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不同价态锑对蚓触圈细菌群落多样性和结构的影响

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农业环境科学学报 2023年第12期42卷 2763-2775页

作者：陈琳玉张希尧冯沛源罗甲豪杨晓琦邓宇洋郑玉段仁燕白婧湖南人文科技学院农业与生物技术学院湖南娄底417000

为研究锑(Antimony,Sb)污染土壤经蚯蚓扰动及消化前后蚓触圈(肠道、蚓穴)的细菌群落多样性和结构差异,本试验将蚯蚓暴露在Sb(Ⅲ)和Sb(Ⅴ)单一和复合处理中,结果发现:蚯蚓肠道、穴壁土、对照土3种基质的微生物多样性存在显著差异,随着培... 详细信息

为研究锑(Antimony,Sb)污染土壤经蚯蚓扰动及消化前后蚓触圈(肠道、蚓穴)的细菌群落多样性和结构差异,本试验将蚯蚓暴露在Sb(Ⅲ)和Sb(Ⅴ)单一和复合处理中,结果发现:蚯蚓肠道、穴壁土、对照土3种基质的微生物多样性存在显著差异,随着培养时间和锑含量的增加,蚓触圈基质的Chao1指数、Shannon指数、Pielou指数显著降低;蚓触圈呈现出独特的微生物群落结构,在高含量复合处理的穴壁土中,Comamonas_testosteroni、Sphingobacterium_faecium、Sphingobacterium_multivorum的相对丰度高于其他菌种,结合相关性分析,表明以上3个菌种在介导Sb(Ⅲ)的转化中可能发挥着积极作用;冗余分析表明,穴壁土的丰富菌门Bacteroidetes与土壤中的Sb(Ⅲ)含量呈正相关关系,Proteobacteria与土壤中Sb(Ⅲ)含量、Sb(Ⅴ)含量、群落覆盖度呈正相关关系。研究表明,蚓触圈是一个微生物介导下锑形态转化的潜在热区。

关键词：锑赤子爱胜蚓蚓触圈微生物多样性

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印度南瓜叶绿体基因组密码子偏好性分析

分子植物育种 2023年

作者：党建成朱红叶姜艳芳龚意辉刘泽发湖南人文科技学院农业与生物技术学院

为研究印度南瓜(Cucurbita maxima Duch.)叶绿体基因组密码子的使用模式及其偏好性的主要影响因素，以印度南瓜叶绿体基因组为对象进行研究，从NCBI中下载印度南瓜叶绿体基因组完整序列，从而筛选蛋白编码序列，最终选定52条适宜的密码... 详细信息

为研究印度南瓜(Cucurbita maxima Duch.)叶绿体基因组密码子的使用模式及其偏好性的主要影响因素，以印度南瓜叶绿体基因组为对象进行研究，从NCBI中下载印度南瓜叶绿体基因组完整序列，从而筛选蛋白编码序列，最终选定52条适宜的密码子采用CUSP、Codon W 1.4.2、SPSS 16.0等生物信息学软件对其进行偏好性分析，从而筛选确定出印度南瓜的最优密码子。结果表明：印度南瓜叶绿体基因密码子中GC1(47.09%)和GC2(39.57%)中的GC含量明显高于GC3(28.74%)，说明密码子末位碱基以A/T结尾为主；印度南瓜的有效密码子数(effective number of codon， ENC)均值为45.62，表明密码子偏好性普遍较弱。中性绘图分析、各含量之间的相关性及显著性分析分析表明：自然选择是影响印度南瓜密码子偏好性的主要因素。使用基因的密码子使用频率与同义密码子平均使用频率偏差的量化值(effective number of -codonplot analysis， ENC-plot)分析表明，大多数编码基因散落分布于标准曲线下方，有10个基因的ENC比值-0.05～0.05范围内，占总基因数的19.23%，表明碱基突变也可能影响印度南瓜部分密码子偏好性的形成。利用奇偶校验规则2 (PR2-bias plot analysis PR2-plot)分析表明，密码子第3位T、G的使用频率分别高于A、C。共在印度南瓜中筛选满足相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage， RSCU)>1且高表达基因的RSCU与低表达基因的RSCU的差值(RSCU of high expression gene reduces low expression gene， ΔRSCU)≥0.08这两个条件的17个最优密码子，分别为：GCA、GCU、CGU、UGU、GAA、GGU、AUU、UUA、AAA、UUC、CCA、AGU、UCU、ACC、ACU、GUA、GUU，大部分最优密码子以U或A结尾。该研究可为完善印度南瓜叶绿体基因组学、外源基因密码子的优化及其表达提供数据参考。

