES蛋白由100个氨基酸组成,分子式为C478H776N124O147S1,等电点为4.62,为亲水性蛋白,有9个磷酸化位点,无跨膜区及信号肽序列,其编码基因MRA-3458全长303bp,含1个开放阅读框;GroES二级结构中,α-螺旋占5%,β-折叠占37%,β-转角占8%,无规则卷曲占50%;预测GroES具有多种与之相互作用的蛋白质和潜在的T、B细胞表位。结论成功表达和纯化具有免疫反应性的重组GroES蛋白,并预测了GroES结构与功能,提示GroES可作为制备结核疫苗或药物的候选蛋白,为更深入理解结核分枝杆菌的感染免疫机制奠定基础。

关键词：结核分枝杆菌 GroES 基因重组生物信息学

G-四链体结构与DNA甲基化修饰的交互影响：当前研究与未来展望

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化学通报 2024年

作者：周鑫辰张卓董姝含靳茁战星彤王鹤霖杨舒惠刘丽梅北华大学医学技术学院微生物学检验教研室

基因表达调控是生物学中复杂而关键的过程，涉及细胞内外多因素及DNA结构。DNA双螺旋是基本形式，但非规范DNA结构如G-四链体（G4）在基因组关键区域中广泛存在，参与调节基因表达、维持染色体稳定性和影响端粒伸长。G4同时存在于DNA和... 详细信息

基因表达调控是生物学中复杂而关键的过程，涉及细胞内外多因素及DNA结构。DNA双螺旋是基本形式，但非规范DNA结构如G-四链体（G4）在基因组关键区域中广泛存在，参与调节基因表达、维持染色体稳定性和影响端粒伸长。G4同时存在于DNA和RNA中，与基因表达调控密切相关。DNA甲基化是表观遗传标记，近年研究发现其与多种疾病关联，影响细胞功能。本文综述G4与DNA甲基化的关系，特别在CpG（Cytosine-phosphate-Guanine）岛区域的相互影响，为相关疾病的预防和治疗提供了新策略。

关键词： G-四链体 DNA甲基化 CpG岛 DNA复制染色质结构状态

肺腺癌ceRNA调控网络构建及AFAP1-AS1功能验证

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中国胸心血管外科临床杂志 2024年第4期31卷 576-584页

作者：王会新李倩侯晓雯史新竹冯旭沈阳医学院公共卫生学院统计教研室沈阳110034 沈阳医学院公共卫生学院流行病学教研室沈阳110034

目的基于生物信息学方法构建肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)特异性长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)相关的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,并分析肌动蛋白纤维相关蛋白1-反义RNA1(actinfilament-associated protein 1-antisense RNA1,AFAP1-AS1)在LUAD中的功能机制,以期为LUAD治疗靶点研究提供新的方向。方法从基因表达综合性基因库(GEO)中下载LUAD的基因芯片,并使用GEO2R在线软件筛选LUAD与正常组织之间具有差异表达的lncRNA和mRNA,并通过在线数据库预测其靶基因,构建ceRNA网络,并进行富集分析。在细胞实验中,对AFAP1-AS1进行基因敲除并构建siRNA,通过细胞转染法转染LUAD细胞A549。用CCK8、Transwell、划痕实验和流式细胞术实验检测细胞增殖、侵袭、迁移和凋亡的能力。结果在LUAD的芯片中共鉴定出6个差异表达lncRNA和494个差异表达的mRNA。ceRNA网络共涉及6个lncRNA、22个miRNA和55个mRNA。富集分析发现mRNA与癌症相关通路有关。在细胞实验中,敲除AFAP1-AS1可抑制细胞增殖、侵袭和迁移,且AFAP1-AS1促进细胞凋亡。结论本研究构建了一个lncRNA介导的ceRNA网络,这可能有助于进一步研究LUAD的作用机制。此外,通过细胞实验,本研究发现AFAP1-AS1有潜力作为LUAD的治疗靶点。

关键词：生物信息学肺腺癌竞争性内源RNA 长链非编码RNA 肌动蛋白纤维相关蛋白1-反义RNA1

桂林会仙湿地真菌Talaromyces sp. W21的化学成分及其抗炎活性研究

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天然产物研究与开发 2024年

作者：梁琳袁玺冼小雅周先丽王力生邝彤东梁成钦桂林医学院药学院桂林医学院智能医学与生物技术学院桂林医学院广西糖尿病系统医学重点实验室

研究桂林会仙湿地来源真菌Talaromyces sp. W21的化学成分及其抗炎活性。综合运用多种柱色谱、现代波谱技术和理化性质对Talaromyces sp. W21发酵提取物中的化学成分进行分离、纯化和结构鉴定，并从中分离得到10个化合物，分别鉴定为cyt... 详细信息

