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纳米镍双晶中晶粒和晶界力学性质尺度依赖性理论推导及MD模拟

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中国科学：技术科学 2024年第6期54卷 1069-1078页

作者：胡旻浩孙升张统一上海大学材料基因组工程研究院上海200444

本文基于界面本征应力模型和非线弹性本构,研究了面心立方(FCC)纯镍晶界为∑5的双晶,推导出各向异性双晶模型中晶粒和晶界等效力学性质的尺寸依赖解析公式,开展了分子动力学模拟计算验证了理论解析公式,确定了晶界的材料参数.这些解析... 详细信息

本文基于界面本征应力模型和非线弹性本构,研究了面心立方(FCC)纯镍晶界为∑5的双晶,推导出各向异性双晶模型中晶粒和晶界等效力学性质的尺寸依赖解析公式,开展了分子动力学模拟计算验证了理论解析公式,确定了晶界的材料参数.这些解析公式可以准确预测不同尺寸厚度纯镍(∑5晶界)双晶的力学行为.结果显示,晶界具有比晶粒更小的双轴模量,这导致了双晶的表观双轴模量随模型厚度的增加而增加.该理论模型能够准确描述双晶模型中由晶界本征应力引起的弛豫过程以及模型等效力学性质的尺寸依赖行为,可以直接推广用于其他纳米双晶系统.

关键词：纳米晶尺寸依赖晶界本征应力模型非线弹性

肾脏累及的弥漫性大B细胞淋巴瘤患者临床病理特征

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上海交通大学学报（医学版） 2024年第9期44卷 1162-1168页

作者：王博恩陈思远施晴张慕晨易红梅董磊王黎程澍许彭鹏赵维莅上海交通大学医学院附属瑞金医院血液科医学基因组学国家重点试验室上海血液学研究所上海200025

目的·探究肾脏累及的弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)患者的临床病理特征,包括临床基本信息、病理特征、基因突变谱与预后相关因素等。方法·回顾性分析2005年7月—2021年11月上海交通大学医学院附属瑞金医... 详细信息

目的·探究肾脏累及的弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)患者的临床病理特征,包括临床基本信息、病理特征、基因突变谱与预后相关因素等。方法·回顾性分析2005年7月—2021年11月上海交通大学医学院附属瑞金医院收治的149例肾脏累及的DLBCL患者的临床资料,包括治疗方案、疗效评价及分期等,并采用靶向测序(54个淋巴瘤相关基因)评估患者的基因突变情况。基于患者资料进行生存和预后因素分析。结果·在149例DLBCL肾脏累及的患者中,有87例患者(58.4%)年龄>60岁,121例患者(81.2%)AnnArbor分期为Ⅲ~Ⅳ期,27例患者(18.1%)美国东部肿瘤协作组评分≥2分,121例患者(81.2%)血清乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)高于正常上限,111例患者(74.5%)至少存在2个以上淋巴结外器官受累,131例患者(87.9%)国际预后指数≥2分。患者的5年总生存率和5年无进展生存率分别为52.2%和50.4%。在病理特征中,145例患者(97.3%)诊断为非特指型DLBCL。按Hans分型,39例患者(26.2%)属生发中心亚型。在可评估疗效的144例患者中,87例(60.4%)患者取得完全缓解。此外,单因素分析显示:血清LDH升高是肾脏累及的DLBCL患者总体生存时间(P=0.048)和无进展生存时间(P=0.033)的不良预后因素;75例肾脏累及的DLBCL患者的靶向测序显示PIM1(n=23,31%)、MYD88(n=22,29%)、CD79B(n=21,28%)和KMT2D(n=18,24%)存在高频突变,其中CD79B突变与较差的总体生存时间相关(P=0.034)。结论·肾脏累及的DLBCL患者临床特征中血清LDH升高与不良预后有关,基因突变谱中CD79B突变与不良预后有关。

关键词：弥漫性大B细胞淋巴瘤肾脏临床特征基因突变谱预后分析

基于肠道微生物与G蛋白偶联受体互作关系探讨中药有效成分筛选新模式

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药学学报 2024年

作者：刘畅敏郑翊轩于景盛王晖陈士林宋驰成都中医药大学本草基因组学研究院中国中医科学院中药研究所

肠道微生物及其代谢物与人类疾病密切相关，其通过与受体互作而影响疾病的发生发展。G蛋白偶联受体 (G protein-coupled receptor， GPCR) 是一类存在于细胞膜表面的受体超家族，该受体家族广泛参与人体生理活动，被认为是重要的药... 详细信息