关键词：印度南瓜叶绿体基因组密码子偏好性最优密码子

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印度南瓜叶绿体基因组的组装与序列分析

分子植物育种 2023年

作者：王亚楠党建成刘辉曾永贤张红磊姜艳芳龚意辉刘泽发湖南人文科技学院农业与生物技术学院

本研究以印度南瓜(Cucurbita maxima)为试材，对其叶绿体基因组进行测序和组装。结果表明，印度南瓜叶绿体基因组全长为157 205 bp，其结构为典型四分结构，且该基因组还是高度保守的环状闭合双链分子，其含大单拷贝区(large single cop... 详细信息

本研究以印度南瓜(Cucurbita maxima)为试材，对其叶绿体基因组进行测序和组装。结果表明，印度南瓜叶绿体基因组全长为157 205 bp，其结构为典型四分结构，且该基因组还是高度保守的环状闭合双链分子，其含大单拷贝区(large single copy region， LSC) 1个长度为87 663 bp，小单拷贝区(small single copy region， SSC) 1个长度为18 038 bp以及反向互补的IR区一对(inverted repeat region A， IRA; inverted repeat region B， IRB)长度为25 752 bp。其GC和AT含量为37.11%和62.89%。印度南瓜叶绿体基因组共注释了132个基因，其中tRNA基因37个、rRNA基因8个，mRNA基因87个。通过分析，在印度南瓜的叶绿体基因组中共发现193个符合条件的SSR位点，分布在IR、LSC和SSC区域的SSR位点分别为31、130、32，占比分别为16.10%、67.40%、16.60%。在所有的SSR位点中，有182个单核苷酸重复、11个双核苷酸重复、64个三核苷酸重复单元、6个四核苷酸重复单元、1个六核苷酸重复单元。在该叶绿体基因组的SSR位点中，重复单元最多的是A/T (62.89%)，说明A/T碱基占优势，具有碱基偏好性。进化树分析表明，25个不同种属的物种与印度南瓜聚为一组，其中中国南瓜(Cucurbita moschata)、美洲南瓜(Cucurbita pepo)与印度南瓜的亲缘较近，其他物种与印度南瓜亲缘关系较远。本研究建立了适于印度南瓜完整叶绿体基因组组装及其特征分析的方法，促进了南瓜属(Cucurbita)植物的种质资源探索、系统发育关系和分子生物学的研究，为印度南瓜的鉴定和系统发育研究提供科学依据。

关键词：印度南瓜叶绿体基因组组装序列分析进化树分析

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‘锦绣’黄桃叶绿体基因组密码子偏好性分析

分子植物育种 2022年

作者：周桂花蒲梅清李丽梅陈致印张斌龚意辉湖南人文科技学院农业与生物技术学院

为研究‘锦绣’黄桃(Amygdalus persica Cv Jinxiu)叶绿体基因组密码子的使用偏性及其主要影响因素，以‘锦绣’黄桃叶绿体基因组为研究对象，采用CUSP、Codon W 1.4.2、SPSS 16.0等生物信息学软件对其叶绿体基因组编码基因密码子的偏... 详细信息

为研究‘锦绣’黄桃(Amygdalus persica Cv Jinxiu)叶绿体基因组密码子的使用偏性及其主要影响因素，以‘锦绣’黄桃叶绿体基因组为研究对象，采用CUSP、Codon W 1.4.2、SPSS 16.0等生物信息学软件对其叶绿体基因组编码基因密码子的偏好性进行分析，从而确定‘锦绣’黄桃的最优密码子。结果表明：‘锦绣’黄桃叶绿体基因密码子GC、GC、GC中的GC含量的平均值分别为：46.88%、39.37%、28.58%，GC和GC中的GC含量明显高于GC，说明密码子末位碱基以A/T结尾为主；‘锦绣’黄桃的有效密码子数(effective number of codon， ENC)平均值为45.99，表明密码子偏好性普遍较弱。相关性分析表明：GC与GC、GC、GC均呈极显著相关，GC和GC呈极显著相关，而GC和GC为显著相关，但GC和GC不显著相关；ENC与GC极显著相关，但与GC和GC均为不显著相关。中性绘图分析表明，GC与GC的相关性不显著，表明自然选择是影响‘锦绣’黄桃密码子偏好性的主要因素。ENC-plot分析表明，大部分编码基因位于标准曲线下方，有11个基因的ENC比值范围为-0.05～0.05，占总基因数的20.75%，表明碱基突变也可能影响‘锦绣’黄桃部分密码子偏好性的形成。PR2-plot分析表明，‘锦绣’黄桃叶绿体基因不均匀分布在4个区域中，密码子第3位T、G的使用频率分别高于A、C。共在‘锦绣’黄桃中筛选出GCA、AGA、CGA等22个最优密码子，大部分最优密码子以A或U结尾。该研究可为完善‘锦绣’黄桃叶绿体基因组学、外源基因密码子的优化及其表达提供数据参考。

