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儿童青少年大便性状与肠道菌群多样性的关联

中国学校卫生 2024年第1期45卷 104-109页

作者：王兵吴彦金慧皮雄娥刘伟许永杰赵刚浙江省杭州市疾病预防控制中心传染病防制所 310021 浙江省农业科学院植物保护与微生物研究所

目的研究便秘、腹泻和健康儿童青少年肠道菌群差异和多样性变化,探讨大便性状改变与肠道菌群的相关性,为儿童青少年时期的肠道微生态研究提供科学参考。方法2021年10月至2022年3月,采集杭州市某三甲医院收治的儿童青少年42例便秘患者、3... 详细信息

目的研究便秘、腹泻和健康儿童青少年肠道菌群差异和多样性变化,探讨大便性状改变与肠道菌群的相关性,为儿童青少年时期的肠道微生态研究提供科学参考。方法2021年10月至2022年3月,采集杭州市某三甲医院收治的儿童青少年42例便秘患者、37例腹泻患者和3所普通中小学43名健康者的粪便标本,提取粪便基因组DNA进行16S rRNA基因高通量测序,对测序结果开展分析。Alpha多样性分析中,3组之间的差异比较采用Kruskal-Wallis秩和检验,两两之间比较采用FDR多重检验校正。Beta多样性分析中,3组总的差异比较采用Adonis检验方法,两两比较采用ANOSIM检验方法。LEfSe分析中,通过LDA分析(线性回归分析)获得的LDA分值。结果Alpha多样性分析显示,腹泻组、便秘组和健康组之间的香农(Shannon)指数(4.01,3.81,4.19)和辛普森(Simpson)指数(0.05,0.06,0.04)差异均有统计学意义(H值分别为6.05,6.35,P值均0.1)。结论儿童青少年大便性状不同与肠道微生物种群结构变化有关。与健康组相比,便秘或腹泻时肠道菌群平衡被打破,优势菌群发生偏移,条件致病菌丰度较高。

关键词：粪便胃肠道细菌儿童青少年

昆明市一起聚集性发热疫情中腺病毒3型Penton base、Hexon和Fiber基因遗传进化分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第3期44卷 241-248页

作者：刘艳艳古文鹏段忠文王钰龚娇茶琦雁吴林蔚侯敏昆明市疾病预防控制中心微生物检验科昆明650228 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022 昆明市呈贡区疾病预防控制中心检验科昆明650500 玉溪市疾病预防控制中心卫生监测检验科玉溪678400

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton bas... 详细信息

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton base、Hexon和Fiber三个重要基因全长序列扩增、测定和分型鉴定,构建系统进化树,开展分子变异、遗传进化等分析。结果共采集5份标本,均检出呼吸道腺病毒及流感嗜血杆菌。对腺病毒进行Nanopore三代基因测序最终均获得Penton base、Hexon和Fiber基因全长编码区核苷酸序列,5份标本之间3个基因核苷酸相似性依次为100.0%、99.9%~100.0%和100.0%,氨基酸同源性均为100.0%;与HAdV3原型株(AY599834)核苷酸相似性最高,分别为98.6%、98.7%和98.9%。系统发育分析表明,3个基因系统进化树分析结果基本一致,人腺病毒3型(HAdV3)原型株单独一支,本研究中HAdV3序列均划分在同一进化分支上,与较早年份国外及中国台湾毒株亲缘关系较远,与近年国内外毒株亲缘关系较近,与2019年日本株(LC703523)和中国广州株(MZ540961)高度同源。与原型株比较分析昆明HAdV3氨基酸突变位点,Penton base有5处变异;Hexon有10处变异;Fiber有11处变异。结论本起疫情中的腺病毒在Penton base、Hexon和Fiber基因全长序列中型别分型结果一致,为P3H3F3型,与包括原型株在内的国内外HAdV3毒株显示出非常小的遗传变异。与原型株相比发生了多处氨基酸位点突变,并且多数氨基酸位点变异发生在蛋白质的高变区或功能区,其中Hexon蛋白中M7L为昆明序列独有氨基酸突变位点。

