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刚地弓形虫CDPK1蛋白结构与抗原表位的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2024年第9期19卷 1009-1013,1019页

作者：殷荷党甜甜李佳铭李光琪田婷婷吴赓赵志军宁夏医科大学总医院医学实验中心宁夏银川750004 宁夏临床病原微生物重点实验室宁夏医学检验临床医学研究中心宁夏医科大学临床医学院

目的对刚地弓形虫钙依赖性蛋白激酶1(Toxoplasma gondii Calcium-dependent protein kinases1,TgCDPK1)的蛋白结构及抗原表位进行分析,为弓形虫病疫苗的研制提供参考依据。方法在NCBI数据库中检索TgCDPK1蛋白的氨基酸序列,分别采用ProtP... 详细信息

目的对刚地弓形虫钙依赖性蛋白激酶1(Toxoplasma gondii Calcium-dependent protein kinases1,TgCDPK1)的蛋白结构及抗原表位进行分析,为弓形虫病疫苗的研制提供参考依据。方法在NCBI数据库中检索TgCDPK1蛋白的氨基酸序列,分别采用ProtParam、ProtScale、MotifyScan、TMHMM 2.0、SMART、SOPMA、Phyre2、IEDB、PSORT、STRING、PREDICTED ANTIGENIC PEPTIDES及SYFPEITHI在线分析网站预测TgCDPK1蛋白的氨基酸组成、理化性质、蛋白翻译后修饰位点、结构域、功能域、二级结构、三级结构、互作蛋白、抗原决定簇、B细胞抗原表位及T细胞抗原表位等。结果TgCDPK1蛋白由582个氨基酸组成,其分子式是C_(2898)H_(4573)N_(785)O_(888)S_(25),分子质量单位(Mr)为65.42142×10^(3),理论等电点为6.04,不稳定指数为36.980,脂溶性指数为79.91;该蛋白存在36个蛋白翻译后修饰位点;不含跨膜结构域,但含4个EF-手钙结合域及1个蛋白激酶结构域;蛋白二级结构中52.96%为α-螺旋,14.00%为延长链,7.90%为β-转角,35.05%为无规则卷曲;共含24个抗原决定簇,平均抗原倾向指数为1.0237;TgCDPK1蛋白抗原表位分布广泛,含有8个B细胞抗原表位、14个CTL细胞表位和12个Th细胞表位。结论TgCDPK1蛋白含有多种抗原表位,免疫原性高,可作为弓形虫病疫苗研制的候选蛋白。

关键词：刚地弓形虫钙依赖性蛋白激酶1 生物信息学分析免疫原性

1株伤口分离贪铜菌的分类鉴定及生物学特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第6期44卷 510-518页

作者：康世越邓晨晖陈晓慰林美莲屈平华周强广州中医药大学第二临床医学院广州510006 广州中医药大学第二临床医学院/广东省中医院麻醉科广州510006 重庆医科大学检验医学院重庆400016 广州中医药大学第二临床医学院/广东省中医院检验医学部广州510006

目的对从临床伤口标本中分离出的贪铜菌SZY C1进行形态学及分子生物学鉴定和分析,了解其微生物学特性及明确分类学地位。方法将菌株SZY C1复苏培养后,依次进行形态学、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序、全基因组测序,并应用生物信息学... 详细信息

目的对从临床伤口标本中分离出的贪铜菌SZY C1进行形态学及分子生物学鉴定和分析,了解其微生物学特性及明确分类学地位。方法将菌株SZY C1复苏培养后,依次进行形态学、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序、全基因组测序,并应用生物信息学软件对其基因组和毒力基因进行分析。结果菌株SZY C1为不发酵糖革兰阴性菌,菌体无鞭毛、不形成芽孢,可在哥伦比亚血琼脂平板上培养24 h呈现灰白色、圆形、突起、不透明、边缘整齐的菌落。基于16S rRNA基因序列分析结果显示,菌株SZY C1与耐金属贪铜菌(Cupriavidus metallidurans)的相似度为98.52%。菌株SZY C1测得基因组大小为5515517 bp,G+C含量为67.87%,全基因系统发育分析显示,菌株SZY C1与根际贪铜菌亲缘化关系最近,两者之间平均核苷酸一致性值84.76%,数字DNA-DNA杂交值为29.1%,低于原核生物物种的鉴定阈值。基因预测显示菌株SZY C1携带多种毒力基因、耐药基因和抗重金属基因。结论根据表型和基因组分析,菌株SZY C1为贪铜菌属中潜在的新种。

