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三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)雌雄性腺的差异转录组分析

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海洋与湖沼 2019年第1期50卷 197-203页

作者：汤玉洁棘怀飞王欢李晔宁波大学海洋学院宁波315211

三疣梭子蟹(Portunustrituberculatus)是我国东海海域具有重要经济价值的蟹类。为探讨雌雄梭子蟹性腺基因表达差异,挖掘与性腺发育相关基因,利用高通量测序技术对三疣梭子蟹雌雄性腺进行测序和生物信息学分析,为进一步研究其性腺发育及... 详细信息

三疣梭子蟹(Portunustrituberculatus)是我国东海海域具有重要经济价值的蟹类。为探讨雌雄梭子蟹性腺基因表达差异,挖掘与性腺发育相关基因,利用高通量测序技术对三疣梭子蟹雌雄性腺进行测序和生物信息学分析,为进一步研究其性腺发育及性别分化机制提供基础。测序结果经denovo组装共获得192848个转录本,130054个unigene。差异表达分析发现,其中101742个unigene上调,37588个unigene下调。在差异表达数据库中筛选出EcR、RXR、VTG等6个可能参与三疣梭子蟹的性腺分化发育的基因,并利用荧光定量PCR验证其在雌雄性腺中的表达情况,验证结果与转录组测序结果基本一致,为深入研究三疣梭子蟹性腺分化发育调控分子机理和相关功能基因提供了重要的基因数据资源。

关键词：三疣梭子蟹转录组雌雄性腺荧光定量PCR 基因表达

纳米TiO_2在拟南芥中的富集、转运及对其生长和生理的影响

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环境科学学报 2018年第2期38卷 837-846页

作者：兰丽贞赵群芬宁波大学海洋学院宁波315211

为了探讨纳米材料对植物的生理效应,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)作为受试生物,研究了纳米TiO_2在拟南芥中的富集、转运及对其生长和生理的影响.本研究将拟南芥分别暴露于浓度为0、0.05、0.1、0.5、1.0、1.5 mg·L-1的纳米TiO_2中,通... 详细信息

为了探讨纳米材料对植物的生理效应,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)作为受试生物,研究了纳米TiO_2在拟南芥中的富集、转运及对其生长和生理的影响.本研究将拟南芥分别暴露于浓度为0、0.05、0.1、0.5、1.0、1.5 mg·L-1的纳米TiO_2中,通过ICP-MS测定纳米TiO_2在根和叶中的生物积累量,并采用TEM技术观察纳米TiO_2转运至叶片后对叶绿体结构的影响.在处理0、7和14 d后,测定拟南芥生物量、根系活力、叶片相对电导率和超氧化物歧化酶(SOD)、丙二醛(MDA)、谷胱甘肽(GSH)、活性氧自由基(ROS)等生长生理指标的变化.结果显示:拟南芥能吸收纳米TiO_2并向地上部转运,但转运系数较低;TEM切片观察到纳米TiO_2能进入拟南芥体内并造成叶绿体内囊体中质体小球数目增多、体积变大.与对照组相比,幼苗地上部生物量、叶片相对电导率、叶肉原生质体活力呈下降的趋势,地下部生物量及根系活力呈上升趋势;纳米TiO_2还可引起叶片及根部活性氧(ROS)含量的变化,进而导致MDA、SOD、GSH等抗氧化体系酶活性的应激变化,同时与根部相比,叶片引起的毒性效应更强.说明纳米TiO_2在拟南芥中富集并转运至地上部后,对拟南芥叶片的生长具有显著的抑制作用,诱导其产生氧化应激.同时,一定浓度的纳米TiO_2胁迫下,拟南芥根部与叶片对纳米TiO_2的响应不同,敏感度存在差异,叶生长受到抑制的同时却对根有促进作用.