关键词：人腺病毒3型五邻体基座蛋白六邻体蛋白纤维蛋白遗传进化

江苏省3个城市疱疹性咽峡炎流行病学与病原学特征分析

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中华流行病学杂志 2024年第7期

作者：樊欢李明阳石平曹子轩许倩嵇红江苏省疾病预防控制中心急性传染病防制所国家卫生健康委员会肠道病原微生物重点实验室南京南通市疾病预防控制中心急性传染病防制科南通无锡市疾病预防控制中心急性传染病防制科无锡盐城市疾病预防控制中心急性传染病防制科盐城苏州市疾病预防控制中心急性传染病防制科苏州

目的分析江苏省3个城市疱疹性咽峡炎(HA)流行病学与病原学特征, 为江苏省HA的精准防控提供参考依据。方法选择无锡市、苏州市和盐城市的3家监测哨点医院, 2018年5月至2022年12月定期从医院住院管理系统分年龄段收集HA的就诊和住院病例... 详细信息

目的分析江苏省3个城市疱疹性咽峡炎(HA)流行病学与病原学特征, 为江苏省HA的精准防控提供参考依据。方法选择无锡市、苏州市和盐城市的3家监测哨点医院, 2018年5月至2022年12月定期从医院住院管理系统分年龄段收集HA的就诊和住院病例的相关信息。采用RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测, 并对主要流行株的衣壳蛋白VP1编码基因序列进行测序分析、基因亚型的鉴别和系统进化分析。结果无锡市、苏州市和盐城市的HA就诊病例数为57 709例, 是同期报告的手足口病例数的1.76倍(57 709/32 831);HA住院占比为1.35%(781/57 709), 住院占比逐年呈上升趋势(χ2=62.79, P省、广州市、江西省、云南省、天津市等)毒株的遗传距离和亲缘关系较为接近。结论 HA疾病负担较重, 12～59月龄组是HA发病的重点人群, 流行高峰为5-7月。HA病原多样化, 以肠道病毒A组为主。HA流行株具有较低的型内分化, 未发现新的进化分支。建议将HA纳入手足口病监测工作或法定传染病。

关键词：疱疹性咽峡炎流行病学特征肠道病毒基因型

应用检测阴性病例对照研究处置登革热暴发疫情

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医学动物防制 2024年第5期40卷 475-479页

作者：孙毅莹朱鑫李双玲李亚静王海峰洛阳市疾病预防控制中心传染病预防控制所河南洛阳471000 河南省疾病预防控制中心

目的应用检测阴性病例对照研究处置洛阳市1起登革热本地暴发疫情,为有针对性地制定登革热防控措施提供参考依据。方法对2019年洛阳市Y区登革热暴发疫情进行流行病学调查,采用检测阴性病例对照研究,使用χ^(2)检验及多因素logistic回归... 详细信息

目的应用检测阴性病例对照研究处置洛阳市1起登革热本地暴发疫情,为有针对性地制定登革热防控措施提供参考依据。方法对2019年洛阳市Y区登革热暴发疫情进行流行病学调查,采用检测阴性病例对照研究,使用χ^(2)检验及多因素logistic回归分析流行危险因素;采集血液标本,使用快速免疫血清测试卡检测登革热病毒NS1抗原,免疫球蛋白M(immunoglobulin M,IgM)、免疫球蛋白G(immunoglobulin G,IgG)抗体,采用PCR检测核酸;采用布雷图指数法监测蚊媒密度,评价综合防治效果。结果本次疫情共报告登革热病例38例,发病年龄以60~生物密度,防止疫情扩散蔓延。

关键词：检测阴性病例对照研究登革热暴发疫情

2015—2022年江苏省柯萨奇病毒A组4型全基因组序列特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第3期44卷 249-258页