关键词：贪铜菌属菌种鉴定全基因组测序

第三腰椎骨骼肌质量指数对炎症性肠病患者药物治疗的影响

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中华临床营养杂志 2024年第2期32卷 105-112页

作者：刘洋房昌星乔英田玲琳山西医科大学第一临床医学院太原030001 山西医科大学影像学系太原030001 山西医科大学第一医院CT影像科太原030001 山西医科大学第一医院消化内科太原030001

目的研究以第三腰椎骨骼肌质量指数(the third lumbar skeletal muscle index,L3-SMI)定义肌少症,调查其在炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)人群中的患病率,探讨肌少症对于IBD患者药物治疗的影响。方法回顾分析山西医科大学... 详细信息

目的研究以第三腰椎骨骼肌质量指数(the third lumbar skeletal muscle index,L3-SMI)定义肌少症,调查其在炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)人群中的患病率,探讨肌少症对于IBD患者药物治疗的影响。方法回顾分析山西医科大学第一医院2018年12月至2022年12月住院治疗的230例IBD患者的基线腹部CT图像获取L3-SMI,行受试者工作特征曲线分析获取最优截断值定义肌少症。IBD组包括溃疡性结肠炎患者164例,克罗恩病患者66例,纳入正常对照组100例。收集体重指数(body mass index,BMI)、白蛋白、前白蛋白和疾病活动度、治疗药物等临床资料和生化指标,随访结局包括基线药物治疗方案优化、使用新的生物制剂或联合药物治疗。采用多变量Logistic回归分析,筛选影响药物治疗升级的危险因素,构建列线图,并评价其对IBD患者药物治疗升级的预测能力。结果研究中,IBD组肌少症患病率39.6%,其中溃疡性结肠炎患者肌少症患病率36.0%,克罗恩病患者肌少症患病率48.5%。IBD患者营养不良(BMI检验表明,该模型的预测值与实际测量值具有良好的一致性(χ^(2)=11.906,P=0.156);绘制决策曲线表明,预测模型有一定的临床效益。结论肌少症在IBD患者中普遍存在,与IBD患者药物治疗升级有关。

关键词：炎症性肠病肌肉减少症第三腰椎骨骼肌质量指数药物治疗

巴西苏木素通过抑制SarA以PIA依赖性方式减少MRSA生物膜形成的研究

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中国抗生素杂志 2024年第5期49卷 527-534页

作者：李明哲杨智芳周小仙刘和兰黎瑞周永雯陈泽慧遵义医科大学附属医院医学检验科遵义563003 遵义医科大学检验医学院遵义563006 遵义医科大学第二附属医院遵义563000

目的探究巴西苏木素(brazilin,BN)抑制耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)生物膜形成的机制,为开展中医药防治MRSA感染提供新思路。方法建立MRSA ATCC43300菌株生物膜模型,试验分为BN 8、16... 详细信息

目的探究巴西苏木素(brazilin,BN)抑制耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)生物膜形成的机制,为开展中医药防治MRSA感染提供新思路。方法建立MRSA ATCC43300菌株生物膜模型,试验分为BN 8、16和32μg/mL组及对照组;通过结晶紫法测定BN对MRSA生物膜的抑制作用;刚果红平板法、硫酸-苯酚法检测BN对细胞间多糖黏附素(polysaccharide intercellular adhesion,PIA)合成的影响;使用real-time PCR(qRT-PCR)方法验证胞间黏附素操纵子icaA和icaD转录水平;分析高通量转录组测序可能存在的生物膜抑制基因;通过qRT-PCR、Western blot方法对相关基因及蛋白加以验证;通过皮下埋植静脉导管建立MRSA生物膜感染小鼠模型进一步验证BN疗效。结果与对照组相比,不同浓度的BN组均能显著减少MRSA生物膜及PIA生成,其中在最低剂量8μg/mL BN作用下,MRSA生物膜形成量下降40.17%(P<0.01)、PIA减少55.56%(P<0.01);通过qRT-PCR验证不同浓度的BN组均能显著抑制icaA和icaD基因的表达,其中在8μg/mL浓度下,icaA和icaD基因的表达量分别比对照组降低了59.03%(P<0.01)、48.33%(P<0.05);高通量测序显示sarA下调-1.458 log2;qRTPCR、Western blot结果显示,BN能显著抑制sarA转录及其蛋白表达;通过体内实验显示,BN能有效抑制小鼠体内MRSA生物膜的形成。结论 BN通过抑制SarA的表达,减少PIA的合成,进而干预生物膜的形成。

