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一起宋内志贺菌引起的细菌性痢疾暴发病原学检测及分子溯源

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中华预防医学杂志 2022年第4期56卷 437-442页

作者：刘江孙永张洁曾凡荣王小波朱利杰孙梦阳余寿杰淮南市疾病预防控制中心微生物检验科淮南232033 安徽省疾病预防控制中心微生物检验科合肥230601

目的对淮南市发生的一起宋内志贺菌暴发疫情进行病原学溯源分析,并对菌株毒力基因和耐药谱进行检测。方法采集2020年8月淮南市一起感染性腹泻暴发疫情相关水样、粪便,进行多重病原体核酸检测和分离培养,对分离的宋内志贺菌进行毒力基因... 详细信息

目的对淮南市发生的一起宋内志贺菌暴发疫情进行病原学溯源分析,并对菌株毒力基因和耐药谱进行检测。方法采集2020年8月淮南市一起感染性腹泻暴发疫情相关水样、粪便,进行多重病原体核酸检测和分离培养,对分离的宋内志贺菌进行毒力基因PCR检测、微量肉汤法药敏检测、脉冲场电泳和全基因组测序溯源分析。结果56份黏稀样粪便分离出38株宋内志贺菌(阳性率67.86%),血清型均为宋内志贺菌Ⅰ相;3份末梢水和井水革兰阴性菌(GN)增菌液荧光PCR检测志贺菌阳性;菌株毒力基因携带情况为侵袭性质粒抗原H(ipaH)阳性(38份),侵袭性质粒抗原H(ipaH)/侵袭相关基因(ial)阳性(31份),侵袭性质粒抗原H(ipaH)/侵袭相关基因(ial)/肠毒素2基因(sen)阳性(1份);耐药谱显示14种抗生素中9种100.00%耐药,仅亚胺培南、氯霉素、头孢他啶、环丙沙星为有效药物;36株菌XbaⅠ限制性酶切图谱带型完全一致,其中3株菌株基因组ST型分析均为ST152型;全基因组测序和分析验证了此次暴发由单一克隆群菌株引起,且揭示此次暴发分离株与数据库中3株中国菌株、1株韩国菌株聚集成一个大簇,而与其他国家的菌株距离较远。结论本起由水源污染单一宋内志贺菌克隆引起,分离株为低毒力株,呈多重耐药表型。

关键词：宋内志贺菌全基因组测序聚合酶链反应药敏试验

2011—2020年广州市肺结核死亡趋势及年龄-时期-队列模型分析

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中国防痨杂志 2025年第1期47卷 44-50页

作者：李雪秋刘群唐科吴迪广州市胸科医院结核病防治所一分所广州510095 广东省生物制品与药物研究所药理研究室广州510440 广州市疾病预防控制中心慢性非传染性疾病预防控制部广州510440 广东医科大学公共卫生学院东莞523808

目的:分析2011—2020年广州市肺结核患者的死亡情况和死亡率变化趋势,为制定防控策略和措施提供科学依据。方法:采用Joinpoint回归模型分析2011—2020年广州市全年龄段人群肺结核死亡率变化趋势,并计算年度变化百分比(annual percent ch... 详细信息

