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对基因组内不同序列分布差异进行量化的探讨

中国卫生统计 2014年第4期31卷 554-558页

作者：李治崔跃华张岩波山西医科大学公共卫生学院医学统计学教研室 030001 美国密西根州立大学统计与概率系 48824

目的针对DNA词频分析中序列分布问题,探讨对基因组内不同序列的分布差异进行量化的可行性。方法该研究采用数值模拟的方法对Kolmogorov-Smirnov检验的统计量和累积概率曲线下图形的图心进行了比较。结果随着样本含量的增加,两个指标的... 详细信息

目的针对DNA词频分析中序列分布问题,探讨对基因组内不同序列的分布差异进行量化的可行性。方法该研究采用数值模拟的方法对Kolmogorov-Smirnov检验的统计量和累积概率曲线下图形的图心进行了比较。结果随着样本含量的增加,两个指标的离散趋势逐渐减小,但其集中趋势并没有受到明显影响,且不同的分布集中于不同的位置;当样本含量为100时,所能判别的最小统计量差异约为0.1,图心差异约为0.02;使用统计量指标时,需采用两个基准分布才能将5个待测分布分开,而图心指标可以直接将5个待测分布分开。结论两个指标都可以看作分布差异的量化指标,但在大多数情况下样本含量应该大于100;当需要在同一坐标系表示不同分布时,图心可能是一个较好的选择。

关键词：基因组序列分布差异 Kolmogorov-Smirnov检验图心数值模拟

基于时间序列的急性髓系白血病融合基因表达网络差异分析

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中华疾病控制杂志 2020年第3期24卷 274-278,289页

作者：王慧慧萨建曹红艳崔跃华山西医科大学卫生统计教研室太原030001 重大疾病风险评估山西省重点实验室太原030001 美国密西根州立大学统计与概率系东兰辛MI48824

目的探讨急性髓系白血病(acute myelocytic leukemia,AML)不同融合基因的时间序列基因表达数据的网络差异,识别靶基因。方法采用网络差异分析的方法,针对AML的不同融合基因相关的基因表达数据构建网络,对联合网络的全局属性进行统计分析... 详细信息

目的探讨急性髓系白血病(acute myelocytic leukemia,AML)不同融合基因的时间序列基因表达数据的网络差异,识别靶基因。方法采用网络差异分析的方法,针对AML的不同融合基因相关的基因表达数据构建网络,对联合网络的全局属性进行统计分析,使用邻域相似性指数(CompNet neighbor similarity index,CNSI)分析不同融合基因对应的网络间的相似性,使用"fast-greedy"算法检测联合网络中的社区,最后识别枢纽基因。结果通过网络差异分析确定了网络的相似性:NUP98-HOXA9-3 d和NUP98-HOXA9-8 d间的CNSI值为0.73,AML1-ETO-6 h和PML-RARA-6 h间的CNSI值为0.25;并识别出了10个AML的枢纽基因,其中有7个已在文献中报道:TNF,VEGFA,EP300,EGF,CD44,PTGS2,SMAD3。结论网络差异分析揭示了AML的基因表达的时间转化模式及网络中基因表达的异质性,为不同融合基因类型的AML治疗提供了靶基因。

关键词：急性髓系白血病融合基因枢纽基因网络差异分析时间序列基因表达数据

惩罚广义估计方程在纵向数据基因关联分析中的应用

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中国卫生统计 2017年第4期34卷 534-537页

作者：曹红艳曾平李治崔跃华张岩波山西医科大学卫生统计教研室 030001 徐州医科大学流行病与卫生统计学教研室中北大学体育学院美国密西根州立大学统计与概率系

目的探讨惩罚广义估计方程(pGEE)在纵向数据基因关联分析的应用,为纵向数据基因关联分析提供方法学参考。方法以小鼠糖尿病发病相关的数量性状位点识别为例,分别采用广义估计方程(GEE)和pGEE进行分析。结果 pGEE筛选出糖尿病发病关联位... 详细信息

目的探讨惩罚广义估计方程(pGEE)在纵向数据基因关联分析的应用,为纵向数据基因关联分析提供方法学参考。方法以小鼠糖尿病发病相关的数量性状位点识别为例,分别采用广义估计方程(GEE)和pGEE进行分析。结果 pGEE筛选出糖尿病发病关联位点,为分子生物学研究提供了重要的候选位点。结论 pGEE能有效的实现高维纵向数据的变量选择,识别出有意义的关联位点。

