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肺腺癌ceRNA调控网络构建及AFAP1-AS1功能验证

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中国胸心血管外科临床杂志 2024年第4期31卷 576-584页

作者：王会新李倩侯晓雯史新竹冯旭沈阳医学院公共卫生学院统计教研室沈阳110034 沈阳医学院公共卫生学院流行病学教研室沈阳110034

目的基于生物信息学方法构建肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)特异性长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)相关的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,并分析肌动蛋白纤维相关蛋白1-反义RNA1(actinfilament-associated protein 1-antisense RNA1,AFAP1-AS1)在LUAD中的功能机制,以期为LUAD治疗靶点研究提供新的方向。方法从基因表达综合性基因库(GEO)中下载LUAD的基因芯片,并使用GEO2R在线软件筛选LUAD与正常组织之间具有差异表达的lncRNA和mRNA,并通过在线数据库预测其靶基因,构建ceRNA网络,并进行富集分析。在细胞实验中,对AFAP1-AS1进行基因敲除并构建siRNA,通过细胞转染法转染LUAD细胞A549。用CCK8、Transwell、划痕实验和流式细胞术实验检测细胞增殖、侵袭、迁移和凋亡的能力。结果在LUAD的芯片中共鉴定出6个差异表达lncRNA和494个差异表达的mRNA。ceRNA网络共涉及6个lncRNA、22个miRNA和55个mRNA。富集分析发现mRNA与癌症相关通路有关。在细胞实验中,敲除AFAP1-AS1可抑制细胞增殖、侵袭和迁移,且AFAP1-AS1促进细胞凋亡。结论本研究构建了一个lncRNA介导的ceRNA网络,这可能有助于进一步研究LUAD的作用机制。此外,通过细胞实验,本研究发现AFAP1-AS1有潜力作为LUAD的治疗靶点。

关键词：生物信息学肺腺癌竞争性内源RNA 长链非编码RNA 肌动蛋白纤维相关蛋白1-反义RNA1

结核分枝杆菌双组分系统PhoP蛋白的免疫学特性

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中国人兽共患病学报 2024年第4期40卷 352-358页

作者：李雪宁唤唤康健徐铭泽崔若囡代婷路延之薛飒柏银兰西北大学生命科学学院西安710069 空军军医大学基础医学院微生物与病原生物学教研室西安710032 空军军医大学军事医学创新中心西安710032

目的探究结核分枝杆菌双组分系统PhoP蛋白的免疫学特性。方法采用生物信息学方法预测PhoP蛋白的B细胞和T细胞表位。将Mtb H37Rv phoP基因克隆到pET-28a(+)原核表达载体上,并将重组质粒转化到*** BL21菌株中,经IPTG诱导表达及亲和层析法... 详细信息

目的探究结核分枝杆菌双组分系统PhoP蛋白的免疫学特性。方法采用生物信息学方法预测PhoP蛋白的B细胞和T细胞表位。将Mtb H37Rv phoP基因克隆到pET-28a(+)原核表达载体上,并将重组质粒转化到*** BL21菌株中,经IPTG诱导表达及亲和层析法纯化获得PhoP重组蛋白。用ELISA分析Mtb感染小鼠和TB患者血清中PhoP特异性抗体水平。PhoP重组蛋白经肌肉注射途径免疫小鼠,分离小鼠多抗血清,用ELISA和Western blot分别检测抗体效价和抗体特异性。分离小鼠脾细胞,用ELISpot和ELISA法分别检测分泌IFN-γ细胞频数及其分泌水平。结果经生物信息学预测发现PhoP含有24个B细胞抗原表位和11个优势T细胞表位。成功构建PhoP原核表达载体并获得纯化的PhoP蛋白。Mtb感染小鼠和TB患者血清中的PhoP特异性抗体显著升高,查准率分别为99.9%和82.5%,特异度均为100%。PhoP免疫小鼠诱导产生高水平特异性抗体,免疫小鼠脾细胞经抗原体外刺激后,IFN-γ的分泌水平和细胞频数均显著增加,IL-2和IL-10分泌水平上调。结论PhoP蛋白可诱导体液免疫应答和Th1型为主的细胞免疫。PhoP蛋白有良好的免疫原性,且具有一定的TB诊断效能。本研究为阐明PhoP在Mtb感染中的作用及其用于TB诊断奠定了一定的基础。

