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miR-181a靶向Bcl-2调控氧糖剥夺/再灌注模型诱导的SH-SY5Y神经细胞凋亡

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石河子大学学报（自然科学版） 2024年第1期42卷 91-100页

作者：袁珊杨玉莹许梅梅胡广泽高蕊石河子大学医学院生物化学教研室/新疆地方与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832000

目的皮层是响应脑缺血缺氧最为敏感的组织之一,基于前期深度测序技术,我们筛选获得响应脑缺血缺氧应激的皮层区目标基因miR-181a及Bcl-2。本研究旨在SH-SY5Y细胞株氧糖剥夺/复糖复氧模型验证二者靶向调控关系及功能,明确miR-181a—Bcl-... 详细信息

目的皮层是响应脑缺血缺氧最为敏感的组织之一,基于前期深度测序技术,我们筛选获得响应脑缺血缺氧应激的皮层区目标基因miR-181a及Bcl-2。本研究旨在SH-SY5Y细胞株氧糖剥夺/复糖复氧模型验证二者靶向调控关系及功能,明确miR-181a—Bcl-2调控网络在OGD/R诱导的神经细胞凋亡中的作用。方法采用线栓法构建大鼠缺血缺氧再灌注损伤模型,脑切片TTC染色及行为学评分法评估模型。应用qRT-PCR及Western Blot验证目标基因的表达。生物信息学分析miR-181a与Bcl-2的靶向结合位点并比对结合位点的保守性,双荧光素酶报告基因实验验证miR-181a与Bcl-2靶向结合的特异性。采用OGD/R细胞模型体外模拟脑缺血再灌注损伤,检测凋亡相关蛋白表达及Hoechst荧光染色评估细胞凋亡。结果大鼠大脑中动脉阻塞后miR-181a、Bcl-2表达变化趋势相反。RNA hybird软件预测miR-181a可结合Bcl-2的3′-UTR区,且结合区域高度保守。双荧光素酶报告基因实验发现,相对于Bcl-23′UTR-WT与mimic-NC共转染组,Bcl-23′UTR-WT与miR-181a mimic共转染后的荧光活性更低(P0.05)。分别用miR-181a的模拟物及抑制物转染OGD/R诱导的SH-SY5Y细胞,miR-181a可以抑制Bcl-2 mRNA及其蛋白的表达水平(P<0.001)。过表达miR-181a显著增加了SH-SY5Y细胞的凋亡(P<0.001),而抑制miR-181a表达可使SH-SY5Y细胞凋亡显著降低(P<0.001)。结论miR-181a可靶向结合Bcl-2,下调miR-181a可通过促进Bcl-2的表达进而抑制SH-SY5Y神经细胞OGD/R损伤诱导的细胞凋亡。

关键词： miR-181a Bcl-2 SH-SY5Y OGD/R 凋亡

微小RNA-454-3p对子宫内膜癌细胞生物学行为的影响

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中国临床药理学杂志 2024年第17期40卷 2493-2497页

作者：潘紫妍陈雨婷魏茜茜王婷刘杰胡晨煜张婷石河子大学医学院生物化学教研室/新疆地方与民族高发病教育部重点实验室新疆维吾尔自治区石河子832002

目的研究微小RNA-454-3p(miR-454-3p)对子宫内膜癌(EC)细胞增殖、侵袭、迁移能力的影响及其机制。方法用miTED数据库分析miR-454-3p在各组织中的表达水平,用starBase数据库分析EC患者中高表达miR-454-3p组和低表达miR-454-3p组的生存率... 详细信息

