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骨形态发生蛋白拮抗剂GREM1作为胃癌肿瘤微环境免疫活性预测指标的临床价值

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中国免疫学杂志 2024年第4期40卷 741-751页

作者：张旭东李晓宁崔海康杨希杨兰张文杰石河子大学医学院病理系/新疆地方与民族高发病教育部重点实验室石河子832002 石河子大学医学院第一附属医院病理科石河子832002

目的:筛选出可预测胃癌(GC)肿瘤微环境(TME)免疫活性的预后基因。方法:收集55例GC患者术后石蜡组织标本及其对应的癌旁组织;从TCGA数据库和GEO数据库中共下载了976例GC患者的转录组数据及临床数据;采用估计算法(ESTIMATE)和反卷积算法(C... 详细信息

目的:筛选出可预测胃癌(GC)肿瘤微环境(TME)免疫活性的预后基因。方法:收集55例GC患者术后石蜡组织标本及其对应的癌旁组织;从TCGA数据库和GEO数据库中共下载了976例GC患者的转录组数据及临床数据;采用估计算法(ESTIMATE)和反卷积算法(CIBERSORT)分别评估各样本中免疫/基质得分及免疫细胞浸润程度;R语言中的“limma”包筛选差异表达基因(DEGs);采用单变量Cox回归分析筛选具有预后价值的DEGs;qRT-PCR检测枢纽基因mRNA的表达情况;GSEA探究GREM1的潜在生物学功能。采用TISIDB和CellMiner数据库分析GREM1与免疫特征分子及药物敏感性的相关性。结果:免疫评分与GC患者的预后呈正相关;在免疫得分和基质得分高、低分组中共筛选出40个共享的TME相关DEGs;通过对DEGs进行单变量Cox回归分析,得到GREM1、SFRP2、CYP1B1和MGP共4个具有预后意义的共享DEGs。通过比较基因在肿瘤与癌旁组织的表达差异及与免疫微环境的密切程度,发现GREM1最可能对TME中的免疫重塑发挥作用;GREM1的表达与GC患者的临床病理特征(TNM)呈正相关,而与生存率呈负相关;GSEA结果显示GREM1高表达组主要富集于免疫相关通路,GREM1的表达与M2型巨噬细胞呈正相关,而与CD8+T细胞呈负相关;GREM1与免疫抑制剂TGF-β1、免疫增强剂ENTPD1、趋化因子CCL14及受体CCR2呈正相关;GREM1高表达的肿瘤细胞对抗肿瘤药物维莫德吉的治疗敏感性最强。结论:GREM1可作为反映GC TME免疫抑制状态的临床指标。

关键词： GREM1 胃癌肿瘤浸润性免疫细胞肿瘤免疫微环境预后因子

HPV16 E6-295T/G和E6-350T/G变异位点影响IFNκ、MHC-Ⅰ、STAT1和IRF9蛋白质表达的研究

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石河子大学学报（自然科学版） 2024年第2期42卷 223-231页

作者：李杨杨辛慧珍郭柄轩王慧娟宋树言李洪涛李冬妹潘泽民石河子大学医学院生物化学教研室/新疆地方与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832002 新疆医科大学基础医学院生物学教研室新疆乌鲁木齐830017 石河子大学医学院人体解剖学与组织胚胎学教研室新疆石河子832002

