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翻译后修饰蛋白质组学研究的新技术策略

生命的化学 2014年第2期34卷 214-220页

作者：李振亚顾宏博 cell signaling technology中国公司上海200120 PTMScan Group cell signaling technology

利用cell signaling technology(CST)公司开发的针对蛋白质翻译后修饰(PTM)基序(motif)抗体,在肽段水平上免疫亲和富集带有不同PTM的肽段,利用液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)进行定量分析,能够快速、准确、高通量地分析多种疾病相关信号... 详细信息

利用cell signaling technology(CST)公司开发的针对蛋白质翻译后修饰(PTM)基序(motif)抗体,在肽段水平上免疫亲和富集带有不同PTM的肽段,利用液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)进行定量分析,能够快速、准确、高通量地分析多种疾病相关信号通路关键节点蛋白磷酸化、乙酰化、甲基化和泛素化修饰的变化,满足创新性研究、生物标志物鉴定、药物靶点筛选和评价的需求。

关键词：翻译后修饰蛋白质组学基序抗体免疫亲和富集质谱

基于网络药理学与分子对接探讨沙棘抗肥胖作用机制

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食品工业科技 2024年第6期45卷 1-11页

作者：陆梦柯王梓琴张春王菲陈志玺王亚妮 TANG Mengze 刘蕊唐旭东甘肃中医药大学药学院甘肃兰州730000 甘农生物科技有限公司甘肃庆阳745600 波士顿大学美国马萨诸塞州02215 深圳清华大学研究院创新中药及天然药物研究重点实验室广东深圳518000 广东省创新中药及天然药物研究工程中心广东深圳518000

目的:通过网络药理学和分子对接技术,探讨沙棘抗肥胖的活性成分、靶点和作用机制,并验证其体外抗肥胖效果。方法:使用TCMSP平台检索沙棘活性成分与靶点,收集疾病靶点,利用Venny 2.0.2得沙棘靶点与肥胖靶点的交集。通过STRING数据库平台... 详细信息

目的:通过网络药理学和分子对接技术,探讨沙棘抗肥胖的活性成分、靶点和作用机制,并验证其体外抗肥胖效果。方法:使用TCMSP平台检索沙棘活性成分与靶点,收集疾病靶点,利用Venny 2.0.2得沙棘靶点与肥胖靶点的交集。通过STRING数据库平台建立药物靶点-疾病靶蛋白相互作用(PPI)网络。使用David数据库对交集靶点进行分析,得到GO富集分析和KEGG通路分析结果。通过Cytoscape 3.9.1软件构建沙棘成分-靶点-信号通路网络图。使用Autodock Dock 1.5.7和Pymol 2.2.0进行沙棘核心靶点与其成分的分子对接,并进行可视化处理。通过体外实验验证沙棘提取物的抗肥胖作用。结果:筛选得到33个沙棘活性成分,2820个疾病靶点和151个交集靶点。主要活性成分包括黄酮类、维生素类、甾醇类等,关键靶点涉及AKT1、TNF、IL6、TP53、VEGFA、CASP3等。KEGG通路富集分析得到恶性肿瘤通路、脂质与动脉粥样硬化通路、AGE-RAGE信号通路等131条信号通路。分子对接结果表明核心靶点与其对应活性成分对接结果良好。体外实验表明沙棘提取物具有抑制3T3-L1小鼠前脂肪细胞增殖的作用。结论:研究显示沙棘具有多成分、多靶点、多通路协同发挥抗肥胖作用,为其临床研究和产品开发提供了参考。

关键词：沙棘抗肥胖网络药理分子对接 3T3-L1 细胞

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翻译后修饰蛋白质组学助力实现精准医疗

生物产业技术 2018年第2期 76-84页

作者：刘明顾宏博李振亚董增军 cell signaling technology中国公司上海200120

与基因组学相比,蛋白质组学能够即时反映病人在疾病状态与正常状态下的蛋白表达和修饰谱,从而进行精准诊断和治疗,因此在临床领域越来越具有应用前景。蛋白质组学早期聚焦于细胞不同发育时期或疾病状态下的蛋白质表达水平变化,然而,许... 详细信息