目的:分析2011—2020年广州市肺结核患者的死亡情况和死亡率变化趋势,为制定防控策略和措施提供科学依据。方法:采用Joinpoint回归模型分析2011—2020年广州市全年龄段人群肺结核死亡率变化趋势,并计算年度变化百分比(annual percent change,APC)和平均年度变化百分比(average annual percent change,AAPC);使用年龄-时期-队列模型分析广州市20~85岁人群肺结核死亡风险的年龄、时期和队列效应。结果:广州市2011—2020年报告肺结核死亡患者2144例,年均报告标化死亡率为2.57/10万;男性肺结核标化死亡率为4.19/10万,约为女性标化死亡率(0.96/10万)的4.4倍。10年间广州市肺结核年龄标化死亡率总体呈现下降趋势,AAPC为-4.15%(95%CI:-6.41%~-1.85%,P=0.003);其中,女性肺结核死亡率下降速度高于男性,AAPC分别为-6.72%(95%CI:-10.38%~-2.92%,P=0.004)和-3.55%(95%CI:-6.19%~-0.85%,P=0.017)。在不同年龄段人群中,0~49岁和≥65岁年龄段人群肺结核死亡率均呈现明显下降趋势,AAPC分别为-7.05%(95%CI:-11.52%~-2.34%,P=0.009)和-3.94%(95%CI:-6.22%~-1.62%,P=0.005)。年龄-时期-队列模型的年龄效应显示,随着年龄的增长,肺结核死亡风险不断上升,≥65岁人群尤为显著,发病率由66~67岁年龄组的2.93/10万增长至84~85岁年龄组的6.10/10万。时期效应显示,肺结核死亡风险随着时期的变化总体呈现下降趋势,相对危险度(risk ratio,RR)从2011—2012年时期组的1.35下降至2019—2020年时期组的0.81。队列效应显示,越晚出生的人群肺结核死亡风险越低,RR值从1926—1927年出生队列的5.91降低至1998—1999年出生队列的0.16。结论:广州市肺结核死亡率总体呈不断下降的趋势,但男性和女性肺结核死亡率差距较大。需重点关注男性和≥65岁年龄段的老年人群,并实施针对性的防控和治疗措施。

关键词：结核,肺死亡率回归分析队列研究

MALDI-TOF MS在佩戴过的口罩细菌污染情况研究中的应用

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医学动物防制 2025年第1期 35-39页

作者：丁国涛杨国兴赵艳方彦飞高腾李伟昊邯郸市疾病预防控制中心理化微生物检验科

目的应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)分析不同佩戴时长口罩的细菌污染情况。为相关部门提出合理的口罩佩戴时长提供依据。方法 ... 详细信息

目的应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)分析不同佩戴时长口罩的细菌污染情况。为相关部门提出合理的口罩佩戴时长提供依据。方法于2022年7月招募志愿者在日常工作环境中佩戴口罩，佩戴时长为0.5h、1.0h、2.0h、4.0h、5.0h;使用倾注平板法测定不同佩戴时长口罩内外表面的细菌总数；使用MALDI-TOF MS方法鉴定并分析口罩内外表面细菌丰度。统计学分析采用校正的F检验方法。结果佩戴5.0h口罩内表面与外表面的细菌总数差异有统计学意义[平均值差值(mean deviation,MD)=380.9,P<0.001];佩戴0.5h、1.0h、2.0h和4.0h口罩内表面与外表面的细菌总数差异无统计学意义(MD=9.2,P=0.704;MD=9.3,P=0.701;MD=40.2,P=0.099;MD=19.0,P=0.433)。整个研究共分离320个单菌落。佩戴4.0h的口罩内外表面同时检出的菌属数为2,穿透率最高为33.3%。佩戴5.0h的口罩内外表面同时检出的菌属数为5,穿透率为25.0%～100.0%。结论随佩戴时间延长，口罩内外表面细菌总数增加。同一佩戴时长，口罩内表面的细菌数量高于口罩外表面；同一佩戴时长，口罩内表面的细菌种类低于口罩外表面。建议佩戴时长超过4.0h更换口罩。

关键词：基质辅助激光解析电离飞行时间质谱佩戴时长细菌污染细菌丰度细菌穿透率

青海省甘德县青海田鼠和寄生蚤的种群组成与数量分析

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医学动物防制 2025年第2期 105-108+113页

作者：魏有文熊浩明米宝玉夏辉周奎章徐守彪李积德阿明马英青海省地方病预防控制所鼠疫预防控制科国家卫生健康委鼠疫防治研究重点实验室青海省果洛州疾病预防控制中心

目的了解冬季青海田鼠和寄生蚤的种群组成以及在不同生境的分布情况，为当地动物鼠疫流行病学的研究提供数据。方法 2023年3月选取4种生境设置样地，用堵洞盗开洞法计数洞口数，在24h内捕获青海田鼠并收集寄生蚤；用构成比对分类变量... 详细信息