目的研究微小RNA-454-3p(miR-454-3p)对子宫内膜癌(EC)细胞增殖、侵袭、迁移能力的影响及其机制。方法用miTED数据库分析miR-454-3p在各组织中的表达水平,用starBase数据库分析EC患者中高表达miR-454-3p组和低表达miR-454-3p组的生存率。用Targetscan预测miR-454-3p的下游靶基因。用Kaplan-Meier Plotter数据库分析EC患者中高表达检测磷酸酯酶与张力蛋白同源物(PTEN)组(高队列的平均表达水平为2412.45)和低表达PTEN组(低队列的平均表达水平为733.15)的生存率。将Ishikawa细胞分为NC-mimics组(转染NC-mimics)、mimics组(转染miR-454-3p mimics)、NC-inhibitor组(转染NC-inhibitor)、inhibitor组(转染miR-454-3p inhibitor)。用细胞计数试剂盒-8(CCK-8)实验检测细胞的增殖能力,用Transwell和划痕实验分别评估细胞侵袭和迁移能力,用实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测PTEN RNA的表达水平。结果EC患者肿瘤组织与正常组织相比,miR-454-3p的表达水平增高(1.57 vs 3.26,P<0.05),且低表达miR-454-3p组的生存率显著高于高表达miR-454-3p组(0.74 vs 0.42,P<0.05)。NC-mimics组、mimics组、NC-inhibitor组、inhibitor组细胞增殖能力分别为3.73±0.02、5.40±0.02、2.06±0.05和1.95±0.05,侵袭细胞数分别为(116±17)、(154±19)、(855±165)和(447±44)个,迁移细胞数分别为(116±8)、(154±27)、(1518±50)和(1132±175)个,划痕愈合率分别为(20.00±8.00)%、(39.00±2.00)%、(84.00±1.00)%和(52.00±1.00)%,PTEN mRNA表达水平分别为1.16±0.03、0.94±0.02、0.85±0.14和1.22±0.07。mimics组的上述指标与NC-mimics组相比,inhibitor组的上述指标与NC-inhibitor组相比,在统计学上差异均有统计学意义(均P<0.05)。EC患者肿瘤组织中PTEN的表达水平显著降低(33.45 vs 17.17,P<0.05),且低表达PTEN组患者生存率显著高于高表达PTEN组(41%vs 93%,P<0.05)。结论miR-454-3p可能通过负调控PTEN的表达促进EC细胞的增殖、侵袭和迁移能力。

关键词：微小RNA-454-3p 子宫内膜癌增殖侵袭迁移

骨形态发生蛋白拮抗剂GREM1作为胃癌肿瘤微环境免疫活性预测指标的临床价值

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中国免疫学杂志 2024年第4期40卷 741-751页

作者：张旭东李晓宁崔海康杨希杨兰张文杰石河子大学医学院病理系/新疆地方与民族高发病教育部重点实验室石河子832002 石河子大学医学院第一附属医院病理科石河子832002

目的:筛选出可预测胃癌(GC)肿瘤微环境(TME)免疫活性的预后基因。方法:收集55例GC患者术后石蜡组织标本及其对应的癌旁组织;从TCGA数据库和GEO数据库中共下载了976例GC患者的转录组数据及临床数据;采用估计算法(ESTIMATE)和反卷积算法(C... 详细信息

目的:筛选出可预测胃癌(GC)肿瘤微环境(TME)免疫活性的预后基因。方法:收集55例GC患者术后石蜡组织标本及其对应的癌旁组织;从TCGA数据库和GEO数据库中共下载了976例GC患者的转录组数据及临床数据;采用估计算法(ESTIMATE)和反卷积算法(CIBERSORT)分别评估各样本中免疫/基质得分及免疫细胞浸润程度;R语言中的“limma”包筛选差异表达基因(DEGs);采用单变量Cox回归分析筛选具有预后价值的DEGs;qRT-PCR检测枢纽基因mRNA的表达情况;GSEA探究GREM1的潜在生物学功能。采用TISIDB和CellMiner数据库分析GREM1与免疫特征分子及药物敏感性的相关性。结果:免疫评分与GC患者的预后呈正相关;在免疫得分和基质得分高、低分组中共筛选出40个共享的TME相关DEGs;通过对DEGs进行单变量Cox回归分析,得到GREM1、SFRP2、CYP1B1和MGP共4个具有预后意义的共享DEGs。通过比较基因在肿瘤与癌旁组织的表达差异及与免疫微环境的密切程度,发现GREM1最可能对TME中的免疫重塑发挥作用;GREM1的表达与GC患者的临床病理特征(TNM)呈正相关,而与生存率呈负相关;GSEA结果显示GREM1高表达组主要富集于免疫相关通路,GREM1的表达与M2型巨噬细胞呈正相关,而与CD8+T细胞呈负相关;GREM1与免疫抑制剂TGF-β1、免疫增强剂ENTPD1、趋化因子CCL14及受体CCR2呈正相关;GREM1高表达的肿瘤细胞对抗肿瘤药物维莫德吉的治疗敏感性最强。结论:GREM1可作为反映GC TME免疫抑制状态的临床指标。

