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中国地方鸡液相基因芯片开发及鸡遗传资源的评估与挖掘

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中国地方鸡液相基因芯片开发及鸡遗传资源的评估与挖掘

作者：高超群河南农业大学

学位级别：硕士

工欲善其事,必先利其器。我国地域辽阔、气候多样、地形地貌丰富,为多样化遗传资源的形成提供了优越的自然条件。根据国家畜禽遗传资源品种名录(2021年版)统计,我国已鉴定的地方鸡品种已达115种,地方鸡资源具有丰富多样,各具特色的表型... 详细信息

工欲善其事,必先利其器。我国地域辽阔、气候多样、地形地貌丰富,为多样化遗传资源的形成提供了优越的自然条件。根据国家畜禽遗传资源品种名录(2021年版)统计,我国已鉴定的地方鸡品种已达115种,地方鸡资源具有丰富多样,各具特色的表型。目前,畜禽品种经济性状的遗传机制研究已发展至全基因组水平,利用全基因组SNPs标记对地方鸡进行遗传评估,极大促进了家禽业的发展。因此,为推进畜牧业可持续发展,高效,准确及低成本的获取全基因组SNPs是至关重要的底盘技术。目前,全基因组SNPs的获取主要依赖于全基因组重测序和基因芯片。相较于基因芯片,全基因重测序在成本,时间及计算复杂度均高于基因芯片。基因芯片作为高通量、低成本且高准确率的基因分型技术,其发展极大地推动了动物遗传育种、种群历史和遗传多样性研究。但基因芯片位点的筛选,需大量重测序数据支撑,且位点具有品种特异性。因此,开发一款适用于中国地方鸡种群的基因芯片,对于地方鸡种的保护和开发利用具有重要的科学价值,并将为我国家禽种业的发展提供强有力的支持。本研究基于靶向测序基因型检测技术(Genotyping by target sequencing,GBTS),通过整合58种中国地方鸡品种的全基因组重测序数据、泛基因组数据、全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)潜在功能位点和先前已报道的经济性状功能位点数据,开发了一款针对中国地方鸡专用液相基因芯片,芯片同时涵盖了多种突变类型(如SNP、Present/Absent:PAV)。进一步,本研究利用该芯片对55个中国地方鸡品种进行基因分型,对中国地方鸡进行系统评估与评价。具体研究内容如下。1.中国地方鸡液相基因芯片的开发本研究收集来自58个中国地方鸡品种的重测序数据,总共包括682个样本。经变异检测与质控获得了12,381,606个SNPs,首先根据位点评分和探针设计工具评估得到了35,067个SNPs位点作为芯片背景位点。其次整合了泛基因数据,即将所有泛基因序列连接为假染色体,经评估该部分共保留5,074个位点。再次将具有先验信息的GWAS潜在功能将全部保留,共涉及4,660个位点。本研究收集了56个涵盖了生长、体重、羽色、胫色、肉色、皮色、蛋壳色以及其他经济性状相关位点,经探针设计工具评估后保留48个功能位点(33个SNP和15个PAV)。最后,合并及去重这四组位点,该液相芯片共包含44,849个靶位点。经评估,位点在各染色体分布较为均匀,平均物理距离约24.86 Kb。2.中国地方鸡液相基因芯片的评估为了验证该液相基因芯片对本地鸡品种的检测效果,本研究选择了不同用途,共计204只个体进行测试,包括5种具有各自特点,不同用途的中国地方鸡品种(固始鸡,河南斗鸡,卢氏鸡,淅川乌骨鸡,正阳三黄鸡),杂交品种拉萨白鸡(TBC),及作为商业品种的洛岛红鸡(RIR)。结果显示,芯片位点捕获率范围从98.891%到99.831%,平均样本捕获率为99.474%。不同遗传多样性指数具有一致性,群体结构分析中相同品种个体聚类在一起,表明芯片靶位点具有较高的稳定性。随后,在种群历史分析中,成功地鉴定出一个世纪前鸡种群经历的群体瓶颈事件,以及RIR对中国地方鸡的基因渗入。在选择信号分析中,鉴定到一系列TBC和RIR鸡的正选择基因,诸如高海拔适应基因:CFTR、PIK3C2G、HBB、CXCR4、CACNA1G和CDK2等;生长基因:IGF1、SOX5和IGF2BP1等;产蛋基因:ITPR2、CNR1、TFAP2D和WDR25等。综上,本研究设计的液相基因芯片在中国地方鸡中具有高度适用性和稳定性,为地方鸡的科学和种质特征评估,及育种和保护工作提供了底盘技术。3.中国地方鸡遗传资源的评估与挖掘研究地方鸡环境适应性的遗传基础对于可持续家禽育种和保护至关重要,尤其是在全球极端气候频繁出现,全球变暖的背景下,探究地方品种对环境适应性的遗传基础,对世界粮食安全具有重要的意义。本研究基于55个中国地方鸡的基因芯片分型数据,对其进行群体遗传学评估与环境适应性基因挖掘分析。评估方面,种群遗传结构表明其沿长江分隔,大致分为北部集群和南部集群。北部集群内部各品种间亲缘关系相对较近,无明显细分亚群。南部集群内部各品种间亲缘关系相对较远,形成了三个较为明显的亚群:云南地区、两广地区、及长江到两者之间地区;祖先成分分析发现,祖先成分随维度变化规律,即随着远离驯化中心(云南省),祖先成分1逐渐降低,揭示了地方鸡种群的历史迁移;群体分化指数表明,中国地方鸡群体分化水平较低,处于中等水平分化;在遗传多样性分析中,不同分析方法一致性表明,具有独特表型的品种,诸如长尾,无尾,乌鸡,绿壳蛋等表型的品种遗传贡献度较高,而浦东(PUD)