肠道微生物及其代谢物与人类疾病密切相关，其通过与受体互作而影响疾病的发生发展。G蛋白偶联受体 (G protein-coupled receptor， GPCR) 是一类存在于细胞膜表面的受体超家族，该受体家族广泛参与人体生理活动，被认为是重要的药物靶点。中药具有多成分、多靶点、多通路的特点。越来越多的研究表明中药可通过调节肠道微生物及其代谢物而影响GPCR调控模式，最终干预疾病。本文综述了肠道微生物与人类疾病的现状、肠道微生物及其代谢物与GPCR互作关系、GPCR药物开发现状。基于上述研究，本文提出“中药-肠道功能菌群单元-GPCR-疾病”研究新模式。运用多组学技术阐释中药有效成分、肠道功能菌群单元及GPCR三者之间互作关系及其对疾病的影响。本文将为解析中药药效物质基础，寻找中药作用新靶标提供新思路。

关键词：肠道微生物 G蛋白偶联受体疾病中药药物筛选

原发中枢神经系统大B细胞淋巴瘤临床病理特点及生存分析

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中华血液学杂志 2024年第5期45卷 481-487页

作者：许起帆沈容沈一格曹怡文钱樱许彭鹏程澍王黎赵维莅上海交通大学医学院附属瑞金医院血液科医学基因组学国家重点实验室上海血液学研究所上海200025

目的回顾性分析原发中枢神经系统大B细胞淋巴瘤(PCNSLBCL)患者的临床、病理特征、疗效、生存和预后情况。方法回顾性分析上海交通大学医学院附属瑞金医院自2010年10月至2022年11月收治的70例PCNSLBCL患者的临床和病理资料, 采用Kaplan-M... 详细信息

目的回顾性分析原发中枢神经系统大B细胞淋巴瘤(PCNSLBCL)患者的临床、病理特征、疗效、生存和预后情况。方法回顾性分析上海交通大学医学院附属瑞金医院自2010年10月至2022年11月收治的70例PCNSLBCL患者的临床和病理资料, 采用Kaplan-Meier法及Log-rank检验进行生存分析以及Cox比例风险模型进行预后分析。结果 70例PCNSLBCL患者接受一线诱导治疗后49例(70.0%)评价为完全缓解(CR), 4例(5.7%)评价为部分缓解, 客观缓解率为75.7%。2年无进展生存(PFS)率55.8%, 中位PFS期为35.9个月;2年总生存(OS)率79.1%, 中位OS期未达到。一线诱导CR后, 接受auto-HSCT的患者累积复发率(CIR)低于未接受任何巩固治疗的患者(P=0.032);口服小分子药物维持的患者2年PFS率为84.4%, 中位PFS期为79.5个月, 无巩固治疗患者2年PFS率为54.4%, 中位PFS期为35.9个月, 差异有统计学意义(P=0.038)。多因素分析显示纪念斯隆-凯特琳肿瘤中心(MSKCC)预后评分3类是影响PCNSLBCL患者OS的独立预后不良因素(HR=3.127, 95%CI 1.057~9.253, P=0.039)。结论一线诱导治疗CR的PCNSLBCL患者接受auto-HSCT巩固治疗可降低CIR, 口服小分子药物维持治疗可延长PFS期。MSKCC预后评分3类与PCNSLBCL患者较差的OS相关。

关键词：淋巴瘤,大B细胞,弥漫性中枢神经系统布鲁顿酪氨酸激酶突变预后

甲状腺弥漫性大B细胞淋巴瘤临床病理特征、基因突变谱及预后分析

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上海交通大学学报（医学版） 2024年第1期44卷 64-71页

作者：杜沚珊王玥石子旸施晴易红梅董磊王黎程澍许彭鹏赵维莅上海交通大学医学院附属瑞金医院血液科医学基因组学国家重点实验室上海血液学研究所上海200025

目的·探究甲状腺弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)临床病理特征、基因突变谱及预后相关因素。方法·回顾性分析2003年11月—2021年12月上海交通大学医学院附属瑞金医院收治的66例初次诊断为甲状腺DLBCL患者[... 详细信息

