检索结果-南通市图书馆

自转录活性调节区测序技术在增强子发现研究中的应用

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遗传 2024年第8期46卷 589-602页

作者：王纪龙李青战廷正广西医科大学寄生虫学教研室南宁530021 广西医科大学细胞生物学教研室南宁530021 广西高校区域性疾病基础研究重点实验室(广西医科大学) 南宁530021

自转录活性调节区测序(self-transcribing active regulatory region sequencing,STARR-seq)是一种可发现并同时验证全基因组增强子活性的高通量测序方法。其原理为:将待验证序列插入质粒载体并电转入细胞中,该序列在作为增强子提高靶... 详细信息

自转录活性调节区测序(self-transcribing active regulatory region sequencing,STARR-seq)是一种可发现并同时验证全基因组增强子活性的高通量测序方法。其原理为:将待验证序列插入质粒载体并电转入细胞中,该序列在作为增强子提高靶基因转录的同时,其本身也作为靶基因被增强转录。通过对转录组进行测序,并对比未插入片段的测序结果,可获得增强子在基因组位置及活性的信息。在传统增强子研究方法中,通过对染色质开放区域和转录活性区域进行测序以预测增强子,但只能逐一验证预测结果,无法高通量验证增强子活性。STARR-seq技术解决了上述缺陷,可在对全基因组增强子高通量挖掘的同时,对其活性进行可靠的验证。自STARR-seq技术发明以来,已被广泛运用于不同物种与细胞中的增强子发现及活性验证研究。本文对传统增强子预测方法以及STARR-seq技术的基本原理、发展历史和具体运用进行了介绍,并对其发展前景进行展望,以期为后续增强子相关领域研究人员提供参考。

关键词：自转录活性区域测序增强子转录调控单核苷酸多态性

运动及复杂环境抑制细菌脂多糖诱导的中脑黑质多巴胺能神经元损伤

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解剖学报 2024年第3期55卷 253-259页

作者：曹聪黄沁雯王红许泽婷张婵单亦文范肖肖廖敏温州医科大学基础医学院浙江温州325035 温州医科大学基础医学院组织学与胚胎学教研室浙江温州325035 温州医科大学检生学院生物学实验教学中心浙江温州325035 温州医科大学公共卫生与管理学院浙江温州325035

目的探讨运动和复杂环境对细菌脂多糖(LPS)诱导的中脑黑质多巴胺能神经元死亡的影响。方法将C57BL/6小鼠分为对照组、LPS组、LPS+游泳组和LPS+复杂环境组,每组各7只。LPS组小鼠通过脑立体定位注射建立帕金森病炎症模型,置于鼠笼中生活2... 详细信息

目的探讨运动和复杂环境对细菌脂多糖(LPS)诱导的中脑黑质多巴胺能神经元死亡的影响。方法将C57BL/6小鼠分为对照组、LPS组、LPS+游泳组和LPS+复杂环境组,每组各7只。LPS组小鼠通过脑立体定位注射建立帕金森病炎症模型,置于鼠笼中生活2周。LPS+游泳组小鼠模型制作后每日强迫进行游泳运动15 min,运动2周。LPS+复杂环境组小鼠模型制作后置于复杂环境生活2周。对照组小鼠不做处理。模型制作14 d后,对各组小鼠进行足迹、旷场和滚轴等行为学实验,检测小鼠的自主运动能力、运动平衡能力和抑郁水平;免疫组织化学染色和Western blotting检测中脑黑质中酪氨酸羟化酶(TH)的表达;Western blotting检测中脑黑质中脑源性神经生长因子(BDNF)、Caspase-3、白细胞介素(IL)-1β、IL-6和肿瘤坏死因子α(TNF-α)的表达;RT-PCR检测中脑黑质中IL-1β、IL-6和TNF-α转录水平。结果与对照组相比,LPS组、LPS+游泳组、LPS+复杂环境组小鼠的运动能力和平衡能力均有所下降,抑郁水平有所上升(P<0.001),TH阳性神经元存活数量和BDNF蛋白量均显著减少(P<0.001),Caspase-3及IL-1β、IL-6和TNF-α含量均显著增高(P<0.001)。与LPS组相比,LPS+游泳组和LPS+复杂环境组小鼠的运动能力和平衡能力均有所恢复,抑郁水平显著下降(P<0.01),TH阳性神经元存活数量及BDNF含量均显著增多(P<0.01),Caspase-3及IL-1β、IL-6和TNF-α均显著减少(P<0.01),且LPS+复杂环境组现象更为显著。结论运动和复杂环境能抑制LPS诱导的小鼠中枢神经系统炎症,从而减轻对中脑黑质神经元的损伤,且LPS+复杂环境组的抑制效果更为显著。