目的了解冬季青海田鼠和寄生蚤的种群组成以及在不同生境的分布情况，为当地动物鼠疫流行病学的研究提供数据。方法 2023年3月选取4种生境设置样地，用堵洞盗开洞法计数洞口数，在24h内捕获青海田鼠并收集寄生蚤；用构成比对分类变量进行描述，用SSPS 20.0软件进行独立样本t检验和单因素方差分析。结果青海田鼠密度介于26.95～58.33只/hm2,平均密度为40.92只/hm2;洞口系数介于6.71～12.89,平均洞口系数为8.51;雌雄比为1.2∶1,种群组成以青年成体（32.73%）和壮年成体（29.09%）为主；24h洞外活动呈单峰型，高峰在13:00～17:00。寄生蚤隶属3科4属4种；染蚤率为49.09%,平均蚤指数为1.27;寄生蚤种组成以细钩盖蚤（48.57%）和直缘双蚤指名亚种（40.00%）为主；青海田鼠体质量在雌雄间的差异无统计学意义（t=0.85,P=0.40）,4种生境类型间青海田鼠体质量差异无统计学意义（F=1.24,P=0.31）。结论冬季青海田鼠种群结构以青年成体和壮年成体为主，雌性略多于雄性；青海田鼠24h洞外活动呈单峰型，寄生蚤蚤种组成以细钩盖蚤和直缘双蚤指名亚种为主。

关键词：种群结构生态特征青海田鼠寄生蚤甘德县分析

济宁市城区生活污水中沙门菌分布、耐药特征及全基因组测序分析

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现代预防医学 2024年第5期51卷 930-936页

作者：王胜男祝园园杜照中聂天艳尹强济宁市疾病预防控制中心微生物检验科任城区疾病预防控制中心微生物检验科

目的了解济宁市城区生活污水中沙门菌分布、血清型、耐药特征，并进行全基因组测序分析，为沙门菌的防控提供科学依据。方法 2023年2—3月，每周采集城区3个污水厂进水口污水各2份，每份500 ml，连续采集7周，合计42份污水样本，对污... 详细信息

目的了解济宁市城区生活污水中沙门菌分布、血清型、耐药特征，并进行全基因组测序分析，为沙门菌的防控提供科学依据。方法 2023年2—3月，每周采集城区3个污水厂进水口污水各2份，每份500 ml，连续采集7周，合计42份污水样本，对污水样本进行沙门菌的培养、分离、鉴定，分离出的沙门菌进行血清凝集试验和荧光定量PCR血清分型，利用微量肉汤稀释法对41株沙门菌进行9类17种药物的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)检测，进行全基因组测序及系统进化分析。结果济宁市城区生活污水沙门菌分离率较高，42份样本中阳性样本24份，共分离出41株沙门菌，属9种血清型，以阿贡纳和肯塔基为主，李营和济东污水厂有其独有的血清型。只有1株吉韦沙门菌不耐药，其余40株沙门菌均为多重耐药菌，对复方新诺明、四环素、氨苄西林、链霉素耐药率达90%以上，对氨苄西林/舒巴坦耐药率达80%以上，共19种耐药谱，SXT-TET-STR-AMP-AMS占首位，不同血清型沙门菌的耐药谱不同，肯塔基沙门菌、黄金海岸沙门菌、婴儿沙门菌的多重耐药非常严重，同种血清型在不同污水厂中的耐药谱也不一致，李营污水厂的沙门菌耐药现象最严重。利用CARD数据库进行耐药基因预测，主要预测出8类耐药家族的18个耐药基因，耐药表型与耐药基因几乎全部一致。不同血清型沙门菌的ST分型不同，以ST13的阿贡纳沙门菌为主，进化树分为6个簇，不同污水厂的沙门菌在不同分支，提示基因组有差异，不同源。结论济宁市城区生活污水中沙门菌血清型多样，提示可能已在人群中存在并传播，耐药严重，携带耐药基因广泛，有些型别菌株持续存在且跨区域分布，有致病风险，需持续监测，并制定对科学的防控措施以控制沙门菌的流行及耐药的加重。

关键词：血清型耐药谱耐药基因多位点序列分型系统进化树

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山西省内2株艾伯特埃希菌的分离与鉴定

中华预防医学杂志 2020年第10期54卷 1121-1126页

作者：王骥涛孟德权郭建娥闫国栋张玲万姿廷李群高丽高瑞红赵利峰王红太原市疾病预防控制中心微生物检验科 030001 自贡市疾病预防控制中心微生物检验所 643000