关键词：惩罚广义估计方程纵向数据 SCAD 基因关联分析数量性状位点

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强相关数据回归函数的小波估计

应用数学和力学 2006年第7期27卷 789-798页

作者：李林元肖益民美国新罕布什尔大学数理统计系美国密执安州立大学统计和概率系

讨论了在强相关数据情形下对回归函数的小波估计,并且给出了估计量的均方误差的一个渐近展开表示式.对研究估计量的优劣,所推导的近似表示式显得非常重要.对一般的回归函数核估计,如果回归函数不是充分光滑,这个均方误差表示式并不成立... 详细信息

讨论了在强相关数据情形下对回归函数的小波估计,并且给出了估计量的均方误差的一个渐近展开表示式.对研究估计量的优劣,所推导的近似表示式显得非常重要.对一般的回归函数核估计,如果回归函数不是充分光滑,这个均方误差表示式并不成立.但对小波估计,即使回归函数间断连续,这个均方误差表示式仍然成立.因此,小波估计的收敛速度要比核估计来得快,从而小波估计在某种程度上改进了现有的核估计.

关键词：均方误差非参数回归小波估计收敛率

基于相似核融合的多组学数据结直肠癌分子亚型研究

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中国卫生统计 2021年第5期38卷 650-655,660页

作者：武永清郭志飞房瑞玲李治曹红艳崔跃华山西医科大学卫生统计教研室 030001 山西医科大学卫生管理学教研室山西医科大学附属太原中心医院重大疾病风险评估山西省重点实验室美国密西根州立大学统计与概率系 MI 48824

目的探讨相似核融合(similarity kernel fusion, SKF)方法在整合多组学数据的结直肠癌分子分型中的应用,识别结直肠癌预后高危患者,筛选出潜在的生物标志物以及重要通路。方法采用SKF对结直肠癌患者多组学数据进行整合,得到融合核,在融... 详细信息

目的探讨相似核融合(similarity kernel fusion, SKF)方法在整合多组学数据的结直肠癌分子分型中的应用,识别结直肠癌预后高危患者,筛选出潜在的生物标志物以及重要通路。方法采用SKF对结直肠癌患者多组学数据进行整合,得到融合核,在融合核基础上采用谱聚类进行聚类分型,进一步采用Cox回归研究不同分型患者的预后风险;针对不同分型,筛选差异表达的mRNA(DEmRNAs)、miRNA(DEmiRNAs)以及异常甲基化基因,对三者进行联合分析获得重合基因;最后利用GO和KEGG分析得到重合基因富集的通路。结果结直肠癌患者分为预后高危组和低危组,其中高危组的死亡风险是低危组的2.72倍,并筛选出1908个DEmRNAs, 30个DEmiRNAs, 7763个异常甲基化基因,联合分析得到35个基因同时受到mRNA、miRNA及DNA甲基化调控,并富集到有统计学差异的17个GO生物项和23条KEGG通路。结论 SKF能够有效地识别出结直肠癌预后高风险患者,并筛选出结直肠癌的潜在生物标志物及重要通路,为结直肠癌的临床诊断和治疗预后提供重要的思路和依据。

关键词：相似核融合多组学数据分子亚型差异基因结直肠癌

基于多组学数据的透明细胞肾细胞癌预后分子分型研究

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中华疾病控制杂志 2022年第3期26卷 315-324页

作者：魏亿芳李灵梅李治房瑞玲曹红艳崔跃华山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室太原030001 山西医科大学附属太原中心医院血液科太原030001 山西医科大学公共卫生学院重大疾病风险评估山西省重点实验室太原030001 美国密西根州立大学统计与概率系东兰辛MI48824