关键词：地方鸡基因芯片群体遗传学环境适应性

正阳县花生特色产业发展水平评价及提升对策研究

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正阳县花生特色产业发展水平评价及提升对策研究

作者：闵凯河南农业大学

学位级别：硕士

特色农业作为农业现代化发展的重要驱动因素,对乡村振兴战略与农业强国目标的实现具有重要推动意义。我国农业生产面临人多地少、劳动密集、小农分散经营等复杂特性,但同时,幅员辽阔、生态环境多元的优势赋予了各地发展特色农业的独特... 详细信息

特色农业作为农业现代化发展的重要驱动因素,对乡村振兴战略与农业强国目标的实现具有重要推动意义。我国农业生产面临人多地少、劳动密集、小农分散经营等复杂特性,但同时,幅员辽阔、生态环境多元的优势赋予了各地发展特色农业的独特资源。特色农业以区域资源禀赋为基础,挖掘并发挥地方独特优势,实现农业产业结构的优化升级,有效提升了农业发展质量和整体竞争力。特色农业突破传统农业同质化竞争的困境,通过培育地方特色农产品、发展高效特色种养模式以及打造特色农业产业链,满足了市场多元化消费需求,增强了农业产业抵御市场风险的能力。另外,特色农业在保护生物多样性、维护生态平衡、传承农耕文化等方面亦发挥着积极作用,符合绿色发展理念,有利于实现农业可持续发展。花生作为全球重要的油料作物和食品来源,在全球农业经济中占据重要地位,中国作为全球最大的花生生产国和消费国,花生种植面积稳居世界第一。在当前国际粮食贸易格局变化、大豆进口依赖度较高的背景下,花生作为中国第三大油料作物,其产量和品质的提升有助于缓解国内油脂供需矛盾,降低对外依存度,增强国家食物系统的韧性,对保障国家食用油供给安全、维护粮食安全战略具有举足轻重的作用。花生种植具有适应性强、经济效益高、产业链条长的特点,适宜在土地资源相对有限且分布广泛的地区发展,有助于提高土地利用效率,对农业增效、农民增收具有直接拉动效应。正阳县作为中国花生产业的典型代表,凭借其悠久的种植历史、优良的花生品种、较高的单产和品质,自1999年以来,连续23年成为“全国花生种植第一大县”,素有“世界花生看中国,中国花生看正阳”的美誉,形成了以花生为支柱的地方特色农业。本文围绕正阳县花生特色农业产业,搜集文献和相关资料,使用实地研究法、文献分析法和案例研究法,梳理正阳县花生产业发展的自然生产条件、基础设施条件、产业结构条件和政策支持条件,并通过优势指数构建分析了正阳县发展花生特色农业的比较优势。结合已有研究和特色农业影响因素构建指标体系,运用熵值法对2017-2022年正阳县花生产业发展水平进行计算和综合评价。研究结果表明,正阳县花生产业已经从快速扩张阶段进入稳步提升阶段,但花生产业在规模化、专业化、市场化、绿色化发展方面依然存在制约因素,据此,深入剖析发现正阳县花生特色农业发展中存在优质品种花生种植规模小、专业型农技人才引进及培养欠缺、品牌知名度及市场化不足、种植加工过程生态化水平较低等问题,针对性地提出要加强优质花生品种的推广,提升花生种植的科技含量与产出效益;加大对农户的专业技能培训,提升其现代农业管理与技术应用能力;引进与培养农业技术人员,强化农业科技人才队伍建设;塑造并强化花生品牌效应,提升市场知名度与竞争力;拓宽初级花生产品的销售渠道,优化产业链布局,增强市场对接能力;推动科学种植方式与先进技术的应用,提高种植效率与资源利用率;加强对绿色化生产的政策引导与监管,实现花生产业可持续发展等具体对策。