与基因组学相比,蛋白质组学能够即时反映病人在疾病状态与正常状态下的蛋白表达和修饰谱,从而进行精准诊断和治疗,因此在临床领域越来越具有应用前景。蛋白质组学早期聚焦于细胞不同发育时期或疾病状态下的蛋白质表达水平变化,然而,许多至关重要的生命进程不仅与蛋白质相对丰度有关,更重要的是被时空特异分布的、可逆的翻译后修饰调控。在蛋白质组学、抗体亲和色谱与质谱分析、生物信息学等跨学科知识基础上发展的PTMScan?技术,在定性、定量分析翻译后修饰蛋白质位点方面具有显著优势。介绍了PTMScan?翻译后修饰蛋白质组学技术,其能够快速、准确、高通量地分析肺癌、黑色素瘤等多种疾病中信号通路关键节点蛋白质磷酸化、乙酰化、甲基化、泛素化和类泛素化等修饰的变化,满足精准医疗与伴随诊断对于疾病生物标志物鉴定、药物靶点筛选、靶向用药指导、疾病预后指示的需求,真正实现精准医疗,将正确的药物在最恰当的时间治疗真正需要的患者。

关键词：翻译后修饰蛋白质组学精准医疗伴随诊断基序抗体免疫亲和富集质谱

基于转录组测序研究调控黄羽肉鸡干毛性状关键基因和信号通路

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中国农业科学 2024年第1期57卷 204-215页

作者：姬改革陈智武单艳菊刘一帆屠云洁邹剑敏章明巨晓军束婧婷张海涛唐燕飞蒋华莲江苏省家禽科学研究所/江苏省家禽遗传育种重点实验室广西金陵农牧集团有限公司江苏立华牧业股份有限公司广西富凤农牧集团有限公司

【目的】通过比较干毛和未干毛羽毛毛囊的形态学和基因表达差异，挖掘调控黄羽肉鸡羽毛干毛性状的重要候选基因和信号通路。【方法】分别采集背部未干毛和干毛羽毛皮肤组织样本各3个，运用组织切片技术，比较干毛和未干毛羽毛毛囊形态... 详细信息

【目的】通过比较干毛和未干毛羽毛毛囊的形态学和基因表达差异，挖掘调控黄羽肉鸡羽毛干毛性状的重要候选基因和信号通路。【方法】分别采集背部未干毛和干毛羽毛皮肤组织样本各3个，运用组织切片技术，比较干毛和未干毛羽毛毛囊形态学差异；运用RNA-seq技术，比较两组样本之间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs），并对其进行功能富集分析和蛋白互作网络构建；采用荧光定量PCR技术（RT-qPCR）对测序结果准确性进行验证。【结果】证实未干毛羽毛的毛囊处于生长期，已干毛的羽毛毛囊处于静止期。以未干毛毛囊（生长期）皮肤样本为对照，在干毛毛囊（静止期）皮肤样本中发现了942个DEGs(|fold-change|>2和P1, FDR<0.25）。RT-qPCR结果显示8个DEGs表达趋势与RNA-seq结果基本一致。【结论】鸡羽毛的干毛性状与毛囊周期发育相关，MAPK和TGF-β等信号通路可能通过调控细胞周期相关基因的表达在羽毛生长发育中发挥重要作用；结果为进一步深入了解黄羽肉鸡羽毛干毛性状分子调控机制提供了基础资料。

关键词：鸡干毛毛囊 RNA-seq 基因信号通路

Omega-6支撑身体,Omega-3支撑大脑:均衡摄入对儿童大脑发育的影响

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粮油食品科技 2022年第3期30卷 7-15页

作者： J.Thomas BRENNA 德克萨斯大学奥斯汀分校戴尔医学院美国奥斯汀TX 78723 康奈尔大学伊萨卡美国纽约NY 14853

人体大脑和身体的发育,需要从食物中摄取均衡的营养物质。人类大脑是区分人类和其他动物的特征。食物中的必需脂肪酸是机体组织结构和功能的必要组成部分。Omega-6(O6)亚油酸(LA6)是皮肤组织的组成成分,且是炎症、血栓形成、免疫和其他... 详细信息

人体大脑和身体的发育,需要从食物中摄取均衡的营养物质。人类大脑是区分人类和其他动物的特征。食物中的必需脂肪酸是机体组织结构和功能的必要组成部分。Omega-6(O6)亚油酸(LA6)是皮肤组织的组成成分,且是炎症、血栓形成、免疫和其他信号分子的前体;Omega-3(O3)α-亚麻酸(ALA3),特别是其长链代谢产物——二十二碳六烯酸(DHA3),是大脑、视网膜和部分神经组织中的关键组分。从富含LA6脂肪酸(缺乏O3脂肪酸)的植物籽中提取出的廉价而优质油脂,是20世纪的西方国家食品工业生产的主要脂肪来源。在代谢通路中,高浓度的LA6脂肪酸可拮抗O3脂肪酸代谢,造成O3脂肪酸不足,因此,在给怀孕动物的饲料中,只提供富含LA6但缺乏O3脂肪酸的油脂作为唯一的脂肪来源,会导致幼崽大脑发育不良。过去20~30年的研究表明,低含量LA6且含DHA3的油脂可改善大脑的功能。近年来的研究较多集中在营养因素对大脑发育的影响,最新研究数据表明,脂肪酸平衡对营养不良儿童的大脑发育尤为重要。世界卫生组织(WHO)越来越重视大脑的营养健康,通过其下属的食品法典委员会,建议用于治疗严重急性营养不良儿童的即食治疗食品中,使用含有均衡脂肪酸组成/构成的脂肪。同样,脂肪酸均衡对老年人可能也很重要。目前,业界已经有了调整油脂成分的方法,以确保脂肪酸均衡,从而维持人体整个生命周期的大脑健康。