目的探讨HPV16(Human Papillomavirus Type 16)E6-295T/G和E6-350T/G变异位点对IFNκ、MHC-Ⅰ、STAT1和IRF9蛋白质表达的影响。方法在宫颈癌细胞C33A(HPV阴性)中分别转染真核表达载体295G/350G-GV230、295T/350G-GV230和295T/350T-GV230作为实验组,以NC-GV230作为对照组。通过免疫组织化学法、Western blot方法检测HPV16 E6295T/G、350T/G不同变异位点对IFNκ、MHC-Ⅰ、STAT1和IRF9蛋白质表达的影响。通过IBM SPSS Statistics 26软件对实验结果进行统计学分析,P化学法定量采用image J软件进行阳性细胞计数。结果Western blot结果显示,免疫分子干扰素κ(Interferon Kappa,IFNκ)的表达,HPV16 E6-295G/350G变异组较HPV16 E6-295T/350T原型组和HPV16 E6-295T/350G组降低(P子主要组织相容性复合体I类(Major Histocompatibility Complex Class I,MHC-I)的表达显著低于HPV16 E6-295T/350T原型组和HPV16 E6-295T/350G组(P子和转录激活子1(Signal Transducer and Activator of Transcription 1,STAT1)表达显著低于HPV16 E6-295T/350T原型组和HPV16 E6-295T/350G组(P子9(Interferon Regulatory Factor 9,IRF9)表达显著降低(P子的表达作用最强。

关键词：宫颈癌 HPV16 E6基因基因变异蛋白质表达

过表达GATA2对鸡前脂肪细胞转录表达的调控作用及机制

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安徽医科大学学报 2024年第7期 1157-1165页

作者：王英军张停停王小沛周心北陈月婵张志威石河子大学组织胚胎学教研室石河子大学医学院新疆地方与民族高发病教育部重点实验室石河子大学第一附属医院生殖医学科

目的阐明过表达GATA2对鸡前脂肪细胞转录表达的影响。方法培养鸡前脂肪细胞ICP1,转染pCMV-myc-GATA2或pCMV-myc质粒，Western blot验证细胞中GATA2过表达情况，RNA-seq研究过表达GATA2对细胞转录组表达变化，ChIP-seq研究GATA2在基因... 详细信息

目的阐明过表达GATA2对鸡前脂肪细胞转录表达的影响。方法培养鸡前脂肪细胞ICP1,转染pCMV-myc-GATA2或pCMV-myc质粒，Western blot验证细胞中GATA2过表达情况，RNA-seq研究过表达GATA2对细胞转录组表达变化，ChIP-seq研究GATA2在基因组的结合情况，Real-time PCR验证部分差异表达基因、ChIP-PCR验证GATA2对TAF3基因的集合情况。结果转染pCMV-myc-GATA2可以在ICP1细胞过表达GATA2蛋白，过表达GATA2后，ICP1细胞中942个基因表达上调，840个基因表达下调(P生物生成、丙酸代谢和氧化磷酸化相关基因集表达上调；组蛋白赖氨酸N甲基转移酶、核转录抑制复合体形成、脂肪因子和钙离子等信号通路相关基因集表达下调。ICP1细胞中ChIP-seq鉴定出2 833个GATA2结合的基因组峰，涉及2 018个基因。Motif分析显示GATA2结合(T/A)GATA模序；富集分析显示这些基因参与胚胎发育、信号传导、细胞代谢和细胞间相互作用。差异表达基因和GATA2结合基因取交集获得105个基因，富集分析显示这些基因与转录、转录后调控、细胞间相互作用、信号传导和细胞周期相关(P<0.001)。结论 GATA2可以与鸡前脂肪细胞的基因组结合调节其转录组表达模式。

关键词：鸡前脂肪细胞 GATA2 RNA-seq ChIP-seq 富集分析 GESA分析

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LncRNA PVT1在胃癌中的研究进展

农垦医学 2024年第2期46卷 145-148,172页

作者：王丹君卢雨林张蕾陈国奥韩笑潘泽民李冬妹石河子大学医学院生物化学教研室/新疆地方与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832002 石河子大学第一附属医院检验科新疆石河子832008

长链非编码RNA浆细胞瘤变异易位体1(Long Non-Coding Ribonucleic Acid Plasmacytoma Variant Translocation 1,LncRNA PVT1)是一种在多种肿瘤中异常表达的LncRNA,与肿瘤的发生、侵袭、患者预后等密切相关。近年来,越来越多的研究表明Ln... 详细信息