关键词：运动复杂环境炎症多巴胺能神经元细菌脂多糖行为学实验免疫印迹法小鼠

人类白细胞抗原G与COVID-19研究进展

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第5期44卷 441-446页

作者：林爱芬颜卫华温州医科大学附属台州医院生物资源中心台州317000 温州医科大学附属台州医院中心实验室台州317000

宿主抗病毒免疫应答对于入侵病毒清除和疾病控制至关重要。COVID-19患者常见免疫细胞数量显著减少和功能耗竭,与疾病严重程度和不良预后密切相关。人类白细胞抗原G(human leucocyte antigen G,HLA-G)是一种重要的免疫检查点分子,能特异... 详细信息

宿主抗病毒免疫应答对于入侵病毒清除和疾病控制至关重要。COVID-19患者常见免疫细胞数量显著减少和功能耗竭,与疾病严重程度和不良预后密切相关。人类白细胞抗原G(human leucocyte antigen G,HLA-G)是一种重要的免疫检查点分子,能特异性结合免疫细胞表达的多种免疫抑制性受体,系统性抑制机体免疫应答。近来研究显示,HLA-G基因多态性及其分子表达对SARS-CoV-2易感性及COVID-19疾病进展具有重要意义。本文就HLA-G基因及分子特点、HLA-G/受体信号转导与免疫功能调节、HLA-G与COVID-19疾病进展等方面进行综述。

关键词：人类白细胞抗原G SARS-CoV-2 COVID-19 免疫应答易感性

人巨细胞病毒UL95抗原表位肽段测定在SLE诊断中的意义

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中华检验医学杂志 2024年第9期47卷 1042-1051页

作者：胡亚徐臣玉强薇章慧娣冯方方温州医科大学附属第一医院肾内科温州325000 温州医科大学基础医学院温州325000 温州医科大学第一临床医学院温州325000 温州医科大学基础医学院形态教学实验中心温州325000

目的探讨人巨细胞病毒(HCMV)UL95基因的优势B细胞表位肽段在诊断系统性红斑狼疮(SLE)疾病中的临床意义,以及SLE患者血浆中UL95特异性抗体水平和临床指标的相关性,以期找到SLE疾病的辅助诊断指标。方法采用非随机对照研究,分析HCMV UL95... 详细信息

目的探讨人巨细胞病毒(HCMV)UL95基因的优势B细胞表位肽段在诊断系统性红斑狼疮(SLE)疾病中的临床意义,以及SLE患者血浆中UL95特异性抗体水平和临床指标的相关性,以期找到SLE疾病的辅助诊断指标。方法采用非随机对照研究,分析HCMV UL95基因序列特征及其多态性,并利用生物信息学分析并化学合成UL95优势B细胞表位短肽,将UL95合成短肽作为包被抗原,ELISA法检测97例SLE患者及35名健康对照者(HC)血浆中UL95的特异性抗体水平,ROC曲线分析UL95短肽抗体对于SLE的诊断价值,Pearson相关性检验分析UL95特异性抗体水平与SLE患者临床指标的相关性。结果UL95基因核苷酸序列相似性为92.9%~100%,氨基酸序列相似性为92.1%~100%,序列高度保守,具有同源性。多种参数综合预测得到可能优势B细胞表位6个,分别命名为(Bp1、Bp2、Bp3、Bp4、Bp5、Bp6)。ELISA结果显示SLE患者血浆中的UL95特异性抗体水平(0.35±0.12)高于HC组(0.28±0.10)(t=3.091,P=0.002)。区分SLE和HC的ROC曲线下面积为0.703,敏感度为54.6%,特异度为88.6%。此外中高活动亚组(SLEDAI≥4)的UL95特异性抗体水平(OD值)(0.36±0.10)高于低活动亚组(SLEDAI疾病活动度有关,UL95的Bp1(10~21)肽段对SLE辅助诊断有重要意义,有望成为一种新的参考指标。

