检索结果-南通市图书馆

弗氏柠檬酸杆菌RPA-LFD快速检测方法的建立及应用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

大连海洋大学学报 2024年第2期39卷 241-249页

作者：王姝然范厚勇徐嘉楠周天琦许丹郑跃平上海海洋大学水产与生命学院上海201306 上海海洋大学国家水生动物病原库上海201306 上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海201306 上海市水生野生动植物保护研究中心上海200092

为建立一种针对弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)敏感性高、特异性强的临床快速检测方法,根据该菌定居因子基因cfa的保守序列,设计特异性引物,采用重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA),并结合琼脂糖... 详细信息

为建立一种针对弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)敏感性高、特异性强的临床快速检测方法,根据该菌定居因子基因cfa的保守序列,设计特异性引物,采用重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA),并结合琼脂糖凝胶电泳(AGE)和侧流层析试纸条(LFD)方法进行反应条件的优化及特异性与灵敏度的检测。结果表明:本研究中所建立的弗氏柠檬酸杆菌重组酶聚合酶扩增结合侧向流动试纸条(RPA-LFD)快速检测方法,在38℃条件下扩增20 min后,能特异性地检测到弗氏柠檬酸杆菌,对弗氏柠檬酸杆菌纯培养物和基因组DNA的最小检出限分别为1.5×102 CFU/mL和200 fg/μL,是常规PCR(cfa引物)检测灵敏度(20 pg/μL)的100倍;利用所建立的RPA-LFD法与常规PCR同时检测杂交鲟攻毒试验样本,两种方法的检测结果一致。研究表明,本研究中建立的弗氏柠檬酸杆菌RPA-LFD方法,操作简便、反应迅速、特异性好、灵敏度高,并且不需要昂贵的仪器,该方法可为未来弗氏柠檬酸杆菌细菌性疾病的早期诊断提供更有效的技术支持。

关键词：弗氏柠檬酸杆菌快速检测重组酶聚合酶扩增技术侧向流动试纸条

维普期刊数据库博看期刊

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

珙桐叶绿体基因组同义密码子使用偏好性分析

北京林业大学学报 2024年第3期46卷 8-16页

作者：罗永坚王茹赵仁菲卢新雄尹广鹍邓志军湖北民族大学生物资源保护与利用湖北省重点实验室湖北恩施445000 湖北民族大学恩施州特色植物资源种质工程技术研究中心湖北恩施445000 湖北民族大学林学园艺学院植物种质资源实验室湖北恩施445000 中国农业科学院作物科学研究所作物种质资源中心北京100081

【目的】珙桐是蓝果树科珙桐属唯一现存的第三纪孑遗植物,是我国一级保护的特有濒危树种。分析其叶绿体基因组同义密码子使用偏好性及其主要影响因素,旨在为珙桐分子水平上的深入研究、物种保护和种质创新提供参考。【方法】从NCBI在线... 详细信息

【目的】珙桐是蓝果树科珙桐属唯一现存的第三纪孑遗植物,是我国一级保护的特有濒危树种。分析其叶绿体基因组同义密码子使用偏好性及其主要影响因素,旨在为珙桐分子水平上的深入研究、物种保护和种质创新提供参考。【方法】从NCBI在线数据库下载完整的珙桐叶绿体基因组序列,并进行蛋白编码序列筛选,再利用CodonW软件计算各基因的有效密码子数(ENC)、密码子适应指数(CAI)、同义密码子相对使用度(RSCU)和密码子中A、T、C、G这4种碱基的含量,最后利用R软件计算各参数间的相关性并绘图。【结果】(1)从珙桐叶绿体基因组中共筛选出59条蛋白编码序列,总的鸟嘌呤和胞嘧啶碱基(GC)平均含量和密码子第3位碱基的GC平均含量分别为38.05%和30.63%,CAI平均值为0.18,ENC平均值为48.52,表明珙桐叶绿体基因组基因表达水平较低,且密码子使用偏好性较弱。(2)ENC-plot、PR2-plot、中性绘图和对应性分析表明,影响珙桐叶绿体基因组同义密码子使用偏好性的最主要因素为选择压力。(3)共筛选出12个最优密码子。【结论】珙桐叶绿体基因组同义密码子使用偏好性较弱,除了主要受选择压力影响外,还受到突变压力、碱基组成和基因表达水平等因素的影响;同时筛选出12个最优密码子,可用于未来珙桐的遗传改良和种质创新研究之中。

