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基于GEO数据库筛选胃癌差异表达基因及其功能和通路富集分析

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南方医科大学学报 2024年第3期44卷 605-616页

作者：梁一豪赖颖君袁燕文袁炜张锡波张拔山卢志锋南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)检验科广东东莞523059 南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)消化内科广东东莞523059 南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)病理科广东东莞523059

目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因(DEGs)并进行分子功能和... 详细信息

目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因(DEGs)并进行分子功能和信号通路的富集分析,构建蛋白质互作网络(PPI),根据网络节点和位置筛选出核心基因,利用癌症基因图谱(TCGA)中胃腺癌(STAD)的全基因组测序数据对核心基因进行表达水平和诊断预后的验证分析,最后通过qRT-PCR检测核心基因在不同胃癌细胞株中的表达水平。结果共筛选出77个DEGs,主要位于细胞外基质(ECM)与基底膜,具有氧化还原酶和ECM受体配体活性,参与机体消化和激素代谢等生物学过程,与胃酸分泌、视黄醇和激素代谢等信号通路相关。共获得9个核心基因,其中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3和THY1在胃癌中表达上调(P病理组织中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3的高表达得到验证;qRT-PCR检测发现,核心基因在不同的胃癌细胞株中不尽相同,但表达趋势基本符合。结论SPARC、TIMP1、THBS2等DEGs可能与胃癌的发生发展有关,可能作为潜在的候选分子标志物,用于胃癌的早期诊断和预后判断。

关键词：胃癌基因芯片生物信息学分析差异表达基因分子标志物

左侧乳腺癌保乳术后ABC与Catalyst呼吸门控系统动态调强放疗的剂量学分析

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中华放射医学与防护杂志 2024年第5期44卷 415-420页

作者：史亚滨陈伟思徐逸李隆兴陈洪涛李子煌深圳市人民医院暨南大学第二临床医学院南方科技大学第一附属医院肿瘤放疗科深圳518020 海南医学院第一附属医院放疗科海口570102 深圳市第三人民医院感染二科深圳518112

目的对比自主呼吸门控系统(ABC)和Catalyst呼吸门控系统在左侧乳腺癌保乳术后的剂量学差异。方法回顾性选取深圳市人民医院放疗科2020年11月至2021年8月收治的左侧乳腺癌保乳术后女性患者48例,分成ABC和Catalyst组,设计动态调强放疗(IM... 详细信息

目的对比自主呼吸门控系统(ABC)和Catalyst呼吸门控系统在左侧乳腺癌保乳术后的剂量学差异。方法回顾性选取深圳市人民医院放疗科2020年11月至2021年8月收治的左侧乳腺癌保乳术后女性患者48例,分成ABC和Catalyst组,设计动态调强放疗(IMRT)计划。分析2组计划的靶区和危及器官的剂量学差异。结果2组呼吸门控IMRT计划在胸壁靶区的D_(90%)、D_(98%)、D_(max)、D_(mean)、适形指数、均匀性指数及机器跳数方面差异无统计学意义(P>0.05)。2种呼吸门控深吸气屏气(DIBH)模式IMRT计划在患侧肺、心脏方面差异无统计学意义(P>0.05)。ABC组和Catalyst组冠状动脉左前降支D_(mean)、D_(max)、D2%依次为(1047.72±1401.84)vs.(454.48±206.26)、(1619.28±809.05)vs.(1068.53±419.63)、(1405.85±798.30)vs.(1016.54±592.00)cGy,Catalyst优于ABC呼吸门控组,差异有统计学意义(t=-2.07、-3.18、-2.07,P一步降低冠状动脉左前降支受照射剂量。

关键词：深吸气屏气呼吸门控调强放疗保乳术

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乳晕基底细胞癌1例

中国皮肤性病学杂志 2024年

作者：骆万婷姜阳阳鲁巧云阳芳深圳市人民医院暨南大学第二临床医学院南方科技大学第一附属医院皮肤科国家皮肤与免疫疾病临床医学研究中心分中心建设单位深圳市人民医院暨南大学第二临床医学院南方科技大学第一附属医院病理科湖北文理学院附属医院襄阳市中心医院皮肤科

患者女，28岁，左侧乳晕斑丘疹2年，反复破溃2周。皮肤科情况：左侧乳晕外缘可见一2.5 mm×4.0 mm大小的褐色斑丘疹，斑丘疹中央可见糜烂。皮肤镜下可见枫叶样区域、蓝灰色小球、蓝灰色卵圆巢、树枝状毛细血管扩张及溃疡。组织病理见浅... 详细信息