关键词： ‘锦绣’黄桃叶绿体基因组密码子偏好性最优密码子

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不同品种(系)油菜对锑的富集转运特性

湖南农业大学学报（自然科学版） 2023年第6期49卷 694-701页

作者：白婧刘宏辉陈琳玉孟杰卢丹漆佳文张文罗育才刘显军向国红段仁燕湖南人文科技学院农业与生物技术学院湖南娄底417000

采用大田试验方法,分析种植于锑污染农田中的29个品种(系)甘蓝型油菜(Brassica napus L.)的生长及根、茎、叶、荚、籽粒吸收和转运锑的能力。结果表明:常香油3号的单株干质量(126.84 g)远高于其他供试油菜的,具有较明显的生长优势;油菜... 详细信息

采用大田试验方法,分析种植于锑污染农田中的29个品种(系)甘蓝型油菜(Brassica napus L.)的生长及根、茎、叶、荚、籽粒吸收和转运锑的能力。结果表明:常香油3号的单株干质量(126.84 g)远高于其他供试油菜的,具有较明显的生长优势;油菜叶、荚、根、茎、籽粒中锑含量依次降低,叶中锑含量远高于其他器官的,是油菜中锑的主要富集部位,油菜茎、叶、荚、籽粒中锑含量与根中锑含量呈极显著(P生物富集系数分别为1.11和0.06,分别为29个品种(系)中最高和最低的,分别属于高积累和低积累品种,它们籽粒中锑质量分数仅为0.38和0.22 mg/kg,两者均可作为锑污染土壤修复的优选油菜品种;茎到叶(TFSL)、茎到荚(TFSP)、茎到籽粒(TFSS)、根到茎(TFRS)、荚到籽粒(TFPS)、叶到荚(TFLP)、叶到籽粒(TFLS)的转运系数依次降低;籽粒锑含量与TFRS呈显著(P<0.05)正相关,与TFPS、TFLS、TFSS呈极显著(P<0.01)正相关,与TFSP呈极显著(P<0.01)负相关,说明油菜籽粒锑含量主要决定于荚和叶中锑向籽粒的转运能力。

关键词：油菜锑品种筛选富集转运

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黄桃叶绿体基因组的组装与序列分析

热带作物学报 2022年第8期43卷 1545-1553页

作者：龚意辉周桂花李丽梅曾永贤陈致印湖南人文科技学院农业与生物技术学院湖南娄底417000

以‘锦绣’黄桃为试材,利用Illumina NovaSeq 6000测定‘锦绣’黄桃的DNA序列,用SPAdes v3.10.1组装叶绿体基因组,以桃树叶绿体基因组为参考,对其进行叶绿体基因组特征和进化树分析,为进一步开展‘锦绣’黄桃遗传与鉴定学研究奠定良好... 详细信息

以‘锦绣’黄桃为试材,利用Illumina NovaSeq 6000测定‘锦绣’黄桃的DNA序列,用SPAdes v3.10.1组装叶绿体基因组,以桃树叶绿体基因组为参考,对其进行叶绿体基因组特征和进化树分析,为进一步开展‘锦绣’黄桃遗传与鉴定学研究奠定良好基础。结果表明:‘锦绣’黄桃叶绿体基因组全长为157 786 bp,具有典型的四分体环状结构,GC含量为36.77%,AT含量为63.23%,包括1个大单拷贝区(LSC)、1对反向重复区(IR)和1个小单拷贝区(SSC),序列长度分别为85 924、26 381、19 100 bp,LSC、IR和SSC区域中的GC含量分别为34.61%、42.58%、30.41%。‘锦绣’黄桃的叶绿体基因组共注释得到130个基因,包括85个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因;按照功能分类将其分为光合作用相关基因、自我复制相关基因、其他基因和未知功能基因4大类,在这些基因中包括18个双拷贝基因,分别是1个NADH脱氢酶亚基基因(ndhB)、4个自我复制基因(rpl2、rpl23、rps12、rps7)、4个rRNA基因(rrn16、rrn23、rrn4.5、rrn5)、7个tRNA基因(trnA-UGC、trnI-CAU、trnI-GAU、trnL-CAA、trnN-GUU、trnR-ACG、trnV-GAC)、2个未知功能蛋白基因(ycf1、ycf2)。在‘锦绣’黄桃叶绿体基因组中查找248个SSR位点,分布在LSC、SSC、IR区域的SSR数量分别为165、44、39个,占比分别为66.53%、17.74%、15.73%,以单核苷酸重复占绝对优势,主要是A/T,其次是三核苷酸类型,其优势重复单元类型是ATA、TAT和TTA。进化树分析表明,‘锦绣’黄桃与桃树(Prunus persica,MH169125.1)亲缘关系最近。本研究建立了适于‘锦绣’黄桃完整叶绿体基因组组装及其特征分析的方法,为‘锦绣’黄桃的鉴定和系统发育研究奠定基础。