关键词：结核分枝杆菌双组分系统 PhoP 体液免疫应答细胞免疫应答

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细胞衰老与特发性肺纤维化药物治疗研究进展

中国药理学通报 2024年第4期40卷 601-605页

作者：任正肖张颖颖车萍李紫薇朱庆均山东中医药大学实验中心山东中医药大学中医学院微生物教研室山东中医药大学中医药创新研究院山东济南250355

特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种病因不明的破坏性肺部疾病,它的特点是细胞外基质蛋白(如胶原蛋白和纤连蛋白)在肺间质中沉积,导致呼吸衰竭。我们对IPF的病理生物学的理解仍然不完整;然而,人们普遍认为,衰老... 详细信息

特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种病因不明的破坏性肺部疾病,它的特点是细胞外基质蛋白(如胶原蛋白和纤连蛋白)在肺间质中沉积,导致呼吸衰竭。我们对IPF的病理生物学的理解仍然不完整;然而,人们普遍认为,衰老是该疾病的主要危险因素。衰老是一个复杂的过程,以不可逆的细胞周期停滞和分泌衰老相关的表型(senescence-associated secretory phenotype,SASP)为特征,导致衰老细胞不断累积和炎症发生。细胞衰老与IPF疾病进展密切相关。该文主要探讨细胞衰老的分子机制,端粒缩短、线粒体功能障碍、自噬不足及细胞凋亡抵抗等细胞衰老相关的各种诱发因素在IPF发病中的作用以及用于治疗IPF疾病的抗衰老药物,为将来治疗IPF提供理论依据和治疗方法。

关键词：特发性肺纤维化细胞衰老衰老相关表型端粒缩短线粒体功能障碍自噬不足细胞凋亡抵抗治疗

蛋白-O-岩藻糖基转移酶1在非小细胞肺癌中的表达及临床意义

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现代预防医学 2024年第12期51卷 2248-2252+2304页

作者：王晓慧李明泰高绿叶郝艳龙冯雪飞翟元芳郭艳琳山西医科大学基础医学院病理教研室山西医科大学基础医学院解剖教研室

目的探讨非小细胞肺癌中蛋白-O-岩藻糖基转移酶1的表达及其临床意义，为非小细胞肺癌的诊断和治疗提供参考依据。方法通过TCGA、UALCAN数据库和免疫组化技术探讨POFUT1 mRNA和POFUT1蛋白在非小细胞肺癌的表达情况。提取TCGA数据库的... 详细信息

目的探讨非小细胞肺癌中蛋白-O-岩藻糖基转移酶1的表达及其临床意义，为非小细胞肺癌的诊断和治疗提供参考依据。方法通过TCGA、UALCAN数据库和免疫组化技术探讨POFUT1 mRNA和POFUT1蛋白在非小细胞肺癌的表达情况。提取TCGA数据库的临床数据，采用Kaplan-Meier法进行生存分析，采用COX比例风险回归模型分析POFUT1 mRNA表达水平对非小细胞肺癌患者预后的影响。结果 POFUT1 mRNA和POFUT1蛋白在肺腺癌和肺鳞癌组织中均高表达(均P生物标志物。

关键词：非小细胞肺癌 POFUT1 生物信息学免疫组织化学预后

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丘脑连结核的解剖、生理和学习记忆功能

神经解剖学杂志 2024年第4期 497-501页

作者：陶文欣赵静宇孟飞扬毛雅洁高家颖谢琼瑶金晓航史娟空军军医大学基础医学院人体解剖与组织胚胎学教研室空军军医大学基础医学院学员大队西京学院医学院基础医学形态教研室西京学院生物医学研究中心