关键词：巴西苏木素耐甲氧西林金黄色葡萄球菌生物膜 PIA sarA

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甲状腺乳头状癌杨氏模量平均值与组织病理特征的相关性研究

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中华肿瘤杂志 2024年第2期46卷 127-132页

作者：苏莉莉康晓妍李雪婷李雅琴薛继平李慧展张燕霞山西白求恩医院(山西医学科学院同济山西医院)山西医科大学第三医院超声科太原030032 山西白求恩医院(山西医学科学院同济山西医院)山西医科大学第三医院病理科太原030032

目的探讨影响甲状腺乳头状癌(PTC)病灶硬度的组织病理因素。方法选取2019年1月至2020年12月在山西白求恩医院经手术病理证实的PTC患者96例, 结节101个。术前行二维超声和实时剪切波弹性成像(SWE)检查, 并测量PTC结节的杨氏模量平均值(Em... 详细信息

目的探讨影响甲状腺乳头状癌(PTC)病灶硬度的组织病理因素。方法选取2019年1月至2020年12月在山西白求恩医院经手术病理证实的PTC患者96例, 结节101个。术前行二维超声和实时剪切波弹性成像(SWE)检查, 并测量PTC结节的杨氏模量平均值(Emean)。术后对PTC结节进行组织病理检测, 包括病灶大小、数量、钙化类型、有无被膜及被膜外侵犯、纤维化程度、微血管密度、肿瘤细胞数量。分析病灶大小、纤维化程度、微血管密度、肿瘤细胞数量与Emean的相关性, 比较不同病灶数量、有无被膜及被膜外侵犯、不同病理钙化类型间PTC结节的Emean, 采用多元线性回归分析评估影响Emean的组织病理因素。结果 101个PTC结节病灶大小为(1.29±0.95)cm, 纤维化程度为(30.64±18.37)%, 微血管密度为(101.64±30.7)条/高倍视野, PTC肿瘤细胞数量为(373.52±149.87)个/高倍视野, Emean为(36.47±19.62)kPa。相关分析显示, PTC病灶大小、纤维化程度与Emean呈正相关(r=0.660, P<0.001;r=0.789, P<0.001), PTC微血管密度与Emean呈负相关(r=-0.198, P=0.047)。有被膜及被膜外侵犯组Emean高于无被膜及被膜外侵犯组(P=0.014), 不同病理钙化类型的Emean差异有统计学意义(P=0.001)。多元线性回归分析显示, 病灶大小(β=0.325, P<0.001)、纤维化程度(β=0.563, P<0.001)、砂砾体(β=0.177, P=0.001)、基质钙化(β=0.164, P=0.003)、砂砾体基质混合钙化(β=0.163, P=0.003)对Emean的影响有统计学意义, 其中纤维化程度影响最大。结论 PTC病灶的Emean与组织病理特征有关, 病灶大小、纤维化程度及钙化均对Emean有明显影响, 其中纤维化程度影响最大。

关键词：甲状腺乳头状癌剪切波弹性成像杨氏模量平均值组织病理特征

采用综合营养管理的干预模式对妊娠期糖尿病患者糖脂代谢及妊娠结局的影响研究

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中华临床营养杂志 2024年第1期32卷 8-14页

作者：张晨霞晋聪聪尉小芳崔献梅陈晓琴刘师伟山西白求恩医院、山西医学科学院、山西同济医院、山西医科大学第三医院内分泌科太原030032 山西白求恩医院、山西医学科学院、山西同济医院、山西医科大学第三医院妇产科太原030032

目的探讨采用综合营养管理的干预模式对妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus,GDM)患者糖脂代谢及妊娠结局的影响。方法选取2022年2月至2023年3月山西白求恩医院收治的104例GDM患者,依照随机数字表法分为对照组和试验组,每组各5... 详细信息