关键词：珙桐同义密码子偏好性最优密码子叶绿体基因组氨基酸

两种珍稀白蝶兰属(兰科)叶绿体基因组比较分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

广西植物 2024年第1期44卷 43-55页

作者：汪雨唐露邵士成马长乐李健罗艳中国科学院西双版纳热带植物园云南勐腊666300 西南林业大学园林园艺学院昆明650224 国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心昆明650224 深圳市兰科植物保护研究中心(全国兰科植物种质资源保护中心) 深圳市濒危兰科植物保护与利用重点实验室兰科植物保护与利用国家林业和草原局重点实验室广东深圳518114

为理解珍稀濒危兰科植物龙头兰(Pecteilis susannae)和景洪白蝶兰(***)的叶绿体基因组的基本特征,开发用于物种鉴定、保护遗传学和系统发育分析的分子标记,该研究利用二代测序技术对龙头兰和景洪白蝶兰进行浅层基因组测序,采用生物信息... 详细信息

为理解珍稀濒危兰科植物龙头兰(Pecteilis susannae)和景洪白蝶兰(***)的叶绿体基因组的基本特征,开发用于物种鉴定、保护遗传学和系统发育分析的分子标记,该研究利用二代测序技术对龙头兰和景洪白蝶兰进行浅层基因组测序,采用生物信息学分析方法进行叶绿体基因组的拼接、组装和注释,并与其他近缘物种进行比较基因组分析和系统发育分析。结果表明:(1)龙头兰和景洪白蝶兰的叶绿体基因组大小分别为154 407 bp和153 891 bp,由一对26 550 bp和26 523 bp的反向重复序列(IR)、84 204 bp和83 756 bp的大单拷贝区(LSC)、17 103 bp和17 089 bp的小单拷贝区(SSC)组成;均注释了111个唯一基因,包括77个蛋白质编码基因、30个tRNA基因和4个rRNA基因。(2)在叶绿体基因组中分别鉴定出94个和92个简单重复序列(SSRs)。(3)二者之间存在706个单核苷酸多态性(SNPs)位点和152个插入缺失(InDels)位点,其中cpInDel 067等可以区分2个物种。(4)观察到1个差异较大的基因(accD)和9个高变区(rps19-psbA、matK-trnQ-UUG、psbM-psbD、trnT-UGU-ndhJ、accD-psaI、ycf4-cemA、clpP-psbB、ndhF-trnL-UAG、rps15-ycf1)。(5)系统发育分析结果显示,龙头兰、景洪白蝶兰和鹅毛玉凤花(Habenaria dentata)的亲缘关系较近。在白蝶兰属2种叶绿体基因组研究中获得的SSR位点、InDels和高变区序列可为物种鉴定、开发利用及其资源保护提供有价值的遗传信息。

关键词：龙头兰景洪白蝶兰叶绿体基因组分子标记系统发育

维普期刊数据库博看期刊

紫花苜蓿生长调节因子互作因子GIF基因家族的鉴定与分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

分子植物育种 2024年

作者：张晓捷赵美丽杨振宇王志才谷丽丽新疆农业大学草业学院新疆草地资源与生态实验室深圳兰科中心兰科植物保护与利用国家林业和草原局重点实验室华南农业大学林学与风景园林学院南方石灰岩植物研究中心上海师范大学生命科学学院植物种质资源开发协同创新中心

生长调节因子互作因子GIF(GRF-Interacting Factor)是植物中一类具有SSXT(SNH)保守结构域的共转录激活因子，与生长调节因子GRF(Growth-Regulating Factor)共同参与调节植物生长发育、生殖发育、形态结构建成和逆境胁迫响应等生理过程... 详细信息