关键词：大脑发育二十二碳六烯酸 Omega-3脂肪酸 Omega-6脂肪酸高油酸油严重急性营养不良即食治疗性食品脂肪酸平衡

抗人Ⅰ型干扰素受体亚基1人源化单克隆抗体的制备和鉴定

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中国药科大学学报 2024年第3期55卷 404-411页

作者：裘霁宛孔永陈卫徐蕾曹纯洁陈涛吴亦亮江苏荃信生物医药股份有限公司泰州225300

Ⅰ型干扰素在系统性红斑狼疮(SLE)等自身免疫性疾病的发病机制中发挥重要作用,采用抗体阻断其信号转导通路具有潜在的治疗作用。本研究以人Ⅰ型干扰素受体亚基1(IFNAR1)重组蛋白为抗原免疫新西兰白兔,采用B细胞克隆技术筛选兔抗人IFNAR... 详细信息

Ⅰ型干扰素在系统性红斑狼疮(SLE)等自身免疫性疾病的发病机制中发挥重要作用,采用抗体阻断其信号转导通路具有潜在的治疗作用。本研究以人Ⅰ型干扰素受体亚基1(IFNAR1)重组蛋白为抗原免疫新西兰白兔,采用B细胞克隆技术筛选兔抗人IFNAR1单克隆抗体,经过人源化改造获得QX006N。体外研究结果显示,QX006N能特异性地结合人IFNAR1,亲和力约108 pmol/L,可阻断Ⅰ型干扰素信号通路及其介导的生物学效应。本研究为开发靶向干预Ⅰ型干扰素信号途径用于治疗SLE的抗体药物提供了坚实的基础。

关键词： B细胞克隆人源化兔单克隆抗体 IFNAR1 Ⅰ型干扰素系统性红斑狼疮

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Differential Effects of Cold and Heat Shock on Embryogenic Induction and Green Plant Regeneration from Wheat (Triticum aestivum L.) Microspores

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American Journal of Plant Sciences 2023年第3期14卷 308-322页

作者： Ming Y. Zheng Allyson Fournier Yujia Weng Department of Biology Gordon College Wenham MA USA cell signaling technology Inc. Danvers MA USA

Albinism is a common problem encountered by researchers in anther/microspore cultures of cereal crops. The present study investigates the effects of temperature variations on embryogenesis of wheat (Triticum aestivum L.) microspores. Following a cold (4°C - 13°C) vs. heat (33°C) shock to wheat tillers, microspores were isolated and cultured in a liquid medium to obtain embryoids. Data on embryogenic microspore%, embryoid yield, plant regeneration% and green plant% were collected and analyzed. Cold pretreatment of 4°C or 10°C for a period of 6 or 10 days were more effective than other cold temperature regimes in inducing microspore embryogenesis. The heat shock of 33°C yielded the highest numbers of embryogenic microspores and embryoids. The albino-prone genotypes produced significantly higher green plant% following optimal cold shock, as compared to the standard 33°C heat shock. Results from present study suggest that cold shock may be a desirable alternative for germplasm that produce lower green plant% using heat shock. Lowered incubation temperature during embryoid development did not result in higher green plant.

关键词： Albinism Microspore Embryogenesis Embryoid Stress Treatment Wheat

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通信人工智能的下一个十年

电信科学 2021年第3期37卷 1-36页

作者：欧阳晔王立磊杨爱东马利克·萨哈大卫·贝兰格高同庆韦乐平张亚勤亚信科技(中国)有限公司北京100193 美国威瑞森电信公司美国纽约10036 美国电话电报公司美国得克萨斯达拉斯75202 美国斯蒂文斯理工学院美国新泽西霍博肯07030 中国移动通信集团公司北京100032 中国电信集团公司北京100033 清华大学北京100084

移动通信技术走过了37年的发展历程,人工智能技术也已走过了64年的发展历程。从早期的各自独立演进,到5G与人工智能开始深度融合发展,“5G与人工智能”已被业界视为一组最新的通用目的技术组合,对垂直行业的发展起到提振生产力与赋能的... 详细信息