目的探讨采用综合营养管理的干预模式对妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus,GDM)患者糖脂代谢及妊娠结局的影响。方法选取2022年2月至2023年3月山西白求恩医院收治的104例GDM患者,依照随机数字表法分为对照组和试验组,每组各52例。对照组实施住院常规管理措施与营养指导,试验组在常规管理基础上实施采用综合营养管理的干预模式。比较干预前后两组的糖脂代谢指标(糖化血红蛋白、空腹血糖、餐后2 h血糖、总胆固醇、甘油三酯、低密度脂蛋白胆固醇)、妊娠结局情况、自我管理能力及自我效能指标。结果干预前两组一般情况、糖脂代谢指标、自我管理能力、自我效能等差异无统计学意义(P>0.05);干预后,试验组糖脂代谢指标水平明显低于对照组,差异有统计学意义(P临床应用及推广价值。

关键词：妊娠期糖尿病综合营养管理营养干预糖脂代谢妊娠结局

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急性肝卟啉病的治疗进展

临床肝胆病杂志 2024年第4期40卷 828-833页

作者：雷佳佳李霜董白雪杨静任毅山西医科大学第一临床医学院太原030001 山西医科大学第一医院内分泌科太原030001

急性肝卟啉病(AHP)是一种血红素代谢异常的罕见病,近年来对该病的治疗有了突破。除常规治疗外,本文重点综述了AHP的新疗法,这些治疗正处于初步应用于临床,或仍在研究阶段,包括RNAi疗法、酶替代疗法、DNA或mRNA的基因增补、药物分子伴侣... 详细信息

急性肝卟啉病(AHP)是一种血红素代谢异常的罕见病,近年来对该病的治疗有了突破。除常规治疗外,本文重点综述了AHP的新疗法,这些治疗正处于初步应用于临床,或仍在研究阶段,包括RNAi疗法、酶替代疗法、DNA或mRNA的基因增补、药物分子伴侣和降低血红素合成的甘氨酸转运体抑制剂等。另外,本文对AHP相关的低钠血症、可逆性后部脑病综合征等合并症、并发症的治疗也进行了综述。我国对于AHP的治疗主要以高糖输注为主,我国诊断水平的提升及对罕见病的关注度增加,促进了AHP的诊治发展,有望今后能够探索更多适宜于我国人群的AHP的治疗方法。

关键词：卟啉病,肝血红素治疗学

脓毒症相关ARDS患者BMP9表达及其在疾病早期识别及预后预测中的作用

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中华急诊医学杂志 2024年第2期33卷 186-192页

作者：孙媛李筱妍张丽中王琳山西医科大学第三医院、山西白求恩医院、同济山西医院呼吸与危重症医学科太原030032 上海市浦东新区周浦医院、上海健康医学院附属周浦医院呼吸与危重症医学科上海201318 山西医科大学第三医院、山西白求恩医院、同济山西医院检验科太原030032

目的观察脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)患者骨形态发生蛋白9(bone morphogenetic protein 9,BMP9)表达水平,探讨BMP9在脓毒症相关ARDS早期识别及预后预测中的作用。方法选取山西白求恩医院2... 详细信息