生长调节因子互作因子GIF(GRF-Interacting Factor)是植物中一类具有SSXT(SNH)保守结构域的共转录激活因子，与生长调节因子GRF(Growth-Regulating Factor)共同参与调节植物生长发育、生殖发育、形态结构建成和逆境胁迫响应等生理过程。紫花苜蓿(Medicago sativa)是重要的牧草种类，生长发育和形态结构直接影响牧草产量。前人已研究报道了紫花苜蓿MsGRF基因家族，但对GIF基因家族仍缺乏系统了解。本研究通过生物信息学分析，对紫花苜蓿“新疆大叶”(Medicago sativa cv. ‘Xinjiang Daye’)GIF基因家族进行鉴定与分析，为探究MsGIFs的功能和苜蓿遗传改良及新品种创制奠定基础。分析结果表明，在全基因组发现MsGIF基因17个，基因大小为156～702 bp，不均匀地分布在14条染色体上，可进一步分为三个亚家族。此外，MsGIFs氨基酸序列长度在51～233 aa之间，蛋白质分子量在5773.55～24996.80 Da之间，蛋白质等电点在5.07～6.49之间，均是亲水性蛋白质，亚细胞定位预测结果表明多在细胞核，与其基因表达调控功能一致。本文还对MsGIF基因家族基因结构、蛋白质二级和三级结构、启动子顺式作用元件及物种内基因共线性关系进行分析。为探究GIF在牧草生长发育和株型建成等过程中的生物学功能提供一定的参考。

关键词：紫花苜蓿生长调节因子互作因子 GIF基因家族 GRF

笼养绿尾虹雉大肠埃希菌耐药特征与毒力基因分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

南方农业学报 2024年

作者：梁驹吴邦元肖英平冯少华徐小钦王彬周材权陈黎李万洪张龙西华师范大学西南野生动植物资源保护教育部重点实验室西华师范大学生命科学学院浙江省农业科学院农产品质量标准研究所四川省野生动物救护与繁育研究中心/西华师范大学生态研究院四川蜂桶寨国家级自然保护区管护中心

【目的】为分析笼养绿尾虹雉粪便大肠埃希菌分离株的耐药性、耐药基因与毒力基因状况。【方法】于2022年1、3、4、7和10月从四川蜂桶寨国家级自然保护区管护中心笼养绿尾虹雉人工饲养场共采集新鲜粪便样本116份，通过梅里埃VITEK 2 Comp... 详细信息

【目的】为分析笼养绿尾虹雉粪便大肠埃希菌分离株的耐药性、耐药基因与毒力基因状况。【方法】于2022年1、3、4、7和10月从四川蜂桶寨国家级自然保护区管护中心笼养绿尾虹雉人工饲养场共采集新鲜粪便样本116份，通过梅里埃VITEK 2 Compact全自动细菌鉴定及药敏分析系统，对分离得到的84株大肠埃希菌进行耐药表型分析和耐药基因检测，并对疾病高发期7月和10月的毒力基因进行分析检测。同时，使用SPSS对检出的代表性耐药表型和其相关的耐药基因进行关联分析。【结果】116份样本共分离大肠埃希菌84株，检出率为72.41%，其中有12株不耐受任何抗生素，耐受抗生素3种及以上耐药菌株有53株，占63.1%，菌株的抗生素耐药数量最高为12种，耐药谱以耐氨苄青霉素、甲氧苄氨嘧啶和庆大霉素为主，平均耐药率分别为78.57%、75.00%、45.24%；庆大霉素与aadA1之间的关联有统计学意义（P＜0.01），ESBL与blaTEM、氨苄青霉素与blaTEM、甲氧苄氨嘧啶与sul I、环丙沙星与qnrS的关联性均不显著；84株大肠埃希菌分离株耐药基因检测中pmrA检出率最高，为80.95%。其他检出率超过50%的耐药基因还有blaTEM(70.24%)、floR(57.14%)、sul Ⅰ(50.00%)；7月与10月样本中的39株分离株在检测的9个毒力基因中invE未检出，escV的检出率最高(17.95%)，随后依次是pic(15.38%)、ipaH(10.26%)、lt(10.26%)、aggR(7.69%)、stx2(7.69%)、stx1(5.13%)和eae(5.13%)。【结论】笼养绿尾虹雉粪便中的大肠杆菌耐多种抗生素的菌株广泛存在并携带有一定的毒力基因，耐药谱以耐氨苄青霉素、甲氧苄氨嘧啶和庆大霉素为主，长期使用恩诺沙星、环丙沙星和庆大霉素可能是造成笼养绿尾虹雉出现较强大肠埃希菌耐药性的原因之一。今后应加强笼养绿尾虹雉的耐药性监测，优化β-内酰胺类、磺胺类、氨基糖苷类及喹诺酮类抗生素的使用。