目的·探究甲状腺弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)临床病理特征、基因突变谱及预后相关因素。方法·回顾性分析2003年11月—2021年12月上海交通大学医学院附属瑞金医院收治的66例初次诊断为甲状腺DLBCL患者[原发甲状腺DLBCL 23例(34.8%),继发甲状腺DLBCL 43例(65.2%)]的临床病理资料,并进行生存和预后因素分析。其中40例甲状腺DLBCL患者进行了靶向测序(55个淋巴瘤相关基因)以评估基因突变情况。结果·继发甲状腺DLBCL患者Ann Arbor分期Ⅲ~Ⅳ期(P=0.000)、乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)升高(P=0.043)、结外器官受累数目≥2个(P=0.000)、非生发中心来源(non-GCB)(P=0.030)、MYC和BCL2蛋白双表达(double expression,DE)(P=0.026)、国际预后指数3~5分(P=0.000)的比例高于原发甲状腺DLBCL患者,其接受甲状腺手术切除的比例(P=0.012)低于原发甲状腺DLBCL患者。原发甲状腺DLBCL患者完全缓解(complete response,CR)率高于继发患者(P=0.039)。55例患者(83%)接受以利妥昔单克隆抗体联合环磷酰胺、阿霉素、长春新碱及泼尼松(R-CHOP)为基础的一线治疗方案,其中原发甲状腺DLBCL患者预期5年无进展生存(progress free survive,PFS)率95.0%,高于继发患者的49.7%(P=0.010)。单因素分析显示:Ann ArborⅢ~Ⅳ期(HR=4.411,95%CI 1.373~14.170)、LDH升高(HR=5.500,95%CI 1.519~19.911)、non-GCB(HR=5.291,95%CI 1.667~16.788)、DE(HR=6.178,95%CI 1.813~21.058)是甲状腺DLBCL患者PFS的不良预后因素;Ann ArborⅢ~Ⅳ期(HR=7.088,95%CI 0.827~60.717)、LDH升高(HR=6.982,95%CI 0.809~60.266)、DE(HR=18.079,95%CI 1.837~177.923)是总生存(overall survival,OS)时间的不良预后因素。多因素分析显示:Ann ArborⅢ~Ⅳ期(HR=4.693,95%CI 1.218~18.081)和LDH升高(HR=5.058,95%CI 1.166~21.941)是甲状腺DLBCL患者PFS的独立不良预后因素。靶向测序结果显示,TET2(n=14,35%)、KMT2D(n=13,32%)、TP53(n=11,28%)、GNA13(n=10,25%)、KMT2C(n=9,22%)突变频率>20%,且TP53突变是甲状腺DLBCL患者PFS的不良预后因素(P=0.000)。结论·原发甲状腺DLBCL生存情况优于继发甲状腺DLBCL。Ann ArborⅢ~Ⅳ期、LDH升高、non-GCB、DE(MYC和BCL2)是影响甲状腺DLBCL患者的不良预后因素。TET2、KMT2D、TP53、GNA13、KMT2C是甲状腺DLBCL中常见的高突变基因,TP53突变的患者预后不佳。

关键词：甲状腺弥漫性大B细胞淋巴瘤临床病理特征基因突变谱预后分析

水稻维生素B_1合成相关基因OsTHIC的功能研究

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生物技术通报 2024年第2期40卷 99-108页

作者：张超王子瑞孙亚丽毛馨晨唐家琪于恒秀江苏省作物基因组学和分子育种重点实验室植物功能基因组学教育部重点实验室扬州大学农学院扬州225009

【目的】维生素B_(1)(vitamin B_(1), VB_(1))是生物所必需的微量元素,其作为多个酶的辅因子,参与重要的细胞代谢途径,而水稻中维生素B_(1)合成途径还有待深入研究。本研究旨在解析水稻维生素B_(1)合成相关基因OsTHIC的生物学功能。【... 详细信息

