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基于网络药理学和分子对接研究红花黄色素延缓衰老的作用机制

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牡丹江医学院学报 2024年第2期45卷 1-9页

作者：金雪刘梓璇刘洋桂金秋唐小云石学魁牡丹江医学院病原生物学教研室黑龙江牡丹江157011

目的使用网络药理学和分子对接方法探究红花黄色素延缓衰老作用。方法利用PubChem、PharmMapper、SwissTargetPrediction和TargetNet数据库查询红花黄色素相关基因;借助Uniprot数据库查询红花黄色素化合物对应基因名称;Cytoscape 3.9.0... 详细信息

目的使用网络药理学和分子对接方法探究红花黄色素延缓衰老作用。方法利用PubChem、PharmMapper、SwissTargetPrediction和TargetNet数据库查询红花黄色素相关基因;借助Uniprot数据库查询红花黄色素化合物对应基因名称;Cytoscape 3.9.0构建化合物-靶点网络;通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET和DrugBank数据库筛选衰老相关基因;取交集获取红花黄色素-衰老共同基因;利用R软件(clusterProfiler包)和微生信平台对交集靶点基因进行GO和KEGG通路富集分析;采用Cytoscape 3.9.0软件进行化合物-靶点-通路网络构建与可视化分析;绘制蛋白互作(protein proteininteraction,PPI)网络并获取核心基因;通过TRRUST和MetaScape数据库进行转录因子及相关调控基因富集;利用LeDock和PyMOL软件对化合物与核心靶点基因行分子对接;最后,利用DisGeNET数据库获取靶点类型信息。结果得到386个红花黄色素作用相关基因,913个衰老相关基因,两者交集靶点共71个。富集分析显示共涉及129条信号通路及1519种生物过程、107种分子功能、71种细胞组分;靶点主要涉及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、癌症蛋白聚糖通路、MAPK信号通路,获得STAT3、PIK3CA、TP53、EP300、VEGFA、EGFR、PTPN11、JUN、CCND1和PTPN110个节点基因、53个相关转录因子;分子对接显示,红花黄色素4种化合物SYA、SYB、HSYA、AHSYB与核心靶点之间均具有稳定的结合能力;作用靶点类型主要涉及激酶、转录因子、信号分子、核酸结合蛋白、酶调制器等类型。结论红花黄色素抗衰老的作用是多靶点和多途径的,与衰老相关靶点共有71个交集靶基因,对这些靶基因进行GO功能富集分析,发现红花黄色素延缓衰老的基因功能;并进行KEGG通路富集分析,发现红花黄色素延缓衰老是一个多重复杂的过程,并且通过调节多个信号通路共同发挥作用。这为实验室及临床进一步探究药物抗衰老作用的机制提供了一定依据。

关键词：红花黄色素衰老网络药理学分子对接信号通路

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没食子酸与氯硝柳胺联合灭螺作用研究

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第2期42卷 251-258页

作者：郑涛刘佳豪李彬李佳珊聂娟熊涛湖南中医药大学医学院病原生物学教研室长沙410006

目的本研究旨在探讨具有交替氧化酶(AOX)抑制活性的中药单体分子没食子酸和氯硝柳胺的联合灭螺效果及其灭螺机制。方法阴性钉螺采自湖北省公安县,随机分为7组,空白对照组(H_(2)O),实验组分别为氯硝柳胺(N1组:0.06 mg/L,N2组:0.1 mg/L)... 详细信息