研究桂林会仙湿地来源真菌Talaromyces sp. W21的化学成分及其抗炎活性。综合运用多种柱色谱、现代波谱技术和理化性质对Talaromyces sp. W21发酵提取物中的化学成分进行分离、纯化和结构鉴定，并从中分离得到10个化合物，分别鉴定为cytospone K(1)、(3S， 4R， 5R)-4-hydroxymethyl-3， 5-dimethyldihydro-2-furanone(2)、lasdiplactone(3)、leptosphaerone C(4)、annularin A(5)、annularin K(6)、cladobotrin V(7)、2-(2’ S-hydroxypropyl)-5-methyl-7-hydroxychromone(8)、bacillisporin A(9)、bacillisporin B(10)。其中，化合物1为新的α-吡喃酮类化合物，化合物2～8为首次从Talaromyces sp.中分离获得。抗炎活性实验结果表明化合物9和10对LPS诱导的RAW 264.7释放NO具有一定的抑制作用，其IC50分别为38.90 ± 0.79、35.02 ± 1.03 μmol/L。

关键词：湿地真菌化学成分 α-吡喃酮抗炎活性

糖尿病诱导的小鼠室旁核催产素和加压素阳性神经元FOS表达

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神经解剖学杂志 2024年第1期40卷 35-42页

作者：王淑敏贾鹏任淑婷吕思婷张婷杨彦玲史娟延安大学医学院生理学教研室延安716000 空军军医大学基础医学院人体解剖与组织胚胎学教研室西安710032 中国人民解放军94750部队医院龙岩366200 延安大学医学院解剖学教研室延安716000 延安大学医学院病原生物学教研室延安716000

目的:探索糖尿病(DM)不同状态下小鼠下丘脑室旁核(PVN)催产素和加压素阳性神经元的FOS表达变化。方法:腹腔注射溶媒或链脲佐菌素(STZ)制备对照组或糖尿病小鼠模型,根据机械痛测试区分糖尿病痛(DNP组)与非痛组(DWP组)。采用免疫组化和免... 详细信息

目的:探索糖尿病(DM)不同状态下小鼠下丘脑室旁核(PVN)催产素和加压素阳性神经元的FOS表达变化。方法:腹腔注射溶媒或链脲佐菌素(STZ)制备对照组或糖尿病小鼠模型,根据机械痛测试区分糖尿病痛(DNP组)与非痛组(DWP组)。采用免疫组化和免疫荧光染色技术检测PVN内FOS、催产素(OXT)和加压素(VP)阳性神经元的分布及双标情况,并进行计数和比较。结果:7 d时三组(Control组、DNP组和DWP组)小鼠PVN内均有较多的FOS表达,而28 d时DWP和DNP组FOS的表达几近于无,与7 d组相比差异显著(P<0.05或0.001)。与对照组相比,DNP组和DWP组动物的VP和OXT荧光染色同样存在随着造模时间延长染色强度减弱的趋势(P<0.05)。VP、OXT与FOS的双标染色计数结果显示,在DWP 7 d组,VP/FOS双标细胞数为74.33±22.10,占VP阳性细胞数的(56.64±7.52)%,而OXT/FOS的双标率则仅为(10.44±3.14)%。在DNP 7 d组,OXT/FOS双标细胞数为51.00±31.80,占OXT阳性细胞数的(18.50±9.51)%,而VP/FOS的双标率仅为(9.34±3.27)%。与此相对,28 d组FOS的表达锐减,几乎无双标细胞。结论:下丘脑PVN内的VP和OXT阳性神经元在糖尿病痛与非痛,疾病发展的不同阶段存在明显不同的可塑性变化特点,理解这些变化对于揭示糖尿病及其并发症的神经机制具有重要意义。

关键词：糖尿病神经病理性痛下丘脑室旁核催产素加压素小鼠

桂林会仙湿地真菌Talaromyces sp.W21的化学成分及其抗炎活性研究

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天然产物研究与开发 2024年第7期36卷 1175-1181页

