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基于分子动力学模拟与实验验证探讨黄芩素抑制PD-1/PD-L1相互作用的分子机制

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食品工业科技 2024年第2期45卷 40-47页

作者：郭妍郭怡琳刘柏平徐建国山西师范大学食品科学学院山西太原030031 华南农业大学材料与能源学院广东广州510630 华南农业大学教育部生物材料与能源重点实验室广东广州510630

为研究黄芩素阻断程序性细胞死亡-1/程序性细胞死亡配体1(PD-1/PD-L1)通路的分子机制,本文首先采用分子对接、分子动力学模拟、结合自由能计算和主成分分析等方法预测了黄芩素的抑制作用,然后利用酶联免疫吸附试验(ELISA)进行了实验验... 详细信息

为研究黄芩素阻断程序性细胞死亡-1/程序性细胞死亡配体1(PD-1/PD-L1)通路的分子机制,本文首先采用分子对接、分子动力学模拟、结合自由能计算和主成分分析等方法预测了黄芩素的抑制作用,然后利用酶联免疫吸附试验(ELISA)进行了实验验证。结合自由能结果表明,黄芩素与PD-L1二聚体(PD-L1 dimer)的结合亲和力为-32.41±0.31 kcal/mol。结合能分解、接触数和非键相互作用结果显示,黄芩素主要结合在PD-L1 dimer的C-、C’-、F-和G-sheet区域,其中关键残基Tyr56、Met115、Ala121和Asp122与黄芩素之间的非极性相互作用在结合过程中起主导作用。互相关矩阵和二级结构结果进一步表明,黄芩素可与PD-L1 dimer的sheet区域稳定结合。ELISA结果显示黄芩素对PD-1/PD-L1相互作用抑制率的IC_(50)为79.47μg/L。黄芩素可通过直接与PD-L1dimer结合抑制PD-1/PD-L1相互作用,本研究为该通路天然小分子抑制剂的发现提供了依据。

关键词：程序性细胞死亡-1/程序性细胞死亡配体1 天然小分子黄芩素分子动力学模拟抑制机制

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棘孢木霉Myb27转录因子基因特性分析、原核表达及产物纯化

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吉林农业大学学报 2024年第1期46卷 49-57页

作者：韩静安一博季世达田桢刘志华东北林业大学林学院哈尔滨150040 东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室哈尔滨150040 沈阳农业大学林学院沈阳110866

以棘孢木霉CGMCC11653菌株菌丝体总RNA反转录的cDNA为模板,克隆全长717 bp转录因子Myb27基因编码序列,其编码238氨基酸组成的多肽。用生物信息学软件预测蛋白的理化性质、结构域并进行亚细胞定位、氨基酸多序列比对和进化关系分析,结果... 详细信息

以棘孢木霉CGMCC11653菌株菌丝体总RNA反转录的cDNA为模板,克隆全长717 bp转录因子Myb27基因编码序列,其编码238氨基酸组成的多肽。用生物信息学软件预测蛋白的理化性质、结构域并进行亚细胞定位、氨基酸多序列比对和进化关系分析,结果表明:其相对分子质量为27000,属于Myb-like DNAbinding结构域的蛋白,亚细胞定位在细胞核中。链格孢菌毒素诱导条件下Myb27的表达有显著变化,可能参与棘孢木霉抗链格孢菌毒素胁迫应答反应的正向调控。构建原核表达载体pMAL-Emyb27,转化大肠杆菌ER2523获得转化子ER2523-Emyb27,其成功诱导的最适条件为0.1 mmol/L IPTG 37℃连续诱导培养3 h;用PBS+10 mmol/L麦芽糖洗脱层析柱可得到与MBP标签融合的单一可溶性69500重组rMyb27蛋白。可见Myb27转录因子调控抗病基因的表达所结合的顺式作用元件提供体外重组蛋白,为调控棘孢木霉抗杨树叶枯病链格孢菌毒素胁迫的机理提供理论依据。