目的本研究旨在探讨具有交替氧化酶(AOX)抑制活性的中药单体分子没食子酸和氯硝柳胺的联合灭螺效果及其灭螺机制。方法阴性钉螺采自湖北省公安县,随机分为7组,空白对照组(H_(2)O),实验组分别为氯硝柳胺(N1组:0.06 mg/L,N2组:0.1 mg/L)和没食子酸(G1组:0.8 g/L,G2组:1.6 g/L)单独使用,及联合使用(M1组:0.06 mg/L氯硝柳胺+0.8 g/L没食子酸,M2组:0.06 mg/L氯硝柳胺+1.6 g/L没食子酸)。检测各组钉螺经药物浸杀12、24和48 h后的存活率,液氮包埋后切片并染色,光学显微镜下观察并定量分析,检测钉螺软体切片中细胞色素C氧化酶(CCO)和乳酸脱氢酶(LDH)的相对酶活力值,以平均光密度值表示。钉螺匀浆后离心、取上清,DCFH-DA探针共孵育,用BCA蛋白定量试剂盒测定总蛋白含量,多功能酶标仪检测荧光强度,ROS值以样品测得的荧光强度(FI)除以蛋白质浓度(μg)的值表示,用总超氧化物歧化酶(SOD)活性检测试剂盒测定SOD水平。钉螺死亡率的差异分析采用卡方检验;CCO活性和氧化应激水平的数据用Levene’s Test确定方差齐性后,用Tukey HSD的多重比较方法进行不同组间的两两比较。结果G1和G2组浸杀后未表现出显著的灭螺效应。M1组和M2组在浸杀48 h后的钉螺死亡率分别达到70.0%(56/80)和84.2%(101/120),均高于N1组(44.4%,32/72)(χ2=9.13、32.52,均P0.05)。N1和N2组钉螺的LDH活性呈下降趋势;M1组和M2组钉螺体内CCO和LDH活性均降低(均P<0.05),48 h后M1组的LDH活性在肌肉组织和肝脏分别为0.152±0.002和0.172±0.016,CCO活性分别为0.180±0.022和0.335±0.014;M2组的LDH活性为0.166±0.008和0.173±0.022,CCO活性为0.199±0.009和0.294±0.015,与空白对照组LDH活性(0.229±0.006和0.227±0.010)、CCO活性(0.259±0.008和0.428±0.024)的差异均有统计学意义(均P<0.05)。M1组在处理后24 h的SOD活性为(5.56±0.91)UI/g,高于空白对照组的(5.26±0.08)UI/g(P<0.05);M2组的SOD活性在处理后12、24和48 h呈现先升高后降低的趋势[(2.40±0.45)、(8.14±0.15)、(1.60±0.21)UI/g],与空白对照组在相应时间点的(3.54±0.94)、(5.26±0.08)、(5.10±0.87)UI/g相比,变化趋势显著(均P<0.05)。M1组在处理后24 h和48 h的ROS水平分别为(1619.00±168.25)FI/μg和(1866.65±211.79)FI/μg,M2组在48 h后的ROS水平达到(2451.29±195.91)FI/μg,均高于空白对照组在相应时间点的(802.37±114.69)、(1393.81±86.12)FI/μg(均P<0.05)。结论没食子酸显著增强了低浓度氯硝柳胺的灭螺效果,其灭螺机制为通过阻断AOX的代偿上调,进一步加重了钉螺能量代谢失衡和氧化应激压力。

关键词：湖北钉螺没食子酸氯硝柳胺灭螺效果葡萄糖代谢酶活性氧化应激水平

免疫相关基因在阿尔茨海默病中的作用研究进展

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中华神经医学杂志 2024年第1期23卷 78-82页

作者：贾丽娜朱晓峰尹昌浩牡丹江医学院研究生院牡丹江157011 牡丹江医学院附属红旗医院神经内科黑龙江省缺血性脑卒中防治重点实验室牡丹江157011

近年来免疫系统被认为与阿尔茨海默病(AD)的发生发展密切相关,全基因组关联研究目前已确定了许多与免疫反应、小胶质细胞相关的AD风险基因。本文现以免疫相关的AD风险基因为对象,围绕其生物学功能及在AD中的可能作用进行综述,以期为AD... 详细信息

近年来免疫系统被认为与阿尔茨海默病(AD)的发生发展密切相关,全基因组关联研究目前已确定了许多与免疫反应、小胶质细胞相关的AD风险基因。本文现以免疫相关的AD风险基因为对象,围绕其生物学功能及在AD中的可能作用进行综述,以期为AD的早期防治提供新的科学依据。

关键词：阿尔茨海默病免疫相关基因免疫反应小胶质细胞

2022—2023年承德市呼吸道合胞病毒的暴发流行及其临床特征研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第2期44卷 155-161页

作者：马倩格高姝畅郭心悦严梦瑶户祖熙谢广成李涛承德医学院第二临床学院儿科承德067000 承德医学院病原生物学教研室承德067000

目的确定呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)在承德市的流行情况及临床特征。方法收集2022年8月—2023年6月因呼吸道感染在承德市中心医院儿科住院治疗的患儿咽拭子478份及其临床信息,实时定量PCR检测A亚型和B亚型RSV的... 详细信息

