检索结果-南通市图书馆

中国烟草学报 2015年第2期21卷 105-110页

作者：吕婧刘贯山王卫锋王大伟孙玉合中国农业科学院烟草研究所/烟草行业烟草基因资源利用重点实验室山东青岛266101

综述了组织特异启动子的结构、表达调控模式以及生物学功能,重点阐述茄科作物特有启动子的应用和研究进展。对下一步利用启动子改良茄科作物前景进行了展望。

关键词：组织特异启动子茄科作物分子育种

基于高密度SSR连锁群的烟草致香物质关联分析

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中国烟草学报 2014年第4期20卷 88-93页

作者：任民张长静蒋彩虹程立锐贾兴华杨爱国中国农业科学院烟草研究所烟草行业烟草基因资源利用重点实验室青岛266101

烟叶致香物质是烤烟品质及香型风格的物质基础,是烟草品质改良的重点之一。采用气相色谱方法,对11份不同香型风格的烟草种质进行了52种致香成分的检测,同时采用1条高密度连锁群上的62个SSR位点对其进行了分子标记位点分型。通过标记-性... 详细信息

烟叶致香物质是烤烟品质及香型风格的物质基础,是烟草品质改良的重点之一。采用气相色谱方法,对11份不同香型风格的烟草种质进行了52种致香成分的检测,同时采用1条高密度连锁群上的62个SSR位点对其进行了分子标记位点分型。通过标记-性状关联分析,发掘到17种烟草致香物质的24个关联位点。大多数位点关联到了多种致香成分。对供试材料的连锁不平衡分析,发现该连锁群存在2个单倍型,单倍型tsHap1_1由位点52429和53840组成,未发现其与致香物质相关联;单倍型tsHap1_2由3个相邻的位点61443、52305和55052组成,总长度3.012cM,研究发现该单倍型与9种致香物质关联。本研究发掘的关联位点和单倍型,可用于烟草高香气育种分子标记辅助选择。

关键词：烟草致香物质分子标记关联分析单倍型

Beinhart1000-1抗赤星病基因的QTL定位

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中国烟草学报 2014年第2期20卷 104-107页

作者：高亭亭蒋彩虹罗成刚杨爱国程立锐代帅帅烟草行业烟草基因资源利用重点实验室、中国农业科学院烟草研究所青岛266101

为探索Beinhart1000-1的赤星病抗性遗传规律,以抗赤星病品种Beinhart1000-1为母本,感病品种G140为父本,构建F1及F2代群体,筛选与抗性基因紧密连锁的SSR标记,并进行抗性基因的QTL定位。结果表明,Beinhart1000-1的赤星病抗性由显性基因控... 详细信息

为探索Beinhart1000-1的赤星病抗性遗传规律,以抗赤星病品种Beinhart1000-1为母本,感病品种G140为父本,构建F1及F2代群体,筛选与抗性基因紧密连锁的SSR标记,并进行抗性基因的QTL定位。结果表明,Beinhart1000-1的赤星病抗性由显性基因控制。同时利用混合群体分组分析法,从2653对SSR引物中,得到83对在抗感池间表现多态且扩增条带稳定清晰的SSR标记。以F2代群体115个单株为作图群体,利用该83对引物进行扩增,经WinQTLCart2.5分析,构建了83个标记的遗传连锁图谱,获得2个抗赤星病QTL位点,分别位于7号和15号连锁群上。

关键词：烟草 Beinhart1000-1 赤星病 SSR QTL定位

MapGene2Chrom基于Perl和SVG语言绘制基因物理图谱

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遗传 2015年第1期37卷 91-97页

作者：晁江涛孔英珍王倩孙玉合龚达平吕婧刘贯山中国农业科学院烟草研究所烟草行业烟草基因资源重点实验室青岛266101

遗传图谱表现形式简洁明了,为分析遗传规律、克隆基因提供了便利。Gbrowse、MapViewer等工具虽然能够协助研究人员绘制相似形式的物理图谱,但有很大的局限性:(1)数据需提前布置好;(2)输出结果无法灵活修改。鉴于此,文章基于Perl和SVG语... 详细信息