关键词： GREM1 胃癌肿瘤浸润性免疫细胞肿瘤免疫微环境预后因子

HPV16 E6-295T/G和E6-350T/G变异位点影响IFNκ、MHC-Ⅰ、STAT1和IRF9蛋白质表达的研究

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石河子大学学报（自然科学版） 2024年第2期42卷 223-231页

作者：李杨杨辛慧珍郭柄轩王慧娟宋树言李洪涛李冬妹潘泽民石河子大学医学院生物化学教研室/新疆地方与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832002 新疆医科大学基础医学院生物学教研室新疆乌鲁木齐830017 石河子大学医学院人体解剖学与组织胚胎学教研室新疆石河子832002

目的探讨HPV16(Human Papillomavirus Type 16)E6-295T/G和E6-350T/G变异位点对IFNκ、MHC-Ⅰ、STAT1和IRF9蛋白质表达的影响。方法在宫颈癌细胞C33A(HPV阴性)中分别转染真核表达载体295G/350G-GV230、295T/350G-GV230和295T/350T-GV230作为实验组,以NC-GV230作为对照组。通过免疫组织化学法、Western blot方法检测HPV16 E6295T/G、350T/G不同变异位点对IFNκ、MHC-Ⅰ、STAT1和IRF9蛋白质表达的影响。通过IBM SPSS Statistics 26软件对实验结果进行统计学分析,P化学法定量采用image J软件进行阳性细胞计数。结果Western blot结果显示,免疫分子干扰素κ(Interferon Kappa,IFNκ)的表达,HPV16 E6-295G/350G变异组较HPV16 E6-295T/350T原型组和HPV16 E6-295T/350G组降低(P子主要组织相容性复合体I类(Major Histocompatibility Complex Class I,MHC-I)的表达显著低于HPV16 E6-295T/350T原型组和HPV16 E6-295T/350G组(P子和转录激活子1(Signal Transducer and Activator of Transcription 1,STAT1)表达显著低于HPV16 E6-295T/350T原型组和HPV16 E6-295T/350G组(P子9(Interferon Regulatory Factor 9,IRF9)表达显著降低(P子的表达作用最强。

关键词：宫颈癌 HPV16 E6基因基因变异蛋白质表达

过表达GATA2对鸡前脂肪细胞转录表达的调控作用及机制

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安徽医科大学学报 2024年第7期59卷 1157-1165页

作者：王英军张停停王小沛周心北陈月婵张志威石河子大学组织胚胎学教研室石河子832000 石河子大学医学院新疆地方与民族高发病教育部重点实验室石河子832000 石河子大学第一附属医院生殖医学科石河子832000

目的阐明过表达GATA2对鸡前脂肪细胞转录表达的影响。方法培养鸡前脂肪细胞ICP1,转染pCMV-myc-GATA2或pCMV-myc质粒,Western blot验证细胞中GATA2过表达情况,RNA-seq研究过表达GATA2对细胞转录组表达变化,ChIP-seq研究GATA2在基因组的... 详细信息

目的阐明过表达GATA2对鸡前脂肪细胞转录表达的影响。方法培养鸡前脂肪细胞ICP1,转染pCMV-myc-GATA2或pCMV-myc质粒,Western blot验证细胞中GATA2过表达情况,RNA-seq研究过表达GATA2对细胞转录组表达变化,ChIP-seq研究GATA2在基因组的结合情况,Real-time PCR验证部分差异表达基因、ChIP-PCR验证GATA2对TAF3基因的集合情况。结果转染pCMV-myc-GATA2可以在ICP1细胞过表达GATA2蛋白,过表达GATA2后,ICP1细胞中942个基因表达上调,840个基因表达下调(P生物生成、丙酸代谢和氧化磷酸化相关基因集表达上调;组蛋白赖氨酸N甲基转移酶、核转录抑制复合体形成、脂肪因子和钙离子等信号通路相关基因集表达下调。ICP1细胞中ChIP-seq鉴定出2833个GATA2结合的基因组峰,涉及2018个基因。Motif分析显示GATA2结合(T/A)GATA模序;富集分析显示这些基因参与胚胎发育、信号传导、细胞代谢和细胞间相互作用。差异表达基因和GATA2结合基因取交集获得105个基因,富集分析显示这些基因与转录、转录后调控、细胞间相互作用、信号传导和细胞周期相关(P<0.001)。结论GATA2可以与鸡前脂肪细胞的基因组结合调节其转录组表达模式。