关键词：特色农业花生产业农业产业化熵值法

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修形斜齿轮成形磨削中齿廓精度补偿方法

机械传动 2024年第2期48卷 142-147页

作者：张浩苏建新邓效忠韩正阳河南科技大学机电工程学院河南洛阳471003 机械装备先进制造河南省协同创新中心河南洛阳471003 西北工业大学机电学院陕西西安710072

建立了斜齿轮齿廓修形的坐标方程与成形磨削砂轮修整的几何算法,优化出齿廓修形后的砂轮截面廓形;通过数值模拟分析,得到了机床位置误差与齿廓偏差之间的耦合关系;编制了成形磨削齿廓精度调整软件,计算出斜齿轮修形与之对应的成形砂轮... 详细信息

建立了斜齿轮齿廓修形的坐标方程与成形磨削砂轮修整的几何算法,优化出齿廓修形后的砂轮截面廓形;通过数值模拟分析,得到了机床位置误差与齿廓偏差之间的耦合关系;编制了成形磨削齿廓精度调整软件,计算出斜齿轮修形与之对应的成形砂轮廓形和齿廓精度调整参数。通过修形斜齿轮的成形磨削试验,验证了砂轮廓形修整的正确性和齿廓精度调整的有效性。

关键词：斜齿轮修形砂轮廓形成形磨削齿廓精度

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鼠李糖乳杆菌发酵中药制剂条件优化及对鸡球虫感染的疗效试验

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中国家禽 2024年第3期46卷 58-64页

作者：郭全海刘培培刘中原徐云翔王留夏晴商丘职业技术学院牧医学院河南商丘476000 商丘市动物检疫和疫病预防控制中心河南商丘476000 河南中微生物科技研究院河南郑州450003

为探究鼠李糖乳杆菌发酵中药组方(青蒿、常山、仙鹤草、何首乌、白头翁及白茅根)制剂的最佳条件及其对感染球虫鸡存活率、血便计分、每克粪便卵囊数(OPG)及免疫细胞等的影响,试验筛选了鼠李糖乳杆菌发酵中药组方制剂的最佳中药浓度、接... 详细信息

为探究鼠李糖乳杆菌发酵中药组方(青蒿、常山、仙鹤草、何首乌、白头翁及白茅根)制剂的最佳条件及其对感染球虫鸡存活率、血便计分、每克粪便卵囊数(OPG)及免疫细胞等的影响,试验筛选了鼠李糖乳杆菌发酵中药组方制剂的最佳中药浓度、接菌量、培养时间和pH值。用在该条件下发酵的中药制剂对正阳三黄鸡进行抗球虫感染试验,试验鸡分为空白对照组、球虫攻毒组、地克珠利组、纯中药组、鼠李糖乳杆菌发酵中药组及鼠李糖乳杆菌组;21日龄时分别称量各试验组鸡的体重,计算存活率、OPG值及检测血便记分与血液中的CD4^(+)、CD8^(+)T淋巴细胞含量。结果显示:中药浓度为1.5 g/mL、接菌剂量为2%、培养时间为18 h、pH为6.5时,鼠李糖乳杆菌活性最高;鼠李糖乳杆菌发酵中药组试验鸡21日龄体重和14~21日龄平均日增重显著高于球虫攻毒组、纯中药组和鼠李糖乳杆菌组(P<0.05);鼠李糖乳杆菌发酵中药组血便记分和OPG值显著低于球虫攻毒组、纯中药组和鼠李糖乳杆菌组(P<0.05);鼠李糖乳杆菌发酵中药组CD4^(+)、CD8^(+)T淋巴细胞含量显著高于球虫攻毒组、纯中药组和鼠李糖乳杆菌组(P<0.05)。研究表明,鼠李糖乳杆菌有最佳的发酵中药条件,该条件下发酵的中药制剂能够在防治球虫感染鸡方面能够提高鸡的存活率、减少血便及卵囊排出,提高鸡CD4^(+)、CD8^(+)T淋巴细胞含量,并且比单独的中药组方及单独的鼠李糖杆菌具有明显优势。

关键词：鼠李糖乳杆菌发酵中药生长性能免疫细胞柔嫩艾美耳球虫

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地黄二陈散治疗复发性口疮256例

新中医 2004年第12期36卷 47-48页

作者：孟祥武李爱民河南省正阳县中医院河南正阳463600

自1997年3月～2003年3月,笔者应用地黄二陈散治疗复发性口疮256例,并与同期单纯服用牛黄解毒片治疗62例作对照,疗效较好,现报道如下.