作者：樊欢鲍倡俊朱立国胡建利嵇红江苏省疾病预防控制中心急性传染病防制所卫生部肠道病原微生物重点实验室南京210009

目的回顾性分析2015—2022年江苏省柯萨奇病毒A组4型(CVA4)的分子流行病学特征及重组情况。方法收集疱疹性咽峡炎和手足口病患者咽拭子或肛拭子标本,采用荧光定量PCR检测试剂盒对CVA4进行鉴定。利用72个CVA4完整基因组序列、99个CVA4 VP... 详细信息

目的回顾性分析2015—2022年江苏省柯萨奇病毒A组4型(CVA4)的分子流行病学特征及重组情况。方法收集疱疹性咽峡炎和手足口病患者咽拭子或肛拭子标本,采用荧光定量PCR检测试剂盒对CVA4进行鉴定。利用72个CVA4完整基因组序列、99个CVA4 VP1序列进行全面系统的系统发育分析,同时采用生物信息学软件DNAStar、MEGA7.0和Similarity plots3.5.1对江苏省CVA4分离株同源性、基因重组和氨基酸变异位点进行分析。结果根据现有VP1核苷酸序列CVA4被分为A、B、C和D基因型,基因型C可以进一步分为C1~C55个亚基因型,其中,C2基因型是与手足口病相关的CVA4主要亚基因型。江苏省分离株序列在P1区与CVA4原型具有较高的同源性,而在P2和P3区与其他肠道病毒A组(EV-A)流行株具有较高的同源性。重组分析表明,江苏省分离株在P2、P3和3′-UTR区与其他EV-A流行株存在3种基因重组模式,这些重组模式是CVA4在人群中持续和广泛传播过程中获得的,更利于CVA4传播。结论分析28个江苏省分离株CVA4完整基因组的系统发育和分子特征,丰富了已知CVA4基因组多样性;研究基因重组和VP1氨基酸位点突变情况、及时把控CVA4感染及疾病发生造成的影响,可更好地了解CVA4的进化关系和传播途径,从而帮助指导疾病控制和预防。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A4 分子特征系统发育基因重组

山东省潍坊市农村居民耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌耐药基因特征及核心基因组特征分析

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中华预防医学杂志 2024年第1期58卷 48-55页

作者：王安阁王爽刘璐孙高翔陈玉贞齐加新寇增强毕振旺山东第一医科大学(山东省医学科学院)附属省立医院医院感染管理办公室济南250021 山东省疾病预防控制中心传染病防制所济南250014

目的探究山东省潍坊市农村居民耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(CR-ECL)耐药基因特征及核心基因组特征。方法收集2017年山东省潍坊市农村社区居民粪便标本,使用耐碳青霉烯类肠杆菌显色培养基筛选耐药菌株,通过激光解吸/电离飞行时间质谱仪(MALDI... 详细信息

目的探究山东省潍坊市农村居民耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(CR-ECL)耐药基因特征及核心基因组特征。方法收集2017年山东省潍坊市农村社区居民粪便标本,使用耐碳青霉烯类肠杆菌显色培养基筛选耐药菌株,通过激光解吸/电离飞行时间质谱仪(MALDI-TOFMS)分析获得CR-ECL阳性菌株,针对CR-ECL分离株,采用微量肉汤稀释法进行抗生素敏感性试验获得CR-ECL耐药表型,开展全基因组测序(WGS)和分析、bla_(NDM)基因周围环境及菌株间系统进化分析。结果共获得并检测628份粪便标本,6份为CR-ECL阳性(检出率0.96%),均表现为多重耐药(MDR)表型。6株CR-ECL共有4个MLST分型(ST),均携带多种耐药基因(bla_(NDM-1)、bla_(NDM-5)等)和毒力基因(acrA、acrB、entB、fepC等),且bla_(NDM)基因周围遗传环境中均存在移动遗传元件ISAba125、TN3-IS3000、TN3及IS5。系统发育树显示,核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)与单核苷酸多态性(SNPs)结果具有一致性,cgMLST结果显示菌株2BC0101B与2BC0251B,2BG0561B与2BI0221B之间等位基因差异分别为2和1,SNPs结果显示上述2对菌同样各自聚成一簇,并发现美国国立生物技术信息中心数据库(National Center for Biotechnology Information,NCBI)中鸡粪样本的菌株居于进化树中心,且本地序列均可追溯到美国人源序列。结论山东省潍坊市农村社区居民中已检出多重耐药碳青霉烯类阴沟肠杆菌。