关键词：纳米TiO2 拟南芥富集生理

基于耳石微化学Sr/Ca的浙江南部近海银姑鱼的生境履历重建

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上海海洋大学学报 2024年第3期33卷 768-775页

作者：黄庆竹黄慧娴李建华高春霞上海海洋大学海洋生物资源与管理学院上海201306 国家远洋渔业工程技术研究中心上海201306 大洋渔业资源可持续开发教育部重点实验室上海201306 农业农村部大洋渔业资源环境科学观测实验站上海201306 农业农村部大洋渔业开发重点实验室上海201306

浙江南部近海是我国重要的渔场水域,银姑鱼是该海域中常见的经济鱼类。研究针对浙江南部近海的银姑鱼栖息环境进行探究,以期揭示其个体发育过程中的环境变化史。实验基于该海域的银姑鱼耳石样品展开,并运用ICP-MS技术测定耳石微结构的Sr... 详细信息

浙江南部近海是我国重要的渔场水域,银姑鱼是该海域中常见的经济鱼类。研究针对浙江南部近海的银姑鱼栖息环境进行探究,以期揭示其个体发育过程中的环境变化史。实验基于该海域的银姑鱼耳石样品展开,并运用ICP-MS技术测定耳石微结构的Sr、Ca等元素。通过分析Sr/Ca比值,发现银姑鱼的栖息环境变动范围为3.39×10^(-3)~8.12×10^(-3),表明其存在咸淡水定居型和咸淡水-海水混合型两种生境类型,另外Sr元素也被证实能有效地示踪鱼类的生境履历。这一发现不仅丰富了我们对银姑鱼生态习性的理解,也为银姑鱼洄游路径研究提供较为可行和准确的方法和途径。

关键词：银姑鱼耳石生境履历浙江南部近海

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宏基因组测序法对药品中污染细菌的鉴定与溯源研究

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中国药学杂志 2024年

作者：严卓彦谭宇翔林吉恒夏瑛瑛孙瑛崔洁黄朱梁舟山市食品药品检验检测研究院国家海洋食品质量检验检测中心中国科学院深圳先进技术研究院深圳合成生物学创新研究院中国科学院定量工程生物学重点实验室

评价宏基因组测序法在药品污染细菌鉴定和溯源中的应用。利用宏基因组测序法和分离培养法同时对两批中成药及检测实验室环境取样中的细菌进行鉴定和分型。宏基因组测序结果通过MetaPhlan和StrainSifter软件进行菌株水平的分析，结果显... 详细信息

评价宏基因组测序法在药品污染细菌鉴定和溯源中的应用。利用宏基因组测序法和分离培养法同时对两批中成药及检测实验室环境取样中的细菌进行鉴定和分型。宏基因组测序结果通过MetaPhlan和StrainSifter软件进行菌株水平的分析，结果显示药品与环境中均有大量的蜡样芽孢杆菌污染，且药品B18与环境样本HJ2中含有相同的蜡样芽孢杆菌菌组。培养法从药品和环境中共分离得到的5株蜡样芽孢杆菌，通过蜡样芽孢杆菌特异性PCR扩增基因gyrA和panC序列构建NJ进化树，以及多位点序列分型（MLST）结果均显示药品B18中的蜡样芽孢杆菌菌株与环境中的一株菌同组。宏基因组测序技术是可靠的，且相比培养法，能够更全面发现具有潜在风险的细菌物种，同时也能准确地进行菌株水平的溯源分析，在药品污染菌鉴定与溯源中具有重要的应用价值。

关键词：宏基因组测序蜡样芽孢杆菌特异性PCR 多位点序列分型药品污染菌的鉴定与溯源

宁波沿海陆源排污口弓形杆菌属(Arobacter sp.)和梭菌属(Clostridium sp.)的分布特点

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海洋与湖沼 2016年第4期47卷 862-868页

作者：王祖忠王朝阳张迪骏司开学董丽莎张红燕崔晨茜韩姣姣周君苏秀榕宁波大学海洋学院宁波315211

弓形杆菌属(Arobacter sp.)和梭菌属(Clostridium sp.)广泛存在于水体和寄生在动物体内,极易造成水体污染和人畜共患病。采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析,得到1年中的3月、5... 详细信息