关键词：棘孢木霉转录因子链格孢菌毒素胁迫特性分析原核表达

黄骅盐碱地玉米根系内生真菌分离及耐盐促生功能

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微生物学通报 2024年

作者：张静张腾肖耀鹏葛申奥徐璐刘雪颖侯力峰曾凡力河北农业大学生命科学学院河北农业大学华北作物改良与调控国家重点实验室

【背景】土壤盐渍化是影响玉米产量的主要因素之一，植物内生真菌可显著提高植物抗逆性，促进生长发育，玉米内生真菌的研究对玉米增产具有重要意义。【目的】探究从黄骅盐碱地玉米根系分离的内生真菌的促生特性及对玉米植株的促生效果... 详细信息

【背景】土壤盐渍化是影响玉米产量的主要因素之一，植物内生真菌可显著提高植物抗逆性，促进生长发育，玉米内生真菌的研究对玉米增产具有重要意义。【目的】探究从黄骅盐碱地玉米根系分离的内生真菌的促生特性及对玉米植株的促生效果，为盐碱地玉米增产提供理论依据与材料支持。【方法】采用组织块法从玉米根系中分离内生真菌并通过浸种试验筛选在NaCl胁迫下对玉米种子萌发具促进效果的内生真菌；利用形态学和分子生物学相结合的方法对筛选到的内生真菌进行鉴定并测定其解磷解钾、分泌吲哚乙酸（indole-3-acetic acid， IAA）以及产铁离子载体能力等促生特性；采用盆栽试验探究筛选的内生真菌在NaCl胁迫下对玉米生物量、株高、根长、SPAD值及抗氧化酶（superoxide oxidase， SOD; peroxidase， POD）和丙二醛（malondialdehyde， MDA）等的影响，评价内生真菌对提高玉米促生耐盐效果的影响。【结果】从玉米根系中共分离得到25株内生真菌，其中内生真菌DYM7和DYM11在0.15 mol/L NaCl胁迫下对玉米种子萌发具有显著促进效果，萌发率达90%；通过形态学与分子生物学鉴定，DYM7为土栖棘壳孢（Setophoma terrestris），DYM11为嘴突凸脐蠕孢（Exserohilum rostratum），其均具有解钾、产铁离子载体、分泌IAA能力；在NaCl胁迫下，经菌株DYM7和DYM11处理提高了玉米株高和根长，同时提高了SOD、POD活性，降低了MDA含量。且经菌株DYM11处理的玉米地下鲜重、地上干重、地下干重与对照相比显著提高了12.28%、16.43%、22.17%。【结论】本研究筛选到内生真菌通过提高玉米抗氧化酶活性、增加根系长度及株高、降低MDA含量，从而提高玉米对盐胁迫的耐受能力并促进玉米生长，为滨海盐碱区有益微生物资源增强农作物盐耐受性、提高其产量提供理论依据和材料支持。

关键词：盐碱地内生真菌耐盐促生玉米

不同种类和裂解温度生物质炭添加对稻田土壤微生物多样性和群落结构的影响

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土壤 2024年第4期56卷 776-787页

作者：张童欣侯岳彤滕岳洪张晓杰金鑫鑫王帅刘艳张玉玲虞娜邹洪涛沈阳农业大学土地与环境学院/农业农村部东北耕地保育重点实验室/土肥高效利用国家工程研究中心沈阳110866 阜蒙县农业农村局辽宁阜新123100

为探讨制备生物质炭的原材料和裂解温度对土壤微生物的影响,采用露天盆栽培养试验,分别将350、550、750℃裂解温度制成的玉米秸秆和水稻秸秆生物质炭添加到稻田土壤中培养60和360d,采用IlluminaNovaseq技术分析了其对稻田土壤细菌和真... 详细信息

为探讨制备生物质炭的原材料和裂解温度对土壤微生物的影响,采用露天盆栽培养试验,分别将350、550、750℃裂解温度制成的玉米秸秆和水稻秸秆生物质炭添加到稻田土壤中培养60和360d,采用IlluminaNovaseq技术分析了其对稻田土壤细菌和真菌多样性和群落结构及差异微生物的影响。结果表明:添加两种生物质炭培养360d均使稻田土壤细菌丰富度、多样性提高,其中水稻秸秆生物质炭提高最为明显;土壤中细菌优势类群为浮霉菌门(Planctomycetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)和放线菌门(Actinobacteria)。土壤中真菌群落随着添加生物质炭培养时间的延长,其丰富度和多样性表现为先降低后升高的趋势;土壤中优势真菌类群为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota);真菌科水平物种丰度更加均匀,土壤中普遍检测出壶菌门(Chytridiomycota)和毛霉门(Mucoromycota)。培养60 d时,添加550℃裂解温度玉米秸秆生物质炭处理提高细菌和真菌丰富度和多样性的效果最好,不同裂解温度水稻秸秆生物质炭添加导致真菌群落存在不同的优势门类,改变了土壤微生物群落结构。综上,在稻田土壤中,与玉米秸秆生物质炭相比,水稻秸秆生物质炭施加360d后提高土壤微生物多样性效果更好。生物质炭原材料种类是影响土壤微生物多样性的重要因素,裂解温度能够影响微生物的群落结构,尤其是水稻秸秆生物质炭裂解温度对真菌群落结构的影响。