移动通信技术走过了37年的发展历程,人工智能技术也已走过了64年的发展历程。从早期的各自独立演进,到5G与人工智能开始深度融合发展,“5G与人工智能”已被业界视为一组最新的通用目的技术组合,对垂直行业的发展起到提振生产力与赋能的作用。首先介绍了早期移动通信和人工智能各自的发展路线,并重点回顾了人工智能与通信技术在3G到5G阶段开始融合发展。针对通信人工智能,详细阐述了当前人工智能技术在移动通信生态系统中各领域的发展情况,包括通信网络基础设施、网络管理与运营、电信业务管理、跨领域融合智能化、垂直行业与专网等,并总结了通信国际标准组织对人工智能技术在移动通信系统中的分级定义与演进路线。面向下一个十年,展望了通信人工智能未来的发展路线与演进趋势,并结合3GPP与ITU-R的5G/6G时间表,前瞻性探索了基于3GPP和O-RAN路线的网络智能化、基于体验感知与意图的网络管理与运营系统的发展、网络AI信令体系、面向智慧中台演进的电信业务与支撑体系、跨领域融合的智能化体验管理与策略管理、从SLA向ELA的演进以及面向垂直行业的智能专网等。最后建议行业达成共识,在下一个十年中全面加速推进人工智能在通信生态领域的发展。

关键词：人工智能移动通信 5G 通用目的技术网络智能化随愿网络/意图网络网络AI信令体系

经典名方清宁散HPLC指纹图谱及其质量标志物(Q-Marker)预测分析

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中草药 2024年第6期55卷 1946-1959页

作者：刘玉婷李菡赵宇晴周晶晶柯昌华王燕子赵倩倩谢晓林张德柱高鸿梁承远陕西科技大学生物与医药学院陕西西安710021 陕西盘龙药业集团股份有限公司陕西西安710025 陕西帕尼尔生物科技有限公司陕西西安710082

目的建立清宁散HPLC指纹图谱检测方法,并对其质量标志物(quality markers,Q-Marker)进行预测分析,为清宁散质量控制提供参考依据。方法基于指纹图谱和网络药理学方法,通过响应面优化法确定清宁散基准样品的最佳制备工艺;采用HPLC法建立... 详细信息

目的建立清宁散HPLC指纹图谱检测方法,并对其质量标志物(quality markers,Q-Marker)进行预测分析,为清宁散质量控制提供参考依据。方法基于指纹图谱和网络药理学方法,通过响应面优化法确定清宁散基准样品的最佳制备工艺;采用HPLC法建立清宁散指纹图谱,对共有峰进行归属和指认;基于可行性和可追溯性进行活性成分筛选,通过网络药理学构建“成分-靶点-通路”网络,分析清宁散潜在的Q-Marker。结果确定了清宁散中桑白皮、赤茯苓、甘草的最佳炮制工艺,清宁散HPLC指纹图谱共标定了39个共有峰,通过对照品色谱及质谱,指认出18个共有成分,分别为1号峰异鼠李素、2号峰甘草苷、3号峰芥子碱硫氰酸盐、4号峰β-胡萝卜苷、10号峰松苓新酸、15号峰去氢土莫酸、16号峰甘草酸铵、19号峰槲皮素、20号峰绿原酸、21号峰甘草查耳酮A、22号峰桑黄酮G、24号峰京尼平苷酸、26号峰桑皮苷A、29号峰桑辛素、31号峰槲皮素-3-O-β-D-葡萄糖-7-O-β-D-龙胆双糖苷、34号峰毛蕊花糖苷、35号峰芹菜素、38号峰茯苓新酸A,相似度均大于0.93;经网络药理学分析,筛选出桑皮苷A、桑辛素、槲皮素-3-O-β-D-葡萄糖-7-O-β-D-龙胆双糖苷、茯苓新酸A、京尼平苷酸、毛蕊花糖苷、甘草苷、甘草酸铵8个活性成分,进行“成分-靶点-通路”网络构建分析,富集的通路包括T细胞受体信号通路、白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositol-3-hydroxykinase-protein kinase B,PI3K-Akt)信号通路等,根据连接度分析,初步预测8个活性成分可能通过调节相关信号通路达到清肺止咳的作用。结论响应面优化结合指纹图谱和网络药理学分析预测清宁散治疗疾病的Q-Marker,所建立的方法操作简捷,结果准确,稳定性好,可用于清宁散的质量控制评价,也为进一步研究清宁散的作用机制提供参考。

关键词：经典名方清宁散响应面优化指纹图谱网络药理学质量标志物基准样品桑白皮赤茯苓甘草异鼠李素甘草苷芥子碱硫氰酸盐甘草酸铵