作者：梁琳袁玺冼小雅周先丽王力生邝彤东梁成钦桂林医学院药学院桂林医学院智能医学与生物技术学院桂林医学院广西糖尿病系统医学重点实验室桂林541199

研究桂林会仙湿地来源真菌Talaromyces sp.W21的化学成分及其抗炎活性。综合运用多种柱色谱、现代波谱技术和理化性质对Talaromyces sp.W21发酵提取物中的化学成分进行分离、纯化和结构鉴定,并从中分离得到10个化合物,分别鉴定为cytospo... 详细信息

研究桂林会仙湿地来源真菌Talaromyces sp.W21的化学成分及其抗炎活性。综合运用多种柱色谱、现代波谱技术和理化性质对Talaromyces sp.W21发酵提取物中的化学成分进行分离、纯化和结构鉴定,并从中分离得到10个化合物,分别鉴定为cytospone K(1)、(3 S,4 R,5 R)-4-hydroxymethyl-3,5-dimethyldihydro-2-furanone(2)、lasdiplactone(3)、leptosphaerone C(4)、annularin A(5)、annularin K(6)、cladobotrin V(7)、2-(2′S-hydroxypropyl)-5-methyl-7-hydroxychromone(8)、bacillisporin A(9)、bacillisporin B(10)。其中,化合物1为新的α-吡喃酮类化合物,化合物2~8为首次从Talaromyces sp.中分离获得。抗炎活性实验结果表明化合物9和10对LPS诱导的RAW 264.7释放NO具有一定的抑制作用,其IC 50分别为38.90±0.79、35.02±1.03μmol/L。

关键词：湿地真菌化学成分 α-吡喃酮抗炎活性

N-腺苷甲基化修饰及其对LINE-1的调控机制

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遗传 2024年

作者：张傲岑山李晓宇中国医学科学院&北京协和医学院医药生物技术研究所免疫生物学室

长散布元件-1(long interspersed elements-1,LINE-1)是现今在人类基因组中唯一具有自主转座能力的转座子，其转座会引起细胞基因组结构和功能的改变，是导致多种严重疾病的重要因素。在转座过程中，LINE-1 m RNA是转座中间体的核心，... 详细信息

长散布元件-1(long interspersed elements-1,LINE-1)是现今在人类基因组中唯一具有自主转座能力的转座子，其转座会引起细胞基因组结构和功能的改变，是导致多种严重疾病的重要因素。在转座过程中，LINE-1 m RNA是转座中间体的核心，宿主细胞对其进行相关修饰直接影响转座。N6-腺苷甲基化修饰(m6A)是真核细胞RNA上最丰富且动态可逆的表观遗传修饰。目前发现m6A修饰也存在于LINE-1 m RNA上，参与LINE-1整个生命周期的调控，影响其转座和基因组中LINE-1相邻基因的表达，进而影响基因组稳定性、细胞自我更新与分化潜能，在人类发育和疾病中具有重要作用。本文介绍了LINE-1 m6A修饰的位置、功能以及相关机制，并总结了LINE-1的m6A修饰对其转座调控的研究进展，以期为相关疾病发生发展的机制研究和治疗提供新的思路。

关键词： m A修饰逆转录转座子 LINE-1 基因组基因组稳定性

长链非编码RNA-NRON对小鼠心肌梗死后细胞凋亡的作用机制研究

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中国医科大学学报 2024年第3期53卷 218-223页

作者：高涵张春晶李淑艳师岩郭红艳杨超齐齐哈尔医学院医学技术学院生物化学教研室黑龙江齐齐哈尔161006

目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)-NRON对小鼠心肌梗死(MI)后细胞凋亡的影响。方法将C57BL/6小鼠随机分为假手术(Sham)组、MI组、MI合并注入lncRNA-NRON干扰慢病毒(MI+shNRON)组和MI合并注入NC阴性对照慢病毒(MI+NC)组。采用实时PCR检测ln... 详细信息