丘脑连结核(RE),位于丘脑中线腹侧部，是一个与海马、前额叶皮质等脑区有丰富纤维联系的核团。它在调节记忆、情绪和认知功能方面发挥着重要的作用，还可能与焦虑、癫痫和疼痛等疾病相关，但相关研究较少。近年来，对RE的纤维联系和功... 详细信息

丘脑连结核(RE),位于丘脑中线腹侧部，是一个与海马、前额叶皮质等脑区有丰富纤维联系的核团。它在调节记忆、情绪和认知功能方面发挥着重要的作用，还可能与焦虑、癫痫和疼痛等疾病相关，但相关研究较少。近年来，对RE的纤维联系和功能探索取得了显著进展。本文就RE的解剖学特征，包括其传入、传出的纤维联系和神经化学特性，以及电生理学特性进行综述。同时，还探讨了RE在空间学习记忆、识别记忆和恐惧记忆等认知功能方面的作用。

关键词：丘脑连结核空间学习记忆识别记忆恐惧记忆

幽门螺杆菌katA基因功能及其在耐受氧化损伤中的作用分析

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生物技术通报 2024年第5期40卷 310-320页

作者：王鑫鑫管玉祝李晓苇洪伟吴道艳康颖倩刘永畅陈峥宏崔古贞贵州医科大学基础医学院微生物学教研室贵阳550000 贵州省病原生物学特色重点实验室贵阳550000 贵州省分子生物学重点实验室贵阳550000

【目的】过氧化氢酶(KatA)是幽门螺杆菌编码的重要毒力因子,在抵抗宿主免疫杀伤和疫苗研发等方面具有重要功能。为了鉴定幽门螺杆菌KatA的酶学特性,并分析其在幽门螺杆菌氧化耐受中的功能。【方法】首先,从幽门螺杆菌临床耐药菌株Hp_G27... 详细信息

【目的】过氧化氢酶(KatA)是幽门螺杆菌编码的重要毒力因子,在抵抗宿主免疫杀伤和疫苗研发等方面具有重要功能。为了鉴定幽门螺杆菌KatA的酶学特性,并分析其在幽门螺杆菌氧化耐受中的功能。【方法】首先,从幽门螺杆菌临床耐药菌株Hp_G272基因组中分离katA基因,并在大肠杆菌中克隆表达、分离纯化KatA^(G272)蛋白;然后,利用CAT检测试剂盒体外分析KatA^(G272)的过氧化氢酶活性;其次,利用同源重组技术构建katA基因工程菌株,包括敲除菌株和回补菌株;最后,通过比较野生菌株与工程菌株生长表型差异、分解过氧化氢能力差异及耐受过氧化氢能力差异,阐述katA基因的功能及其在幽门螺杆菌耐受氧化损伤中的作用。【结果】在大肠杆菌中成功克隆表达并分离纯化KatA^(G272),体外酶学分析表明,KatA^(G272)是一类嗜酸性过氧化氢酶,基因敲除分析表明,敲除该基因幽门螺杆菌丧失分解和耐受过氧化氢的能力,而回补该基因幽门螺杆菌回复分解和耐受过氧化氢的能力。【结论】katA基因是幽门螺杆菌分解和耐受过氧化氢的唯一功能基因,在幽门螺杆菌氧化耐受中具有重要功能。

关键词：幽门螺杆菌过氧化氢酶 katA 耐受性克隆表达基因敲除

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吉林大学学报（医学版） 2024年第4期50卷 1062-1075页