关键词：生物质炭裂解温度微生物群落结构微生物多样性

基于WOFOST模型与遥感数据同化的县级尺度玉米估产研究

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沈阳农业大学学报 2024年第2期55卷 138-152页

作者：钱凤魁王化军王祥国于远俊辛家佶顾汉龙沈阳农业大学土地与环境学院/耕地立体保护与监测重点实验室/土肥资源高效利用国家工程研究中心沈阳110161

区域尺度的作物生长动态监测和产量预测对于保障粮食安全和农业政策的制定具有重要参考依据。遥感数据同化应用极大提高了作物估产的时效性和精度。为及时、准确地实现县级尺度粮食产量的估测,以及提升产量估测的精度,以辽宁省铁岭县为... 详细信息

区域尺度的作物生长动态监测和产量预测对于保障粮食安全和农业政策的制定具有重要参考依据。遥感数据同化应用极大提高了作物估产的时效性和精度。为及时、准确地实现县级尺度粮食产量的估测,以及提升产量估测的精度,以辽宁省铁岭县为研究区,采用WOFOST(world food studies)模型与遥感同化相结合的方法对铁岭县玉米进行估产研究。通过采用扩展傅里叶幅度敏感性检验算法(extened Fourier amplitude sensitivity test,EFAST)敏感性分析方法实现玉米估产敏感性参数的分析,以及本地化;通过采用参数自动率定程序PEST(parameter estimation)实现参数的优化,验证结果为采样点产量的平均误差为852.39 kg·hm^(-2),模型模拟的精度达到92.82%。为进一步提高和优化模型估产精度,将遥感反演得到的叶面积指数采用集合卡尔曼滤波算法与模型模拟的叶面积指数进行数据同化,平均误差从同化前的852.39 kg·hm^(-2)降低为435.01 kg·hm^(-2),估产精度从92.82%提高到96.33%,有效提高了WOFOST模型估产的精度。结果表明:水分对玉米的生长发育限制并不大,其产量形成主要受光温影响,对温度、光能利用效率和最大同化速率有关的参数具有较高的敏感性;优化后的模型能够较好模拟铁岭县玉米生长发育情况,产量验证表明优化后的模型模拟的效果较好,但仍存在一定的误差;比值植被指数与叶面积指数的相关性最高,反演模型精度较好,反演结果表明叶面积指数在抽雄吐丝期差距较大,而在成熟期的差距不大;经过作物模型与遥感数据同化之后,估产的精度得到明显提高,说明遥感与作物模型同化是一种有效地提高作物估产和产量预测精度的方法。

关键词： world food studies模型遥感数据同化玉米估产铁岭县

超声雾化微酸性电解水对采后娃娃菜流通及货架品质的影响

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食品工业科技 2024年第4期45卷 290-298页

作者：孟敌焦贺韩颖赵安琪王馨渝李鹏霞胡花丽吴朝霞沈阳农业大学食品学院辽宁沈阳110866 江苏省农业科学院农业设施与装备研究所江苏南京210014 农业农村部农产品冷链物流技术重点实验室江苏南京210014 果蔬贮运保鲜产业技术创新战略联盟江苏南通226113

为了探明微酸性电解水(Slightly acidic electrolyzed water,SAEW)对采后娃娃菜货架品质的影响,本文分析了在低温流通(4±1)℃及货架条件(25±1)℃下,不同浓度(0、50、100和150 mg/L)SAEW超声雾化熏蒸处理对娃娃菜采后保鲜效果的影响。... 详细信息