患者女，28岁，左侧乳晕斑丘疹2年，反复破溃2周。皮肤科情况：左侧乳晕外缘可见一2.5 mm×4.0 mm大小的褐色斑丘疹，斑丘疹中央可见糜烂。皮肤镜下可见枫叶样区域、蓝灰色小球、蓝灰色卵圆巢、树枝状毛细血管扩张及溃疡。组织病理见浅表的嗜碱性基底样细胞突起向下延伸入真皮，外周细胞栅栏状排列，可见收缩间隙。诊断：基底细胞癌。予手术治疗，随访2年无复发。

关键词：基底细胞癌乳晕乳房乳头乳晕复合体

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南方医科大学学报 2024年第6期44卷 1209-1216页

作者：孙畅郑士耀李梅杨铭秦梦园徐媛梁伟华胡建明王良海李锋周虹杨兰石河子大学医学院病理系//石河子大学第一附属医院病理科新疆维吾尔自治区石河子832000 首都医科大学附属北京朝阳医院病理科北京100000 乳山市人民医院病理科山东威海264200 烟台市莱阳中心医院病理科山东烟台264000 澳大利亚悉尼大学ANZAC研究所悉尼2050

目的探讨食管鳞状细胞癌(鳞癌)中干性相关分子胚胎干细胞关键因子(Nanog)和侵袭迁移相关分子基质金属蛋白酶-2(MMP-2)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)蛋白的表达及其之间的调控关系。方法运用免疫组织化学技术检测127例食管鳞癌组织和82例... 详细信息

目的探讨食管鳞状细胞癌(鳞癌)中干性相关分子胚胎干细胞关键因子(Nanog)和侵袭迁移相关分子基质金属蛋白酶-2(MMP-2)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)蛋白的表达及其之间的调控关系。方法运用免疫组织化学技术检测127例食管鳞癌组织和82例癌旁正常组织中Nanog和MMP-2/MMP-9蛋白的表达情况,分析Nanog和MMP-2/MMP-9蛋白的表达水平、相关性及与食管鳞癌患者的临床病理参数和预后之间的关系;采用GEO数据库分析Nanog等干性相关分子主要富集通路;应用TIMER在线网站分析食管癌中TβR1和MMP-2及MMP-9的相关性。在体外运用siRNA转染的方式将食管鳞癌细胞株分为正常对照组、Nanog低表达组,采用划痕实验分析其对食管鳞癌细胞迁移的影响,qRT-PCR及Western blotting检测两组之间TβR1、p-Smad2/3、MMP-2/MMP-9的表达情况。结果 Nanog和MMP-2/MMP-9蛋白在食管鳞癌组织中表达均上调(χ^(2)=70.475,P0.05)。Kaplan-Meier生存分析显示,Nanog和MMP-2/MMP-9蛋白高表达组的食管鳞癌患者生存时间短于低表达组(P<0.001;P=0.004;P=0.017);生物信息学分析显示,Nanog等干性相关分子主要富集在转化生长因子-β(TGF-β)信号通路,MMP-2/MMP-9与TβR1表达在食管癌中呈正相关关系。体外划痕实验结果显示,Nanog促进食管鳞癌细胞系的迁移;qRT-PCR及Western blotting结果显示,敲低Nanog后,TβR1、p-Smad2/3、MMP-2/MMP-9的表达水平明显降低。结论 Nanog和MMP-2/MMP-9蛋白在食管鳞癌患者组织中高表达且呈正相关,其与食管鳞癌患者的肿瘤浸润深度、淋巴结转移及预后密切相关,且Nanog通过TGF-β信号通路影响MMP-2/MMP-9蛋白的表达。

关键词：食管鳞状细胞癌胚胎干细胞关键因子基质金属蛋白酶-2/基质金属蛋白酶-9 浸润转移生存分析

成人DICER1基因突变甲状腺肿瘤临床病理特征分析

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中华医学杂志 2024年第18期104卷 1623-1627页

作者：唐娟黄敬敬罗彦丽张立坤王倩倩陈杰刘志艳上海交通大学医学院附属第六人民医院病理科上海山东省临沂市中医医院病理科临沂

筛选病理形态特征提示DICER1基因突变的甲状腺肿瘤37例行Sanger测序检测DICER1基因及BRAF基因。共10例患者表现为DICER1基因体系突变(27.0%), 均为女性, 年龄[M(Q1, Q3)]为38.0(30.5, 47.5)岁, BRAFV600E基因均为野生型。DICER1基因突... 详细信息