作者：黎金连黄岚珍黄希仕李康智蒋佳丽张苗苗吴群英桂林医学院智能医学与生物技术学院细胞与遗传学教研室广西桂林541004 南宁中心血站输血传播疾病联合实验室广西南宁530007 桂林医学院科学实验中心广西桂林541004 桂林医学院全科医学院广西桂林541004

目的:利用生物信息学分析方法筛选与肝细胞癌(HCC)患者预后、诊断和免疫细胞浸润相关的关键基因,并分析其潜在治疗药物。方法:从基因表达汇编(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载HCC基因表达谱数据及相应的HCC患者临床信息。采... 详细信息

目的:利用生物信息学分析方法筛选与肝细胞癌(HCC)患者预后、诊断和免疫细胞浸润相关的关键基因,并分析其潜在治疗药物。方法:从基因表达汇编(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载HCC基因表达谱数据及相应的HCC患者临床信息。采用R软件limma包筛选HCC差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,利用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,使用Cytoscape软件对PPI网络进行可视化并筛选关键基因。通过Kaplan-Meier生存曲线和LASSO回归算法鉴定HCC预后相关关键基因,并利用外部数据集对其表达进行验证和诊断效能分析。采用CIBERSORT算法评估预后相关的关键基因表达与HCC免疫细胞浸润的关系。利用MiRNet和Network Analyst数据库分别构建微小RNA(miRNA)-关键基因mRNA和转录因子(TFs)-关键基因mRNA分子调控网络。利用CMap数据库筛选潜在治疗HCC的小分子药物。结果:共筛选出146个DEGs,其中表达上调基因30个,表达下调基因116个。GO功能和KEGG信号通路富集分析,DEGs明显富集在类固醇、烯化合物和激素代谢等生物过程(BP)及视黄醇代谢、药物代谢-细胞色素P450(CYP450)、补体和凝血级联反应等信号通路。PPI网络分析筛选得到14个关键基因,其中甲酰氨基转移酶环化脱氨酶(FTCD)、分泌型磷蛋白2(SPP2)、凝血酶-抗凝血酶复合物(TAT)、补体C6(C6)和CYP450家族成员2C9(CYP2C9)与HCC患者预后、临床病理分期和组织学分级有明显相关性,在HCC诊断中具有较高的诊断效能,与HCC的免疫细胞浸润有密切关联。Hsa-mir-182-5p、同源框CUT样蛋白1(CUX1)、早期生长反应1(EGR1)、SMAD家族成员4(SMAD4)和肿瘤蛋白P53(TP53)是靶向上述预后相关关键基因的重要调控因子。DL-硫沙芬(DL-thiorphan)、异丙嗪(promethazine)和芹菜素(apigenin)可能对HCC有治疗作用。结论:FTCD、SPP2、TAT、C6和CYP2C9可能是HCC诊断、预后判断和治疗的潜在靶点,预测得到的3种小分子药物DL-thiorphan,promethazine和apigenin可为HCC治疗药物的研发提供参考。

关键词：肝细胞癌生物标志物小分子药物生物信息学

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卡介苗用于小鼠黑色素瘤模型免疫治疗的效应及其机制

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中国免疫学杂志 2024年

作者：徐铭泽宁唤唤路延之康健彭钰君张婧瑶胡家豪代婷董梦娟薛飒柏银兰空军军医大学基础医学院微生物与病原生物学教研室空军军医大学军事医学创新中心空军军医大学基础医学院学员队延安大学生命科学学院宁夏医科大学基础医学院生理学和神经生物学系

目的：探究卡介苗（BCG）和c-di-AMP为佐剂的重组卡介苗（rBCG）用于黑色素瘤小鼠的免疫治疗效果与机制。方法：构建小鼠黑色素瘤细胞B16F10腹股沟皮下注射荷瘤模型，分别采用1×106CFU BCG和rBCG皮下瘤旁注射免疫治疗3次，观察小鼠生... 详细信息