长链非编码RNA浆细胞瘤变异易位体1(Long Non-Coding Ribonucleic Acid Plasmacytoma Variant Translocation 1,LncRNA PVT1)是一种在多种肿瘤中异常表达的LncRNA,与肿瘤的发生、侵袭、患者预后等密切相关。近年来,越来越多的研究表明LncRNA PVT1在胃癌中发挥重要作用。本文将聚焦于LncRNA PVT1在胃癌发生发展及治疗过程中的最新研究进展,探讨并展望其在胃癌的发展及治疗中的价值与可能性。

关键词： LncRNA PVT1 胃癌治疗预后

基于生物信息学分析的结核病诊断及治疗新型生物标志物的筛选

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中国病原生物学杂志 2024年第3期19卷 263-269,274页

作者：刘柯妤骆婷婷沈世杰邓思齐 Saeed El-Ashram 曹城彰张万江陈瑞平王优月吴江东宋雯石河子大学医学院新疆地方病与民族疾病教育部重点实验室新疆石河子832000 卡夫雷尔谢赫大学理学院新疆建设兵团第九师医院感染科

目的利用生物信息学方法筛选结核病诊断和治疗的潜在新型生物标志物。方法从美国基因表达数据库(the Gene Expression Omnibus,GEO)下载数据集GSE34608和GSE54992用于筛选结核病的差异表达基因(DEG),通过R软件对DEGs进行基因本体论(Gene... 详细信息

目的利用生物信息学方法筛选结核病诊断和治疗的潜在新型生物标志物。方法从美国基因表达数据库(the Gene Expression Omnibus,GEO)下载数据集GSE34608和GSE54992用于筛选结核病的差异表达基因(DEG),通过R软件对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,登陆STRING网站进行差异表达基因间的蛋白-蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)分析,并利用Cytoscape软件分析PPI的关键模块和关键基因。利用基因数据集GSE116542、GSE34608、GSE25435筛选共同差异表达miRNA(DE miRNA),采用实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)验证筛选的关键基因,采用Cytoscape软件构建DEG-DE miRNA网络。结果共筛选出379个差异表达基因,其中225个基因表达上调,154个基因表达下调。这些DEGs主要与先天免疫反应、炎症反应、NOD样受体信号通路及吞噬体等有关。从中筛选出10个关键基因(STAT1、DDX58、TLR8、TLR7、SAMD9L、IFI44、IFI44L、XAF1、UBE2L6、IFITM1),其中STAT1、SAMD9L和IFI44被验证。两个miRNA用于构建DEG-DE miRNA网络。结论共筛选出379个差异表达基因,其中的10个关键基因可能成为结核病诊断和治疗的新生物标志物。

关键词：结核病生物标志物生物信息学分析关键基因 miRNA

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思政教育融入医学生物化学课程的研究与实践

农垦医学 2024年第2期46卷 178-180页

作者：冯苗苗袁武梅张云华石河子大学医学院学生工作办公室新疆石河子832002 石河子大学新疆地方与民族高发病教育部重点实验室/医学院生化教研室新疆石河子832002

思政教育是高等教育中的重要组成部分,也是医学生物化学教学中不可或缺的一环。本文旨在探讨如何将思政教育融入医学生物化学教学中,以提高医学生的思想道德素质和专业知识水平。首先,本文介绍了思政教育的基本概念和重要意义,以及医学... 详细信息

思政教育是高等教育中的重要组成部分,也是医学生物化学教学中不可或缺的一环。本文旨在探讨如何将思政教育融入医学生物化学教学中,以提高医学生的思想道德素质和专业知识水平。首先,本文介绍了思政教育的基本概念和重要意义,以及医学生物化学教学的特点和现状;然后分析了思政教育与医学生物化学教学的相互关系,并提出了将思政教育融入医学生物化学教学的具体方法和策略;以实践案例为例,探讨了思政教育融入医学生物化学教学的效果和体会,指出了今后进一步推进思政教育融入医学生物化学教学的方向和重点。