关键词：口炎口疮性地黄二陈散

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经方治疗疑难杂病4则

新中医 2010年第1期42卷 94-95页

作者：赵克华正阳县中医院河南正阳463600

1桂枝加龙骨牡蛎汤治疗迁延性肺炎刘某，男，7月龄，2007年5月4日初诊。父代诉：反复咳嗽，气促痰鸣2月。在乡医院诊治，先后使用过多种抗生素、激素及服清热平喘中药20余剂，仍未见效。诊见：患儿频咳，气促痰鸣，不思乳食，身体瘦弱... 详细信息

1桂枝加龙骨牡蛎汤治疗迁延性肺炎刘某，男，7月龄，2007年5月4日初诊。父代诉：反复咳嗽，气促痰鸣2月。在乡医院诊治，先后使用过多种抗生素、激素及服清热平喘中药20余剂，仍未见效。诊见：患儿频咳，气促痰鸣，不思乳食，身体瘦弱，无发热，常自汗出，以头额为多，面色苍白，舌淡红、苔薄白润，指纹淡紫。

关键词：经方疑难病迁延性肺炎神经官能症病态窦房结综合征腹泻

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胺碘酮治疗心房颤动的临床疗效

临床荟萃 2002年第21期17卷 1274-1275页

作者：李清杰河南省正阳县人民医院河南正阳463600

心房颤动在基层医院非紧急情况下多数仍首选药物复律,但临床方法及疗效有待探讨.本文报告胺碘酮治疗非瓣膜病心房颤动的疗效和安全性.

关键词：心房颤动胺碘酮

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河南省正阳县典型土壤系统分类

河南农业大学学报 2013年第1期47卷 92-97页

作者：李玲高畅路婕吕巧灵吴克宁河南农业大学资源与环境学院河南郑州450002 中国地质大学(北京)土地科学技术学院北京100083

对河南省正阳县典型土壤进行了分析与检索,确定其在中国土壤系统分类中的位置.结果表明,供试土壤在中国土壤系统分类中分别归属为淋溶土、变性土和雏形土3个土纲;湿润淋溶土、湿润变性土、湿润雏形土3个亚纲;简育湿润淋溶土、简育湿润... 详细信息

对河南省正阳县典型土壤进行了分析与检索,确定其在中国土壤系统分类中的位置.结果表明,供试土壤在中国土壤系统分类中分别归属为淋溶土、变性土和雏形土3个土纲;湿润淋溶土、湿润变性土、湿润雏形土3个亚纲;简育湿润淋溶土、简育湿润变性土、简育湿润雏形土3个土类;斑纹简育湿润淋溶土、普通简育湿润变性土、斑纹简育湿润雏形土、漂白简育湿润雏形土4个亚类;兰青系、张庄系、祁庄系、郭楼系、智庄系5个土系.

关键词：诊断层诊断特性土壤系统分类河南

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中西医结合治疗肝炎肝硬化58例

四川中医 2003年第2期21卷 26-27页

作者：闻留瑞冯文军石东升正阳县人民医院河南正阳463600

选符合诊断标准的肝炎肝硬化 1 1 4例 ,随机分为治疗组 5 8例 ,对照组 5 6例。治疗组采用中西医结合疗法 ,对照组单予西药治疗 ,3 0天为 1疗程 ,连续治疗 2个疗程。结果 :治疗组痊愈 3 2例 ,好转 2 0例 ,无效 6例 ,总有效率 89 7% ;对... 详细信息

选符合诊断标准的肝炎肝硬化 1 1 4例 ,随机分为治疗组 5 8例 ,对照组 5 6例。治疗组采用中西医结合疗法 ,对照组单予西药治疗 ,3 0天为 1疗程 ,连续治疗 2个疗程。结果 :治疗组痊愈 3 2例 ,好转 2 0例 ,无效 6例 ,总有效率 89 7% ;对照组痊愈 1 5例 ,好转 2 3例 ,无效 1 8例 ,总有效率 67 9% ,两组比较有非常显著差异 (P <0 0 1 )。结论 :中西医结合治疗肝炎肝硬化疗效确切。

关键词：肝炎肝硬化中西医结合治疗临床疗效