目的确定呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)在承德市的流行情况及临床特征。方法收集2022年8月—2023年6月因呼吸道感染在承德市中心医院儿科住院治疗的患儿咽拭子478份及其临床信息,实时定量PCR检测A亚型和B亚型RSV的分子流行情况,对RSV感染患者的临床特征进行分析。结果67.57%(323/478)的住院患儿为RSV阳性,RSV呈暴发流行且均为RSV-A型,2022年11—12月和2023年5—6月为RSV-A型的2次感染高峰。RSV-A型阳性患儿中,86.07%(278/323)为合并其他病原体检出病例,其中与细菌共检出的例数最多,以肺炎链球菌为主,肺炎克雷伯菌次之。流感病毒A型是最常见的共检出病毒。与RSV-A型共检出患儿组相比,RSV-A型单独检出组的乳酸脱氢酶(Z=2.396,P=0.017)较高,且高于正常高值;RSV-A型共检出组的白细胞计数(Z=2.417,P=0.016)、中性粒细胞比例(Z=3.218,P=0.001)、C-反应蛋白(Z=1.998,P=0.046)和肌酐(Z=2.107,P=0.035)较高,淋巴细胞比例(Z=3.205,P=0.001)较低,但位于正常值范围。RSV-A型合并检出细菌或其他病毒的患儿临床特征无差异(P均>0.05)。结论RSV-A型是承德市2022—2023年呼吸道感染患儿的主要病原体,且多与细菌共检出。RSV-A型检测阳性患儿的临床特征与RSV-A型是否合并其他呼吸道病原体情况相关。

关键词：呼吸道合胞病毒流行特征临床特征儿童

鲍曼不动杆菌Ⅵ型分泌系统功能蛋白的研究及应用新进展

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微生物学报 2024年第2期64卷 391-407页

作者：王海蓉宁年智王慧牡丹江医学院公共卫生学院黑龙江牡丹江157011 军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全全国重点实验室北京100071

细菌Ⅵ型分泌系统(typeⅥsecretion system,T6SS)作为一个动态多蛋白复合体,各元件之间分工明确,转运各种效应蛋白作用于竞争细菌获得自我生长优势。鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii,Ab)通过T6SS介导细菌在微生物群落中的竞争能力... 详细信息

细菌Ⅵ型分泌系统(typeⅥsecretion system,T6SS)作为一个动态多蛋白复合体,各元件之间分工明确,转运各种效应蛋白作用于竞争细菌获得自我生长优势。鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii,Ab)通过T6SS介导细菌在微生物群落中的竞争能力,影响其耐药进化、宿主侵袭感染等过程。其中,缬氨酸-甘氨酸-精氨酸G蛋白三聚体(valine-glycine repeat protein G,VgrG)、脯氨酸-丙氨酸-丙氨酸-精氨酸重复序列蛋白(proline-alanine-alanine-arginine,PAAR)、溶血素共调节蛋白(hemolysin-coregulated protein,Hcp)和效应-免疫(effector-immunity,E-I)对发挥着关键作用。有关T6SS的研究总结虽然很多,但是鲜有文章系统概述其临床应用前景,因为这对T6SS功能蛋白的鉴定、特性、转运机制等基础研究的进展提出了挑战。本文通过综述鲍曼不动杆菌中T6SS的分布、主要功能蛋白的特性及转运机制的研究进展,结合T6SS的应用案例,提供其应用的可行性证据。以期进一步推动鲍曼不动杆菌Ⅵ型分泌系统基因和功能的研究,为开发新型抗感染疫苗、筛选合适的靶点抑制剂及生产工程化药物递送工具提供新的思路。

关键词：鲍曼不动杆菌 Ⅵ型分泌系统缬氨酸-甘氨酸-精氨酸G蛋白三聚体脯氨酸-丙氨酸-丙氨酸-精氨酸重复序列蛋白溶血素共调节蛋白效应-免疫对

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不同血清型肉毒毒素受体结合域研究进展

微生物学报 2024年第7期64卷 2172-2193页

作者：尹凡铭朱晨思李涛王慧牡丹江医学院公共卫生学院黑龙江牡丹江157011 军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全全国重点实验室北京100071

肉毒毒素(botulinum neurotoxin,BoNT)是人类已知毒性最强的蛋白质之一,可以引起肌肉松弛麻痹,严重时可导致死亡。肉毒毒素共分为7种血清型(Bo NT/A-Bo NT/G),根据氨基酸序列差异可进一步分为40多种亚型。肉毒毒素分子结构由3个基本结... 详细信息