关键词：思政教育医学生物化学教学融合教育实践

LAG3分子对泡球蚴感染小鼠肝脏B淋巴细胞亚群及其功能的影响

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中国人兽共患病学报 2024年

作者：郑旭然邓冰清康雪娇李寅时阿比旦·艾尼瓦尔余倩孜比姑·肉素阿迪莱·多力坤王茂林王慧张传山李静新疆医科大学基础医学院新疆医科大学第一附属医院临床医学研究院省部共建中亚高发病成因与防治国家重点实验室新疆维吾尔自治区包虫病基础医学重点实验室新疆地区高发疾病研究教育部重点实验室(新疆医科大学) 新疆维吾尔自治区地方病分子生物学重点实验室

目的探究淋巴细胞活化基因-3（Lymphocyteactivationgene-3，LAG3）分子对泡球蚴感染小鼠肝脏B淋巴细胞亚群及其功能的影响。方法将野生型（C57-wild-type，WT）和LAG3基因敲除（LAG3-knockout，LAG3-KO）小鼠经肝门静脉注射泡球蚴原... 详细信息

目的探究淋巴细胞活化基因-3（Lymphocyteactivationgene-3，LAG3）分子对泡球蚴感染小鼠肝脏B淋巴细胞亚群及其功能的影响。方法将野生型（C57-wild-type，WT）和LAG3基因敲除（LAG3-knockout，LAG3-KO）小鼠经肝门静脉注射泡球蚴原头节，感染12周免疫组织化学染色观察小鼠肝脏CD19和α-SMA表达及定位，流式细胞术检测小鼠肝脏B细胞及其各亚群和表面CD80、CD86、MHC-Ⅱ分子的表达情况。结果泡球蚴感染12周小鼠肝脏LAG3-KO组CD19阳性区及面积占比略高于WT组，但差异均无统计学意义（t=-1.241、-1.237，P均>0.05）。α-SMA在LAG3-KO组阳性区及面积占比显著高于WT组（t=-3.224、-3.227，P均子的比例显著上调，差异具有统计学意义（t=-2.379、-3.321，P均子显著上调，且具统计学差异（t=-4.227，P子影响小鼠肝脏B细胞亚群及功能，并以B2型淋巴细胞尤为显著，LAG3对B细胞的活化以及MHC-Ⅱ类分子表达产生抑制作用，提示其可能参与泡球蚴感染下的B细胞耗竭。

关键词：泡球蚴淋巴细胞活化基因-3 B细胞 B细胞亚群

新疆哈萨克族原发性高血压患者外周血淋巴细胞微小RNA表达谱的生物信息学分析

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生理学报 2022年第5期74卷 751-762页

作者：王彦张亮杨瑞单莉娅王璐张莹莹李新芝马克涛石河子大学医学院新疆地方与民族高发病教育部重点实验室石河子832000 石河子大学医学院国家卫健委中亚高发病防治重点实验室石河子832000 石河子大学医学院生理学教研室石河子832000 石河子大学医学院病理生理学教研室石河子832000

本研究旨在探讨新疆哈萨克族原发性高血压患者和健康者外周血淋巴细胞中微小RNA(microRNA,miRNA)差异表达谱,为高血压的发生机制研究提供理论基础。将2016年4月至2019年5月新疆石河子大学医学院第一附属医院心内科住院部及门诊就诊的30... 详细信息