关键词：基因组,细菌碳青霉烯类耐药阴沟肠杆菌

2016—2020年武汉市医院感染横断面调查结果趋势研究

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中国感染控制杂志 2024年第2期23卷 175-181页

作者：刘小丽宋育龚林王一梅武汉市疾病预防控制中心消毒与病媒生物防制所湖北武汉430024 武汉市医院感染管理质量控制中心湖北武汉430024 武汉市现场流行病学培训项目湖北武汉430024 武汉市蔡甸区疾病预防控制中心传染病防制科湖北武汉430100

目的了解武汉市医疗机构医院感染和社区感染现状,分析医院感染的流行趋势与管理重点。方法采用病历调查和床旁调查相结合的方法,按照全国医院感染监控管理培训基地制定的全国医院感染横断面调查表进行调查,分析2016、2018、2020年的... 详细信息

目的了解武汉市医疗机构医院感染和社区感染现状,分析医院感染的流行趋势与管理重点。方法采用病历调查和床旁调查相结合的方法,按照全国医院感染监控管理培训基地制定的全国医院感染横断面调查表进行调查,分析2016、2018、2020年的调查数据。结果 2016、2018、2020年武汉市医院感染现患率分别为2.66%、2.21%、1.85%,社区感染现患率分别为17.81%、17.82%、16.29%,均呈下降趋势(均P科室为综合重症监护病房(ICU)、血液病科(组)、神经外科、胸外科、儿科新生儿组;社区感染现患率较高的科室为儿科非新生组、呼吸科(组)、感染病科(组)、综合ICU、儿科新生儿组。医院感染、社区感染感染部位均以下呼吸道为主,其中2016、2018、2020年术后下呼吸道医院感染构成比分别为12.85%、18.39%、22.09%。2016、2018、2020年手术部位医院感染现患率分别为0.99%、0.82%、0.69%。医院感染、社区感染病原体均以革兰阴性菌为主。结论 2016、2018、2020年武汉市医疗机构医院感染管理取得了较好的成效,但综合ICU、下呼吸道医院感染等问题仍需在后期工作中强化改进。

关键词：医院感染社区感染现患率病原体

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我国结核病关爱行动试点项目基线调查分析

中国防痨杂志 2024年第3期46卷 325-332页

作者：王云霞孟庆琳刘二勇周林深圳市宝安区慢性病防治院结核病防制科深圳518101 中国疾病预防控制中心传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室结核病预防控制中心北京102206

目的:分析“我国结核病关爱行动试点项目”首批40个试点县(区)实施前的结核病防治工作基本情况,为后续实施效果的评估及相关措施的推广提供基线数据。方法:2023年4—6月,中国疾病预防控制中心结核病控制中心向首批实施试点项目的15个省... 详细信息