遗传图谱表现形式简洁明了,为分析遗传规律、克隆基因提供了便利。Gbrowse、MapViewer等工具虽然能够协助研究人员绘制相似形式的物理图谱,但有很大的局限性:(1)数据需提前布置好;(2)输出结果无法灵活修改。鉴于此,文章基于Perl和SVG语言,开发了一款生物辅助作图软件MapGene2Chrom的本地版与网页版,该软件能够依据输入数据快速绘制相应的物理图谱。该软件输入数据格式简单,输出结果易于修改,图片格式为SVG矢量图,具有很好的移植性,以期为研究人员绘制物理图谱提供便利。

关键词：物理图谱基因分布图 SVG矢量图作图生物软件

抗病毒病K326新品系Y48抗TMV的细胞学机制研究

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中国烟草科学 2018年第4期39卷 18-25,31页

作者：文柳璎刘旦龚敏马冰申莉莉罗成刚任民程立锐蒋彩虹杨爱国中国农业科学院烟草研究所烟草行业烟草基因资源利用重点实验室青岛266101

Y48是对主栽烤烟品种K326的病毒病抗性进行定向改良培育出的新品系,在保持原K326其他性状不变的前提下,对TMV和CMV抗性显著提高。为揭示其在细胞学方面的抗病机制,本研究利用透射电子显微镜(TEM)对TMV接种0~72 h后的K326和Y48叶片进行... 详细信息

Y48是对主栽烤烟品种K326的病毒病抗性进行定向改良培育出的新品系,在保持原K326其他性状不变的前提下,对TMV和CMV抗性显著提高。为揭示其在细胞学方面的抗病机制,本研究利用透射电子显微镜(TEM)对TMV接种0~72 h后的K326和Y48叶片进行超微结构观察。结果显示,K326接种24 h时,叶绿体类囊体片层减少,线粒体膨大,胞内出现自噬结构,接种72 h时,叶绿体、线粒体被病毒完全破坏,叶肉细胞病理性坏死;而Y48,在接种48 h时才发生叶绿体内部沉积少量颗粒,线粒体嵴消失,胞内出现降解的囊泡,接种72 h叶绿体,线粒体全部降解,细胞质凝集,叶肉细胞程序化死亡。结果表明,相对于K326,Y48可以延迟TMV病毒的侵染,并启动超敏反应,发生HR-PCD,并且Y48接种8 h后出现过氧化物酶体,可能影响细胞内ROS代谢水平,二者或许是Y48对TMV表现抗病的细胞学证据,研究结果为进一步解析Y48的抗病分子机理奠定了基础。

关键词：烟草普通花叶病透射电子显微镜超微结构超敏反应细胞程序化死亡

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番茄B3超家族成员鉴定及生物信息学分析

植物遗传资源学报 2015年第4期16卷 806-814页

作者：孙亭亭王大伟龚达平陈乐陈雅琼孙玉合中国农业科学院烟草研究所/烟草行业烟草基因资源利用重点实验室青岛266101

B3超家族是一类含有B3功能域(与DNA结合的高度保守结构域)的转录因子,在植物生长发育过程中起重要作用。本研究采用生物信息学的方法,利用Pfam中的B3保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)蛋白序列,确定了97个B3超家族基因... 详细信息