关键词： ‘锦绣’黄桃叶绿体基因组组装序列分析进化树分析

金冠8-18油桃叶绿体全基因组序列特征及其系统发育

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江苏农业科学 2023年第19期51卷 30-36页

作者：龚意辉谢雪阳魏媛媛周桂花李丽梅曾永贤湖南人文科技学院农业与生物技术学院湖南娄底417000

以金冠8-18油桃为试材,利用Illumina NovaSeq 6000测定金冠8-18的DNA序列,采用SPAdes v3.10.1软件组装叶绿体基因组,以桃树叶绿体基因组(MZ673795.1)为参考序列,对金冠8-18叶绿体基因组序列特征及其系统发育地位进行研究。结果表明:金冠... 详细信息

以金冠8-18油桃为试材,利用Illumina NovaSeq 6000测定金冠8-18的DNA序列,采用SPAdes v3.10.1软件组装叶绿体基因组,以桃树叶绿体基因组(MZ673795.1)为参考序列,对金冠8-18叶绿体基因组序列特征及其系统发育地位进行研究。结果表明:金冠8-18叶绿体基因组长度为153754 bp,包括大单拷贝区(LSC,85923 bp),小单拷贝区(SSC,19100 bp)以及2个反向重复序列(IR,26381 bp),AT和GC总含量分别为63.23%、36.77%。共在金冠8-18叶绿体基因组中注释到133个基因,其中含编码基因(CDS)、转运RNA基因、核糖体RNA基因、假基因数分别为84、37、8、4个。按照功能分类将基因分成4类:光合作用相关基因共44个、自我复制相关基因共58个、其他基因共5个、未知功能基因6个,其中含1个和2个内含子的基因数分别为14、3个。共鉴定出251个SSR位点,包括158个单核苷酸重复位点,93个复合核苷酸重复位点。系统发育分析表明:金冠8-18与桃树(MH169125.1)的亲缘关系最近。本研究丰富了金冠8-18遗传资源信息,为油桃品种鉴定、遗传育种和系统发育研究提供了分子依据和理论支撑。

关键词：油桃叶绿体基因组组装 SSR位点系统发育

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穇子馒头生产工艺及体外抗氧化性研究

食品安全质量检测学报 2022年第3期13卷 753-758页

作者：杨玉成肖莲荣罗育才袁悍湖南人文科技学院农业与生物技术学院娄底417000

目的研究穇子馒头生产工艺及其抗氧化性。方法采用单因素试验和正交试验,以感官评分为评价指标,研究穇子粉添加量、谷朊粉添加量、酵母的添加量和发酵时间对馒头品质的影响,并通过羟基自由基清除法分析穇子馒头的体外抗氧化效果。结果... 详细信息

目的研究穇子馒头生产工艺及其抗氧化性。方法采用单因素试验和正交试验,以感官评分为评价指标,研究穇子粉添加量、谷朊粉添加量、酵母的添加量和发酵时间对馒头品质的影响,并通过羟基自由基清除法分析穇子馒头的体外抗氧化效果。结果穇子馒头的最佳工艺条件为:以高筋面粉100 g为基准,穇子粉添加量20 g、谷朊粉添加量15 g、酵母粉添加量1.50 g,发酵时间为30 min;在样品质量浓度分别为5%、10%、15%、20%、25%时,穇子馒头对羟基自由基的清除率分别为29.79%、38.61%、39.08%、45.80%、51.71%。结论在最佳工艺条件下研制的穇子馒头色泽呈淡绛紫色、穇子风味浓郁、组织结构均匀、咀嚼性好,与未添加穇子粉的普通白馒头相比较,穇子馒头具有较好的体外抗氧化效果。

关键词：穇子馒头抗氧化性

中国接合旗腹蜂属二新种及分种检索表(膜翅目:旗腹蜂科)

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Entomotaxonomia 2023年第1期45卷 66-72页

作者：陈曹玲刘伯群李意成湖南人文科技学院农业与生物技术学院湖南娄底417000

记述中国接合旗腹蜂属2新种:黑底接合旗腹蜂Zeuxevania achlys Chen,Liu&Li sp.nov.和短柄接合旗腹蜂Zeuxevania brevipetiolata Chen,Liu&Li sp.nov.。编制了中国接合旗腹蜂属分种检索表。

关键词：姬蜂总科旗腹蜂分类