关键词：绿尾虹雉大肠杆菌耐药性表型耐药基因毒力基因

MXene基复合水凝胶在修复感染创面中的研究进展

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

复合材料学报 2024年第7期41卷 3427-3441页

作者：吴晓娜汪宜宇赵凯黑龙江大学生命科学学院农业微生物技术教育部工程研究中心黑龙江省寒区植物基因与生物发酵重点实验室哈尔滨150080 台州学院生命科学学院浙江省植物进化生态学与保护重点实验室台州市生物医药与高端剂型重点实验室台州318000

感染创面严重危害着人类的生活质量甚至是生命健康,因此研发高效且副作用小的抗菌生物材料用于修复感染创面具有广阔的市场前景。二维过渡金属碳化物(MXene)是一种新型的二维片状材料,具有优异的抗菌性能,其抗菌机制主要包括物理捕获理... 详细信息

感染创面严重危害着人类的生活质量甚至是生命健康,因此研发高效且副作用小的抗菌生物材料用于修复感染创面具有广阔的市场前景。二维过渡金属碳化物(MXene)是一种新型的二维片状材料,具有优异的抗菌性能,其抗菌机制主要包括物理捕获理论、红外热效应、活性氧(ROS)生成理论、胞间分子泄露理论等,因此MXene有望成为一种更安全、有效、广谱的抗菌手段。通过水凝胶包裹MXene制成的MXene复合水凝胶比单纯水凝胶具有更佳的抗菌、抗氧化性以及光热效应等优势。本文综述了MXene的抗菌机制,并就近年来报道的MXene复合水凝胶修复感染创面的研究进行全面综述和总结。

关键词： MXene 复合水凝胶抗菌创面修复应用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

浙江长兴扬子鳄种群遗传多样性研究

野生动物学报 2022年第3期43卷 741-751页

作者：方黎明付春正李慧邹卫强任大斌徐菊敏韩群花万秋红方盛国长兴尹家边扬子鳄自然保护区长兴313100 浙江大学生命科学学院生命系统稳态与保护教育部重点实验室(浙江大学)国家濒危野生动植物种质基因保护中心(浙江大学)杭州310058

为有效保护浙江长兴尹家边扬子鳄保护区扬子鳄(Alligator sinensis)种群,丰富野放扬子鳄的遗传多样性,利用13个微卫星标记分析了该种群的遗传多样性,比较核心区和野放区种群的遗传多样性差异。结果显示:保护区扬子鳄种群共检测到31个等... 详细信息

为有效保护浙江长兴尹家边扬子鳄保护区扬子鳄(Alligator sinensis)种群,丰富野放扬子鳄的遗传多样性,利用13个微卫星标记分析了该种群的遗传多样性,比较核心区和野放区种群的遗传多样性差异。结果显示:保护区扬子鳄种群共检测到31个等位基因,其中含2个稀有等位基因。野放区种群的平均有效等位基因数量(1.82)、平均观测杂合度(0.49)、平均期望杂合度(0.43)、平均多态信息含量(0.34)和平均香农信息指数(0.64)均低于核心区(1.89、0.52、0.46、0.37和0.70),表明野放区种群的遗传变异少,遗传多样性相对缺乏。在后续扬子鳄野外放归过程中,应对保护区扬子鳄种群的遗传多样性进行系统性分析,从核心区种群中挑选合适的个体进行野外放归,从而丰富野放区种群的遗传多样性。