B3超家族是一类含有B3功能域(与DNA结合的高度保守结构域)的转录因子,在植物生长发育过程中起重要作用。本研究采用生物信息学的方法,利用Pfam中的B3保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)蛋白序列,确定了97个B3超家族基因。对番茄B3超家族成员进行了系统进化树分析、染色体定位、结构域分析、组织表达和诱导表达分析等。番茄B3超家族分为LAV、ARF、RAV和REM 4个亚家族,每个亚家族中的数量分别为4、22、9和62个,且在进化树中形成明显不同的分支,每个亚家族都进行了系统进化和结构域分析;番茄12条染色体都含有B3超家族基因;11个成员的表达模式表明,B3超家族同一亚家族成员也具有不同的时空表达模式;在干旱、盐和高温胁迫处理下,部分成员响应强烈并且响应不同的外界信号;而对于ABA处理响应非常弱。本研究将为B3基因超家族成员的生物学功能研究提供参考。

关键词：番茄 B3超家族生物信息学

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烟草抗赤星病主效QTL的候选基因初步筛选

分子植物育种 2018年第13期16卷 4325-4332页

作者：张雨生蒋彩虹胡晓莉赵强耿锐梅杨爱国程立锐王元英中国农业科学院烟草研究所烟草行业烟草基因资源利用重点实验室青岛266101

为克隆烟草赤星病主效抗性QTL,在本实验室对抗性基因初步定位的基础上,以净叶黄与NC82组合产生的回交导入系群体BC3F2为材料,在目标区间内加密26个SNP分子标记,利用Mass ARRAY飞行质谱技术检测基因型,进一步缩小目标区间。进而利用生物... 详细信息

为克隆烟草赤星病主效抗性QTL,在本实验室对抗性基因初步定位的基础上,以净叶黄与NC82组合产生的回交导入系群体BC3F2为材料,在目标区间内加密26个SNP分子标记,利用Mass ARRAY飞行质谱技术检测基因型,进一步缩小目标区间。进而利用生物信息学、RT-PCR等方法在DNA水平和RNA水平对候选基因进行了初步筛选。分析表明,主效抗病QTL所在区间被进一步定位在1.6 c M范围内,对抗感品种主效区间内基因进行DNA序列及生物信息学分析,最终将53M-1和54M-3基因确定为候选基因。两个候选基因在抗感品种中表达差异明显,分别为O-甲基转移酶和谷胱甘肽过氧化物酶类基因,与植物抗逆性相关,与烟草抗病性过程关系紧密。相关结果为进一步挖掘抗赤星病主效基因提供帮助,同时也对烟草赤星病抗性分子辅助改良具有重要意义。

关键词：烟草赤星病 QTL SNP 基因筛选

马铃薯基因组编码区域SSR位点的分布、特征和所编码蛋白功能分析

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分子植物育种 2015年第1期13卷 171-177页

作者：孙亭亭王大伟陈乐王卫峰龚达平陈雅琼孙玉合中国农业科学院烟草研究所、烟草行业烟草基因资源利用重点实验室青岛266100

在不同物种中,微卫星(simple sequence repeats,SSR)序列的数目、类型及其分布情况有很大差异。本研究利用Perl语言开发用于探寻编码区SSR位点的程序,并用SSRHunter软件验证,来分析马铃薯基因组编码区中SSR位点的分布情况。结果显示:在... 详细信息

在不同物种中,微卫星(simple sequence repeats,SSR)序列的数目、类型及其分布情况有很大差异。本研究利用Perl语言开发用于探寻编码区SSR位点的程序,并用SSRHunter软件验证,来分析马铃薯基因组编码区中SSR位点的分布情况。结果显示:在马铃薯的56 218条编码区序列中,检索到2 920条共含有3 512个SSR位点的序列,其中2 519条序列只含有一个SSR位点(占86%);含三核苷酸、六核苷酸重复单元的SSR数目最多,分别为2 358和1 075个,两者占总数的98%,其他类型的重复单元出现次数较少;构成微卫星序列的不同重复单元有603个;六个核苷酸的重复单元重复次数一般最少为三个,三核苷酸GAA重复单元重复次数最高,为193次。在自然选择规律下,编码区中SSR序列长度趋向于密码子的整数倍。运用Pfam数据库对含有SSR的编码序列进行功能分类,其中最多的是RPW8抗性蛋白功能。可利用SSR序列的特异性,筛选马铃薯不同物种的相关编码序列。