目的:分析“我国结核病关爱行动试点项目”首批40个试点县(区)实施前的结核病防治工作基本情况,为后续实施效果的评估及相关措施的推广提供基线数据。方法:2023年4—6月,中国疾病预防控制中心结核病控制中心向首批实施试点项目的15个省的40个试点县(区)结核病防治机构发放统一的半结构化电子版调查问卷,了解并分析项目开始前一年(即2022年)试点县(区)结核病定点医疗机构的服务能力、结核病患者人文关怀和重点人群筛查等措施的开展情况。结果:40个试点县(区)定点医疗机构以综合医院为主[23家(57.50%)],其次是专科医院[8家(20.00%]和疾病预防控制机构[6家(15.00%)]。共有结核病防治人员1017名,每家配备专业人员范围[中位数(四分位数)]为3~64名[19.5(12.5,34.0)名],以门诊和住院医生、护理人员为主[分别为326名(32.05%)和225名(22.12%)],其次为影像科医生和实验室人员[分别为187名(18.39%)和134名(13.18%)]。共报告结核病患者10123例,包括9980例(98.59%)肺结核[包括病原学阳性患者6326例(63.39%)]和143例(1.41%)肺外结核,病原学阴性肺结核的诊断总符合率为85.69%(629/734),但对气管支气管结核的诊断符合率仅有17.86%(5/28)。40个试点县(区)均开展了抗酸杆菌涂片显微镜检查和结核菌素皮肤试验(PPD试验),开展分枝杆菌分离培养、结核分枝杆菌核酸检测和抗结核药物耐药筛查的县(区)分别有39个(97.50%)、37个(92.50%)和32个(80.00%),但开展重组结核分枝杆菌融合蛋白和γ-干扰素释放试验的仅分别有16个(40.00%)和19个(47.50%);开展X线摄影检查、CT检查、人工智能诊断阅片和远程会诊等技术的分别有39个(97.50%)、31个(77.50%)、14个(35.00%)和23个(57.50%)。17个(42.50%)县(区)应用了信息化手段管理患者,15个(37.50%)县(区)提供了交通或营养补助,但开展营养评估和支持治疗、心理支持的均不足30%;36个(90.00%)县(区)将结核病纳入门诊特殊病种,分别有26个(65.00%)县(区)将耐药结核病纳入大病保障和分子生物学检测纳入报销范围。HIV感染者/AIDS患者和结核病患者密切接触者的胸部影像学总体筛查率均较高[分别为96.06%(17105/17807)和92.81%(46884/50515)],但65岁及以上老年人和糖尿病患者的总体筛查率均较低[分别为13.48%(377436/2800877)和12.27%(93808/764416)]。新生入学结核病筛查开展率不高[60.00%(24/40)~80.00%(32/40)],托养机构和福利机构开展率偏低[分别为20.69%(6/29)和25.00%(8/32)]。结论:各试点县(区)试点前均已具备结核病诊断所需的基本硬件条件,但尚需在病原学阴性肺结核规范诊断、信息化管理手段的应用、患者人文关怀措施和医疗保障政策的落实,以及重点人群的筛查方面进一步提升。

关键词：结核试点项目问卷调查基线调查

2018-2022年泰安市恶性肿瘤死亡特征及潜在减寿分析

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社区医学杂志 2024年第10期22卷 327-331+338页

作者：周媛王进龙魏亚男刘雪贞杜卫萍高荣涛王冬菊泰安市疾病预防控制中心慢性非传染性疾病防制科泰安市岱岳区疾病预防控制中心传染病防制科泰安市疾病预防控制中心病媒生物防制科泰安市疾病预防控制中心健康教育科

目的分析2018-2022年泰安市居民恶性肿瘤死亡概况及潜在减寿年数（PYLL）,为政府制定恶性肿瘤防治措施提供数据支持。方法数据来源于2018-01-01-2022-12-31医疗机构上报的恶性肿瘤死亡个案，用粗死亡率、标化死亡率、构成比、年度变... 详细信息

目的分析2018-2022年泰安市居民恶性肿瘤死亡概况及潜在减寿年数（PYLL）,为政府制定恶性肿瘤防治措施提供数据支持。方法数据来源于2018-01-01-2022-12-31医疗机构上报的恶性肿瘤死亡个案，用粗死亡率、标化死亡率、构成比、年度变化百分比（APC）、PYLL、平均减寿年数（AYLL）等指标进行统计分析。结果 2018-2022年泰安市恶性肿瘤粗死亡率为204.48/10万，标化死亡率为104.69/10万，由恶性肿瘤导致的死亡占全死因的26.49%。男性恶性肿瘤粗死亡率为272.06/10万，标化死亡率为150.26/10万，女性恶性肿瘤粗死亡率为136.48/10万，标化死亡率为64.63/10万，男性死亡率高于女性，差异有统计学意义，χ2=6 274.968,P疾病负担较重，癌症防治任务艰巨，应重视癌症早诊早治，以期降低疾病负担。

关键词：恶性肿瘤死亡潜在减寿年数泰安市