肉毒毒素(botulinum neurotoxin,BoNT)是人类已知毒性最强的蛋白质之一,可以引起肌肉松弛麻痹,严重时可导致死亡。肉毒毒素共分为7种血清型(Bo NT/A-Bo NT/G),根据氨基酸序列差异可进一步分为40多种亚型。肉毒毒素分子结构由3个基本结构域组成:重链羧基端细胞受体结合域、氨基端的易位域和轻链催化域。在运动神经元表面,受体结合域首先与聚唾液酸神经节苷脂结合,随后与突触囊泡蛋白2或突触囊泡结合蛋白结合形成双受体复合物。每种血清型的受体结合域都必须与其相应受体结合才能发挥作用。肉毒毒素的结构功能及其对宿主的作用一直都是研究热点。近年来,因受体结合域可以促进肉毒毒素与运动神经元膜特异性结合,而成为新的研究方向。本综述将概述不同血清型肉毒毒素与受体结合过程中受体结合域结构变化和结合位点差异。通过分析不同血清型及亚型的序列以及受体结合域结构特征,可以更好地了解细胞受体结合域的序列差异和功能,并为肉毒毒素的治疗策略提供新思路。

关键词：肉毒毒素受体结合域神经节苷脂突触囊泡蛋白2 突触囊泡结合蛋白

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结核病蛋白亚单位疫苗佐剂研究进展

中华微生物学和免疫学杂志 2024年第6期44卷 489-500页

作者：周帅牛红霞浙江中医药大学基础医学院病原生物与免疫学教研室杭州310053

结核病是由结核分枝杆菌感染引起的全球传染病,是导致人类死亡的十大主要原因之一。卡介苗(BCG)是目前唯一临床应用的结核病疫苗,但其对成人结核病的保护作用不明确。在结核病新型疫苗中,蛋白亚单位疫苗因其成分明确、安全性高的特点,... 详细信息

结核病是由结核分枝杆菌感染引起的全球传染病,是导致人类死亡的十大主要原因之一。卡介苗(BCG)是目前唯一临床应用的结核病疫苗,但其对成人结核病的保护作用不明确。在结核病新型疫苗中,蛋白亚单位疫苗因其成分明确、安全性高的特点,且具有强化BCG效应的优势,近年来备受关注。然而,亚单位结核病疫苗中的蛋白抗原所诱导的免疫应答较弱,通常需要佐剂辅助以增强其免疫效果。本综述旨在关注结核病疫苗新制剂中使用的各类佐剂(包括已进入临床试验阶段和尚处于临床前开发阶段的佐剂),对各类佐剂的优缺点及可应用性进行客观评价,并指出目前佐剂研究中存在的问题及未来的研究方向。

关键词：结核病亚单位疫苗佐剂中药佐剂

抗大别班达病毒人源单克隆抗体Fab片段的噬菌体展示文库构建

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中国病原生物学杂志 2024年第11期19卷 1251-1254,1259页

作者：徐家馨王静静王琳徐睿杰吴玉龙李波清乔媛媛滨州医学院基础医学院病原生物学教研室山东烟台264003

目的构建具有潜在中和活性的人源抗大别班达病毒(SFTSV)抗体Fab片段的噬菌体展示文库。方法从具有交叉中和活性的SFTS恢复期患者血液样本中分离外周血单个核细胞(PBMC)并提取总RNA,逆转录PCR得到cDNA。以cDNA为模板进行第一轮PCR扩增,... 详细信息

目的构建具有潜在中和活性的人源抗大别班达病毒(SFTSV)抗体Fab片段的噬菌体展示文库。方法从具有交叉中和活性的SFTS恢复期患者血液样本中分离外周血单个核细胞(PBMC)并提取总RNA,逆转录PCR得到cDNA。以cDNA为模板进行第一轮PCR扩增,分别获得抗体重链可变区(VH)和轻链可变区(Vκ和Vλ)序列。以pComb3XTT、pComb3Xλ质粒为模板,分别获得抗体重链恒定区(CH1)和轻链恒定区(Cκ、Cλ)序列。第二轮通过重叠延伸PCR(SOE-PCR)扩增VH和CH1得到Fd重链,同样扩增Vκ和Cκ、Vλ和Cλ得到完整的κ和λ抗体轻链。第三轮以上述扩增产物为模板再次进行SOE-PCR,得到完整的抗体Fab基因片段。将Fab基因片段插入到pComb3XSS噬菌粒中,构建噬菌体展示抗体文库。结果通过三轮PCR扩增出抗体Fab片段的序列,成功构建库容量为1.875×10^(9)的噬菌体展示抗体文库。结论利用具有交叉中和活性的SFTS恢复期患者血源建立了人源抗SFTSV Fab片段的噬菌体展示抗体文库,为下一步筛选特异性单克隆中和抗体建立了可靠的前期基础。