为了探明微酸性电解水(Slightly acidic electrolyzed water,SAEW)对采后娃娃菜货架品质的影响,本文分析了在低温流通(4±1)℃及货架条件(25±1)℃下,不同浓度(0、50、100和150 mg/L)SAEW超声雾化熏蒸处理对娃娃菜采后保鲜效果的影响。结果显示,较对照和其它浓度(50和150 mg/L)SAEW处理相比,100 mg/L SAEW超声雾化熏蒸处理在货架第6和第9 d时显著抑制了娃娃菜丙二醛含量的升高及总硫苷含量的下降(P<0.05)。进一步的流通及货架模拟结果显示,与对照组相比,100 mg/L的SAEW超声雾化熏蒸处理使娃娃菜中的菌落总数降低了17.04%,总硫苷含量提升了30.11%;另外,该处理显著抑制了采后娃娃菜中亚硝酸盐和丙二醛含量的积累(P<0.05),延缓了可溶性糖、可溶性蛋白、总酚、抗坏血酸和异硫氰酸酯含量的下降,提高了黑芥子酶的活性。100 mg/L SAEW超声雾化熏蒸处理不仅能有效抑制流通及货架期间娃娃菜中菌落总数的生长,而且可有效减缓该过程中娃娃菜营养品质的流失,从而提高娃娃菜的保鲜效果。

关键词：微酸性电解水娃娃菜衰老品质亚硝酸盐流通货架期

利用体外胃蛋白酶-胰酶-盲肠液法评价驴不同粗饲料组合的营养物质降解率与组合效应

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动物营养学报 2024年第5期36卷 3183-3191页

作者：刘畅赵艳丽郭晓宇郭咏梅郑亚光闫素梅内蒙古农业大学动物科学学院动物营养与饲料科学自治区高等学校重点实验室呼和浩特010018

本试验利用体外三步法(胃蛋白酶-胰酶-盲肠液法),比较研究不同粗饲料组合的营养物质体外胃-小肠-盲肠降解率(GICD)与胃-小肠的体外降解贡献率;并以经胃与小肠降解后的残渣为底物研究其盲肠体外发酵参数,探究主要粗饲料的组合效应,为驴... 详细信息

本试验利用体外三步法(胃蛋白酶-胰酶-盲肠液法),比较研究不同粗饲料组合的营养物质体外胃-小肠-盲肠降解率(GICD)与胃-小肠的体外降解贡献率;并以经胃与小肠降解后的残渣为底物研究其盲肠体外发酵参数,探究主要粗饲料的组合效应,为驴生产中粗饲料资源的科学搭配和利用效率的提高提供依据。试验选择成年健康德州驴作为盲肠液供体进行体外培养,采用单因素完全随机试验设计,分为4组,每组6个重复。将谷草与玉米秸秆的混合草(谷草∶玉米秸秆=6∶4)作为对照组(CON组),其余3组分别利用苜蓿草、全株玉米青贮和羊草等比例替代CON组中20%的谷草和玉米秸秆混合草,依次为Ⅰ组、Ⅱ组和Ⅲ组。结果表明:与CON组相比,Ⅱ组干物质(DM)和有机物(OM)的GICD与消化能(DE)及Ⅰ组粗蛋白质(CP)的GICD显著升高(P0.05)。Ⅰ组和Ⅱ组的DM和OM在胃-小肠(盲肠前)的体外降解贡献率及Ⅰ组、Ⅱ组和Ⅲ组的CP体外降解贡献率显著高于CON组(P0.05),CON组的菌体蛋白(P=0.091)与总挥发性脂肪酸浓度(P=0.075)有低于其他组的趋势。在3、24和48 h,CON组的产气量均有低于其他3组的趋势(P=0.061,P=0.096,P=0.080);在其余时间点,各组间产气量差异均不显著(P>0.05)。多项组合效应值(MFAEI)从高到低依次为Ⅱ组、Ⅰ组、Ⅲ组和CON组。综上可知,将苜蓿草、全株玉米青贮和羊草分别替代20%的谷草和玉米秸秆混合草,均产生正组合效应,提高了营养物质降解率和盲肠发酵功能,尤以苜蓿草和全株玉米青贮替代组的组合效应较好。