目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)-NRON对小鼠心肌梗死(MI)后细胞凋亡的影响。方法将C57BL/6小鼠随机分为假手术(Sham)组、MI组、MI合并注入lncRNA-NRON干扰慢病毒(MI+shNRON)组和MI合并注入NC阴性对照慢病毒(MI+NC)组。采用实时PCR检测lncRNA-NRON的表达;用HE染色、TTC染色、TUNEL染色检测心肌组织病理损伤、MI面积、细胞凋亡情况;用RPIseq数据库预测lncRNA-NRON与电压依赖性阴离子通道蛋白(VDAC)的互作概率;用Western blotting检测lncRNA-NRON对VDAC蛋白表达的影响。结果lncRNA-NRON在MI组表达显著升高,特异性敲减lncRNA-NRON后,可减轻心肌组织病理损伤,减少MI面积,抑制细胞凋亡,lncRNA-NRON与VDAC的互作概率高达0.9,且lncRNA-NRON可调控VDAC的蛋白表达。结论敲减lncRNA-NRON可抑制MI后心肌损伤的发生,其机制可能是通过lncRNA-NRON与VDAC结合并抑制其表达,从而影响细胞凋亡进程。

关键词：长链非编码RNA-NRON 心肌梗死电压依赖性阴离子通道蛋白细胞凋亡

Tamai I~II区指尖离断再植改良方法及临床疗效

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中华显微外科杂志 2024年第1期47卷 78-83页

作者：刘洋洋吴敏朱军高许斌张宽宽韩仲兵牛海州蚌埠医学院第一附属医院手足外科组织移植安徽省重点实验室安徽省骨与关节诊疗中心安徽文蚌埠233004

目的:探讨Tamai I~II区指尖离断再植的改良方法及临床疗效。方法:自2019年11月至2022年10月,蚌埠医学院第一附属医院手足显微外科采用改良方法(放弃先解剖标记血管、神经,肉眼清创、骨折固定后,显微镜下一次性游离和修复血管、神经;甲... 详细信息

目的:探讨Tamai I~II区指尖离断再植的改良方法及临床疗效。方法:自2019年11月至2022年10月,蚌埠医学院第一附属医院手足显微外科采用改良方法(放弃先解剖标记血管、神经,肉眼清创、骨折固定后,显微镜下一次性游离和修复血管、神经;甲侧襞辅助小切口探查吻合修复背侧静脉)对26例(29指)Tamai I~II区指尖离断再植。本组患者男20例(23指),女6例(6指);年龄3~66岁,平均28岁。Tamai I区16例(19指),Tamai II区10例(10指),伤指指别:拇指7指,示指9指,中指5指,环指5指,小指3指。致伤原因:切割伤12例,挤压伤8例,撕脱伤6例。术后预防感染、解痉3 d,卧床休息5 d,统计患者手术时间;术后门诊随访患者6~12个月,包括成活率及外观、感觉恢复、运动和手指力量及患者满意度情况。结果:①手术时间:Tamai I区指尖离断再植时间约1.0 h;Tamai II区指尖离断再植时间约1.5 h。②成活率及外观:26例指尖离断再植全部成活(2例Tamai I区患指术后第2天静脉危象,小切口放血3 d后成活),22例患者指腹脂肪垫恢复,指腹较饱满,4例撕脱指尖离断,指腹轻度萎缩。Tamai I区15例患者指甲无畸形,较健侧短约2 mm;1例患者因术前甲床真菌感染,术后指甲外观不佳。③感觉恢复:采用英国医学研究会(BMRC)手指感觉评定标准,23例感觉恢复S 3+;2例指尖撕脱指尖离断和1例挤压指尖离断患者感觉恢复S 3。指尖离断患者指端TPD:切割伤患者4~7 mm;挤压伤患者6~8 mm;撕脱伤患者9~11 mm。④运动和手指力量:按我国手外科学会推行总主动活动度标准进行功能评定:优21例,良5例,手指捏持、握拿时指腹无疼痛。Tamai I区指尖离断患者手指活动度与健侧接近;5例Tamai II区指尖离断,因经远侧指骨间关节处离断,主动伸直0°、屈曲2°~3°。⑤患者满意度调查:满意25例,1例Tamai II区拇指指尖离断患者对指骨间关节活动度不满意。结论:Tamai I~II区指尖离断采用改良再植方法,肉眼清创、骨折固定(肌腱缝合)后,显微镜下一次性游离和修复血管、神经,手术时间明显缩短。Tamai I区指尖离断甲侧襞辅助小切口,方便暴露恒定、较健康的甲侧襞静脉,吻合高质量静脉,提高再植成活率。切割伤指尖离断较撕脱、挤压伤指尖离断手指外形和功能恢复好。

关键词：断指再植指尖离断 Tamai分区显微外科技术