【目的】维生素B_(1)(vitamin B_(1), VB_(1))是生物所必需的微量元素,其作为多个酶的辅因子,参与重要的细胞代谢途径,而水稻中维生素B_(1)合成途径还有待深入研究。本研究旨在解析水稻维生素B_(1)合成相关基因OsTHIC的生物学功能。【方法】综合运用诱变技术、色素测定、Mutmap+、基因编辑及非靶向代谢组分析等手段克隆目的基因并解析其功能。【结果】从EMS诱变的水稻突变体库中发现一个心叶白化致死突变体wll1(white leaf and lethal 1)。wll1从四叶期开始出现心叶白化表型,白化表型逐渐扩展到其他叶片并导致幼苗死亡。与野生型相比,wll1的叶绿素含量与类胡萝卜素含量显著降低。利用Mutmap+及基因编辑技术,确定目的基因为维生素B_(1)合成相关基因OsTHIC。OsTHIC在叶片具有较高表达量,OsTHIC蛋白定位于叶绿体。wll1及OsTHIC的敲除突变体中维生素B_(1)含量均显著低于野生型,外施维生素B_(1)可以恢复wll1的突变表型。外施维生素B_(1)及OsTHIC突变均会影响维生素B_(1)合成相关基因的表达。非靶向代谢组测序分析表明,野生型与wll1差异代谢物在氨基酸的生物合成、辅因子的生物合成、ABC转运器及氨酰基-tRNA的生物合成等方面显著富集。【结论】OsTHIC通过调控维生素B_(1)含量,参与氨基酸合成等代谢过程,在水稻生长发育过程中发挥重要作用。

关键词： OsTHIC 维生素B_1 叶色 Mutmap+ 水稻

鸡DCAF1生物信息学分析及对J亚群禽白血病病毒复制的影响

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中国畜牧兽医 2024年第5期51卷 1837-1845页

作者：潘诗雨尹娜王佳兴王强州陈世豪白皓常国斌扬州大学表观遗传学与表观基因组学研究所扬州225009 扬州大学兽医学院扬州225009

【目的】为分析鸡损伤特异性DNA结合蛋白和泛素连接酶复合物骨架蛋白库林4相关因子1(DDB1and CUL4associatedfactor1,DCAF1)蛋白的生物学特性,构建DCAF1基因的真核表达载体,并初步探究其对J亚型禽白血病病毒(ALV-J)复制的影响。【方法】... 详细信息

【目的】为分析鸡损伤特异性DNA结合蛋白和泛素连接酶复合物骨架蛋白库林4相关因子1(DDB1and CUL4associatedfactor1,DCAF1)蛋白的生物学特性,构建DCAF1基因的真核表达载体,并初步探究其对J亚型禽白血病病毒(ALV-J)复制的影响。【方法】在NCBI中下载相关物种DCAF1蛋白氨基酸序列,采用Mega11.0软件构建系统进化树;利用ProtParam、ProtScale、TMHMM等在线程序分析鸡DCAF1蛋白的氨基酸序列,预测其理化性质、保守结构域及二、三级结构和互作蛋白等生物信息;构建鸡DCAF1基因重组真核表达载体,通过实时荧光定量PCR和Westernblotting技术检测ALV-J感染对DCAF1mRNA和ALV-JEnv蛋白表达水平的影响及过表达DCAF1对ALV-J复制的影响。【结果】鸡DCAF1蛋白由1496个氨基酸组成,其分子质量约为170ku;系统进化树结果表明,鸡与红鸭亲缘关系最近,与斑马鱼亲缘关系最远。生物信息学预测结果表明,鸡DCAF1蛋白无跨膜结构域,无信号肽表达,包含ARM折叠、LisH和WD40重复3个主要结构域与末尾1个酸性结构域,其互作蛋白为DDB1、CUL4A、SAMHD1等。鸡DCAF1蛋白二级结构主要由无规则卷曲和α-螺旋组成,分别占比44.85%和41.18%,延伸链和β-折叠占比次之,分别是9.76%和4.21%。三级结构与二级结构基本一致,建模一致性为93.79%。ALV-J感染24、48h后,DCAF1基因和蛋白表达水平均极显著高于感染0h时(P组相比,ALV-JEnv蛋白显著升高(P组成,分子质量约170ku,属于稳定的亲水蛋白,不含跨膜结构域。本研究成功构建了DCAF1基因真核表达载体。在ALV-J感染的细胞中,DCAF1蛋白和基因表达水平极显著升高,而过表达DCAF1则显著促进ALV-J复制。研究结果为进一步阐明鸡DCAF1的生物学功能及其与ALV-J互作的分子机制奠定了基础。