弓形杆菌属(Arobacter sp.)和梭菌属(Clostridium sp.)广泛存在于水体和寄生在动物体内,极易造成水体污染和人畜共患病。采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析,得到1年中的3月、5月、8月和10月份各排污口弓形杆菌属和梭菌属生物的分布情况。研究结果表明:弓形杆菌属检测出两个种,分别是嗜低温弓形杆菌(Arcobacter cryaerophilus)、布氏弓形杆菌(Arcobacter butzleri)。梭菌属共检测出12个种,其中产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)检出次数最高,丁酸梭菌(Clostridium butyricum)次之;排污口的类型是影响弓形杆菌属检出量的重要因素。弓形杆菌属主要分布在氮,磷含量较高的工业排污口和市政排污口,而梭菌属只在3月份的S7宁海西店崔家综合排污口呈现出相对较高的比例(7.5%),其它排污口检出量均在2%以下;弓形杆菌属和梭菌属在10个排污口20个站位4个月份的检出次数呈现正相关性;由季节性的变化引起的气温差异也是影响弓形杆菌属生长的重要因素,弓形杆菌属在5月份的时候检出次数最大,梭菌属适宜生长温度范围较广10—65°C,受温度影响较小。

关键词：弓形杆菌属梭菌属 454焦磷酸测序陆源排污口检出次数

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绿色杜氏藻转录组分析

遗传 2015年第8期37卷 828-836页

作者：朱帅旗龚一富杭雨晴刘浩王何瑜宁波大学海洋学院宁波315211

为了深入了解绿色杜氏藻(Dunaliella viridis)基因信息及功能、耐盐相关通路(甘油脂代谢)及关键酶,本文首次通过Illumina Hi SeqTM 2000高通量测序技术对绿色杜氏藻转录组进行测序,利用Trinity软件将数据组装形成转录本,对所有转录本进... 详细信息

为了深入了解绿色杜氏藻(Dunaliella viridis)基因信息及功能、耐盐相关通路(甘油脂代谢)及关键酶,本文首次通过Illumina Hi SeqTM 2000高通量测序技术对绿色杜氏藻转录组进行测序,利用Trinity软件将数据组装形成转录本,对所有转录本进行COG(Clusters of Orthologous Groups)、GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分类和功能注释、Pathway注释以及蛋白编码区(Opening reading fragment,ORF)的预测,并对甘油脂代谢通路关键酶基因进行了分析。转录组测序共获得81 593个转录本,其中ORF共有77 117条,约占所有转录本的94.50%。COG分类结果表明,16 569条转录本被分为24个类别。GO分类结果表明,76 436条转录本被注释。在所有注释分类中,生物学过程转录本数量最多,为30 678条,占总转录本数的40.14%。KEGG分析结果表明,317个标准途径中包含26 428条转录本,含转录本最多的类别是代谢,为9949条(37.65%)。与代谢有关的途径为131条,占所有注释途径的41.32%。在甘油脂代谢通路中仅发现1条关键酶转录本(二羟丙酮激酶),该酶可能与绿色杜氏藻耐盐胁迫中甘油的合成有较大关系。本研究进一步完善了绿色杜氏藻的基因信息,为绿色杜氏藻代谢途径研究奠定了坚实的基础。

关键词：绿色杜氏藻转录组注释分类甘油

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象山港网箱养殖区沉积物的古菌空间分布

生态学报 2014年第14期34卷 4099-4106页

作者：陈明明王少璞韦梦何佳颖郑邦旭裘琼芬宁波大学海洋学院宁波315211

对象山港网箱养殖区及其周边沉积物中古菌群落的空间分布进行研究,应用基于16S rRNA基因的T-RFLP(末端限制性片段多态性分析)技术分析象山港网箱养殖区及其周边不同深度沉积物中古菌的群落结构和多样性,并构建克隆文库进行系统发育学分... 详细信息

对象山港网箱养殖区及其周边沉积物中古菌群落的空间分布进行研究,应用基于16S rRNA基因的T-RFLP(末端限制性片段多态性分析)技术分析象山港网箱养殖区及其周边不同深度沉积物中古菌的群落结构和多样性,并构建克隆文库进行系统发育学分析。测定沉积物各项理化因子,通过PCA和RDA分析了古菌群落分布及其与环境因子之间的关系。结果表明,泉古菌是港口沉积物中的优势古菌群,占古菌群落的50%以上。网箱养殖区沉积物的古菌群落结构较非养殖区简单,多样性降低。非养殖区古菌群落随深度呈现有规律的变化。营养盐类和pH是造成养殖区域古菌群落结构区别于非养殖区域的主要环境因素。