关键词：巨细胞病毒红斑狼疮,系统性抗原,B细胞

影响睾丸3β-羟基类固醇脱氢酶的内分泌干扰物及其作用机制进展

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中华生殖与避孕杂志 2024年第6期44卷 602-609页

作者：潘承双王佩玉费前进葛仁山温州医科大学附属第一医院生殖中心温州325000 温州医科大学附属第二医院妇产科温州325000

睾丸3β-羟基类固醇脱氢酶(3β-hydroxysteroid dehydrogenase,3β-HSD)是一种类固醇生成酶,催化3β-羟基类固醇转化为3-酮类固醇。目前已克隆了人类的两种不同亚型,HSD3B1和HSD3B2;其中,HSD3B2位于睾丸中,表达3β-HSD2。HSD3B2是一种... 详细信息

睾丸3β-羟基类固醇脱氢酶(3β-hydroxysteroid dehydrogenase,3β-HSD)是一种类固醇生成酶,催化3β-羟基类固醇转化为3-酮类固醇。目前已克隆了人类的两种不同亚型,HSD3B1和HSD3B2;其中,HSD3B2位于睾丸中,表达3β-HSD2。HSD3B2是一种双底物酶,可与辅因子NAD^(+)和3β-类固醇结合。许多内分泌干扰物,包括工业化合物(邻苯二甲酸盐、双酚类、全氟烷基物质和二苯甲酮类)、杀虫剂和杀菌剂(有机氯杀虫剂和有机锡)、食品添加剂(丁基羟基苯甲醚、白藜芦醇、棉酚、黄酮和异黄酮、类姜黄素和查尔酮类)和药物(依托咪酯、甲羟孕酮和酮康唑)可抑制睾丸中3β-HSD的活性,可能干扰雄激素合成。本文总结了3β-HSD的独特睾丸亚型,其基因、化学、亚细胞、位置以及直接抑制睾丸3β-HSD的内分泌干扰物及其抑制模式,期望为临床研究雄激素调控方法及以雄激素为靶点的药物研发提供参考。

关键词： 3β-羟基类固醇脱氢酶睾酮生成类固醇生成环境内分泌干扰物多酚邻苯二甲酸盐

基于Web of Science的巩膜镜研究态势文献计量分析

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中华实验眼科杂志 2024年第2期42卷 152-158页

作者：徐浩周万里翟晶李旖旎郭迎暄温州医科大学附属眼视光医院温州325027 温州医科大学附属眼视光医院杭州院区杭州310020

目的通过文献计量方法分析Web of Science数据库中巩膜镜的研究现状。方法检索2013年1月至2022年12月Web of Science核心合集数据库收录的巩膜镜相关文献,采用CiteSpace工具对文献进行可视化分析,对文献发文量、国家及机构分布、核心作... 详细信息

目的通过文献计量方法分析Web of Science数据库中巩膜镜的研究现状。方法检索2013年1月至2022年12月Web of Science核心合集数据库收录的巩膜镜相关文献,采用CiteSpace工具对文献进行可视化分析,对文献发文量、国家及机构分布、核心作者信息、刊文期刊分布及关键词聚类等方面进行综合分析。结果共检索到340篇文献,相关文献分别刊载在54种期刊,平均每种期刊约6.3篇,涉及301位作者;该研究领域覆盖35个国家或地区,共256个研究机构;学科发展主要集中在美国、印度、西班牙、澳大利亚,主要研究领域为巩膜镜(巩膜接触镜)、眼表疾病、角膜水肿、小型巩膜接触镜等方面。近10年来,巩膜镜的研究热点变化趋势为从最初的巩膜接触镜与眼表疾病相结合的研究,到后续的眼表人工置换研究,再到角膜间隙及形状方面的研究。2013—2021年主要关注的主题为眼表疾病、巩膜接触镜及角膜水肿,而在2021年后,眼表疾病和角膜移植术的相关研究有衰落趋势。2013年1月至2022年12月巩膜镜相关的突现词主要包括:第1阶段为巩膜接触镜、移植、抗宿主病、假体装置等研究;第2阶段为眼表生态系统人工置换、不规则角膜等研究;第3阶段为角膜间隙、特有形状等研究。光学相干断层扫描和角膜地形图是巩膜镜研究和验配的常用检查。结论目前巩膜镜主要应用于干眼、角膜扩张、角膜炎、角膜移植(特别是穿透角膜移植术后)和屈光不正;眼表人工置换、角膜间隙及形状是近年的研究热点。