目的:了解山西省家禽中艾伯特埃希菌的带菌情况。方法:采集山西省不同禽类定点屠宰场鸡肠内容物经EC肉汤增菌后,PCR对其进行eae基因检测,阳性增菌液接种麦康凯琼脂,挑取不发酵乳糖菌落进行三重PCR(clpX、lysP和mdh基因)、16S rRNA基因... 详细信息

目的:了解山西省家禽中艾伯特埃希菌的带菌情况。方法:采集山西省不同禽类定点屠宰场鸡肠内容物经EC肉汤增菌后,PCR对其进行eae基因检测,阳性增菌液接种麦康凯琼脂,挑取不发酵乳糖菌落进行三重PCR(clpX、lysP和mdh基因)、16S rRNA基因序列分析及多位点序列分型(Multiocus sequence typing,MLST)鉴定。结果:本研究共采集了250份样品,经eae基因检测、生化鉴定、三重PCR检测、16S rRNA及MLST聚类分析,确定2株不发酵乳糖、木糖,无动力,eae、clpX、lysP和mdh基因阳性的菌株为艾伯特埃希菌。进一步对该2株艾伯特埃希菌毒力基因分析发现,该菌株携带Ⅱ/Ⅲ/Ⅴ组亚型cdtB基因,但均不携带stx基因。结论:本研究表明山西省鸡类中存在艾伯特埃希菌带菌的情况。

关键词：序列分析艾伯特埃希菌聚合酶链反应

杭州地区催吐型蜡样芽孢杆菌基因组特征与毒力因子分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2019年第8期39卷 572-577页

作者：刘小东汪皓秋楼秀芹郑伟郑之北刘涛张蔚陈琦程实俞骅杭州市疾病预防控制中心微生物检验科 310021

目的了解杭州地区食品分离催吐型蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)菌株毒力因子携带情况和基因组基本特征,分析催吐型蜡样芽孢杆菌的致病性。方法采用实时荧光PCR方法检测132株2015—2017年分离自食品的蜡样芽孢杆菌呕吐毒素合成基因簇(ce... 详细信息

目的了解杭州地区食品分离催吐型蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)菌株毒力因子携带情况和基因组基本特征,分析催吐型蜡样芽孢杆菌的致病性。方法采用实时荧光PCR方法检测132株2015—2017年分离自食品的蜡样芽孢杆菌呕吐毒素合成基因簇(ces基因簇),并使用Illumina MiSeq测序平台对ces基因簇阳性菌株进行基因组测序。随后,进行基因组组装、注释、毒力因子、比较基因组学及进化分析。结果12株(9.09%)菌株ces基因阳性。该12株蜡样芽孢杆菌基因组组装大小从5.35~5.75 Mb,GC含量从35.25~35.43 mol%。12株催吐型蜡样芽孢杆菌均携带完整呕吐毒素ces基因簇序列和非溶血性肠毒素NHE基因簇(nheA、nheB、nheC)、溶血素Ⅲ( hlyⅢ)等毒力因子。本地分离的12株催吐型蜡样芽孢杆菌及参考菌株NC7401 (登录号AP007209)间平均核苷酸一致性(average nucleotide identity, ANI)超过99.35%。系统发育分析表明该12株测序菌株与催吐型蜡样芽孢杆菌处于同一进化分支。结论杭州地区食品来源的催吐型蜡样芽孢杆菌基因组序列与高产呕吐毒素的参考菌株NC7401高度近源。基因组分析发现许多致病性相关毒力因子。

关键词：蜡样芽孢杆菌基因组测序毒力因子基因组分析

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一株弗兰西斯菌的鉴定及其微生物学特性研究

微生物学报 2009年第8期49卷 1003-1010页

作者：屈平华邓小玲张健陈经雕张晶张全新肖杨陈守义广州市疾病预防控制中心微生物检验科广州510880 广东省疾病预防控制中心微生物检验所广州510300

【目的】对广州市某空调冷却水中分离的一株L-半氨酸刺激生长性细菌08HL01032进行分类学鉴定及微生物学特性研究。【方法】通过培养基生长状况、菌株形态、生理生化特性、PCR鉴定、16SRNA基因序列分析、RNA聚合酶β亚单位(rpoB)基因序... 详细信息