关键词： SFTSV 噬菌体展示抗体文库库容量人源单克隆抗体

CDK1在乳腺癌组织的表达特征及对乳腺癌细胞增殖凋亡的影响

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热带医学杂志 2024年第6期24卷 807-814,F0004页

作者：赵奇赵若晗范苗苗毕佳欣丁瑞杨倩宋洁于皓臣牡丹江医学院生物学教研室黑龙江牡丹江157011

目的研究细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)在乳腺癌中的表达特征及对乳腺癌细胞增殖和凋亡的影响,旨在评估CDK1是否可作为乳腺癌诊断、治疗的靶点。方法收集2009年3月-2019年3月牡丹江市肿瘤医院外科手术切除乳腺癌及癌旁组织65对。基... 详细信息

目的研究细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)在乳腺癌中的表达特征及对乳腺癌细胞增殖和凋亡的影响,旨在评估CDK1是否可作为乳腺癌诊断、治疗的靶点。方法收集2009年3月-2019年3月牡丹江市肿瘤医院外科手术切除乳腺癌及癌旁组织65对。基因表达谱数据动态分析(GEPIA)数据库分析CDK1在肿瘤组织和正常组织的差异表达;用免疫组化实验检测在乳腺癌和癌旁组织的磷酸化CDK1(p-CDK1)定位表达,并进行临床病理学参数的相关性分析;免疫荧光、蛋白印迹检测CDK1、p-CDK1在乳腺癌细胞(MCF-7、MDA-MB-231为人源乳腺腺癌上皮细胞系)的表达情况。将MCF-7细胞分为未转染野生组(MCF-7组)、转染阴性对照组(对照组)和转染CDK1 siRNA1、2、3组,进一步沉默CDK1表达后,细胞计数试剂盒-8(CCK8)实验、平板克隆实验、原位末端标记法实验综合分析乳腺癌细胞增殖能力和蛋白印迹检测肿瘤蛋白(TP53)、活化半胱胺酸蛋白酶蛋白-3(C-CASP3)、B-细胞淋巴瘤因子2(Bcl-2)、Bcl-2关联X蛋白(Bax)表达。结果 GEPIA数据库分析显示,CDK1表达水平在膀胱尿路上皮癌、宫颈鳞癌、结肠癌、食管癌、肺鳞癌和胸腺癌等肿瘤中均有上调趋势,差异均有统计学意义(P均0.05),与肿瘤直径差异有统计学意义(χ^(2)=5.659,P=0.017);p-CDK1在乳腺癌胞质的表达与年龄、肿瘤直径、组织学类型、组织学分级和淋巴结转移差异均无统计学意义(P均>0.05)。免疫荧光检测显示,CDK1、p-CDK1在MCF-7细胞中高表达。MCF-7中CDK1(1.46±0.12)和p-CDK1(1.37±0.10)的蛋白表达水平较MDA-MB-231[(0.27±0.05),(0.46±0.03)]高,差异均有统计学意义(t=15.794、15.646,P均0.05),CDK1 siRNA1组沉默效率最高,因此后续实验选择siRNA1沉默CDK1表达。CCK8结果显示,敲低CDK1后,CDK1 siRNA1组MCF-7细胞增殖能力(0.87±0.05)较对照组(1.48±0.08)明显下降,差异有统计学意义(t=11.199,P<0.01);平板克隆形成实验显示,CDK1 siRNA1组MCF-7细胞集落形成率[(37.00±1.50)%]较对照组[(64.00±1.00)%]明显降低,差异有统计学意义(t=18.706,P<0.01)。Western blot结果显示,与对照组比较,CDK1siRNA1组细胞凋亡率升高,Bax和C-CASP3蛋白表达上调,Bcl2蛋白表达下调,差异均有统计学意义(t=5.329、4.076、3.789、3.060,P均<0.05)。结论 CDK1、p-CDK1在乳腺癌组织相对表达水平上调,敲低CDK1抑制乳腺癌细胞增殖、促进细胞凋亡。CDK1可作为乳腺癌生长增殖能力评估的标记物。

关键词： CDK1 乳腺癌细胞增殖细胞凋亡