关键词： 16S rRNA基因古菌网箱养殖 T-RFLP 沉积物

乌贼墨黑色素对铅中毒小鼠的排铅作用及其对体内钙、锌和铜含量的影响

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海洋与湖沼 2016年第2期47卷 484-490页

作者：吕玲李和生郑丽李密金洋宁波大学海洋学院宁波315211

本文研究了乌贼墨黑色素对铅中毒小鼠的排铅作用及对小鼠体内钙、锌和铜含量的影响。采用48只小鼠为实验对象,按体质量随机分为阴性对照组,醋酸铅模型对照组,乌贼墨黑色素低(50mg/kg)、中(100mg/kg)、高(200mg/kg)剂量组以及阳性对照组(... 详细信息

本文研究了乌贼墨黑色素对铅中毒小鼠的排铅作用及对小鼠体内钙、锌和铜含量的影响。采用48只小鼠为实验对象,按体质量随机分为阴性对照组,醋酸铅模型对照组,乌贼墨黑色素低(50mg/kg)、中(100mg/kg)、高(200mg/kg)剂量组以及阳性对照组(1.5g/60 kg),除阴性对照组外其余各组均每天腹腔注射醋酸铅溶液(7mg/kg)10天。第11天起各剂量组用乌贼墨黑色素灌胃,阴性对照组及醋酸铅模型对照组灌胃去离子水,阳性对照组灌胃二巯基丁二酸(DMSA),连续进行28d。采用原子吸收分光光度法测定小鼠的血液、肝、肾及脑组织中的铅、钙、锌和铜的含量。研究发现乌贼墨黑色素高剂量组(200mg/kg)显著降低了血铅含量,下降28.15%;乌贼墨黑色素中剂量组(100mg/kg)显著降低了肝铅含量,下降15.89%。同时,乌贼墨黑色素高剂量组对铅中毒小鼠肝铜、肾锌以及脑锌的含量高于醋酸铅模型对照组(P0.05)。以上结果表明高剂量、中剂量乌贼墨黑色素对血铅与肝铅有一定的排铅作用,同时高剂量的乌贼墨黑色素对小鼠肝脏中的铜、肾脏中的锌以及脑中的锌有保护作用。

关键词：乌贼墨黑色素铅中毒和去毒钙锌铜

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纳米氧化锌对斑马鱼肝脏的毒性效应

环境科学 2015年第10期36卷 3884-3891页

作者：刘林赵群芬金凯星朱帅旗王小飞吕佳昀宁波大学海洋学院宁波315211

采用半静态急性实验方法,研究斑马鱼在浓度为0、0.05、0.1、5、10、25、50 mg·L-1的纳米氧化锌(nano-Zn O)中暴露4、24、96 h后,nano-Zn O对肝中超氧化物歧化酶(SOD)、丙二醛(MDA)、过氧化氢酶(CAT)的影响,肝脏中Bcl-2、Bax、p53和MDM2... 详细信息

采用半静态急性实验方法,研究斑马鱼在浓度为0、0.05、0.1、5、10、25、50 mg·L-1的纳米氧化锌(nano-Zn O)中暴露4、24、96 h后,nano-Zn O对肝中超氧化物歧化酶(SOD)、丙二醛(MDA)、过氧化氢酶(CAT)的影响,肝脏中Bcl-2、Bax、p53和MDM2的mRNA表达量的变化以及暴露7、15、30 d时肝组织解剖结构变化情况.结果表明,与对照组相比,实验组表现为:1肝组织出现组织水肿,部分细胞质空泡化、细胞核固缩;2肝巨噬细胞增多,窦间隙增大;3肝中SOD活性升高、MDA含量增加、CAT活性降低;4肝脏中Bax/Bcl-2和p53的mRNA的表达量均升高;5 MDM2 mRNA的表达量表现为在低浓度组中降低,高浓度组中则升高.实验结果表明,nano-Zn O能引起斑马鱼肝脏发生氧化应激作用,使肝中抗氧化酶活性发生变化,并诱导肝脏中细胞凋亡相关基因的表达,使细胞发生凋亡且造成肝组织结构发生变化.

关键词：纳米氧化锌斑马鱼肝脏氧化应激毒性效应