关键词：鸡前脂肪细胞 GATA2 RNA-seq ChIP-seq 富集分析 GESA分析

基于生物信息学和转录组测序分析血管肉瘤细胞和血管肉瘤干细胞样细胞来源外泌体差异表达谱

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中国免疫学杂志 2024年第10期40卷 2083-2090,I0001-I0004页

作者：赵凯蔡文平彭昊金珊庞丽娟石河子大学医学院第一附属医院病理科石河子大学医学院病理学系新疆地方与民族高发病教育部重点实验室石河子832002 广东医科大学附属湛江中心人民医院病理科湛江524000

目的:借助生物信息学分析探究血管肉瘤细胞ISOHAS与血管肉瘤干细胞样细胞Sphere来源外泌体的关键差异表达基因(DEGs)及富集的生物学功能与信号通路,探寻血管肉瘤新的治疗靶点。方法:对ISOHAS与Sphere来源外泌体进行转录组测序,以|log2FC... 详细信息

目的:借助生物信息学分析探究血管肉瘤细胞ISOHAS与血管肉瘤干细胞样细胞Sphere来源外泌体的关键差异表达基因(DEGs)及富集的生物学功能与信号通路,探寻血管肉瘤新的治疗靶点。方法:对ISOHAS与Sphere来源外泌体进行转录组测序,以|log2FC|>2、FDR生物信息学分析对DEGs进行GO和KEGG通路富集分析,识别富集DEGs的生物学功能和信号通路,利用STRING数据库筛选关键DEGs。利用iPath对代谢途径进行可视化分析,确定DEGs富集的代谢途径。结果:转录组测序结果显示,ISOHAS与Sphere来源外泌体有91个DEGs;GO和KEGG通路富集分析显示,DEGs主要富集的生物学功能和信号通路分别为对糖皮质激素的反应、TNF信号通路,STRING数据库显示TNF、IL-6为关键DEGs。iPath代谢网络分析显示DEGs主要集中于脂质代谢、核苷酸代谢。结论:Sphere来源外泌体可能通过携带关键基因TNF、IL-6干预糖皮质激素反应、TNF信号通路、脂质代谢、核苷酸代谢等生物学功能和信号通路,对血管肉瘤发生发展产生影响,为血管肉瘤治疗提供了新靶点。

关键词：血管肉瘤肿瘤干细胞外泌体转录组测序

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LncRNA PVT1在胃癌中的研究进展

农垦医学 2024年第2期46卷 145-148,172页

作者：王丹君卢雨林张蕾陈国奥韩笑潘泽民李冬妹石河子大学医学院生物化学教研室/新疆地方与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832002 石河子大学第一附属医院检验科新疆石河子832008

长链非编码RNA浆细胞瘤变异易位体1(Long Non-Coding Ribonucleic Acid Plasmacytoma Variant Translocation 1,LncRNA PVT1)是一种在多种肿瘤中异常表达的LncRNA,与肿瘤的发生、侵袭、患者预后等密切相关。近年来,越来越多的研究表明Ln... 详细信息

长链非编码RNA浆细胞瘤变异易位体1(Long Non-Coding Ribonucleic Acid Plasmacytoma Variant Translocation 1,LncRNA PVT1)是一种在多种肿瘤中异常表达的LncRNA,与肿瘤的发生、侵袭、患者预后等密切相关。近年来,越来越多的研究表明LncRNA PVT1在胃癌中发挥重要作用。本文将聚焦于LncRNA PVT1在胃癌发生发展及治疗过程中的最新研究进展,探讨并展望其在胃癌的发展及治疗中的价值与可能性。

关键词： LncRNA PVT1 胃癌治疗预后

AU富集元件结合因子1(AUF1)在肝细胞癌中的表达及预后评估价值

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临床肝胆病杂志 2024年第9期40卷 1833-1839页