关键词：扬子鳄遗传多样性微卫星

维普期刊数据库博看期刊

黄鲫的全基因组survey分析与微卫星分布特征

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

浙江海洋大学学报（自然科学版） 2024年第2期43卷 93-100页

作者：郑思旭陈诗逸梁旭东王云鹏沈豪迪黄文化柳意樊刘炳舰浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江舟山316022 浙江海洋大学海洋生物种质发掘与利用国家地方联合工程实验室浙江舟山316022

对黄鲫进行了全基因组测序,并进行了survey分析和微卫星特征研究,旨在评估其基因组基本信息并为进一步研究该物种的遗传多样性和进化提供重要信息。研究表明,黄鲫基因组大小约为815Mb,重复序列比例为39.69%,杂合率为1.77%;通过初步组装... 详细信息

对黄鲫进行了全基因组测序,并进行了survey分析和微卫星特征研究,旨在评估其基因组基本信息并为进一步研究该物种的遗传多样性和进化提供重要信息。研究表明,黄鲫基因组大小约为815Mb,重复序列比例为39.69%,杂合率为1.77%;通过初步组装,得到的ContigN50为35836bp,ScaffoldN50为107605bp。此外,在全基因组范围内,检测出了14.562379个微卫星位点,相对丰度约1713个·Mb^(-1);其中,二碱基重复最常见(90.64%),其次为单碱基重复(5.52%),6碱基重复较少(0.24%)。微卫星重复拷贝数主要分布在6~15次之间,AC/GT和AG/CT是最常见的2碱基重复类型。这些研究结果为黄鲫的遗传学及进化生物学研究提供了重要的信息,并且为黄鲫的遗传多样性保护提供了有用的分子标记。

关键词：黄鲫高通量测序全基因组survey 微卫星标记

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

利用水稻转化愈伤组织评估引导编辑效率

科学通报 2024年

作者：杨茜孟祥兵王春刘婷婷王克剑余泓饶玉春邹金鹏中国农业科学院中国水稻研究所水稻生物育种全国重点实验室中国科学院大学农业农村部基因编辑创新利用重点实验室(海南) 5. 崖州湾国家实验室中国科学院遗传与发育生物学研究所植物基因组学国家重点实验室和国家植物基因中心中国科学院种子设计创新学院浙江师范大学生命科学学院

引导编辑(prime editing, PE)作为新一代精准基因组编辑技术,能够实现任意类型碱基替换、小片段DNA插入和缺失,已成功应用于作物性状改良及新种质创制.然而,目前在某些位点上, PE编辑效率较低,无法实现预期目标编辑.因此,为了提升工作... 详细信息

引导编辑(prime editing, PE)作为新一代精准基因组编辑技术,能够实现任意类型碱基替换、小片段DNA插入和缺失,已成功应用于作物性状改良及新种质创制.然而,目前在某些位点上, PE编辑效率较低,无法实现预期目标编辑.因此,为了提升工作效率并加快获取目标编辑植株的速度,需建立一套完整的PE效率评估体系,用以评估不同位点的精准编辑效率.本研究选择6个已知具有不同编辑效率的PE载体,通过农杆菌介导的遗传转化法将其转化到水稻愈伤组织,随后对转化后的愈伤组织进行不同时间点连续取样,并利用高通量二代测序技术进行检测,以研究PE技术介导的精准编辑在整个愈伤组织转化过程中发生的时间和效率.实验结果显示,最早在侵染后第13天的愈伤组织中就能检测到精准编辑的发生,从第13天开始,编辑效率逐渐上升,并在第30天的愈伤组织中达到最大值.特别地,在侵染后第15天的愈伤组织中,不同位点的编辑效率与植株中的编辑效率呈良好的对应关系,因此,该时间点可用于评估植株中PE精准编辑效率.该PE效率评估体系的建立,为评估植株精准编辑效率提供了参考,有助于精准编辑在作物改良中的应用.

关键词：水稻 PE技术愈伤组织二代测序精准编辑评估体系