关键词：干眼角膜疾病角膜移植屈光不正巩膜镜文献计量学 CiteSpace 综合分析

维普期刊数据库博看期刊

采用RNA测序技术分析儿童呼吸道合胞病毒毛细支气管炎的转录组特征

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中华预防医学杂志 2024年第1期58卷 71-80页

作者：王乐颖乐伊莎李海燕刘振伟翁婷婷陈小芳留佩宁董琳温州医科大学附属第二医院育英儿童医院儿童呼吸科温州325027 温州医科大学基因组医学研究院温州325025 温州医科大学附属第二医院育英儿童医院儿童保健科温州325027

本研究通过对呼吸道合胞病毒(RSV)毛细支气管炎患儿血白细胞进行RNA测序,探讨与发病机制及疾病严重度相关的生物学特征。本研究是一项病例对照研究,以2019年10月至2022年4月于温州医科大学附属第二医院儿童呼吸科住院临床诊断为毛细支... 详细信息

本研究通过对呼吸道合胞病毒(RSV)毛细支气管炎患儿血白细胞进行RNA测序,探讨与发病机制及疾病严重度相关的生物学特征。本研究是一项病例对照研究,以2019年10月至2022年4月于温州医科大学附属第二医院儿童呼吸科住院临床诊断为毛细支气管炎,RSV抗原阳性和(或)RSV核酸阳性的87例患儿作为病例组,将病例组按病情分为轻、中、重三组,按有无特应征分为特应征组和无特应征组,选择同期40名健康体检儿童作为对照组,提取病例组和对照组儿童的全血白细胞RNA进行测序,分析数据得到差异表达基因(DEGs),再通过基因本体论(GO)注释、京都基因和基因组百科全书(KEGG)注释、蛋白质相互作用网络(PPI)构建筛选与发病机制、病情以及特应征相关的免疫生物学通路及基因。通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建共表达网络,寻找与疾病严重度相关的潜在生物学指标。结果显示,病例组与对照组相比DEGs共有1782个,其中上调基因1586个,下调基因196个,这些DEGs的GO通路富集显示在分子功能中主要富集在过氧化物酶活性、氧化还原酶活性等过程,在细胞学组分中主要富集在细胞质囊泡腔、分泌颗粒腔中,在生物学过程中主要富集在中性粒细胞激活参与免疫反应、中性粒细胞脱颗粒、中性粒细胞激活等过程。DEGs的KEGG富集分析显示主要富集于病毒蛋白与细胞因子及其受体的相互作用信号通路。构建PPI网络后得到CCL2、IL-10、MMP9和JUN共4个处于核心位置的基因。不同病情组与对照组比较所得DEGs主要富集在逆行内源性大麻素信号转导和细胞凋亡通路上。WGCNA分析显示与血氧饱和度相关的棕色模块与病情关系最为密切,其基因主要富集在RNA解旋酶维甲酸诱导基因-I(RIG-I)样受体信号通路上。特应征组的特异性DEGs有230个,无特应征组的特异性DEGs有444个,KEGG富集分析结果显示两组均富集到NF-κB信号通路上,特应征不会导致RSV毛细支气管炎儿童免疫反应和转录组特征发生明显改变。综上,中性粒细胞激活、脱颗粒途径以及病毒蛋白与细胞因子及细胞因子受体的相互作用信号通路参与RSV毛细支气管炎宿主的免疫反应。CCL2、IL-10、MMP9和JUN基因可能与发病相关。在RIG-I样受体、细胞凋亡及内源性大麻素相关的信号通路中可能存在与疾病严重度相关的潜在生物学标志物。

关键词：呼吸道合胞病毒毛细支气管炎疾病严重程度 RNA测序

CDK8通过JAK2/STAT3/EMT途径促进食管鳞状细胞癌的细胞增殖、迁移和侵袭(英文)