目的探讨关联-信号-注释增强的相似网络融合(association-signal-annotation boosted similarity network fusion,ab-SNF)方法在透明细胞肾细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)多组学数据整合分子分型中的应用,识别ccRCC不良预后患者,研究不同分型患者的潜在致病基因、通路活性及相关免疫浸润细胞。方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载ccRCC的miRNA、mRNA表达数据及DNA甲基化数据。利用ab-SNF对ccRCC患者多组学数据进行整合分型;采用Cox回归分析模型研究不同分型患者的预后风险;针对不同分型,筛选差异表达mRNA(DEmRNAs)、miRNA(DEmiRNAs)及差异甲基化基因(differentially methylated genes,DMGs),并对重合基因进行相关分析与基因本体(gene ontology,GO)富集分析;最后对不同分型患者进行免疫细胞浸润和通路活性分析。结果ab-SNF将ccRCC患者分为低危组和高危组,其中高危组患者的死亡风险是低危组的1.903倍;筛选出5218个DEmRNAs,107个DEmiRNAs及2625个DMGs。其中,20个差异表达基因受到DEmiRNA调控,567个基因差异表达的同时伴有异常甲基化;588个重合基因富集于有统计学意义的10个GO生物项。此外,筛选出有统计学意义的6种免疫浸润细胞和9条通路。结论ab-SNF能够有效地识别ccRCC亚型,筛选出的ccRCC潜在致病基因、重要通路及相关免疫浸润细胞,可为ccRCC靶向治疗提供新的参考。

关键词：多组学数据透明细胞肾细胞癌 ab-SNF 分子亚型

用蒙特卡罗方法求取广义线性混合模型之最大似然估计:应用于求取乳癌死亡率之小区域估计（英文）

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应用概率统计 2006年第1期22卷 69-80页

作者：陈永成 Stephen W.Raudenbush 密西根州立大学教育学院测量及数量方法美国48824 密西根大学教育学院及社会研究协会美国***

本文使用蒙特卡罗方法,求得广义线性混合模型之最大似然估计,并提供用来评估统计参数之收敛和精确度之实用方法．仿真研究显示无偏之固定效应参数估计,而方差分量估计之误差则相近于前人结果．应用举例为使用泊松分布求取乳癌死亡率之... 详细信息

本文使用蒙特卡罗方法,求得广义线性混合模型之最大似然估计,并提供用来评估统计参数之收敛和精确度之实用方法．仿真研究显示无偏之固定效应参数估计,而方差分量估计之误差则相近于前人结果．应用举例为使用泊松分布求取乳癌死亡率之小区域估计．

关键词：广义线性混合模型最大似然估计泊松分布蒙特卡罗 EM算法

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海归学者的自身作用

留学生 2013年第13期 33-33页

作者：杨立坚苏州大学苏州大学高等统计与计量经济中心密西根州立大学统计与概率系

史上的杨家将第一人杨业,其家族源于山西,有观点认为他其实属当时的胡人。从杨家将的传说来看,杨六郎的母亲佘太君,杨文广的母亲穆桂英,有的都是胡人姓氏。说到这儿,我不是史学家,请大家不必过于较真儿。我想表述的意思是,所有中国人都... 详细信息

史上的杨家将第一人杨业,其家族源于山西,有观点认为他其实属当时的胡人。从杨家将的传说来看,杨六郎的母亲佘太君,杨文广的母亲穆桂英,有的都是胡人姓氏。说到这儿,我不是史学家,请大家不必过于较真儿。我想表述的意思是,所有中国人都敬仰的、保卫北宋时代汉族人民生存权的英雄杨家将,很可能不是汉人,而是北方胡人。

关键词：关宁铁骑杨家将

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当前互联网几种信息推送技术及其评析

云南农业大学学报（社会科学版） 2009年第2期3卷 116-120页

作者：张月天邬伟曾欣四川大学图书馆四川成都610065 绵阳市图书馆四川绵阳621000 美国密西根州立大学概率统计系

随着计算机技术和网络技术的飞速发展,信息推送作为一种新兴的信息传播模式,正在被越来越多的信息服务者所重视。信息推送技术的出现从根本上改变了人们获取信息的传统方式,极大地提高了用户获取信息的效率。文章对信息推送进行概述,阐... 详细信息

随着计算机技术和网络技术的飞速发展,信息推送作为一种新兴的信息传播模式,正在被越来越多的信息服务者所重视。信息推送技术的出现从根本上改变了人们获取信息的传统方式,极大地提高了用户获取信息的效率。文章对信息推送进行概述,阐述Agent、RSS、网格、协同过滤等几种信息推送技术的内涵、特点、基本结构和流程,并对各自的优势和不足进行分析和评价,最后提出未来的研究方向和展望。

关键词：信息推送推送技术 RSS 协同过滤 Agent 网格