筛选病理形态特征提示DICER1基因突变的甲状腺肿瘤37例行Sanger测序检测DICER1基因及BRAF基因。共10例患者表现为DICER1基因体系突变(27.0%), 均为女性, 年龄[M(Q1, Q3)]为38.0(30.5, 47.5)岁, BRAFV600E基因均为野生型。DICER1基因突变肿瘤超声示高-低回声结节, 界限清, 肿瘤周边及内部血流信号丰富。肿瘤局限于甲状腺内, 直径(3.68±1.31)cm。病理特征为:肿瘤绝大多数具有纤维结缔组织包膜, 以大滤泡结构为主、富含胶质, 部分为小滤泡及微滤泡结构、细胞核圆形深染或略淡染, 小至中等大小, 偶见核沟, 缺乏核内假包涵体。免疫组化染色显示Ki67增殖指数2%～10%。所有病例随访11～18个月, 均无复发和远处转移。本研究证实DICER1基因突变与BRAFV600E基因突变互斥。DICER1基因突变甲状腺肿瘤体积偏大, 好发于年轻女性, 预后好。DICER1基因野生型病例可表现为相似形态学特征, 推荐行分子检测。如明确DICER1基因体系突变, 患者应行胚系突变检测确诊除外DICER1综合征以明确是否需要遗传咨询。

关键词：甲状腺肿瘤 DICER1基因突变临床病理特征

铜绿假单胞菌PmrB缺失突变对多黏菌素B耐药的影响

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中国药科大学学报 2024年

作者：邓珍黄维王晓琴广东医科大学药学院深圳市人民医院检验科暨南大学附属第二临床医学院南方科技大学第一附属医院

研究铜绿假单胞菌PmrB△Leu172突变对多黏菌素B耐药的影响。利用同源重组技术构建铜绿假单胞菌PmrB△Leu172突变株，利用微量肉汤稀释法测定多黏菌素B对野生株和突变株的最低抑菌浓度，利用转录组测序明确PmrB△Leu172缺失突变对基因转... 详细信息

研究铜绿假单胞菌PmrB△Leu172突变对多黏菌素B耐药的影响。利用同源重组技术构建铜绿假单胞菌PmrB△Leu172突变株，利用微量肉汤稀释法测定多黏菌素B对野生株和突变株的最低抑菌浓度，利用转录组测序明确PmrB△Leu172缺失突变对基因转录水平的影响，利用反转录荧光定量PCR验证PmrB△Leu172缺失突变对铜绿假单胞菌中受PmrB调控的基因表达水平影响。PmrB△Leu172缺失突变株较野生株最低抑菌浓度与最低杀菌浓度分别提高了4和2倍，突变株表现出对多黏菌素B更强的耐受性；突变株中受PmrB调控的基因表达水平均显著提高。铜绿假单胞菌PmrB△Leu172缺失突变可引起PmrA-PmrB双组分系统的调控能力提升，从而导致铜绿假单胞菌对多黏菌素B产生抗性。

关键词：铜绿假单胞菌 pmrB 耐药性多黏菌素B

脓毒症患者高密度脂蛋白亚组分HDL2b和HDL3水平变化及其与预后的关系

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中国老年学杂志 2024年第6期44卷 1367-1371页

作者：江意春马永辉许智坤夏安笛洪伟庆刘振密刘雪燕深圳市人民医院(暨南大学第二临床医学院南方科技大学第一附属医院)重症医学科广东深圳518020

目的探讨脓毒症患者高密度脂蛋白(HDL)亚组成分HDL2b和HDL3水平的变化及其与病情危重度和预后的关系。方法 2019年1~12月从深圳市人民医院重症医学科选取脓毒症患者73例,非脓毒症患者11例,入院时收集两组一般临床资料、检测血清血脂水... 详细信息

目的探讨脓毒症患者高密度脂蛋白(HDL)亚组成分HDL2b和HDL3水平的变化及其与病情危重度和预后的关系。方法 2019年1~12月从深圳市人民医院重症医学科选取脓毒症患者73例,非脓毒症患者11例,入院时收集两组一般临床资料、检测血清血脂水平[包括总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、三酰甘油(TG)]水平,采用微流控芯片技术测定血浆中HDL2b/HDL及HDL3/HDL的比值,脓毒症患者收集急性生理与慢性健康评估(APACHE)Ⅱ及序贯器官衰竭(SOFA)评分、住ICU时间等临床资料,同时抽血检测降钙素原(PCT)、超敏C反应蛋白(hs-CRP)水平,比较两组血脂、HDL2b和HDL3水平的差异。根据危重症患者28 d生存情况将脓毒症分为存活组及死亡组,分析两组血脂、HDL2b及HDL3水平变化与脓毒症患者病情严重性及预后的相关性。结果脓毒症组LDL-C、HDL2b和TC水平均较非脓毒症组显著下降(P一定的指导作用。