本研究旨在探讨新疆哈萨克族原发性高血压患者和健康者外周血淋巴细胞中微小RNA(microRNA,miRNA)差异表达谱,为高血压的发生机制研究提供理论基础。将2016年4月至2019年5月新疆石河子大学医学院第一附属医院心内科住院部及门诊就诊的30例哈萨克族原发性高血压患者作为高血压组,将30例哈萨克族健康者作为对照组。比较6个哈萨克族高血压患者与6个配对的正常血压者外周血淋巴细胞中miRNA表达谱,对差异表达的miRNA进行聚类、GSEA富集、靶基因预测和靶基因注释等生物信息学分析,并进行qRT-PCR验证。结果显示,与对照组相比,高血压组筛选出73个差异表达miRNA,其中39个miRNA表达上调,34个miRNA表达下调;通过GSEA富集分析共筛选出11个与高血压相关的miRNA,分别是hsamiR-100-5p、hsa-miR-150-5p、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-296-5p、hsa-miR-196b-5p、hsa-miR-503-5p、hsamiR-628-5p、hsa-miR-874-3p、hsa-miR-543、hsa-miR-940。通过qRT-PCR检验发现,与对照组相比,高血压组hsa-miR-100-5p、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-196b-5p、hsa-miR-503-5p、hsa-miR-628-5p、hsa-miR-543表达上调,hsamiR-150-5p、hsa-miR-296-5p、hsa-miR-874-3p、hsa-miR-940表达下调。基因芯片中的表达趋势和qRT-PCR验证结果一致。利用在线数据库对11个与高血压相关的miRNA进行预测,共预测出1647个靶基因;GO功能富集分析显示,在生物过程方面,高血压相关靶基因主要与神经系统发育、细胞定位、细胞代谢过程的调节、神经元的产生以及生物过程的正调控等方面相关;在细胞组成方面,主要与膜界细胞器、细胞质、细胞内膜结合的细胞器、突触部分、神经元部分、核质等相关;在分子功能方面,主要与蛋白质结合、转录调控区DNA结合、RNA聚合酶II调节区DNA结合、转录调节活性、离子结合等方面相关;KEGG富集分析显示p53信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号、cAMP信号通路、内分泌和其他因子调节的钙重吸收、mTOR信号通路、醛固酮调节的钠重吸收、TGF-β信号通路可能与高血压的发生和发展相关。以上结果提示,哈萨克族原发性高血压患者与健康者外周血淋巴细胞中miRNA表达存在差异,筛选出的miRNA可能与哈萨克族原发性高血压的发生和发展相关,其在高血压中的作用机制有待进一步探索验证。

关键词：高血压哈萨克族淋巴细胞 microRNA 表达谱生物信息学分析

干扰mTOR对HHV-8感染的神经细胞SH-SY5Y的增殖和迁移能力的影响

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中国皮肤性病学杂志 2022年第2期36卷 143-149页

作者：吴肇滏曹冬冬李英徐慧玲吴淑媛王晓露潘泽民李冬梅李冬妹石河子大学医学院生物化学教研室/新疆地方与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832002

目的研究干扰mTOR对人类疱疹病毒8(HHV-8)感染的神经细胞SH-SY5Y的增殖和迁移能力的影响。方法通过Western blot实验和qRT-PCR法验证HHV-8感染的SH-SY5Y神经细胞的mTOR表达水平。采用Lipofectamine 2000分别将si-mTOR与si-NC转染进KSHV感染的SH-SY5Y细胞中,采用Western blot和qRT-PCR技术检测转染效率;qRT-PCR检测HHV-8病毒相关因子LANA、RTA、K8.1的mRNA表达水平;采用CCK-8法和划痕实验检测细胞增殖和迁移能力;利用PI染色结合流式细胞术检测细胞周期;采用Western blot检测周期相关蛋白cyclin D1和p27的表达。结果Western blot和qRT-PCR结果显示HHV-8感染的SH-SY5Y细胞中mTOR的表达水平高于SH-SY5Y细胞(P子LANA、RTA、K8.1的表达水平均降低(P实验结果表明干扰mTOR组细胞增殖、迁移能力低于对照组(P<0.05)。流式细胞术结果提示干扰mTOR组的细胞周期阻滞在G0/G1期(P<0.05)。Western blot结果显示cyclin D1表达水平降低,p27表达水平升高(P<0.05)。结论干扰mTOR能够降低HHV-8感染的SH-SY5Y细胞的增殖和迁移能力,并将其细胞周期阻滞在G0/G1期,针对mTOR的靶向调控在治疗HHV-8感染引起的神经系统疾病有一定的作用。

关键词：人类疱疹病毒8(HHV-8) mTOR 神经细胞SY5Y 增殖迁移