关键词：鸡 DCAF1 ALV-J 真核表达载体生物信息学

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敲除DTH8和Ghd2基因缩短优良食味粳稻品种南粳46抽穗期

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中国水稻科学 2024年

作者：陈伟叶元妹赵剑华冯志明陈宗祥胡珂鸣左示敏植物功能基因组学教育部重点实验室/江苏省作物基因组学和分子育种重点实验室/扬州大学农学院江苏瑞华农业科技有限公司

【目的】抽穗期是决定水稻品种种植区域和生态适应性的关键农艺性状。本研究通过对优良食味中熟晚粳品种南粳46（简称NJ46）的抽穗期基因进行编辑，以缩短NJ46的生育期，扩大其种植区域。【方法】利用CRISPR/Cas9技术，以DTH8和Ghd2为... 详细信息

【目的】抽穗期是决定水稻品种种植区域和生态适应性的关键农艺性状。本研究通过对优良食味中熟晚粳品种南粳46（简称NJ46）的抽穗期基因进行编辑，以缩短NJ46的生育期，扩大其种植区域。【方法】利用CRISPR/Cas9技术，以DTH8和Ghd2为靶基因，构建pCAMBIA1305-Actin:Cas9-sgRNADTH8与pCAMBIA1305-Actin:Cas9-sgRNAGhd2编辑载体，用农杆菌介导的植物转化方法转化NJ46，筛选不含外源成分的纯合编辑系，并考查其抽穗期、农艺性状及品质相关性状。【结果】对DTH8的编辑获得了3个比NJ46抽穗期提早22-36天的无外源成分纯合突变系（NJ46-dth8-1～-3），对Ghd2的编辑获得了3个比NJ46抽穗期提早14-15天的无外源成分纯合突变系（NJ46-ghd2-1～-3）。分别在苏中和苏北不同区域测定了各基因纯合突变系的抽穗期、主要农艺性状及品质性状，与相应生态区推广品种南粳9108、南粳518进行比较，发现NJ46-ghd2-1单株产量显著高于南粳9108，但抽穗期和品质性状与之相当，好于另外2个敲除系；NJ46-dth8-1与南粳518在单株产量、主要品质性状上均无显著差异，好于另外2个敲除系。【结论】定向编辑南粳46中的DTH8和Ghd2基因，获得分别适宜苏北和苏中生态区种植的优良食味粳稻新种质，有助于扩大优良食味水稻品种的推广种植区域。

关键词：水稻 CRISPR/Cas9 基因编辑抽穗期 DTH8 Ghd2

一种筛选水稻Mutmap+突变位点的简易方法

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扬州大学学报（农业与生命科学版） 2024年第1期45卷 27-32页

作者：王延妍李颖颖王子瑞毛馨晨唐家琪于恒秀张超扬州大学农学院/江苏省作物基因组学和分子育种重点实验室/植物功能基因组学教育部重点实验室江苏扬州225009

利用基因组重测序技术进行基因定位目前已在水稻功能基因组学研究中得到广泛应用。其中,Mutmap+技术因无需进行杂交操作,且无需背景亲本的基因组信息,具有更广阔的应用前景。然而,目前Mutmap+技术筛选候选突变位点的方法依赖于复杂的数... 详细信息

利用基因组重测序技术进行基因定位目前已在水稻功能基因组学研究中得到广泛应用。其中,Mutmap+技术因无需进行杂交操作,且无需背景亲本的基因组信息,具有更广阔的应用前景。然而,目前Mutmap+技术筛选候选突变位点的方法依赖于复杂的数据计算,要求研究者具有较高的生物信息学知识。根据Mutmap+的实验原理,设计一种简单的筛选候选突变位点的方法。该方法对混池测序的表型池与非表型池的突变指数分别加以限定,即表型池突变指数等于1,非表型池突变指数小于0.5。对测序所得突变位点进行简单排序,即可得到候选突变位点。运用该筛选方法,从6个水稻不育突变体成功克隆突变基因,并对其中1个突变体进行了细胞学表型的验证。该方法可简化Mutmap+技术的数据分析流程,便于将Mutmap+技术更好地运用到水稻功能基因组学研究中。

关键词：水稻 Mutmap+ 突变位点筛选基因克隆