目的观察脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)患者骨形态发生蛋白9(bone morphogenetic protein 9,BMP9)表达水平,探讨BMP9在脓毒症相关ARDS早期识别及预后预测中的作用。方法选取山西白求恩医院2022年5月至2023年5月收治的脓毒症相关ARDS患者56例作为ARDS组,心源性肺水肿患者49例作为病例对照组,同期于本院体检中心进行健康体检的成人46名作为健康对照组。追踪随访ARDS组患者28 d的转归情况,分为存活组26例和死亡组30例。分析比较各组受试者血清BMP9表达水平及其与临床指标的相关性,采用Logistic回归分析脓毒症相关ARDS发病的危险因素,并对相关指标进行诊断效能及预后预测价值分析。结果脓毒症相关ARDS组患者血清BMP9水平[1401.14(856.59,1982.86)pg/mL]高于病例对照组(438.26±128.52)pg/mL及健康对照组(398.96±96.55)pg/mL,差异有统计学意义(P<0.01)。而且BMP9表达与炎症指标降钙素原、淋巴细胞计数及疾病严重程度序贯器官衰竭评分(sequential organ failure assessment,SOFA)均显著相关(P<0.05,P<0.01)。采用多因素Logistic回归分析显示,BMP9是脓毒症相关ARDS发病的高危因素(P<0.01)。绘制受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC),BMP9预测脓毒症相关ARDS发生的ROC曲线下面积(area under the ROC curve,AUC)为0.930,特异度为100.0%,敏感度为80.4%,明显高于氧合指数的特异度(89.8%)和敏感度(67.9%)。追踪随访并比较脓毒症相关ARDS不同预后患者BMP9水平,发现相较于存活组,死亡组患者BMP9表达水平更高,差异有统计学意义(P<0.05)。绘制ROC曲线,分析BMP9在脓毒症相关ARDS患者预后预测中的作用,ROC曲线下面积为0.699,敏感度为43.3%,特异度为100.0%。结论脓毒症相关ARDS患者BMP9表达明显升高,而且其高表达与炎症指标降钙素原、淋巴细胞计数及疾病严重SOFA评分呈显著相关性。BMP9是脓毒症相关ARDS患者发病的独立危险因素,有希望作为早期识别脓毒症相关ARDS的新型生物标志物,但其对疾病预后并没有显示很好的预测作用。

关键词： BMP9 脓毒症急性呼吸窘迫综合征早期识别预后预测发病危险因素病情评估

多参数流式细胞术检测人骨髓标本中非肿瘤性异常细胞表型研究

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中华检验医学杂志 2024年第7期47卷 740-746页

作者：陈曼王榕周静傅旻婧赵玮同格乐王爱先宫美维王卉河北燕达陆道培医院检验科廊坊065201 贵州医科大学检验医学院临床微生物与免疫学教研室贵阳550000 北京陆道培医院病理与医学检验科北京100176

目的:分析多参数流式细胞术(MFC)检测骨髓标本中非肿瘤性异常表型相关疾病,包括意义不明的单克隆免疫球蛋白血症(MGUS)、单克隆B细胞增多症(MBL)、Fcγ受体Ⅲ类B(FcγRⅢB)缺失、CD36缺失等的表型特征。方法:回顾性观察性研究。选取2020... 详细信息

目的:分析多参数流式细胞术(MFC)检测骨髓标本中非肿瘤性异常表型相关疾病,包括意义不明的单克隆免疫球蛋白血症(MGUS)、单克隆B细胞增多症(MBL)、Fcγ受体Ⅲ类B(FcγRⅢB)缺失、CD36缺失等的表型特征。方法:回顾性观察性研究。选取2020年1月3日至2024年3月31日于河北燕达陆道培医院进行骨髓白血病/淋巴瘤一步法MFC筛查肿瘤性疾病的24 864例患者。收集患者一般临床资料以及MFC结果。根据年龄分为<45岁组(11 495例)、45~<60岁组(5 322例)、≥60岁组(7 081例);按疾病性质分为良性疾病组(8 336例)、恶性疾病组(15 562例)、其他组(966例)。分析各组骨髓标本中非肿瘤性异常表型的发生情况。结果:MGUS、MBL、FcγRⅢB缺失、CD36缺失的发生率分别为0.072%(18/24 864)、0.511%(127/24 864)、0.221%(55/24 864)、0.004%(1/24 864)。恶性疾病组MBL的发病率低于良性疾病组( P<0.001),MGUS的发病率高于良性疾病组( P=0.034)。良性疾病组中各疾病类型的MBL发生率比较,差异有统计学意义( P<0.001),其中全血细胞减少患者中MBL发生率最高为2.72%(48/1 765);恶性疾病组中,各疾病类型的MBL、MGUS发生率比较,差异均有统计学意义( P均<0.001),其中骨髓增生异常综合征/骨髓增殖性疾病患者发生率均最高,分别为1.95%(3/154)、1.30%(2/154)。结论:应用MFC进行白血病/淋巴瘤一步法检测的非肿瘤性异常细胞表型特征存在一定差异,对疾病的筛查具有一定的借鉴意义。

关键词：流式细胞术意义不明的单克隆免疫球蛋白血症单克隆B细胞增多症 Fcγ受体Ⅲ类B缺失