关键词：驴体外胃-胰酶-盲肠液法营养物质降解率盲肠体外发酵组合效应

山西省晋中市猪弓形虫的分子检测及基因型鉴定

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年

作者：李静杨树峰高文伟刘卿朱兴全郑文斌山西农业大学动物医学学院云南农业大学动物医学院云南省高校兽医公共卫生重点实验室

目的刚地弓形虫是一种呈全球性分布的专性胞内寄生虫,可感染包括人类在内的几乎所有恒温脊椎动物。然而,目前尚不清楚山西省猪弓形虫感染的基因型现状。方法从晋中市太谷区、平遥县、昔阳县采集100份猪淋巴组织和30份猪肌肉组织样品,... 详细信息

目的刚地弓形虫是一种呈全球性分布的专性胞内寄生虫,可感染包括人类在内的几乎所有恒温脊椎动物。然而,目前尚不清楚山西省猪弓形虫感染的基因型现状。方法从晋中市太谷区、平遥县、昔阳县采集100份猪淋巴组织和30份猪肌肉组织样品,利用半巢式PCR技术检测样品中是否存在弓形虫感染,筛选弓形虫阳性样品。然后,运用PCR-RFLP方法对弓形虫阳性样品进行基因型鉴定。首先扩增弓形虫SAG1、SAG2 (5’+3’SAG2、***2)、SAG3、BTUB、GRA6、c22-8、c29-2、L358、PK1和Apico等12个位点,再用特定的限制性内切酶对扩增片段进行酶切,然后将酶切产物与8个弓形虫国际参考虫株进行对比,通过条带大小确定基因型。结果运用半巢式PCR,从130份猪组织DNA样品中成功扩增出37个弓形虫阳性样品。结果表明,山西省晋中市猪弓形虫感染的阳性率高达28.5%,其中太谷区、平遥县、昔阳县猪弓形虫感染的阳性率分别为32.7%、26.0%和24.0%。在37份阳性样品中,有1份样品成功扩增和酶切出所有位点,鉴定为弓形虫ToxoDB#9;有4份样品疑似为ToxoDB#9;有2份样品疑似为TypeⅠ。其余阳性样品因DNA浓度低而未能完成所有位点的扩增和酶切,不能准确判定是何种基因型。结论本研究首次对山西省猪弓形虫感染情况进行了分子检测和基因型鉴定,为猪弓形虫病的防控提供了基础数据,具有重要的科学意义和公共卫生意义。

关键词：山西省猪弓形虫分子检测基因型鉴定

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以土壤普查成果助推黑土地科学保护与利用

土壤通报 2024年第4期55卷 1185-1190页

作者：刘顺国徐英德裴久渤汪景宽辽宁省农业发展服务中心辽宁沈阳110001 沈阳农业大学土地与环境学院/农业农村部东北耕地保育重点实验室/土肥高效利用国家工程研究中心辽宁沈阳110866

第三次全国土壤普查是一次重要的国情国力调查,力求全面、真实、准确掌握全国耕地土壤质量、性状和利用状况等基础数据。当前,东北黑土地面临较严峻的“变薄、变瘦、变硬”等退化问题,采取有效措施将土壤普查获得的大量土壤性状、立地... 详细信息

第三次全国土壤普查是一次重要的国情国力调查,力求全面、真实、准确掌握全国耕地土壤质量、性状和利用状况等基础数据。当前,东北黑土地面临较严峻的“变薄、变瘦、变硬”等退化问题,采取有效措施将土壤普查获得的大量土壤性状、立地条件和土壤利用情况等数据与黑土地的科学保护耦合嵌套,从而明确各区域耕地质量,探索合理改良培肥措施,这对于延伸土壤普查成果的生命力,推动该地区农业可持续发展和维持粮食产能“压舱石”作用具有深远意义。基于以上考虑,本文论述了第三次全国土壤普查成果在明确黑土地“变薄、变瘦、变硬”区域、揭示土壤养分时空演变特征、提升黑土地粮食产能和精确评价黑土地耕地质量中的作用,探讨了土壤普查成果助推黑土地保护的可能实现途径,以期实现土壤普查成果的落地与延伸,全面掌握东北黑土地耕地资源现状,切实保护好东北黑土地,守护好大国粮仓。

关键词：土壤普查黑土地耕地质量保护利用