关键词：脓毒症高密度脂蛋白胆固醇微流控技术高密度脂蛋白胆固醇-2b 预后

洛铂对结直肠癌类器官的腹腔热灌注药物敏感性检测

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中华胃肠外科杂志 2024年第5期27卷 486-494页

作者：刘铎王辉邓伟豪兰坚强宋志文朱宇井建玲蔡建深圳市第二人民医院(深圳大学第一附属医院)肛肠外科深圳518025 中山大学附属第六医院结直肠外科广州510655 中山大学附属第六医院病理科广州510655 广东省类器官工程技术研究中心创芯国际生物科技(广州)有限公司广州510650

目的利用结直肠癌患者来源的肿瘤类器官作为临床前模型,对比洛铂与奥沙利铂体外热灌注的药物敏感性,以辅助临床制定腹腔热灌注化疗方案。方法收集2021年7月至2022年12月期间中山大学附属第六医院经病理确诊为结直肠癌的患者手术后切下... 详细信息

目的利用结直肠癌患者来源的肿瘤类器官作为临床前模型,对比洛铂与奥沙利铂体外热灌注的药物敏感性,以辅助临床制定腹腔热灌注化疗方案。方法收集2021年7月至2022年12月期间中山大学附属第六医院经病理确诊为结直肠癌的患者手术后切下的部分肿瘤组织及获取的相关临床资料,对肿瘤组织进行类器官培养及传代,对活性良好的类器官进行体外热灌注实验。首先使用10例类器官分别进行6种浓度梯度(1000、250、62.5、15.6、3.9和0.98μmol/L)的奥沙利铂和洛铂体外热灌注实验,奥沙利铂于42℃环境下与类器官接触30 min,洛铂于42℃环境下与类器官接触60 min,根据绘制的剂量反应曲线,评估两种药物体外热灌注剂量反应能力。进一步使用30例类器官进行奥沙利铂和洛铂临床剂量的测试,奥沙利铂浓度为579μmol/L,热灌注温度为42℃,时间为30 min;洛铂浓度为240μmol/L,热灌注温度为42℃,时间为60 min。评估奥沙利铂和洛铂两种药物的体外热灌注敏感性。结果成功培养了32例结直肠癌患者的肿瘤类器官。奥沙利铂消除50%肿瘤细胞所需的浓度(IC_(50))中位数为577.45μmol/L(IQR:1846.09μmol/L);洛铂的IC_(50)中位数为85.04μmol/L(IQR:305.01μmol/L),两者比较差异无统计学意义(Z=1.784,P=0.084);10个类器官中有7个结果显示洛铂体外热灌注IC_(50)大于奥沙利铂。30例类器官在奥沙利铂和洛铂临床剂量下的测试结果显示:奥沙利铂的平均抑制率为39.6%(95%CI:32.1%~47.0%),洛铂的平均抑制率为89.7%(95%CI:87.0%~92.3%),两者比较差异有统计学意义(t=-15.282,P<0.001)。结论洛铂体外热灌注的抑制率优于奥沙利铂,有希望代替奥沙利铂成为更好的腹腔热灌注化疗药物。

关键词：结直肠肿瘤腹膜转移腹腔热灌注化疗洛铂类器官

基于PDCA循环的卫生帮扶人力管理优化路径分析

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特区经济 2024年第2期421卷 85-88页

作者：彭城周朝华深圳市人民医院(南方科技大学第一附属医院) 广东深圳518020

没有全民健康就没有全面小康。卫生帮扶工作进入到乡村振兴时期如何与脱贫攻坚成果实现有效衔接的关键因素在人。PDCA循环作为医院常用的一种管理手段,在帮扶管理中,通过运用PDCA循环可以有效实现帮扶人才的长效化管理、调动帮扶干部的... 详细信息

没有全民健康就没有全面小康。卫生帮扶工作进入到乡村振兴时期如何与脱贫攻坚成果实现有效衔接的关键因素在人。PDCA循环作为医院常用的一种管理手段,在帮扶管理中,通过运用PDCA循环可以有效实现帮扶人才的长效化管理、调动帮扶干部的工作积极性、提升受援地区卫生人才培养能力及助力干部发掘。

关键词： PDCA循环卫生帮扶人力资源乡村振兴