目的：探究卡介苗（BCG）和c-di-AMP为佐剂的重组卡介苗（rBCG）用于黑色素瘤小鼠的免疫治疗效果与机制。方法：构建小鼠黑色素瘤细胞B16F10腹股沟皮下注射荷瘤模型，分别采用1×106CFU BCG和rBCG皮下瘤旁注射免疫治疗3次，观察小鼠生存情况，肿瘤生长与转移情况；分离小鼠肿瘤组织制备细胞悬液，流式细胞术检测各免疫细胞比例；qRT-PCR检测肿瘤组织免疫相关基因转录水平。结果：BCG和rBCG免疫治疗均可显著抑制小鼠黑色素瘤的生长，延长小鼠生存时间，且rBCG免疫治疗抑制肿瘤转移的效果优于BCG。两菌株均可显著降低肿瘤生长和转移相关的M2型巨噬细胞和髓源性抑制细胞比例。两菌株均能促进肿瘤组织淋巴细胞浸润，rBCG显著促进肿瘤组织B细胞浸润增加。BCG免疫治疗上调肿瘤转移相关的细胞因子转录水平，而rBCG治疗并不影响上述基因转录。结论：BCG和rBCG免疫对小鼠黑色素瘤具有治疗作用，c-di-AMP为佐剂的rBCG抑制肿瘤转移的效果优于BCG，其作用机制与调节肿瘤组织内免疫应答水平有关。

关键词：卡介苗重组卡介苗黑色素瘤环二腺苷酸免疫治疗

结核分枝杆菌Rv1772蛋白的结构与功能分析

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现代医药卫生 2024年第15期40卷 2533-2538页

作者：任芹杨国平余海燕大理大学基础医学院医学微生物学及免疫学教研室云南大理671000

目的对结核分枝杆菌(MTB)Rv1772蛋白的结构及功能进行生物信息学分析。方法从美国国立生物技术信息中心获取MTB的Rv1772基因信息,利用生物信息学软件分析Rv1772蛋白结构及功能。结果Rv1772蛋白的相对分子质量为10896.28,由103个氨基酸构... 详细信息

目的对结核分枝杆菌(MTB)Rv1772蛋白的结构及功能进行生物信息学分析。方法从美国国立生物技术信息中心获取MTB的Rv1772基因信息,利用生物信息学软件分析Rv1772蛋白结构及功能。结果Rv1772蛋白的相对分子质量为10896.28,由103个氨基酸构成,其脂肪指数为77.96,不稳定系数为43.98(>40),属不稳定蛋白。Rv1772蛋白的亲水性总平均值为—0.105,溶解度为0.49。Rv1772蛋白仅有胞内域和胞外域2个部分,无跨膜区,其可能为非跨膜蛋白。Rv1772蛋白无信号肽[D值为0.112(<0.45)],为可溶性蛋白,定位于细胞质。Rv1772含6个丝氨酸磷酸化位点,5个苏氨酸磷酸化位点,其可能参与调控MTB感染中对宿主细胞间信号的传导。Rv1772蛋白二级结构由α-螺旋(52.43%)、β-折叠(9.71%)、β-转角(4.85%)和无规则卷曲(33.01%)组成。Rv1772蛋白含较多的α-螺旋结构,其可能有多个B细胞抗原表位。Rv1772蛋白含3个IFN-γ诱导阳性的HTL抗原表位,2个优势CTL抗原表位和1个优势线性B细胞抗原表位。Rv1772蛋白与含有ANTAR结构域的MTB蛋白具有高度同源性。Rv1772蛋白与Rv1592c、Rv0340、efpA、kasA、fbpC、oxyR、Rv2242、iniB、ndh、fadE24有相互作用。结论Rv1772蛋白含多个潜在的优势T细胞抗原表位和B细胞抗原表位,且能与其他蛋白相互作用,其可作为抗结核疫苗的优势抗原。

关键词：结核分枝杆菌 Rv1772蛋白生物信息学