作者：段愿张婷张婧关贵文王竞州陈香梅石河子大学医学院新疆地方与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832003 北京大学基础医学院病原生物学系北京100191 首都医科大学附属北京同仁医院检验科北京100730

目的探究AU富集元件RNA结合蛋白1(AUF1)对肝癌细胞增殖、凋亡、迁移能力的影响及可能机制,阐明AUF1在肝细胞癌(HCC)进展中发挥的作用及分子机制。方法利用UALCAN和TCGA-HCC数据库分析AUF1在泛癌中的表达以及AUF1表达水平与HCC患者临床... 详细信息

目的探究AU富集元件RNA结合蛋白1(AUF1)对肝癌细胞增殖、凋亡、迁移能力的影响及可能机制,阐明AUF1在肝细胞癌(HCC)进展中发挥的作用及分子机制。方法利用UALCAN和TCGA-HCC数据库分析AUF1在泛癌中的表达以及AUF1表达水平与HCC患者临床病理学特征和预后的相关性;利用CCK-8、细胞凋亡、Transwell小室迁移等实验在细胞水平探究AUF1的功能;利用RNA-seq分析AUF1敲减后肝癌细胞转录组变化。计量资料两组间比较采用t检验,Kaplan-Meier法绘制生存曲线,Log-rank检验评估生存率差异。结果相较于正常组织,AUF1的mRNA和蛋白水平在多种肿瘤组织中呈异常表达(P值均<0.05)。AUF1的mRNA水平与HCC恶性程度以及早期肝癌的不良预后呈正相关(P值均<0.05)。与对照组相比,过表达外源AUF1促进肝癌细胞的增殖、抑制肝癌细胞的凋亡及迁移。而AUF1敲减则抑制肝癌细胞增殖、促进肝癌细胞凋亡及迁移。RNA-seq分析发现,AUF1敲减主要影响Wnt/β-cateinin通路,并下调β-catenin蛋白水平。结论AUF1的异常表达与早期肝癌的预后有关,AUF1的促癌作用可能与其激活Wnt信号通路有关。

关键词：癌,肝细胞核不均一核糖核蛋白D Wnt信号通路

基于生物信息学分析的结核病诊断及治疗新型生物标志物的筛选

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中国病原生物学杂志 2024年第3期19卷 263-269,274页

作者：刘柯妤骆婷婷沈世杰邓思齐 Saeed El-Ashram 曹城彰张万江陈瑞平王优月吴江东宋雯石河子大学医学院新疆地方病与民族疾病教育部重点实验室新疆石河子832000 卡夫雷尔谢赫大学理学院新疆建设兵团第九师医院感染科

目的利用生物信息学方法筛选结核病诊断和治疗的潜在新型生物标志物。方法从美国基因表达数据库(the Gene Expression Omnibus,GEO)下载数据集GSE34608和GSE54992用于筛选结核病的差异表达基因(DEG),通过R软件对DEGs进行基因本体论(Gene... 详细信息

目的利用生物信息学方法筛选结核病诊断和治疗的潜在新型生物标志物。方法从美国基因表达数据库(the Gene Expression Omnibus,GEO)下载数据集GSE34608和GSE54992用于筛选结核病的差异表达基因(DEG),通过R软件对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,登陆STRING网站进行差异表达基因间的蛋白-蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)分析,并利用Cytoscape软件分析PPI的关键模块和关键基因。利用基因数据集GSE116542、GSE34608、GSE25435筛选共同差异表达miRNA(DE miRNA),采用实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)验证筛选的关键基因,采用Cytoscape软件构建DEG-DE miRNA网络。结果共筛选出379个差异表达基因,其中225个基因表达上调,154个基因表达下调。这些DEGs主要与先天免疫反应、炎症反应、NOD样受体信号通路及吞噬体等有关。从中筛选出10个关键基因(STAT1、DDX58、TLR8、TLR7、SAMD9L、IFI44、IFI44L、XAF1、UBE2L6、IFITM1),其中STAT1、SAMD9L和IFI44被验证。两个miRNA用于构建DEG-DE miRNA网络。结论共筛选出379个差异表达基因,其中的10个关键基因可能成为结核病诊断和治疗的新生物标志物。

关键词：结核病生物标志物生物信息学分析关键基因 miRNA