关键词：马铃薯 SSR 简单重复序列基因编码区生物信息学

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抗PVY烟草种质的遗传多样性分析

植物遗传资源学报 2014年第3期15卷 679-684页

作者：丛鑫刘艳华戴培刚王志德张兴伟任民程立锐姚志敏中国农业科学院烟草研究所/烟草行业烟草基因资源利用重点实验室青岛266101

利用SSR标记对78份抗PVY烟草种质进行遗传多样性分析,根据类型将78份材料分为烤烟、晒晾烟和黄花烟3个群体。结果表明：（1）从960对引物组合中筛选出45对扩增带型清晰、重复性和多态性好的引物用于78份烟草种质资源遗传多样性研究,共... 详细信息

利用SSR标记对78份抗PVY烟草种质进行遗传多样性分析,根据类型将78份材料分为烤烟、晒晾烟和黄花烟3个群体。结果表明：（1）从960对引物组合中筛选出45对扩增带型清晰、重复性和多态性好的引物用于78份烟草种质资源遗传多样性研究,共检测到108个位点,其中96个位点具有多态性,多态性比例为88.89%。遗传多样性指数（Nei’s）为0.3766,Shannon’s指数为0.5821,种质间遗传相似系数变异范围在0.0454～0.9973之间,说明我国抗PVY烟草种质资源存在着丰富的遗传变异。（2）3个群体内遗传差异由大到小分别为：晒晾烟〉黄花烟〉烤烟。3个群体间遗传距离比较分析,晒晾烟与烤烟的遗传相似度达到0.9840。（3）聚类分析可将78份种质材料划分为黄花烟草和普通烟草2大类群,烤烟、晒晾烟之间没有明确的界线。聚类分析结果也表明,黄花烟与其他群体的遗传距离较远。

关键词：烟草抗PVY SSR 多样性分析

普通烟草ATⅢ氨基转移酶家族序列鉴定与表达分析

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基因组学与应用生物学 2019年第1期38卷 251-259页

作者：王晓王大伟夏菲李晓旭吴华姜山孙玉合中国农业科学院烟草研究所烟草行业烟草基因资源利用重点实验室青岛266101

氨基转移酶是5'-磷酸吡哆醛依赖酶,在植物的生长发育和非生物胁迫的反应中起重要作用。ATⅢ氨基转移酶家族(classⅢ aminotransferase family)是转氨酶家族中一个非常重要的亚家族。本研究利用普通烟草(Nicotiana tabacum)基因组序列信... 详细信息

氨基转移酶是5'-磷酸吡哆醛依赖酶,在植物的生长发育和非生物胁迫的反应中起重要作用。ATⅢ氨基转移酶家族(classⅢ aminotransferase family)是转氨酶家族中一个非常重要的亚家族。本研究利用普通烟草(Nicotiana tabacum)基因组序列信息,鉴定出26个ATⅢ家族成员,对烟草ATⅢ家族进行理化性质分析表明,普通烟草ATⅢ家族成员之间的理化性质差异较大;系统进化和结构域分析显示,烟草ATⅢ家族成员可形成4个分支,同一分支内ATⅢ家族成员的保守结构域的种类和组织形式高度一致;将19个家族成员定位在12条染色体上;分析普通烟草转录组数据,结果显示大多数家族成员在不同组织中都有表达,主要集中在叶脉、打顶后茎和叶、离体叶片等组织。对NtATⅢ1和NtATⅢ2基因的qRT-PCR分析显示,这两个基因主要在植物地上组织中表达。本研究为普通烟草ATⅢ基因的功能研究提供依据。

关键词： ATⅢ氨基转移酶家族普通烟草生物信息学分析