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生物化学与生物物理进展 2024年

作者：屈杭帅田雄潘怡晓鲍佳倩叶璐霞郑敬民温州医科大学附属台州医院公共实验室温州医科大学附属台州医院病理科

目的本研究旨在探究细胞周期蛋白依赖性激酶8（cyclin-dependentkinase8，CDK8）在食管鳞状细胞癌（esophagealsquamouscellcarcinoma，ESCC）中的表达情况及其对ESCC细胞的影响，并探讨潜在的分子机制。方法首先通过UALCAN数据库分析... 详细信息

目的本研究旨在探究细胞周期蛋白依赖性激酶8（cyclin-dependentkinase8，CDK8）在食管鳞状细胞癌（esophagealsquamouscellcarcinoma，ESCC）中的表达情况及其对ESCC细胞的影响，并探讨潜在的分子机制。方法首先通过UALCAN数据库分析了CDK8mRNA的表达水平，然后利用免疫组织化学技术检测了CDK8蛋白在ESCC患者肿瘤组织中的表达水平。利用慢病毒稳定转染食管癌Kyse-30及Kyse-150细胞株以敲低及过表达CDK8，通过EdU增殖实验、细胞集落形成实验、细胞周期实验、细胞划痕实验和侵袭实验等多种方法探究CDK8蛋白的表达水平改变对食管鳞癌细胞表型的影响。随后，通过小鼠皮下成瘤试验观察CDK8对体外食管癌移植瘤生长的影响。最后通过蛋白质印迹法检测增殖和转移相关蛋白质的表达情况。结果与正常食管组织相比，CDK8在ESCC组织中转录和蛋白质表达水平均较高。敲低CDK8的表达能够显著抑制ESCC细胞的增殖、迁移和侵袭；此外，抑制CDK8表达可显著影响JAK2/STAT3通路以及E-cadherin/N-cadherin/Vimentin的表达，过表达CDK8则可以逆转上述结果，抑制STAT3通路逆转了CDK8过表达对ESCC细胞表型的促进作用。结论 CDK8是ESCC的促癌因子，可介导JAK2/STAT3磷酸化水平以及上皮-间充质转化（epithelial-mesenchymal transition， EMT）的过程。

关键词： CDK8 食管鳞状细胞癌 JAK2/STAT3 上皮-间充质转化

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同方期刊数据库

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中国食管癌时空分布特征研究

中华肿瘤杂志 2024年第7期46卷 657-662页

作者：赖少萍粟海媚刘亚文张孟齐黄振秋刘佳欣黄宏温州医科大学公共卫生学院温州325035 温州医科大学公共卫生学院/浙江省流域水环境与健康风险研究重点实验室温州325035

目的采用空间流行病学方法,以县(市、区)为尺度,探索中国居民食管癌发病率和死亡率的时间变化趋势和空间分布特征,为食管癌的防治工作提供本土化证据。方法数据来源为国家癌症中心发布的2008—2019版《中国肿瘤登记年报》中2005—2016... 详细信息

目的采用空间流行病学方法,以县(市、区)为尺度,探索中国居民食管癌发病率和死亡率的时间变化趋势和空间分布特征,为食管癌的防治工作提供本土化证据。方法数据来源为国家癌症中心发布的2008—2019版《中国肿瘤登记年报》中2005—2016年食管癌发病率(粗率)和死亡率(粗率),采用Joinpoint模型进行时间趋势分析。选取2016年肿瘤登记地区作为空间特征分析的研究区域,共计487个县(市、区),覆盖27.6%的中国人口数。使用Arcgis 10.6软件进行空间自相关分析揭示空间分布特征,使用SaTScan 9.5软件进行空间扫描统计分析空间聚类特征,计算不同窗口下的对数似然比(LLR)和相对危险度(RR),LLR值最大的区域代表最有可能的聚类。结果2005—2016年中国食管癌发病率和死亡率呈现先升后降的趋势。2016年食管癌的发病率和死亡率具有空间正相关性特征,高发病率和高死亡率主要聚集在淮河流经的地区,一级聚集区(高发病率聚集区LLR=6374.41,RR=2.37,P疾病负担具有明显的空间差异性,对于淮河流域等高危聚集区应因地制宜采取措施。

关键词：食管肿瘤空间自相关扫描统计量高危聚集地理环境