【目的】对广州市某空调冷却水中分离的一株L-半氨酸刺激生长性细菌08HL01032进行分类学鉴定及微生物学特性研究。【方法】通过培养基生长状况、菌株形态、生理生化特性、PCR鉴定、16SRNA基因序列分析、RNA聚合酶β亚单位(rpoB)基因序列分析、动物实验、药敏实验等多种表型与基因相结合的方法,探讨该菌株的分类进化地位及一些基本的生物学特性。【结果】该菌株一些生理生化特征与军团菌十分相似,为革兰氏阴性杆菌,氧化酶阴性,不还原硝酸盐,不分解尿素,血平板缓慢生长、易忽略,酵母活性炭缓冲(BCYE)琼脂48h内生长良好,最初错误鉴定为军团菌。但16SrRNA基因(GenBank登陆号:FJ591095)、rpoB基因(GenBank登陆号:FJ939309)系统发育进化显示,该菌株为弗兰西斯(Francisella)属细菌,与蜃楼弗兰西斯菌(***)最相近,相似度分别为95.3%,87.3%,菌落形态、表型特征亦与弗兰西斯菌属相符。其最适生长温度在25℃～28℃之间,42℃不生长;能耐受pH2.2酸液10min;万古霉素、青霉素、多粘霉素B等耐药,军团菌甘氨酸-万古霉素-多粘霉素B-放线菌酮(GVPC)选择性添加剂无生长抑制作用;菌体无芽孢、无鞭毛动力,透射电镜下观察到荚膜样结构,但动物实验初步显示对小鼠无致病性。【结论】菌株08HL01032为弗兰西斯菌属一潜在的新种,其典型特征为L-半胱氨酸刺激生长性,不同于军团菌的L-半胱氨酸依赖性生长特性。

关键词： L-半胱氨酸刺激生长性弗兰西斯菌鉴定微生物学特性

深圳市2014年登革热流行病学和病原学特征研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2016年第5期36卷 367-373页

作者：阳帆王敬忠吴春利黄达娜李玥满云翔李瑞敏唐屹君张仁利深圳市疾病预防控制中心微生物检验科 518055

目的研究深圳市2014年登革热疫情的流行病学特征，分析流行毒株的分子进化特征，为今后登革热的防控提供科学指导。方法采用描述性流行病学方法分析2014年深圳市登革热疫情，分别采用胶体金免疫层析法和荧光PCR检测疑似登革热患者血清... 详细信息

目的研究深圳市2014年登革热疫情的流行病学特征，分析流行毒株的分子进化特征，为今后登革热的防控提供科学指导。方法采用描述性流行病学方法分析2014年深圳市登革热疫情，分别采用胶体金免疫层析法和荧光PCR检测疑似登革热患者血清中的特异性IgM、IgG抗体和病毒核酸，并用C6/36细胞对急性期血清进行病毒分离，采用荧光PCR方法对其进行型别鉴定。同时扩增病毒E基因后进行序列测定，并与不同国家和地区的登革热毒株进行同源性比较和进化树分析。结果2014年深圳市累计报告登革热病例454例，以本地病例为主（占76.21%），输入病例以东南亚国家及周边城市为主（占23.79%）。发病高峰为9—11月（占97.14%）。发病人群以20～50岁青壮年人群为主，占病例总数的76.73%，男女比为1.43∶1。对332份病毒核酸阳性标本进行分型检测，共检出270例，型别以1型登革病毒（DENV-1）为主（占87.41%），其次为DENV-2（占8.89%）。进化分析发现深圳地区流行的DENV-1分布在两个分支上，其一为基因Ⅰ亚型，与深圳市2010年首次本地暴发疫情流行株同源性较高；其二为基因Ⅴ亚型，为深圳市首次报道。DENV-2核苷酸序列的差异相对较小，均为基因Ⅳ亚型。结论2014年深圳市报告登革热病例达到历年高峰，其流行具有输入病例与本地传播并存特点，主要是DENV-1流行，同时今年新出现DENV-2型病例明显增多，推测主要流行株由东南亚国家及周边城市输入，是否具有地方性登革热流行趋势还需进一步研究。

关键词：登革病毒流行特征 E基因进化分析